再问个chip-seq的问题 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 再问个chip-seq的问题

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L**o 发帖数: 15	1 大家遇到过这种情况吗？我先比较了wt和一个transcriptional factor ko的microarray data，找到了一些变化显著的基因，后来根据体内的表型和一些体外实验找到了2-3个潜在的靶基因。同时也做了针对该TF的chip-seq，结果很奇怪，显示的是在这几个靶基因的tss前后都没有富集，但是很巧的是在他们各自同一家族的另一个基因loci有明显富集。比如我在 microarray上找到并验证了ko该TF后xxx-1显著上调，同家族的xxx-2无变化，但 chipseq显示该TF在xxx-2的TSS前后有明显富集，而在xxx-1则没有富集。这要怎么解释啊？？请赐教，先谢过了。
g****u 发帖数: 87	2 离得近吗？
f*******e 发帖数: 354	3 tss没有，gene前中后有没有呢，可能是enhancer调控

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