生物统计问题求教 - Statistics版 - 未名存档

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Statistics版 - 生物统计问题求教

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g**********y 发帖数: 423	1 我得到这个数据 CellTypeI CellTypeII CellTypeIII Hypermethylated 5400 1600 500 Hypomethylated 450 1500 150 用Fisher exact test or chisq test只能说明 methyaltion和CellType是相关的。但是不能表明CellType中的哪种enriched with hyper or hypo-methylation。显然，CellTypeI中Hypermethylated的数目比较多，要用什么test来说明 CellTypeI is significantly enriched with Hypermethylation。另外 Is CellTypeII enriched with Hypomethylation? Thanks!!!
P****D 发帖数: 11146	2 Don't quite understand your question. Perhaps you want to calculate Odds Ratio?
s*****9 发帖数: 108	3 顶楼上，lz想比较不同的cell type之间的差异吧，用odds-ratio呗。
g**********y 发帖数: 423	4 odds-ratio具体怎么操作？谢谢拉。
g**********y 发帖数: 423	5 个人感觉odds-ratio不行，因为odds-ratio要求binary value (p1+p2=1) 实际上这个表还有一行 CellTypeI CellTypeII CellTypeIII Hypermethylated 5400 1600 500 Hypomethylated 450 1500 150 non-diff to ref 14150 16900 19350 就是说column sum == 20000
g**********y 发帖数: 423	6 有没有什么enrichment test?
g**********y 发帖数: 423	7 或者permutation test or hypergeometric test on each row?
j******4 发帖数: 6090	8 整理成这样再做exact test？ CellTypeI other type
y****2 发帖数: 65	9 armitage trend test? http://www.statgen.org/main/images/www_statgen_org/downloads/Da score test (logistic regression, odd ratio)可以用么？

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