请教Chip-seq的问题 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 请教Chip-seq的问题

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话题: chip话题: dna话题: seq话题: genome话题: h3k4me3

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e*********6 发帖数: 3453	1 Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3，就是找一种和modify过的 H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA 片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度？我的理解对吗？
e*********6 发帖数: 3453	2 真心求教 DNA 【在 e*********6 的大作中提到】 : Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这 : 样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以 : 知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？ : 通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3，就是找一种和modify过的 : H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什 : 么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA : 片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度 : ？我的理解对吗？
f*******e 发帖数: 354	3 先找几个chipseq的video看看
e*********6 发帖数: 3453	4 我只是想知道大概得原理，实验技术都太细节。【在 f*******e 的大作中提到】 : 先找几个chipseq的video看看
e*********6 发帖数: 3453	5 Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3，就是找一种和modify过的 H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA 片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度？我的理解对吗？
e*********6 发帖数: 3453	6 真心求教 DNA 【在 e*********6 的大作中提到】 : Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这 : 样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以 : 知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？ : 通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3，就是找一种和modify过的 : H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什 : 么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA : 片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度 : ？我的理解对吗？
f*******e 发帖数: 354	7 先找几个chipseq的video看看
e*********6 发帖数: 3453	8 我只是想知道大概得原理，实验技术都太细节。【在 f*******e 的大作中提到】 : 先找几个chipseq的video看看
B*****U 发帖数: 38	9 总体没错，但也要考虑IP efficiency 具体到每个region还要考虑mappability，blacklist,fragment size等等 western观察到genome-wide变化的话还应该加spike-in DNA 【在 e*********6 的大作中提到】 : Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这 : 样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以 : 知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？ : 通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3，就是找一种和modify过的 : H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什 : 么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA : 片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度 : ？我的理解对吗？

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