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全部话题 - 话题: cas9
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Q**********r
发帖数: 214
1
来自主题: Biology版 - CAS9能切的DNA片断最短多长?
举个极端的例子,一个23bp的DNA双链(20bp guide sequence+PAM),加上gRNA,CAS9能
切断吗?
DNA需要至少多长才能切?有人研究过吗?
x****6
发帖数: 4339
2
这些人是研究crispr/cas9的机制的,属于science;张峰是做工程修改为了应用的,是
engineering
science>>engineering
s*********y
发帖数: 292
3
来自主题: Biology版 - CRISPR-Cas9能切非分裂细胞了
Cas9一直能切非分裂的细胞,这文章只是说可以通过NHEJ在不分裂的细胞内做knock in

发帖数: 1
4
Sci Rep. 2016 Dec 2;6:38198. doi: 10.1038/srep38198.
Improved bi-allelic modification of a transcriptionally silent locus in
patient-derived iPSC by Cas9 nickase.
Eggenschwiler R1,2, Moslem M1,2, Fráguas MS1,2, Galla M3, Papp O1,2,
Naujock M4, Fonfara I5,6, Gensch I1,2, Wähner A1,2, Beh-Pajooh A1,2,
Mussolino C7,8,9, Tauscher M10, Steinemann D11, Wegner F4, Petri S4,
Schambach A3, Charpentier E5,6, Cathomen T7,8,9, Cantz T1,2,11.
In order to help enforcing bi-allelic targeting with the new ... 阅读全帖

发帖数: 1
5
以前的方法都是很繁琐的,需要大量的花费时间和经历去筛选那种没有random
integration并且两个拷贝同时被准确突变的细胞。该篇文章首次使用两个donor带有不
同的荧光,来鉴定双拷贝同时被突变的细胞。
Sci Rep. 2016 Dec 2;6:38198. doi: 10.1038/srep38198.
Improved bi-allelic modification of a transcriptionally silent locus in
patient-derived iPSC by Cas9 nickase.
http://www.nature.com/articles/srep38198

发帖数: 1
6
你被scoop了…
还是这就是你的文章?
[在 crispr2016 () 的大作中提到:]
:以前的方法都是很繁琐的,需要大量的花费时间和经历
:Sci Rep. 2016 Dec 2;6:38198. doi: 10.1038/srep38198.
:Improved bi-allelic modification of a transcriptionally silent locus in
:patient-derived iPSC by Cas9 nickase.
:http://www.nature.com/articles/srep38198
s*******1
发帖数: 188
7
看到一些文章用RT-PCR来验证CRISPR/CAS9敲除基因效率,而有的文章则展示测序结果
来证明。
请问对于这两种方法哪种更好?
CRISPRi是RT-PCR,CRISPR KO则用测序?

发帖数: 1
8
我倒不那么认为,我不觉得作者会那么low。问题是人家就那么随随便便一测就能发现
如此多的随机突变,这个从概率上来说,已经可以说明问题了。不要因为不喜欢别人的
结果而坚持要推翻别人的结论。
在supplementary的数据中写道:FVB/NJ mice, which are inbred and homozygous
for the retinal degeneration 1 (rd1) allele of Pde6b, were purchased from
The Jackson Laboratory, (Bar Harbor, ME). Co-housed FVB/NJ mice without
CRISPR-mediated correction were used as the functional-deficient control.
Briefly, an sgRNA- expressing plasmid had been coinjected, into FVB/NJ
zygotes, with the single-stranded oligodeoxynucle... 阅读全帖
w*******y
发帖数: 60932
9
GeIL Value PLUS 4GB (2 x 2GB) 240-Pin DDR3 1600 Link:
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48.99 at newegg. cas9 free shipping. not a great review so far, but only has
been one.
For someone who needs ram and doesn't want the rebate hassle.

发帖数: 1
10
来自主题: Biology版 - CRISPR英雄谱
#注明译者,请随便转载:)
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德(Eric Lander)
小鹿/译
三年之前,科学家们宣布,CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此,这项技术手段已然震撼了科学界,数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而,从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始,到确认这种
现象为适应性免疫系统,进而对它的生物功能特性的了解,直至开发为一项基因工程的
技术,这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白,它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事,并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
,科学家宣布,CRISPR系统,即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统,可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域,如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型;... 阅读全帖
l*******1
发帖数: 16217
11
看你们这二道贩子文章 不如看底下英文UC伯克利是怎么耍臭不要脸的
专利局都说了张峰的专利在真核生物中有效 是一个separate case
UC 伯克利还在那意淫要所有细胞类型中的专利 你让美国专利局自己抽自己的脸吗
Appeals board clears way for UC Berkeley to receive patent on CRISPR-Cas9
gene editing
By Robert Sanders, Media relations | FEBRUARY 15, 2017
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d********f
发帖数: 43471
12
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mahmet (里约大冒险), 信区: Biology
标 题: 知识分子独家专访:面对质疑的韩春雨
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 17 21:05:25 2016, 美东)
独家专访:面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影:陈晓雪
内文提要:
独家专访:面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按:
5月初,《知识分子》以国际科学媒体的标准,第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论,并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后,国内媒体和单位纷纷跟进,因为没有新的工作进展,《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果,《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态,但不依据私下匿名来源为主作报道,直到13位中国科学家公开
实名发言后,《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之... 阅读全帖

发帖数: 1
13
独家专访:面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影:陈晓雪
内文提要:
独家专访:面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按:
5月初,《知识分子》以国际科学媒体的标准,第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论,并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后,国内媒体和单位纷纷跟进,因为没有新的工作进展,《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果,《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态,但不依据私下匿名来源为主作报道,直到13位中国科学家公开
实名发言后,《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之久,至今虽有多方表态,但仍然没有迹象显示很
快会得到解决。如何在学术规范下寻找解决之道,是摆在中国科学界面前的重要挑战。
10月10日晚,12位科学家实名呼吁调查(后增加一名科学家),《知识分子》
当晚连线韩春雨,并于第二日中午赶赴河北科... 阅读全帖
l*****7
发帖数: 8463
14
主导,控制和利益的对决:
韩春雨的阿狗,
不管结局如何,
都已牵涉到了各方,各路大小神仙们的利益,
决不是什么小事
References:
1
CRISPR/Cas9 - Academics fight over patent rights to an important technology
Stephanie Wroe
Two groups of academic researchers are battling in various jurisdictions
around the world to secure patent rights to a revolutionary gene-editing
technology. For the reasons discussed below, it is possible that there could
be a different winner in different jurisdictions. One group is lead by
Professor Doudna (University of California)... 阅读全帖
D**s
发帖数: 6361
15
来源:科学网丁广进博客、BioArt微信公众号
引言:《韩非子·喻老》一文中曾有言曰:“楚庄王莅政三年,无令发,无政为也。右
司马御座而与王隐曰:“有鸟止南方之阜,三年不翅,不飞不鸣,嘿然无声,此为何名
?”王曰:“三年不翅,将以长羽翼;不飞不鸣,将以观民则。虽无飞,飞必冲天;虽
无鸣,鸣必惊人。”
5月2日,Nature系列顶级刊物Nature Biotechnology在线发表了来自河北科技大学生物
科学与工程学院青年教师韩春雨副教授题为“DNA-guided genome editing using the
Natronobacterium gregoryi Argonaute”的重大原创性成果。文章甫一发表,瞬间刷
爆微信朋友圈,这里面有两层原因,其一,该项新的基因编辑手段对目前热火朝天的
CAS9技术提出了挑战;其二,领导该项研究的青年老师所在的单位和个人基本上籍籍无
名(抱歉,请允许我用了这个词)。
“不鸣则已,一鸣惊人”韩春雨老师在Nature?Biotech上发表诺奖级原创成果
Nature Biotechnology文章截图
小编先引用河北科技大学生物科学与工程学院官... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
16
【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
项目 结题
date: 2017年8月2日
updated: 2017年8月4日
Note2017080401: added a few notable reviews/summaries
---------------------------------------
- NBT retraction note:
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction2
原文引用
“Retracted online 02 August 2017
We are retracting our study because of the continued inability of the
research community to replicate the key results in Figure 4, using the
protocols provided in our paper. In this figure we report that the
Natro... 阅读全帖
s******y
发帖数: 28562
17
不可能只发给Cas9而跳过NgAgo的,因为这两者的工作方式和方便程度都不一样。特别
是要考虑到这个奖如果真的发的话肯定就是一个技术奖,评价一个技术是否值得发奖的
关键就是这个技术是否促进了一个领域的巨大发展,所以只要NgAgo以后广泛被应用,
它在概念上到底算不算是Cas9的延伸不会成为一个障碍。而且,NgAgo其实和切RNA的那
些蛋白才是同一个家族的,和Cas9反而没有什么亲缘关系吧。尤其是如果以后大家都不
用Cas9而只用NgAgo的话,就没有任何理由只发Cas9而不发NgAgo。
至于你说的gDNA不大适合病毒载体装载所以应用范围上比不过CRISPR/Cas9,这个其实
我不赞同。其实你可能是想着要在病人身上用所以老是想着要用病毒做载体。但是假如
你简单的把这个作为一个细胞上的实验工具而不是治病的工具的话,其实用gDNA更简单
更直接。另外一点,因为用病毒做载体的一个问题就是用完之后如何灭活是很麻烦的一
件事情。如果细胞里源源不断的产生那些gRNA 和 Cas9, 总是一个隐患。所以前几天不
是有人说Church在搞一个用完就自动灭活的Cas9么?估计就是为了解决这个问题用的... 阅读全帖
l*****7
发帖数: 8463
18
http://www.nature.com/news/the-unsung-heroes-of-crispr-1.20272?WT.mc_id=TWT_NatureNews
The unsung heroes of CRISPR
The soaring popularity of gene editing has made celebrities of the principal
investigators who pioneered the field — but their graduate students and
postdocs are often overlooked.
Heidi Ledford20 July 2016
When Blake Wiedenheft started studying microbes, his work was both remote
and obscure.
He spent his PhD sampling hot springs in Yellowstone National Park, then
created artificial ... 阅读全帖

发帖数: 1
19
作者:汤波
来源:中国科学报
2017年8月2日,《自然-生物技术》发布声明称,撤回韩春雨团队于2016年5
月2日发表在该期刊的论文,该论文撤回是韩春雨团队主动申请的,这一轰动一
时,争议长久的事件终于可以平息了,但是科学家们探寻新的基因编辑技术的脚
步不会停息。
基因编辑技术不断创新
今天,基因编辑技术看起来“无所不能”,其实它也是一步步不断发展完善
起来的。
上世纪九十年代,一种名为锌指核酸酶(ZFN)技术诞生,锌指核酸酶包括
锌指蛋白和核酸内切酶两个组成部分,前者负责识别基因组DNA中特异序列,后
者则负责将DNA切断,利用细胞自身DNA损伤修复功能,实现对目的基因的修饰。
由于ZFN技术能像Word软件编辑文字一样对目的基因进行修改,较之前的同
源重组技术大幅提高了基因敲除的效率,从而被称为第一代基因编辑技术,其在
随后十多年里独领风骚。
不过ZFN技术并不能对基因组中任何位点进行修改,脱靶效应较高,也就是
存在较多的非特异编辑,而且构建成本高且费时费力,到2009年,科学家们又开
发出另一种与其类似的基因编辑技术体系,即类转录激活样效应因子核酸酶
(TALEN)技术,是第二... 阅读全帖
i***s
发帖数: 39120
20
韩春雨实验室所在的四层老楼新安装上智能门。
韩春雨论文中的关键实验环节。
韩春雨瘦了,一位接近他的人说,最近韩春雨经常做实验到凌晨两三点钟。
他的实验室在河北科技大学一座四层老楼里,红色的外墙伏满了爬墙虎,韩春雨在这一待就是10年。今年5月2日,一篇关于新基因编辑技术NgAgo的论文在国际顶级期刊《自然·生物技术》(Nature Biotechnology)在线发表(后在该刊第34册7月号纸质版发表),作者是河北科技大学副教授韩春雨领衔的课题组。发表后,不仅他个人,连他所在的实验室,都获得了前所未有的关注。为了安全,学校不得不给实验楼安装上刷卡入内的智能门,还布了摄像头。
韩春雨有两间研究室在三楼走廊的尽头。在接待过一波又一波记者,甚至有长江学者来访的房间里,一张白色纸片嵌在插座缝里,上面写着“Arrival of the Argonautes 1.0T and 2.0 Smart! (Ago1.0T和2.0Smart版本的到来!)”,后缀为两个笑脸。实验室在等NgAgo优化版2.0尽快问世。
但NgAgo1.0仍然摇摇欲坠。由于多个实验室无法重复实验,被认为可以超越时兴的CRISPR... 阅读全帖
C****n
发帖数: 79
21
看到很多大虾在谈论CRISPR,屡试不爽。这里就贴个negative 的case,请教各位专家有
没有什么好的建议。
background:
想在一个fungus里用CRISPR系统,非model system。
在该fungus中还没发现homologous recombination,so till now gene-knock-out is
not accessible.
current status:
1) Cas9 gets expressed by using GFP fused Cas9。
2)NLS works,在hyphae 中观察到 nuclear localization of GFP fused Cas9 and
NLS。 没有做western blot,因为GFP fuse 在Cas9 的 C末端,NLS 在Cas9的N末端,
这样理论上可以validate Cas9 能表达吧
2)U6 promoter,是个问题,由于该物种中U6 没有define,PCR克隆的U6 promoter不
work。根据之前大虾的建议,用了Pol II,一个version是直接... 阅读全帖
i***9
发帖数: 106
22
3月9日,美国沃伦·阿尔珀特奖授予五位科学家
上排:Rodolphe Barrangou(左)、Philippe Horvath(右)
下排:Jennifer Doudna(左)、Emmanuella Charpentier(中)、Virginijus
Siksnys(右)。图片来源:阿尔珀特基金会官网
编译 | 陈晓雪
● ● ●
美国麻省理工学院的张锋博士是当今最为关注的华人生物学家之一。这位年轻有为的科
学家最著名的工作是基因修饰技术CRISPR-Cas9的发展和应用。他为此率先获得了美国
专利,并被视为诺贝尔奖的热门人选之一。
然而,张锋却无缘新近颁发的、专门奖励这一革命性技术的科学大奖阿尔珀特奖(
Warren Alpert Prize),获奖的五位科学家中也没有另一位热门人选、哈佛医学院遗
传学家乔治·切奇(George Church)。
今年1月,国际基因测序先驱埃里克·兰德(Eric Lander)在国际学术期刊《细胞》(
Cell)发表综述文章,总结CRISPR技术的发展历程,并认为在张锋利用CRISPR在真核细
胞生物实现基因编辑之后,CRISPR技术带来了“暴风骤... 阅读全帖
i***9
发帖数: 106
23
3月9日,美国沃伦·阿尔珀特奖授予五位科学家
上排:Rodolphe Barrangou(左)、Philippe Horvath(右)
下排:Jennifer Doudna(左)、Emmanuella Charpentier(中)、Virginijus
Siksnys(右)。图片来源:阿尔珀特基金会官网
编译 | 陈晓雪
● ● ●
美国麻省理工学院的张锋博士是当今最为关注的华人生物学家之一。这位年轻有为的科
学家最著名的工作是基因修饰技术CRISPR-Cas9的发展和应用。他为此率先获得了美国
专利,并被视为诺贝尔奖的热门人选之一。
然而,张锋却无缘新近颁发的、专门奖励这一革命性技术的科学大奖阿尔珀特奖(
Warren Alpert Prize),获奖的五位科学家中也没有另一位热门人选、哈佛医学院遗
传学家乔治·切奇(George Church)。
今年1月,国际基因测序先驱埃里克·兰德(Eric Lander)在国际学术期刊《细胞》(
Cell)发表综述文章,总结CRISPR技术的发展历程,并认为在张锋利用CRISPR在真核细
胞生物实现基因编辑之后,CRISPR技术带来了“暴风骤... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
24
【周末随笔】方舟子●张锋●韩春雨●水军
_______________________________________________________________
引子:近年来生物界出现了两大革新,他们为天生好奇的人类开启了fast
forward path to discover life
- 稳、准、快的CRISPR/Cas9基因组编辑技术
- 高通量、高速度、精确的NGS基因组解读技术
有了这两把利器,生物研究人员们现在可以迅速的“修改”并“解读”生命的密
码,“所向披靡”了!
这,也引出了今天的话题。
(注:文章题目以文中“人物(现象)”出现的顺序排列)
_______________________________________________________________
科研是个非常烧钱的事情,风险也很大。科研烧的钱从哪里来呢?在学术界,大
多数来源于各个政府部门,纳税人们的钱,所以产生的结果和实验细节需要对大
众公开透明,必要时以Patent来保护;而且基础科研是无国界的,大部分结果需
要在国际认可的杂志上,通过peer review process... 阅读全帖
P*****e
发帖数: 25
25
来自主题: Biology版 - 比较一下CRISPR专利内容
今天有空去查了一下CRISPR专利的历史,UCB的专利已经有claim通过了审查(allow)
,只是还没有issue(时间问题)。我在后面列出来了其中一个通过了的claim,同时把
张锋issue了的专利里面的一个claim也列了出来。大家看能避开不?张锋后来的Cpf1看
着能避开UCB的Cas9。
有意思的是发现最早的一篇CRISPR相关专利申请其实是Luciano A. Marraffini(张锋
合作者)在Northwestern University时申请的,priority date Sep 23, 2008,早了
好几年。看看claim,只有interference,还没进化到切割,可惜一个claim也没批,居
然华丽丽的被一堆112给毙了,也就是审查员觉得那专利写的不清不楚,业内普通人士
看着不可能做出claim的结果,连101,102,103都没用上就挂了。西北也是早早的
abandon了,当年连PCT都没申请,可见并不重视。张锋专利里也没有Marraffini,虽然
science文章有他,我猜可能也是他只做真核interference方面的工作吧,张跟他合作
并进... 阅读全帖
a***s
发帖数: 12296
26
一封18个月前的邮件,搅动了一场涉及数亿美元的官司,给一场科学家之间的专利之争添加波澜。
打官司的两方是加州大学伯克利分校生物学家詹妮弗·杜德娜博士(Jennifer Doudna)和麻省理工学院博德研究所(Broad Institute)实验室主任张锋,他们争夺的对象是当前最为主流的基因编辑技术——被誉为“基因魔剪”的CRISPR-Cas9的专利。
基因编辑技术可以实现对DNA片段的敲除、加入等,在可预计的未来,将在治疗疑难杂症上大有市场。目前已有数个关于CRISPR的生物技术公司成立,涉及数亿元的风险投资。其中就包括张锋创立的、已经公开募股筹得9440万美元的公司Editas Medicine和杜德娜创立的、获得诺华两轮共计8500万美元投资的公司Intellia Therapeutics。
近日,一封来自张峰实验室前工作人员林帅亮倒戈的邮件被公开,让CRISPR的专利之争升级。这是一封带着求职意向的邮件,发送时间是2015年2月28日,收件人正是杜德娜。信中,林帅亮表示,仔细核对博德的专利申请文件后,他发现“张锋不仅对我不公平,对科学史也不公平”。林帅亮认为,张锋和丛乐(张锋当时... 阅读全帖
M*******n
发帖数: 10087
27
一封18个月前的邮件,搅动了一场涉及数亿美元的官司,给一场科学家之间的专利之争
添加波澜。
打官司的两方是加州大学伯克利分校生物学家詹妮弗·杜德娜博士(Jennifer
Doudna)和麻省理工学院博德研究所(Broad Institute)实验室主任张锋,他们争夺
的对象是当前最为主流的基因编辑技术——被誉为“基因魔剪”的CRISPR-Cas9的专利。
基因编辑技术可以实现对DNA片段的敲除、加入等,在可预计的未来,将在治疗疑
难杂症上大有市场。目前已有数个关于CRISPR的生物技术公司成立,涉及数亿元的风险
投资。其中就包括张锋创立的、已经公开募股筹得9440万美元的公司Editas Medicine
和杜德娜创立的、获得诺华两轮共计8500万美元投资的公司Intellia Therapeutics。
近日,一封来自张峰实验室前工作人员林帅亮倒戈的邮件被公开,让CRISPR的专利
之争升级。这是一封带着求职意向的邮件,发送时间是2015年2月28日,收件人正是杜
德娜。信中,林帅亮表示,仔细核对博德的专利申请文件后,他发现“张锋不仅对我不
公平,对科学史也不公平”。林帅亮认为,张锋... 阅读全帖
t***h
发帖数: 5601
28
Nature Biotechnology | Editorial | doi:10.1038/nbt.3938
Time for the data to speak
Published online, 2 August 2017
http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3938.html
在社论中,一项宣称通过Argonaute酶实现基因编辑的研究被撤回,这显示了论文
发表后的同行评议在全天候媒体时代的重要性。
韩春雨的这篇论文自去年发表后所产生的影响力,再怎么夸张地说也不为过,尤其
是在论文的来源地中国。中国媒体纷纷进行报道,以大标题宣告一项全新基因编辑系统
的发现。这无疑是一篇中国去年被报道最多的论文;媒体监测公司融文(Meltwater)
的数据显示,仅在论文发表后的最初两个月,就有将近4000篇相关的中文新闻报道。
NgAgo的轰动之处集中在它有可能补充,甚至取代CRISPR/Cas9基因编辑系统之一点
上。NgAgo有望以一个目标序列进行基因编辑(Cas9不仅需要目标序列,还需要另外一
个附近... 阅读全帖
c****r
发帖数: 126
29
来自主题: Biology版 - 我来为张锋说句公道话
http://www.tang-prize.org/media_detail.php?cat=23&id=494
2016 Jun. 19
唐獎生技醫藥獎得主基因編輯技術 有望治療各種疾病
唐獎評選委員會總召集人、中研院院長李遠哲今公布唐獎生技醫藥獎得主,由法國的伊
曼紐.夏彭提耶(Emmanuelle Charpentier)、美國的珍妮佛.道納(Jennifer A.
Doudna)與華裔美籍的張鋒(Feng Zhang)三人共同獲得,表彰其在CRISPR/Cas9基因
編輯技術上的貢獻,將大幅改革生醫研究與疾病治療的策略,極具潛力治療人類各種疾
病。
李遠哲總召集人表示,這三位得獎人在基因編輯技術上的突破與影響深遠,除疾病治療
上,也將影響生醫、製藥及農業的發展,如玉米中有些人體無法消化的澱粉,在尊重自
然法則運作、不人為添加的前題下,透過這個編輯技術,即可把不能消化的基因去除掉
,因此,在未來農業的發展與影響會更快更直接。
擔任得獎者介紹人的中研院院士龔行健表示,基因體是人類生命的藍圖,結構上的缺失
或基因表現的異常,釀成許多人類疾病,長久以來,科學家夢想有朝一日可以精準有效
... 阅读全帖
s*********y
发帖数: 579
30
来自主题: Biology版 - 热议韩春雨
海内外学者、读者热议“韩春雨”现象
原创 2016-05-10 知识分子 知识分子
韩春雨(右)及其合作者沈啸(左)、高峰(中)。供图:沈啸
编者按:
5月8日,《知识分子》发文(详见《韩春雨:“一鸣惊人”的中国科学家发明世界一流
新技术 | 特稿》)介绍了河北科技大学副教授韩春雨团队发表的NgAgo-gDNA基因编辑
技术的学术贡献和意义后,引发巨大反响。文章发表仅一天,通过《知识分子》在微信
、微博、今日头条、知乎上的传播渠道,就获得超过320万阅读量,近2600条评论。国
内外生命科学界学者纷纷就这项技术的突破性意义发表评论,各方读者也就韩春雨的“
另类出身”在网络上展开评论。《知识分子》搜集并摘编了部分精彩观点,与读者分享。
● ● ●
01
高屋建瓴派
饶毅:北京大学讲席教授
韩春雨的工作对基因编辑技术的推进作用是国际一流的。与现有CRISPR相比,可以看到
的优点是新技术使用DNA,因而更稳定,但还需要更多的研究才能真正比较二者优缺点
以及适用范围的异同。此外,韩春雨在条件有限的情况下做出这样的工作,让我们更加
关注中国广大科技工作者。
鲁白:清华大学医学院教授
在一所不太... 阅读全帖
c**i
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31
来自主题: Biology版 - Nature News: The controversy over NgAgo
http://www.nature.com/news/replications-ridicule-and-a-recluse-the-controversy-over-ngago-gene-editing-intensifies-1.20387
Replications, ridicule and a recluse: the controversy over NgAgo gene-
editing intensifies
As failures to replicate results using the CRISPR alternative stack up, a
quiet scientist stands by his claims.
David Cyranoski
08 August 2016
SHIJIAZHUANG, CHINA
A controversy is escalating over whether a gene-editing technique proposed
as an alternative to the popular CRISPR–Cas9 sys... 阅读全帖
t*****g
发帖数: 6101
32
中国女孩杨璐菡领衔清除猪器官人体移植障碍 被称“基因剪刀手”
美国哈佛大学和生物技术公司eGenesis研究人员最近利用一种新的基因编辑技术,敲除
了猪基因组中可能有害的病毒基因,从而扫清猪器官用于人体移植的重大难关,为全世
界亟需器官移植的上百万病人带来希望。今年29岁的杨璐菡是异种器官移植课题带头人
,她2008年本科毕业于北京大学,目前在哈佛大学攻读博士后。她曾因第一个利用
CRISPR-Cas9技术修改细胞基因组,并与导师、基因编辑大牛乔治·丘奇领导eGenesis
,在2014年被福布斯杂志评为30岁以下30个科学医疗领域领军人物之一。
川籍女孩杨璐菡再上《成都商报》头条
12年停滞
上世纪90年代,猪器官移植项目一度在全球受到追捧,但没想到后来发现猪的基因组里
面有内源性逆转录病毒存在,最终被明令在找到解决办法前,停止一切异种器官移植的
临床试验。
杨璐菡说:“由于无法预期什么时候,以及用什么方法来解决这些问题,异种器官移植
行业遭到了重创,经历了12年的停滞。”从2014年起,杨璐菡作为异种器官移植课题带
头人,带领10个人的科研团队利用新发明的“基因剪刀”技术,敲除猪基... 阅读全帖
w*******e
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新闻来源: 光明网 于 2016-05-23
原标题:韩春雨:磨出基因编辑“新剪刀”
利用凝结在琥珀中的史前蚊子体内的恐龙血液,科学家提取出了恐龙的遗传基因。绝迹
6500万年的庞然大物开始复生,整个努布拉岛也由此成为恐龙的乐园……
当年坐在电影院里,韩春雨津津有味地看完了电影《侏罗纪公园》。这个年轻人怎么也
不会想到,有一天,自己会取得基因编辑技术的重大突破,成为一位“磨出基因编辑新
剪刀”的科学家。
土博士放的“核弹”
初夏,河北省药用分子化学重点实验室楼的外墙上,爬山虎又开始了一年的生长。这栋
位于河北科技大学老校区的四层小楼,再一次被绿色和生机所覆盖。
一楼门厅的成果展示栏里,还没来得及添上基因编辑技术的相关内容。但是,这座省部
共建国家重点实验室的“主人”——韩春雨,已带着他的科研成果一夜之间成为“名人
”。
5月2日,韩春雨研发出基因编辑新技术NgAgo-gDNA的成果发表在英国《自然·生物技
术》上。论文刊发几小时后,学术圈里的朋友开始打电话向他祝贺。没多久,千里之外
的麻省理工学院(MIT)的BBS上开始讨论这个话题了。而零星的报道也逐渐见诸“生物
通”等国内专业网站。... 阅读全帖

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来自主题: Joke版 - CRISPR的高超技巧 (转载)
CRISPR, /ˈkrɪspər/, is a family of DNA sequences in bacteria
that contains snippets of DNA from viruses that have attacked the bacterium.
These snippets are used by the bacterium to detect and destroy DNA from
further attacks by similar viruses. These sequences play a key role in a
bacterial defence system,[2] and form the basis of a genome editing
technology known as CRISPR/Cas9 that allows permanent modification of genes
within organisms.[3]
The CRISPR/Cas system is a prokaryoti... 阅读全帖
j******i
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基因编辑的诺奖可能性比较大的情况是 1.ZFN,TALEN,Cas9各找一个发(没有NgAgo,
cpf1,以及以后将发现的各种RNA, DNA引导的细菌蛋白的事-因为它们都可算做Cas9的
延伸)2. 基因编辑共发两个诺奖-ZFN, TALEN加上更少见的Meganuclease各找一个发
;然后Cas9系列再发一个奖(卡彭特,多纳,张峰均分)。NgAgo得奖的可能性不大,因
为一是可以算作CRISPR/Cas9的延伸,二是gDNA不大适合病毒载体装载,大大限制的它
的用途,应用范围上比不过CRISPR/Cas9。
m*********D
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1。NgAgo比Cas9小,(887 aa:1168aa)。这个在病毒载体包装等上面有优势。
2。和Cas9结合的是RNA,NgAgo结合的是DNA。合成和操作,DNA稳定性好。
3。Cas9需要NGG这个PAM序列,而NgAgo不需要。也就是NgAgo可以切任何想切的地方。
Cas9有限制。
4。从韩的文章来看,NgAgo的off-target比Cas9机会小,因为:1,细胞里小DNA分子比
小RNA少得多;2。NgAgo对guide上的mis-match的容忍度小。

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著名科学杂志《自然》的子刊《自然 方法》日前(2018年3月30日)撤销了一篇发表于
2017年5月30日的招致诸多批评的论文。该研究论文的题目为“
Unexpectedmutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo” (用
CRISPR–Cas9 编辑小鼠基因
出现一些意外突变)。撤销的理由是,该研究设计的对照组不当,在试验组两只小鼠基
因组中观察到的一些变异,不能得出是由于CRISPR–Cas9 编辑而引起的结论。该
论文有6位作者,其中两位通讯作者分别是美国的斯坦福大学的副教授Vinit B Mahajan
博士 和 爱荷华大学的副教授Alexander G Bassuk 博士。
该论文发表后,引起同行们的强烈质疑和批评,纷纷发表文章指出该研究设计存在的问
题和得出错误结论的原因。论文的错误结论加剧了人们对基于CRISPR技术治疗人类遗传
疾病的潜在的不精准,高风险和不安全的疑虑,造成开发这项技术的公司们的股票下跌
。论文的结论与其他的研究者结论不一致。作者在改进了试验设计后,再次... 阅读全帖
w********h
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80后的华人学霸: 明天他会得诺贝尔吗?
他在中国度过童年时光,高中时便荣获 Intel 大奖。刚过而立之年的他,以光遗传学
博士论文、TALEN技术编辑基因组博后研究,以及 独立后的CRISPR/Cas9 三项里程碑式
的工作载入史册。他是张锋、华人生物学界最耀眼的新星,风投竞相追逐的对象,诺贝
尔奖的大热门。明天凌晨,他会收到来自斯德哥尔摩的电话吗?
先看看他简单的履历吧:
1983年出生中国石家庄
2004年毕业于哈佛大学化学物理专业
2009年取得斯坦福大学化学与生物工程博士
2011年加入麻省理工学院
2013年发现CRISPR/Cas系统可用来编辑DNA,使基因疗法成为可能。获得美国瓦利基金
青年研究家奖(Vallee Foundation YoungInvestigator Award),奖金 25 万美元。
2014年被《Nature》杂志评为2013年年度十大科学人物之一;获得National Science
Foundation (NSF)最高荣誉Alan T. Waterman Award,Jacob Heskel Gabbay Award in
Biotechn... 阅读全帖
l*******1
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学者热议韩春雨现象
饶毅(北京大学讲席教授)
韩春雨的工作对基因编辑技术的推进作用是国际一流的。韩春雨在条件有限的情况
下做出这样的工作,让我们更加关注中国广大科技工作者。
鲁白(清华大学医学院教授)
在一所不太有名的大学,我们自己培养出的科研人员也能做出这样的成果,能够和
美国的最新技术叫板,是一件了不起的事情。
现在一些科研评价体系往往是讲名气、摆资历,不利于年轻人发挥创造性,希望能
够借韩春雨的事例,呼吁中国科学界做出体制上、文化上的突破,鼓励年轻人冒头创新
,这也符合国家号召创新的政策。
沈啸(浙江大学医学院基础医学系研究员)
在接受《知识分子》采访时表示,他对NgAgo可以取代Cas9 的评价持谨慎态度,“
最客观的说法是找到了新的基因编辑工具”。
沈啸说,Cas9基因编辑系统有点复杂,每当把它某一个劣势用某种技巧修正后,使
之特性更高、更有效,就会是一篇很好的论文,每进行一个改良,就是一篇CNS的论文
。“大部分人包括一些科学家可能自然而然受一种权威的影响,Cas9太强大了,大家都
把目光集中在Cas9上,想怎么磨这把刀,把它做得更好更漂亮。”
简陋的实验室
而在河北科技大... 阅读全帖
D**s
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【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: sunnyday (胖头鱼。按斤卖就赚了), 信区: Faculty
标 题: 邵峰院士: 如何才能涌现更多“韩春雨”?
发信站: BBS 未名空间站 (Sat May 14 10:13:58 2016, 美东)
忍不住想把这个文章贴出来,因为觉得里面说的一些有关科研的观点,尤其是作为一个
PI如何才能贴近科研前线的看法很值得我们借鉴。
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作品来源:知识分子(微信公号:The-Intellectual)”,
邵峰院士: 如何才能涌现更多“韩春雨”?
北京生命科学研究所副所长、中科院院士邵峰
河北科技大学副教授韩春雨发现新型基因编辑工具NgAgo的工作令人兴奋。虽然还不清
楚NgAgo到底会不会把目前的主流工具Cas9淘汰,但应该说这是一个具有一流水准的、
原创性的发现。如果有更多的韩春雨涌现,中国科研将会变得更加强大。
韩春雨的成功对中国的科研模式和科研体制颇有一些值得思考的地方。
01
“小... 阅读全帖
c****x
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关键字: 韩春雨《Nature》论文《自然》
http://www.guancha.cn/culture/2017_08_03_421138_s.shtml
在国内外学者几番公开质疑其可重复性过去一年后,河北科技大学副教授韩春雨关于新
基因编辑技术NgAgo-gDNA的论文已由《自然-生物技术》撤回。
图自百度百科
据澎湃新闻8月3日报道,北京时间8月3日,《自然-生物技术》发表题为《是该数据说
话的时候了》社论,撤回韩春雨团队于2016年5月2日发表在该期刊的论文。澎湃新闻获
悉,论文撤回,是韩春雨主动申请撤回。《自然-生物技术》在社论中表示:“我们现
在确信韩春雨的撤稿决定是维护已发表科研记录完整性的最好做法。”
韩春雨出生于1974年,现为河北科技大学副教授,本科毕业于河北师范大学,硕士就读
于中国农业科学院,在中国协和医科大学取得博士学位。
在学术出版里,受到广泛质疑的论文在期刊的调查和协调下,往往由论文作者主动向期
刊申请撤稿,以减少对论文作者科学信誉的伤害,同时避免更多的科研工作者继续引用
该论文。
在前述社论中,《自然-生物技术》称:“我们也询问了论文作者是否可以解答科研... 阅读全帖
d****n
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南方科技大学副教授贺建奎,在第二届人类基因组编辑峰会召开前一天(11月26日)宣
布:一对名为露露和娜娜的基因编辑婴儿于11月在中国健康诞生。
报道还表示,露露和娜娜在胚胎形成时经过基因剪刀CRISPR/Cas9对其生殖细胞核中一
个基因(CCR5)进行了编辑修改,这使得她们出生后即能天然抵抗艾滋病(世界首例)
,也意味着中国在基因编辑技术用于疾病预防领域实现历史性突破。
消息发出后,全网立马引发了“基因编辑婴儿”的热议。
基因编辑,究竟是怎样一门科学技术
基因编辑神器CRISPR
我们知道人类的遗传信息都是存储在DNA中,而DNA是由ATCG四种核苷酸来编码遗传信息
。人类的基因组里一共有30亿个碱基,30亿个核苷酸,可以编码两万五千个基因,而每
一个基因都编码一种蛋白质。
蛋白质是我们生命活动的执行者,它不仅组成了我们的身体,也决定了我们如何运动和
思考。因此,基因上的差别会造成我们每个人的差异。而一旦这些基因发生突变,就会
导致一些遗传疾病。
但如果我们能想办法将突变的那个碱基纠正的话,就意味着可以治疗这种疾病。所以,
科学家一直对基因编辑技术非常着迷,只是苦于长时间无法突破。
... 阅读全帖
d****n
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人民网消息,11月26日,来自中国深圳的科学家贺建奎宣布,一对名为露露和娜娜的基
因编辑婴儿于11月在中国健康诞生。这对双胞胎的一个基因经过修改,使她们出生后即
能天然抵抗艾滋病。当天,贺建奎正在香港参加第二届国际人类基因组编辑峰会。
这是世界首例免疫艾滋病的基因编辑婴儿,也意味着中国在基因编辑技术用于疾病预防
领域实现历史性突破。
但是,这则科学成果的报道只带来了短暂兴奋,很快便引发了公众对人类基因编辑的伦
理、安全担忧。
基因编辑用于人类生殖细胞是科学界的禁区,就像克隆技术不能用于人身上一样,在各
国都有一条不可随意逾越的伦理红线。
“真的感觉这个太冒进了。”中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员朱桢告诉《财
经》记者,这次科研完全可以用其他灵长类动物,以其作为抗艾滋病动物模型。你能用
基因编辑人作艾滋病攻毒对象吗?!可以说从实验设计和科学目标上,追求的即是新闻
性,而不是实验总体的完整性;突破的不是科学前沿,而是伦理学的底线,造成人们对
生物技术的恐惧和抵制。
难避伦理追问
基因编辑婴儿诞生的消息传出,被科普作家、生物化学博士方舟子称为,“关键是一开
始就错了”,科学界最关心的莫... 阅读全帖

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China a leading player
China spent a record 1.76 trillion yuan ($254 billion) on
research and development, and the country is catching up with the US's
investment in the same area, spurring a genetic arms race that has been
labeled "Sputnik 2.0" by Dr. Carl June, an immunotherapy specialist at the
University of Pennsylvania.
China has invested heavily in gene-editing technology, bankrolling research
into a number of world "firsts," including the first use of the gene-editing
tool CRISPR-Cas9 in ... 阅读全帖
s******y
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忍不住想把这个文章贴出来,因为觉得里面说的一些有关科研的观点,尤其是作为一个
PI如何才能贴近科研前线的看法很值得我们借鉴。
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作品来源:知识分子(微信公号:The-Intellectual)”,
邵峰院士: 如何才能涌现更多“韩春雨”?
北京生命科学研究所副所长、中科院院士邵峰
河北科技大学副教授韩春雨发现新型基因编辑工具NgAgo的工作令人兴奋。虽然还不清
楚NgAgo到底会不会把目前的主流工具Cas9淘汰,但应该说这是一个具有一流水准的、
原创性的发现。如果有更多的韩春雨涌现,中国科研将会变得更加强大。
韩春雨的成功对中国的科研模式和科研体制颇有一些值得思考的地方。
01
“小作坊”更利于原创性发现
NgAgo是一个小作坊型的项目,完全是韩春雨自己带几个人完成的。这种小作坊模式,
特别适合探索性研究——你不确切知道要做出什么样的研究成果,也不知道到底能不能
做成,这反而更容易激发人的创造力,这种科研模式应该得到更多的鼓励和支持。科学
家都希望能把... 阅读全帖
s******y
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忍不住想把这个文章贴出来,因为觉得里面说的一些有关科研的观点,尤其是作为一个
PI如何才能贴近科研前线的看法很值得我们借鉴。
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作品来源:知识分子(微信公号:The-Intellectual)”,
邵峰院士: 如何才能涌现更多“韩春雨”?
北京生命科学研究所副所长、中科院院士邵峰
河北科技大学副教授韩春雨发现新型基因编辑工具NgAgo的工作令人兴奋。虽然还不清
楚NgAgo到底会不会把目前的主流工具Cas9淘汰,但应该说这是一个具有一流水准的、
原创性的发现。如果有更多的韩春雨涌现,中国科研将会变得更加强大。
韩春雨的成功对中国的科研模式和科研体制颇有一些值得思考的地方。
01
“小作坊”更利于原创性发现
NgAgo是一个小作坊型的项目,完全是韩春雨自己带几个人完成的。这种小作坊模式,
特别适合探索性研究——你不确切知道要做出什么样的研究成果,也不知道到底能不能
做成,这反而更容易激发人的创造力,这种科研模式应该得到更多的鼓励和支持。科学
家都希望能把... 阅读全帖
j******i
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来自主题: Biology版 - Feng Zhang CRISPR Patent Fight
Cas9市场价值最大的一个应用可能是基因治疗,但是最初的Cas9安全性上可能达不到要
求。改进的Cas9才会被用来基因治疗。不知道这个专利之争能不能覆盖改进版的Cas9.
如果不能,岂不是白争了?
j******i
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48
1. 对于基础研究,Cas9/gRNA比NgAgo/gDNA好用多了。既可以用病毒deliver,也可以
用瞬时的RNP;既可以体外用也可以体内用,还能加个筛选标记。
NaAgo当然可以用DNP deliver,但很难用病毒deliver. RNP/DNP在细胞系效率还行,在
干细胞中就困难了-不是转不进去就是死一大片(电转)。所以对于难转的细胞或者转
体内,还是得依靠病毒载体。还有,小片段的DNA可能被基因组捕捉,造成‘off-
target’; gRNA就没有这个问题了。
2. 对于临床,无论cas9/cpf1还是NgAgo对于zfn/talen就没什么优势,甚至是劣势了-
因为临床只要有几个好用的核酸酶就够用了。反而细菌蛋白诱导免疫反应的可能性比较
大。临床上走在最前面的是zfn. 最近还有用病毒载体装载zfn上病人的临床了,所以不
用太害怕病毒载体,害怕来自不了解。
事实上,对于基因治疗,基因编辑能不能最后取代病毒载体还是个疑问呢!慢病毒载体
就比很多人想象的要安全,而且慢病毒基因治疗药物马上就要出来了-这还不包括car-
t呢。
3. i) 诺奖要是给整个基因编辑领域发,那N... 阅读全帖
j******i
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RNP转干细胞就是用暴力啊(电转)基本上一半细胞会挂掉 剩下的细胞有没有伤残还不
好说 我看不出NgAgo在ki和ko上比Cas9有什么优势 至于pam ngg到处都是 而且cas9的
pam也是可以改变的 至于脱靶 NgAgo还需要接受更严格的检验 而且现在已经有改进版
本的Cas9了 号称没有脱靶 NgAgo在GC rich地方确实有优势
外源的dna有插入到基因组的风险 小片段的几率还大一点 这可能跟细胞自发的双链断
裂有关 具体说明原理不大清楚 5‘P oligo是不是特殊还没有证据 试想 如果用来做基
因治疗 这些gDNA搞不好就被整合到基因组离去了 这不是一件很可怕的事情吗
可能超乎你的想象 Sangamo现在在做一件事情就是直接把zfn deliver到肝治疗血友病
行不行的通 临床数据说话 基因治疗总体还是在摸索阶段 各种方法都该试试 说不定行
得通呢
zfn设计的好脱靶率可以很低 即使有脱靶 不在重要基因上就问题不大 zf结构在细胞中
普遍存在 而无论Cas9或者NgAgo用到临床上都有被免疫系统清除的风险 当然 用作基础
研究zfn/talen已经被淘汰了

'-
c********n
发帖数: 225
50
蛋白比较复杂,有时候真是需要去做各种尝试,才能知道它对各种条件的喜好。
从经典的生化实验中,我们可以看到,对于一个蛋白,特别是一个酶,一定要有非常好
的,稳定性,重复性都很高的assay,才能真正地了解它的功能与特性。
每个好的assay,都是酶的真实功能的显示。
如果一个酶缺乏一个assay想要测到的功能,不是assay没设对,就很可能是这个酶没有
这个想要达到的功能了。
比如Taq酶,其实它的一个很好的assay,也是它的应用,就是PCR。
这个assay 很robust, 成功率很高,应用就广了。
Taq酶辅助了PCR, PCR成就了Taq酶;
Cas9这个酶也是相似的,加上 CRISPR成为一个系统,CRISPR/Cas9也有一个很好的
assay, 也是它的应用, 这就是基因编辑了。
这个assay 也很robust, 成功率也很高,应用就更广了。
CRISPR/Cas9辅助了基因编辑,基因编辑也成就了CRISPR/Cas9
从现在这么高的不可重复的几率来看,韩春雨的NgAgo/gDNA,用基因编辑的assay来测量
,无法测到基因编辑的功能,更别谈robust和重复性了。
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