s*********8
发帖数: 39 | 1 我的Phd 部分工作是关于一种植物蛋白， 这种蛋白在高等种子植物里存在很多，一个
偶然机会我发现这种蛋白的酶活力在低等的海藻也存在，但是当时没足够的条件分离纯
化出来。
最近看到这个海藻的基因组序列有了， 我想是不是可以通过生物信息学的比较把这个
蛋白在海藻的同源蛋白找出来。 现在问题是这种蛋白的一级序列的在高等植物中保守
性不高，有几个酶活中心氨基酸是高等保守的， 结构上保守性， 有功能区域。
我试了一下blast, PSI blast 没找到有像样的结果。 怎么搜索这么亲缘关系远的同源
蛋白用什么策略好？
NCBI 蛋白序列库只有这个海藻的5000个蛋白， 但测序发表的文章说基因组包含2万左
右的蛋白。怎么样才能把所有的可能编码蛋白比较一遍？
这是很多年前的工作， 纯粹好奇，希望能找到了解我的一个心愿。
谢谢指导！ |
t*******e
发帖数: 119 | 2 可以鉴定一下你关注的基因的结构域，然后在海藻基因组里查查看有没有相同结构域的
基因。 |
s*********8
发帖数: 39 | 3 麻烦能具体一点吗？ 比如用什么方法什么工具软件， 谢谢。
【在 t*******e 的大作中提到】
: 可以鉴定一下你关注的基因的结构域，然后在海藻基因组里查查看有没有相同结构域的
: 基因。
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N*****n
发帖数: 1 | 4 先用其他植物的比较，先找到最保守的区域，如果有结构当然最好了。
再用最保守的区域来找藻类里的蛋白。 |
z********i
发帖数: 610 | 5 http://prodata.swmed.edu/Lab/HomeLAB.htm
看看他们实验室的网页，他们非常擅长找这种蛋白。
【在 s*********8 的大作中提到】
: 我的Phd 部分工作是关于一种植物蛋白， 这种蛋白在高等种子植物里存在很多，一个
: 偶然机会我发现这种蛋白的酶活力在低等的海藻也存在，但是当时没足够的条件分离纯
: 化出来。
: 最近看到这个海藻的基因组序列有了， 我想是不是可以通过生物信息学的比较把这个
: 蛋白在海藻的同源蛋白找出来。 现在问题是这种蛋白的一级序列的在高等植物中保守
: 性不高，有几个酶活中心氨基酸是高等保守的， 结构上保守性， 有功能区域。
: 我试了一下blast, PSI blast 没找到有像样的结果。 怎么搜索这么亲缘关系远的同源
: 蛋白用什么策略好？
: NCBI 蛋白序列库只有这个海藻的5000个蛋白， 但测序发表的文章说基因组包含2万左
: 右的蛋白。怎么样才能把所有的可能编码蛋白比较一遍？
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t*******e
发帖数: 119 | 6 http://hmmer.org/
https://pfam.xfam.org/
【在 s*********8 的大作中提到】
: 麻烦能具体一点吗？ 比如用什么方法什么工具软件， 谢谢。
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