l*****a 发帖数: 6 | 1 本来是不想说什么的,整个事件发展到今天这个地步,大部分真正做生物懂生物都已经
不再怎么关注NgAgo,而且结论已经非常清晰:那就是迄今为止没有一个实名实验室可
以重复出NgAgo的实验结果。没有多少人会愿意再在上面浪费时间。事先声明,实在看
不下去mitbbsrobot 和wang9这两个人(或者是同一个人)在这里搅浑水。此帖欢迎任
何人阅读和讨论,唯独不欢迎mitbbsrobot 和wang9这两个ID,所以请不要阅读或者留
言,我不愿意和你们浪费时间。
我是因为我的两个好朋友做不出来NgAgo才关注这个事情,当时韩老师刚发出NBT paper
时,我也跟着读了,也为韩老师的工作感到开心。大概在6月份,我在国内的一个朋友
告诉我重复不出来,我才在我的圈子和朋友们讨论这个事情,发现我的两个好朋友在试
图重复NgAgo(他们开始都是想发展这个technique,但是发现不work,才开始重复NBT
paper里的实验想去找原因),结果发现paper里报导的也重复不了,而且是重复了多次
。他们都是用CRISPR做对照,每次都是CRISPR works as expected, but no sign of
any cleavage in NgAGO group。后来就发现朋友的朋友,或者朋友的同事(主要都在
国内)等等,都重复不出结果。当时我的好朋友非常激动和愤怒,我只好安慰他说 可
能 韩老师考虑到自己实验室规模比较小,资金不如很多大实验室,所以隐瞒了一些关
键信息,希望他自己实验室能把NgAGO技术的主要paper都搞定。其实当时我就觉得很奇
怪,如果NgAGO像NBT paper里描述一样好用,为什么还要2.0或者smart版?我们实验室
做了挺多CRISPR/Cas9-mediated mutations,效率非常好,虽然也有缺陷。如果有对此
感兴趣的,我非常愿意深入讨论。我的一些非生物的朋友问过我一个问题,为什么这么
多实验室会去重复NgAGO?鉴于版上也有很多非生物专业的朋友也关注NgAGO,我想在这
里说一些我个人的理解:在CRISPR刚出来时,尤其是Feng Zhang的paper出来后,大家
(尤其是做哺乳动物的)都尽快的在自己实验室把这个系统构建里来,用来做突变体或
者做reporter。有很多实验室改进了CRISPR技术发了好文章,但是更多实验室是利用这
个技术去研究他们感兴趣的基因的功能,而且CRISPR技术满足了大部分实验室的需求。
同理,NgAGO刚出来时,很多实验室也想把这个技术引入他们实验室,但是很遗憾,目
前没有一个实名实验室能重复出结果。所以不是大家闲着没事干去重复别人实验,而是
想用这个技术去研究他们感兴趣的基因的功能,但是发现没有效果,才去做韩老师发表
的NBT paper里的实验做正对照,发现连paper里的都无法重复。我觉得本来这个事情大
家也就愤怒一下就过去了,是韩老师的态度和处理方式引了众怒,甚至国内十几个实验
室直接出来实名阐述无法重复NgAGO结果。
后来我朋友放弃了NgAGO,现在愤怒也差不多散去了,我也决定说说我自己的看法。整
个事件发生过程中有很多的蛛丝马迹让我对韩老师的结果表示怀疑。虽然目前结论已经
非常清晰:没有一个实名实验室可以通过韩老师NgAGO paper重复出NgAGO的结果,但是
我最后想在这里做个总结:
1. 韩老师刚出去演讲就开始说NgAgo 2.0版和smart版。这是非常奇怪的,如果paper发
表里的已经很好用了,为什么还需要强调NgAgo 2.0版和smart版?当时我的感觉就是难
道1.0版有大问题?如果没有大问题,为什么要大家等2.0或者smart版?这是最早让我
感到困惑的地方。可能NgAGO有它自己的局限性,需要一些改进让它更好用,但是这些
工作一般都会等到paper发表后才会拿出来说,所以当时我就提醒过我朋友,在NgAGO上
面投入时间和精力要慎重。只是非常遗憾当时他为了赶进度,几乎停下了所有其他的
projects,两个多月的时间都耗在那里了。
2. 韩老师刚出去演讲就说有20多家实验室能重复出结果。这个是我朋友转述给我的,
我不知道是韩老师在演讲中自己提到的,还是audience提问时韩老师的回答。先说第二
种可能性,是audience提问的,为什么audience会问有没有实验室可以重复?这可不是
一个polite的问题。如果是第一种可能性,完全无法理解为什么韩老师在演讲时要提
能重复与不能重复的比例是1:3,20家能重复,60家不能重复。难道是为了将来有实验
室重复不出来做铺垫?觉得自己重复不出来就是属于60家这个category的?这些消息我
都是听了朋友的转述,所以可能会有误解,如果我说错了,希望大家不要介意。也非常
欢迎大家纠正我。
3. 这之后,我就开始在mitbbs上略关注整个事件的走向,其中有人跳出来说能重复,
当然更多人反应是不能重复。由于我的两个好朋友(我非常相信他们的实验技能,而且
他们在不同实验室,而且是一个在国内,一个在国外)都没法重复出来,这个时候我主
观上已经认为NgAGO不能重复出来。另外一个事件的发生是韩老师回应质疑的答复让我
大吃一惊。最早韩老师说需要高超的实验技巧,我又回去读了韩老师的,实在没有看出
NgAGO和CRISPR相比,在实验角度上会有哪些需要高超的实验技巧的地方。当然我自己
没有做过,没有发言权。但是后来韩老师说所谓的高超技巧,是细胞不能污染,韩老师
认为细胞的污染是主要的导致实验无法重复的原因。这个回答着实让我大吃一惊,我也
相信让我很多生物同行大吃一惊。(如果有朋友感兴趣,我可以解释为什么会大吃一惊
)。我觉得韩老师后来的回答会更有水平一些:NgAGO的活性可能不是很高,需要和DNA
guide在表达上有很好的时间上和空间上的match才能切割基因组DNA(申明:这不是原
话,我把韩老师的原话给改成这样更利于理解),如果是这样,那的确需要高超的实验
技巧。但是同时也局限了NgAGO的使用范围。也许这是为什么需要2.0版或者smart版吧
。不过当mitbbs上面有不同ID跳出来说能重复出来,但是又没有后续时,我就感觉:难
道韩老师一开始就为所有事情都铺垫好了?先申明能重复和不能重复的比例是1:3,不
能重复还是居多。然后在mitbbs上说几个能重复出来的,这样大家重复不出来的就觉得
自己是属于那1:3里的3了?可能我是因为先入为主认为NgAGO不能重复了,才有了这些
小人之心的想法。如果大家不同意,希望大家不要生气。
4. 接下来就是自然杂志社的调查。在西方社会里,reputation是非常重要的事情。申
请过博后的同行们应该知道recommendation letter在申请博后时的重要性。关于这个
我不想阐述,因为我不想在非生物问题上花太多时间,只想强调一点,在西方社会,人
的诚信是非常重要的。所以自然杂志社的调查也是根据韩老师提供的名单进行电话采访
。我认为他们相信韩老师的诚信,相信韩老师提供的名单的实验室PI的诚信。联系了3
家,说能重复出来,自然杂志社的工作就完成了,本着诚信的原则,他们认为韩老师和
这些实验室PI都是说实话的。后来韩老师曾经用这个作为证据来证明NgAGO能被重复出
来(当然也可能是媒体的错误解读),但是后来韩老师自己也承认这个不能作为能重复
的证据(如果我没有记错的话)。从生物学科的角度出发,能不能重复的判断标准没有
那么难的,最简单的就看有没有follow up的paper。如果韩老师或者其他实验室paper
发表了用NgAGO去做突变体研究某些基因的功能,或者把NgAGO应用到其他的model
organisms里,就能证明NgAGO的可重复性,而且应该不需要太久就能有paper出来。具
体可以参考CRISPR的井喷时代,13-14年多少CRISPR 相关的paper发表。当然后面也很
多。已经放弃NgAGO的朋友们,把愤怒也一起放弃吧。还在做NgAGO的朋友,强烈建议不
要把NgAGO作为major projiect。当然,这些都是我的个人看法。
5. 从国外的同行实名出来,甚至提供数据,说明NgAGO不work,到不久之前,国内十几
个实验室实名出来说NgAGO不work,我更加认为NgAGO应该不work。如果不是愤怒到了一
定程度,我相信大部分人还是不愿意出来实名质疑别的实验室的工作。NgAGO不是一个
改变生物学概念的工作,不像STAP,所以引起这些轰动也真的是比较奇怪。后来我才知
道,国内十几个实验室之所以出来实名是因为韩老师前一天接受采访时说如果重复不出
来的实验室实名,那他就提供能实名出来的实验室的名单,我相信实名出来的实验室PI
是真的愤怒了。但是后来韩老师的态度大家也都知道了,“对这个不做任何评价”。如
果NgAGO真的能被一些实验室重复出来、或者至少韩老师自己实验室能重复出来,完全
不涉及任何新的发现或者新的应用,为什么不能拿出来告诉大家呢?为什么20家没有一
家愿意出来告诉大家他们重复出来了呢?不需要他们告诉大家他们的新进展,只要告诉
大家能重复出来韩老师paper的结果就足够了。这不涉及任何的泄漏课题的危险。
6. 最让我坚定NgAGO无法被重复是最近沈啸老师和韩老师对NgAGO能不能重复的回答。
先说沈老师的回答。作为NgAGO的NBT paper的共同作者,他说:“和大多数科研人员一
样,我是用自己的实验系统来做,不是严格重复他的实验(韩春雨)。我更相信我自己
实验室做出的结果,现在我已经发现了比较有趣的现象,有些是论文里没有讲到的,我
会继续投入做下去。我希望通过后续发表论文以及出一个专利这样的方式公开它。” -
--沈老师自己实验室也在做,难道没有NgAGO 能work的数据?如果有,为什么不直接说
他们实验室能独立做出来?难道沈老师发现的“比较有趣的现象”是NgAGO不work?(
纯属调侃,请勿介意!)。另外,沈老师还说:“如果他能够把关键步骤和数据公布出
来,大家一起讨论,这当然是好事。我不知道他还有什么关键技术没有公开,可能他现
在正在做这件事。但我认为韩春雨是受过严格科学训练的,他应该对他的实验体系有所
掌握,不会不负责任地乱说。”---我看到这句话时真的再次被震惊(只有更震惊,没
有最震惊!剧透:后面还有更震惊!),作为共同作者的沈老师,作为也在做NgAGO的
合作者沈老师,居然不知道韩老师“还有什么关键技术没有公开”!
7. 更更震惊的是韩老师对知识分子的回答:韩老师自己重复了两次,没问题。真的是
太震惊的回答。如果韩老师是在研究2.0版,或者smart版,难道不需要每次带上1.0版
的作为对照吗?那这些不就是一次又一次的重复吗?居然只重复了两次!
还有很多其他方面的,包括韩老师在“名人面对面”接受采访时说的话,等等,我不想
再做阐述。发这个贴,一来希望我的做或者做过NgAGO的朋友们,以及我的朋友的朋友
们,如果已经放弃NgAGO,顺便一起放弃愤怒吧;如果还在做的,强烈建议不要把NgAGO
作为main projects。二来也是给这段时间关注NgAGO事件画上一个句号,这一页翻过去
了,不再主动关注。
最后需要申明:因为我的好朋友不能重复出NgAGO,所以我很早就带着强烈的主观看待
整个事件,如果我表述过于主观臆断了,请大家海涵。 |
z*******x 发帖数: 103 | 2 完全正确。
作为共同作者,完全不知道能不能重复。 天方夜谭。以为耍小聪明可以躲过这一关。
沈的Credit 也荡然无存。
这个事无论结局如何,让人民看透科学伦理,科学的地位在国内就是个玩笑。
大学都不在乎,基金委不在乎, 教育部不在乎。
---
难道沈老师发现的“比较有趣的现象”是NgAGO不work?(
纯属调侃,请勿介意!)。 |
F****8 发帖数: 289 | |
P****R 发帖数: 22479 | 4
。
【在 z*******x 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 完全正确。 : 作为共同作者,完全不知道能不能重复。 天方夜谭。以为耍小聪明可以躲过这一关。 : 沈的Credit 也荡然无存。 : 这个事无论结局如何,让人民看透科学伦理,科学的地位在国内就是个玩笑。 : 大学都不在乎,基金委不在乎, 教育部不在乎。 : --- : 难道沈老师发现的“比较有趣的现象”是NgAGO不work?( : 纯属调侃,请勿介意!)。
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d*******e 发帖数: 1649 | 5 其实没什么好愤怒的。韩春雨本来在学术上就没有reputation,属于无名之辈,最坏的
结果无非是继续在河北科大教书,不搞科研了,他的生活不会有大的变化。
其实事情发展到今天,最难过的应该是韩春雨本人。无论他有没有做出来过,现在很明
显他自己都无法重复。一方面业内所有的证据都对他不利,也没有大佬为他出头,另一
方面学校为了自己利益硬挺,但不知道能坚持多久。
这件事最后估计只有一个结果,就是不了了之。因为一旦韩承认造假或者欺骗而撤稿,
他将一无所有,而且被人当反面典型,这辈子无法立足。只有嘴硬不服软,那么至少在
学校教教书不成问题,最多声名狼藉。
paper
NBT
【在 l*****a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 本来是不想说什么的,整个事件发展到今天这个地步,大部分真正做生物懂生物都已经 : 不再怎么关注NgAgo,而且结论已经非常清晰:那就是迄今为止没有一个实名实验室可 : 以重复出NgAgo的实验结果。没有多少人会愿意再在上面浪费时间。事先声明,实在看 : 不下去mitbbsrobot 和wang9这两个人(或者是同一个人)在这里搅浑水。此帖欢迎任 : 何人阅读和讨论,唯独不欢迎mitbbsrobot 和wang9这两个ID,所以请不要阅读或者留 : 言,我不愿意和你们浪费时间。 : 我是因为我的两个好朋友做不出来NgAgo才关注这个事情,当时韩老师刚发出NBT paper : 时,我也跟着读了,也为韩老师的工作感到开心。大概在6月份,我在国内的一个朋友 : 告诉我重复不出来,我才在我的圈子和朋友们讨论这个事情,发现我的两个好朋友在试 : 图重复NgAgo(他们开始都是想发展这个technique,但是发现不work,才开始重复NBT
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w*p 发帖数: 16484 | 6 OP的确是认真的在讨论这个问题,不过你犯了很多试图揭穿韩春雨的人都犯的错误。你
这个错误最直接的反应就是你用了很多括号。为啥用这么多括号?你想把话说的更精确
严密,不想说没有根据的推测。
你这种严谨的态度应该是正规科学训练的结果,不过用这种态度对付韩春雨这种骗子赖
皮完全没有任何用处,对本版有几个给韩春雨摇旗呐喊的马甲也没有任何用处。
就像你开头说的,真正懂生物真正受过正规科学训练的人,早就知道这个是怎么回事了
,结论已经足够清晰。现在国内的管理部门不出来处理,韩春雨是不可能被揭穿了。不
揭穿的后果只能由国内的整个科研界来承担,这个后果可能会是非常苦涩的,影响会是
非常长远的。
paper
NBT
【在 l*****a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 本来是不想说什么的,整个事件发展到今天这个地步,大部分真正做生物懂生物都已经 : 不再怎么关注NgAgo,而且结论已经非常清晰:那就是迄今为止没有一个实名实验室可 : 以重复出NgAgo的实验结果。没有多少人会愿意再在上面浪费时间。事先声明,实在看 : 不下去mitbbsrobot 和wang9这两个人(或者是同一个人)在这里搅浑水。此帖欢迎任 : 何人阅读和讨论,唯独不欢迎mitbbsrobot 和wang9这两个ID,所以请不要阅读或者留 : 言,我不愿意和你们浪费时间。 : 我是因为我的两个好朋友做不出来NgAgo才关注这个事情,当时韩老师刚发出NBT paper : 时,我也跟着读了,也为韩老师的工作感到开心。大概在6月份,我在国内的一个朋友 : 告诉我重复不出来,我才在我的圈子和朋友们讨论这个事情,发现我的两个好朋友在试 : 图重复NgAgo(他们开始都是想发展这个technique,但是发现不work,才开始重复NBT
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w*p 发帖数: 16484 | 7 这个事情发展到现在,韩春雨的损失一点都不大。对他来说,学术reputation算个p,
否则他还会这么耍赖吗?名利双收他已经很满足了。
这个事情最大的受害者是整个中国科研界。如此造假如此耍赖居然能名利双收,领导还
帮忙捂盖子,这个给其他人送出的是什么信号?认真做科研还有希望吗?
【在 d*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 其实没什么好愤怒的。韩春雨本来在学术上就没有reputation,属于无名之辈,最坏的 : 结果无非是继续在河北科大教书,不搞科研了,他的生活不会有大的变化。 : 其实事情发展到今天,最难过的应该是韩春雨本人。无论他有没有做出来过,现在很明 : 显他自己都无法重复。一方面业内所有的证据都对他不利,也没有大佬为他出头,另一 : 方面学校为了自己利益硬挺,但不知道能坚持多久。 : 这件事最后估计只有一个结果,就是不了了之。因为一旦韩承认造假或者欺骗而撤稿, : 他将一无所有,而且被人当反面典型,这辈子无法立足。只有嘴硬不服软,那么至少在 : 学校教教书不成问题,最多声名狼藉。 : : paper
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m****t 发帖数: 24 | 8 最后一点,太对了
7. 更更震惊的是韩老师对知识分子的回答:韩老师自己重复了两次,没问题。真的是
太震惊的回答。如果韩老师是在研究2.0版,或者smart版,难道不需要每次带上1.0版
的作为对照吗?那这些不就是一次又一次的重复吗?居然只重复了两次! |
C***t 发帖数: 915 | 9 不厚道的说一句:换成我,就说重复不出来。反正就是阴差阳错成了那么一次,我没作
假。而且我今后还可以花十年百年去研究当年为啥那次做出来了。
既然能重复出来,那人家就可以理直气壮要求把摄像机摆到这里,请你重复一下来看。
不是真的,就是实打实的说谎了。
【在 m****t 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 最后一点,太对了 : 7. 更更震惊的是韩老师对知识分子的回答:韩老师自己重复了两次,没问题。真的是 : 太震惊的回答。如果韩老师是在研究2.0版,或者smart版,难道不需要每次带上1.0版 : 的作为对照吗?那这些不就是一次又一次的重复吗?居然只重复了两次!
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w*p 发帖数: 16484 | 10 用“阴差阳错”来解释他发表的结果是不可能被人接受的。生物研究里面“阴差阳错”
做出来的artifact太多了,所以现在的生物研究实验都需要足够的对照足够的重复才会
被正式认可。韩春雨的结果能被NBT接收,是“成功”重复了很多次的。不仅是重复某
一个特定的实验,还重复了很多其他基因位点。这么多实验都是“阴差阳错”,那是不
可能的。
韩春雨如果理直气壮的说,我自己也重复不来,但是我没造假,那NBT肯定是不会说他
造假的,但是也肯定会撤销他的论文。
【在 C***t 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 不厚道的说一句:换成我,就说重复不出来。反正就是阴差阳错成了那么一次,我没作 : 假。而且我今后还可以花十年百年去研究当年为啥那次做出来了。 : 既然能重复出来,那人家就可以理直气壮要求把摄像机摆到这里,请你重复一下来看。 : 不是真的,就是实打实的说谎了。
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c********n 发帖数: 225 | 11 关于韩春雨NBT论文重复性的问题
【记录历史】需要记录一下:
1 沈啸老师没有原始数据,也无法重复验证NgAgo基因编辑实验
- 沈老师对于NBT论文中的数据和结论就没有发言权了
- 这样情况下,还是否应当在文章作者list上?
- 这样情况下,还是否应当在专利拥有者list上?
2. NBT文章的fig 4, fig 5 是没有人能重复出来的
- 这两个图支持 NgAgo in vivo gene editing acitivity
- 按作者贡献,是韩春雨做的实验
- 原始数据应当韩春雨拥有
3. 有没有人能够重复出来 NgAgo 的in vitro DNA nick、DSB activity?
- NBT文章的fig 1, fig 3a,b,supplementary fig 1, supplementary fig 2
- 按 文章贡献,应当是高峰做的实验
- 原始数据高峰应当拥有
- 高峰有没有自己重复过这些实验呢?
4. 有没有人能够重复出来 NgAgo 的in vivo cleavage activity?
- NBT文章的fig 3c,3d
- 按 文章贡献,应当是 F.J. and Y.W.做的实验
- 原始数据F.J. and Y.W.应当拥有
- 这个实验用western 测GFP表达量,但是没有sequence level 的数据,
如果没有Fig 3a和3b的支持,单独拿出来无法支持 in vivo DNA cleavage activity
5. 有没有人能够重复出来 NgAgo 在mammalian cell 里结合 5’p ssDNA?
- NBT文章的fig 2
- 按文章贡献,是谁做的实验?
- 原始数据谁有呢?
- 注:Fig 2d 是 “One Guide Faithful”原理, 按作者贡献,应当是韩春雨和沈啸
6. 有没有人能够复出来 NgAgo nuclear localization?
- NBT文章 supplementary fig 4
- 按文章贡献,是谁做的实验?
- 原始数据谁有呢?
注:DSB 和 nuclear localization 是 NgAgo 可以作为gene editor的必要条件
- 这两个必要条件,有没有人能够重复出来呢?
参考:
韩春雨NBT文章 合作者的contributions
1. C.H. conceived the study and designed the experiments.
文章 “Story” “Idea” 的设计与发起人
2. X.Z.S. provided intellectual advice on the project and
experimental
design.
实验设计, “One guide-faithful” -Figure 2d?
3. C.H. performed mammalian genome editing.
(Figure 4,5)
文章里让科研界最感兴趣的结果,也是无法被重复验证的主要问题
4. F.G. performed the BLAST search and the in vitro cleavage
experiments.
(Figure 1, Figure 2?,Figure 3a,supplementary figure 2)
大肠杆菌E coli 表达的蛋白
NgAgo 基因编辑功能的初步 in vitro 数据支持
注:文章中缺乏蛋白表达纯化的数据
注:按韩春雨NBT文章一样的条件设置,中国研究人员无法重复Figure 3
5. F.G., F.J. and Y.W. designed and constructed the clones
under the
supervision of C.H.
在韩春雨指导下,学生们设计并做的constructs
注:文章中所有的constructs 看来都是学生们在韩春雨指导下做出来的
6. F.J. and Y.W. performed the in vivo cleavage experiments.
(Figure 3b,3c, 3d)
哺乳细胞表达的蛋白
NgAgo 基因编辑功能的初步 in vitro 及 in vivo 数据支持
注:文章中缺乏蛋白表达纯化的数据
注:文章中缺乏蛋白细胞内定位的数据以及实验详细步骤
注:按韩春雨NBT文章一样的条件设置,中国研究人员无法重复Figure 3
7. X.Z.S. and C.H. wrote the manuscript.
“Story”的编写者们 |