r******f
发帖数: 987 | 1 我们现在测很多序列，但是都是准备好样品，送出去测，然后公司直接给报告，我们就
看报告。但是很想接触点测序结果的数据分析。路过的大侠给指点下做这个数据分析要
学什么软件呢？
听说要python，这个可以做测序结果的数据分析吗？但是貌似python并不是一种软件，
更像是一种语言，难道要自己编程？比较晕，求指点，多谢了。 |
M*P
发帖数: 6456 | 2 接触有什么用？公司已经做好了。
【在 r******f 的大作中提到】
: 我们现在测很多序列，但是都是准备好样品，送出去测，然后公司直接给报告，我们就
: 看报告。但是很想接触点测序结果的数据分析。路过的大侠给指点下做这个数据分析要
: 学什么软件呢？
: 听说要python，这个可以做测序结果的数据分析吗？但是貌似python并不是一种软件，
: 更像是一种语言，难道要自己编程？比较晕，求指点，多谢了。
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x***u
发帖数: 297 | 3 如果是想省钱的话就不用想了。基本上是培养出来一个，走一个。如果是想提升对数据
分析结果的理解，可以从broad institute 的 "best practice" 看起。
【在 r******f 的大作中提到】
: 我们现在测很多序列，但是都是准备好样品，送出去测，然后公司直接给报告，我们就
: 看报告。但是很想接触点测序结果的数据分析。路过的大侠给指点下做这个数据分析要
: 学什么软件呢？
: 听说要python，这个可以做测序结果的数据分析吗？但是貌似python并不是一种软件，
: 更像是一种语言，难道要自己编程？比较晕，求指点，多谢了。
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f*****n
发帖数: 499 | 4 做一回雷锋
如果你想从raw fastq data到结果，大概两个步骤：
1. raw fastq--bwa--mutation/gene expression
主要是read mapping，把GB level的原始数据BWA mapping得到bam file，然后如果你
的目标是找variants那就用GATK这样的主流软件
1a. 对于你来说，这个步骤里你主要需要学会linux environment，bash，学会用HPCC
来submit job，学会tune BWA/GATK的参数，是很容易的。
1b. 同时你要学会面对big data，都是比如300 million行的数据，处理一个全基因组
需要1TB空间，这个是很可怕的。大数据的storage，transfer都要注意。
1c. 什么BWA/GATK这种复杂算法高级原理C/JAVA的你不需要care
你可以理解这一步就是从海量海量的数据里初步filter出你要的东西，但是粗糙的东西
，不是完整产品
2. gene expression---统计分析/美丽的图图
这个主要是RNA-seq，你tophat之类的得到一堆基因的expression pattern，这时候你
需要画heatmap吧？correlation map吧？就是看看哪些基因表达降低了之类的
2a. 这时候就到了你所说的python了，这里对编程的要求就比前面高了，你需要学基础
的python或者R来画图
2b. 但这时候你面对的数据量（也就是提取出来的feature）要小很多，比如就
5000X5000行这种，不像前面的三亿行
2c. 因为要自己coding，所以python的基础什么syntax，pandas还是要稍微理解一点
其实都不难，只要用心
但需要不少积累，给你一下子灌输这么多脑子会大，如果过去没有计算机数学基础
不过当你喜欢做这个之后，鬼才做实验呢，都转data analyst了
【在 r******f 的大作中提到】
: 我们现在测很多序列，但是都是准备好样品，送出去测，然后公司直接给报告，我们就
: 看报告。但是很想接触点测序结果的数据分析。路过的大侠给指点下做这个数据分析要
: 学什么软件呢？
: 听说要python，这个可以做测序结果的数据分析吗？但是貌似python并不是一种软件，
: 更像是一种语言，难道要自己编程？比较晕，求指点，多谢了。
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f*****n
发帖数: 499 | 5 基本上是培养出来一个，走一个
您是说培养出一个做计算的，就都跳槽转行去做data的了？
lol
【在 x***u 的大作中提到】
: 如果是想省钱的话就不用想了。基本上是培养出来一个，走一个。如果是想提升对数据
: 分析结果的理解，可以从broad institute 的 "best practice" 看起。
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s******s
发帖数: 13035 | 6 如果是RNA的话，现在有很多很方便的软件可以用。
可以拿这些上手啊，有些连mapping步骤都不用了。
不过一般linux得比较熟练，会点bash／perl／python。
再傻瓜的也可以用用galaxy嘛
【在 r******f 的大作中提到】
: 我们现在测很多序列，但是都是准备好样品，送出去测，然后公司直接给报告，我们就
: 看报告。但是很想接触点测序结果的数据分析。路过的大侠给指点下做这个数据分析要
: 学什么软件呢？
: 听说要python，这个可以做测序结果的数据分析吗？但是貌似python并不是一种软件，
: 更像是一种语言，难道要自己编程？比较晕，求指点，多谢了。
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r******f
发帖数: 987 | 7 太感激了，真不愧是大侠啊，多谢指点，我慢慢学起来。
HPCC
【在 f*****n 的大作中提到】
: 做一回雷锋
: 如果你想从raw fastq data到结果，大概两个步骤：
: 1. raw fastq--bwa--mutation/gene expression
: 主要是read mapping，把GB level的原始数据BWA mapping得到bam file，然后如果你
: 的目标是找variants那就用GATK这样的主流软件
: 1a. 对于你来说，这个步骤里你主要需要学会linux environment，bash，学会用HPCC
: 来submit job，学会tune BWA/GATK的参数，是很容易的。
: 1b. 同时你要学会面对big data，都是比如300 million行的数据，处理一个全基因组
: 需要1TB空间，这个是很可怕的。大数据的storage，transfer都要注意。
: 1c. 什么BWA/GATK这种复杂算法高级原理C/JAVA的你不需要care
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r******f
发帖数: 987 | 8 我去看看best practice，也多谢指点啊。
【在 x***u 的大作中提到】
: 如果是想省钱的话就不用想了。基本上是培养出来一个，走一个。如果是想提升对数据
: 分析结果的理解，可以从broad institute 的 "best practice" 看起。
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a******r
发帖数: 786 | |
r******f
发帖数: 987 | 10 谢谢啦，我加紧学！
【在 a******r 的大作中提到】
: 用galaxy 吧，
: 上手比较块
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s******s
发帖数: 13035 | 11 全不懂的，还是从有UI的东西学起吧。比如Galaxy, DNA Nexus, 7-bridges,
Firecloud,
后面三个记得以前都有free credit，先跑几个练练手。
【在 r******f 的大作中提到】
: 我们现在测很多序列，但是都是准备好样品，送出去测，然后公司直接给报告，我们就
: 看报告。但是很想接触点测序结果的数据分析。路过的大侠给指点下做这个数据分析要
: 学什么软件呢？
: 听说要python，这个可以做测序结果的数据分析吗？但是貌似python并不是一种软件，
: 更像是一种语言，难道要自己编程？比较晕，求指点，多谢了。
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E*******e
发帖数: 4 | 12 既然都找公司了，分析的工作交给公司好了。作为客户，我觉得有两点，一是理解数据
格式，比如BAM、BED；二是学会用IGV，可以用来读取并可视化BAM、BED、TDF、
Bedgraph等多种数据，也可以加载一些公共数据（如ENCODE），这样你就可以结合公司
的报告对这些报告产生的数据基础有个直观的认识。
【在 r******f 的大作中提到】
: 我们现在测很多序列，但是都是准备好样品，送出去测，然后公司直接给报告，我们就
: 看报告。但是很想接触点测序结果的数据分析。路过的大侠给指点下做这个数据分析要
: 学什么软件呢？
: 听说要python，这个可以做测序结果的数据分析吗？但是貌似python并不是一种软件，
: 更像是一种语言，难道要自己编程？比较晕，求指点，多谢了。
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s*********y
发帖数: 1189 | |
I******i
发帖数: 203 | 14 从哪里可以下载一个sample raw data？ 我想学习一下这些软件 |
w******a
发帖数: 1527 | 15 感谢活雷锋。
HPCC
【在 f*****n 的大作中提到】
: 做一回雷锋
: 如果你想从raw fastq data到结果，大概两个步骤：
: 1. raw fastq--bwa--mutation/gene expression
: 主要是read mapping，把GB level的原始数据BWA mapping得到bam file，然后如果你
: 的目标是找variants那就用GATK这样的主流软件
: 1a. 对于你来说，这个步骤里你主要需要学会linux environment，bash，学会用HPCC
: 来submit job，学会tune BWA/GATK的参数，是很容易的。
: 1b. 同时你要学会面对big data，都是比如300 million行的数据，处理一个全基因组
: 需要1TB空间，这个是很可怕的。大数据的storage，transfer都要注意。
: 1c. 什么BWA/GATK这种复杂算法高级原理C/JAVA的你不需要care
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