h******y
发帖数: 173 | 1 蛋白是已知的，并且发现了它有与DNA互作的迹象，怀疑它是个反式作用因子。
目标DNA是个150KB的病毒基因组，已经做成BAC了。
如何把找到与蛋白互作的确定DNA序列？谢谢。 |
m*********D
发帖数: 1727 | 2 ChIP-seq，如果你有针对你蛋白的抗体的话。 |
Z******5
发帖数: 435 | 3 1. 序列分析预测有没有DBD和TAD domain；也可以预测一下有没有已知转录因子的
domain
2. ChIP-seq后做motif富集分析，看看可能是哪些motif
3. 预测出来后，合成短序列做supershift验证 |
h******y
发帖数: 173 | 4 谢谢楼上两位朋友的回答，看来还是躲不过ChIP,但问题是目标DNA是病毒的染色体，没
有核小体结构啊。 |
c***y
发帖数: 615 | 5 一个蛋白的话，pull-down 就可以吧
【在 h******y 的大作中提到】
: 蛋白是已知的，并且发现了它有与DNA互作的迹象，怀疑它是个反式作用因子。
: 目标DNA是个150KB的病毒基因组，已经做成BAC了。
: 如何把找到与蛋白互作的确定DNA序列？谢谢。
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