发帖数: 1 | 1 https://tech.163.com/20/0124/09/F3L6J5NV000999LD.html
2020年1月23日，中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队在bioRxiv预印版平台上发表文
章Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia
outbreak in humans and its potential bat origin，报道了武汉新型冠状病毒nCoV-
2019。
2003年，SARS爆发之后，很多急性呼吸综合征相关的冠状病毒（severe acute
respiratory syndrome related coronaviruses (SARSr-CoV)）在其天然宿主——蝙蝠
中被发现。以往研究表明其中一些SARSr-CoV具有感染人的潜力。
在该篇文章中，石正丽团队报道了这次在武汉最新发现的冠状病毒——nCoV-2019，该
病毒导致了这一次流行病的爆发。在早期开始的时候，从5名病人体内获得了该病毒的
全基因组，其中这5例基因组基本上一致，并于SARS-CoV的序... 阅读全帖 |
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w********9
发帖数: 8613 | 2
不是SARS的变种
是sister
这类里已经有5个病毒是对人有害的。MERS也在里面。
至少好几个星期前是被发现跟云南蝙蝠冠状病毒有95%的相似。我记得还有几个冠状病
毒有90%以上的相似。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1
Here, the Coronavirus Study Group (CSG) of the International Committee on
Taxonomy of Viruses, which is responsible for developing the official
classification of viruses and taxa naming (taxonomy) of the Coronaviridae
family, assessed the novelty of the human pathogen tentatively named 2019-
nCoV. Based on phylogeny, taxonomy and establishe... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 3 新型冠状病毒2019-nCov的爆发引起了人们对于此突发性公共卫生事件的高度关注。冠
状病毒的刺突糖蛋白（Spike glycoprotein, S glycoprotein）是疫苗、治疗性抗体的
研发以及临床诊断的关键靶点。
为了协助对该流行性疾病进行医学防护措施研发，2020年2月15日，美国卫生总署(NIH)
与德克萨斯大学奥斯汀分校Jason S. McLellan研究组（McLellan组在病毒结构方面做
了很多重要的工作，包括MERS等，有着丰富的经验）进行合作在预印版平台bioRxiv发
表文章Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation
，利用冷冻电镜技术分析了新型冠状病毒表面S蛋白的近原子结构。另外作者们通过生
物物理以及结构方面的证据发现，SARS-CoV-2的S蛋白结合人体ACE2（宿主细胞受体血
管紧张素转化酶2）【1,2】的亲和力要远高于SARS-CoV的S蛋白，解释了新型冠状病毒
传染性之强的主要原因。
新型冠状病毒是会引发发热、严重呼吸道疾病及肺炎的人传人的病原... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 4 广东广西人民倒吸了一口冷气，庆幸不是他们吃出来的
穿山甲，是被非法买卖最严重的哺乳动物，它们即被用作食物，又被用作中药材。因此
，管轶团队从被走私的穿山甲中着手调查。
管轶团队收集了2017年8月至2018年1月期间广西海关在反走私行动中查获的18个冷冻穿
山甲的（肺，肠，血液）等43个组织样品。
令人惊讶的是，高通量测序显示在43个样本中的六个（两个肺，两个肠，一个肺肠混合
物，一个血液）存在冠状病毒。
接下来，研究团队对2018年5月至7月之间收集的另一批穿山甲样品进行了进一步的qPCR
检测。发现12只穿山甲的19个样本（九个肠组织，十个肺组织）中，三个肺组织样本呈
冠状病毒阳性。
然后，管轶团队联系了广州海关技术中心，中心重新检测了他们在三月份的反走私行动
中查获的五份存档的穿山甲样品，这些样本中同样发现了冠状病毒。
这些在穿山甲中发现的冠状病毒的基因组，与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组相似
率在85.5％—92.4％，并在系统进化树中代表了新冠病毒的两个亚型，其中之一（GD/
P1L和GD/P2S）与新冠病毒密切相关。
新型冠状病毒（SARS-CoV-2）属于β冠... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 5 3月26日，汕头大学-香港大学联合病毒研究所著名病毒学家管轶教授团队在自然杂志上
发表题为“Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins
”的研究，报道了团队在马来亚穿山甲中发现了相关新冠病毒。
研究团队在来自马来亚穿山甲的样品中发现了SARS-CoV-2的两个亚种，包括一个在受体
结合域与SARS-CoV-2表现出很强的相似性(97.4%)，这些结果表明穿山甲可能是新型冠
状病毒转染给人的中间宿主。
3月26日，汕头大学-香港大学联合病毒研究所著名病毒学家管轶教授团队在自然杂志上
发表题为“Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins
”的研究，报道了团队在马来亚穿山甲中发现了相关新冠病毒。
研究团队在来自马来亚穿山甲的样品中发现了SARS-CoV-2的两个亚种，包括一个在受体
结合域与SARS-CoV-2表现出很强的相似性(97.4%)，这些结果表明穿山甲可能是新型冠
状病毒转染给人的中间宿主。 |
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w****r
发帖数: 748 | 6 Y = a + b*X + errorTerm
Z = c + d*X + errorTerm,
Y = g + h*Z + errorTerm;
b=cov(y,x)/var(x)
d=cov(z,x)/var(x)
h=cov(y,z)/var(z)
if you want to have h=b/d, you need to set cov(y,z)/var(z)=cov(y,x)/cov(z,x). |
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z****g
发帖数: 3 | 7 新京报快讯（记者 张璐）1月23日，中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队在bioRxiv
预印版平台上发表文章，报道了武汉新型冠状病毒nCoV-2019。研究发现，新型冠状病
毒与一种蝙蝠中的冠状病毒的序列一致性高达96%。
2003年，SARS爆发之后，很多急性呼吸综合征相关的冠状病毒（severe acute
respiratory syndrome related coronaviruses (SARSr-CoV)）在其天然宿主——蝙蝠
中被发现。以往研究表明其中一些SARSr-CoV具有感染人的潜力。
在该篇文章中，石正丽团队报道了这次在武汉最新发现的冠状病毒——nCoV-2019，该
病毒导致了这次流行病的爆发。团队从5名病人体内获得了该病毒的全基因组，这5例基
因组基本上一致，与SARS-CoV的序列一致性达79.5%。重要的是，nCoV-2019与一种蝙蝠
中的冠状病毒的序列一致性高达96%。通过对其保守的7个非结构蛋白进行对比，发现
nCoV-2019属于SARSr-CoV，另外，nCoV-2019进入细胞的受体与SARS-CoV一样，均为
ACE2。
2017年11月，... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 8 1. 现在在人身上的raTG13 Cov病毒 vs 蝙蝠身上所带的病毒的相似性。 根据武汉病毒
研究所的研究报告是96.2%。
2. 武汉病毒研究所从蝙蝠身上分离出来的病毒 vs 现在所传染人的raTG13 Cov病毒的
相似性。 武汉病毒和中国政府到现在都没有给出结果。
也就是，一个是直接从蝙蝠 vs 现在人身上的 raTG13 Cov对比。 另外一个是研究所的
毒株 vs 现在人身上的 raTG13 Cov对比。 如果研究所的毒株 vs 现在人身上的
raTG13 Cov对比结果一模一样。 那问题自然就不言而语了吗？ |
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w*******r
发帖数: 7276 | 10 人造病毒"泄露？抢注专利不厚道？武汉病毒所回应
2020-02-23 04:34:21 来源: 科学网举报
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易信
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（原标题：“人造病毒”泄露？抢注专利不厚道？武汉病毒所副所长回应）
日前，有一篇题为《请问武汉病毒研究所，你是能未卜先知吗?》的网文在网络上流传
，对“中科院武汉病毒所泄露人造病毒”、“抢注瑞德西韦专利”等问题再次提出了质
疑，并引发公众关注。
那么，这些问题到底是另一种“阴谋论”，还是合理的科学怀疑？记者采访了中科院武
汉病毒所党委书记、副所长、病毒学国家重点实验室副主任肖庚富研究员，他对这些问
题进行了正面回应。
科学网：新冠肺炎疫情发生后，出现一些针对武汉病毒所的质疑，所里怎么看待这些问
题？
肖庚富：新冠肺炎疫情发生后，我所职工、学生紧急投入相关科研工作。这段时间，病
毒基因组测序、病原鉴定、病毒溯源、病原检测、药物疫苗研制、动物模型建立等科研
攻关，以及支援地方开展疑似病例核酸检测，各方面任务集中过来，大家日夜忙碌，无
暇他顾。
看到有人在网上说我们“制造”甚至“泄漏”了2019新冠病毒时，我们的感觉是被人当
头打了一闷棍，也觉... 阅读全帖 |
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p**f
发帖数: 3549 | 12 继双黄连后，连花清瘟也证明有抗毒作用，听说效果和瑞得西韦差不多
中国工程院院士钟南山团队最新研究认为，连花清瘟在体外试验中显示出抗新冠病毒的
作用。相关论文题为《连花清瘟对新型冠状病毒具有抗病毒、抗炎作用》“
Lianhuaqingwen exerts anti-viral and anti-inflammatory activity against
novel coronavirus (SARS-CoV-2)”，已被《药理学研究》期刊(Pharmacological
Research)接收。
论文作者包括广州医科大学呼吸疾病国家重点实验室主任钟南山、研究员杨子峰等。
论文提到，作为一种中药方剂，连花清瘟对一系列流感病毒具有广谱抗病毒作用和免疫
调节作用。
研究人员使用CPE和空斑减数实验，在Vero E6细胞中评估了连花清瘟对SARS-CoV-2的抗
病毒活性。
A、B分别为连花清瘟与瑞德西韦的抑制曲线。C为连花清瘟对新冠病毒的空斑减数实验
在透射电子显微镜下可见连花清瘟对病毒体形态的影响。
电子显微镜下超薄细胞切片。AF为未感染细胞，BG为新冠感染细胞，CDHI为连花清瘟处
理细胞... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 13 她提出了一个观点就是control room, 核心思想是如果新冠是自然突变的，而且是这么
明显的突变，那么它会马上启动damage control自毁机制的，不会在自然界中存活长久
她还说美国科学家那篇说新冠是自然起源的文章是受美国政府指使的
https://www.dimsumdaily.hk/czech-molecular-biologist-dr-sona-pekova-explains
-in-layman-terms-that-covid-19-virus-originates-from-a-lab-in-u-s-and-not-
china/
30th March 2020 – (Prague) A Czech molecular biologist, Dr. Soňa Peková
explained in detail why she believed that the novel coronavirus originated
from the laboratory in the U.S. and not in China. She also tried to dis... 阅读全帖 |
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f*****c
发帖数: 3257 | 14 一直不熟悉matlab语言，特别是循环问题，最近终于碰到大麻烦了，10个包子求助！
我用如下的代码，对38个国家的货币回报分别跟10个跨国公司的季度回报做资产组合，
但是写完这个代码，matlab居然停不下来了，请问各位大神，这是怎么回事？
----------------------------------
for y=1:38
%currency equity return
eval(['su',num2str(y),'=r',num2str(y),'-cost']); % net currency return
eval(['rr',num2str(y),'=zeros(q,s)']); % construct the whole currency return
matrix for (s+1) leverage
for i=1:s
for j=1:q
eval(['rr',num2str(y),'(j,i)=(su',num2str(y),'(j)-(fai(j,i)*leverage
(i)))/(1-leverage(i))']);
... 阅读全帖 |
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f*****c
发帖数: 3257 | 15
是小弟无能，每次都要对38个国家做同样的操作～～下面是其中一个国家r1表示第一个
国家的货币回报。
s=100;% 100 types of currency
currency=zeros(s,1); %100*1
q=size(r1,1); % 100 quarters
a=6;%risk aversion
a=5;% this is value of V/NW
for i=1:s %1:100
currency(i)=0.8+0.002*(i-1);
end
%s_h=[1;zeros(s-1,1)];
s_h=zeros(s,1);% share of currency
for i=1:s
s_h(i)=a*(1-currency(i));% now assume NW/V=20%
end
cost=0.014.*ones(s,1);%assume annual rate of cost+tax=1.4%*4=5.6%;
%currency equity return
su=r1-cost; % net currency return
rr1=zeros(q,s... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 16 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: lubbock12 (非老非小将), 信区: Military
标 题: 捷克白妞女科学家新冠必须美国造原文
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 31 11:30:41 2020, 美东)
她提出了一个观点就是control room, 核心思想是如果新冠是自然突变的，而且是这么
明显的突变，那么它会马上启动damage control自毁机制的，不会在自然界中存活长久
她还说美国科学家那篇说新冠是自然起源的文章是受美国政府指使的
https://www.dimsumdaily.hk/czech-molecular-biologist-dr-sona-pekova-explains
-in-layman-terms-that-covid-19-virus-originates-from-a-lab-in-u-s-and-not-
china/
30th March 2020 – (Prague) A Czech molecular biologist, Dr. Soňa Peková
explained in d... 阅读全帖 |
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r****y
发帖数: 1437 | 17 If cov is 2x2, then it's easy to directly write down elements
just use cov instead of cov^-1 for illustration
[x y] * cov = x * cov11 + y *cov21, x * cov21 + y * cov22
then
[x y] * cov * [x y]' = x (x * cov11 + y * cov21) + y (x*cov21 + y*
cov22)
So now if you have a large array of x, and y, assume they are both
[n, 1] arrary
then your sigma
sigma = x .* ( cov11 * x + cov21 * y) + y.* (cov21 * x + cov22 * y)
note, co |
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r******e
发帖数: 244 | 18 我的问题是这样的:
意志一个系统状态X的先验分布为N(mu, sigma),和测量更新方程: Z=HX+V,
H为线性矩阵,V为测量噪声,设为normal分布. 要求X的后验概率密度.
我使用了两种方法:
1 基于random walking 的MCMC方法, 但是这个方法求的后验概率的均值和方差都很不
稳定. 我已经使用超过100万次的转移,效果还是不理想. 我用的是M_H的方法,求解一个
未知参数为二维的问题, 转移概率 : 后验概率~先验概率*likehood函数.
2 所以我想通过卡尔曼滤波的方法,求的这个后验概率的真实的均值和方差, 以下是我
的结论:
E(X_hat)=(I-K*H)*E(X)+ K*Z
Cox(X_hat)=(I-K*H)*Cov(X)*(I-K*H)' +K*Cov(Z)*K'
K=Cov(X)*H'*(H*Cov(X)*H+Cov(Z))^-1
K是卡尔曼滤波增益, X_hat表示后验值. 用这个公式算出的均值和方差和MCMC方法在先
验概率均值为0时,基本一致.
但均值如果不为零,则结果不符合.
求各位卡尔曼高手,说说,我这个推导有问题么? 还有MC... 阅读全帖 |
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h********h
发帖数: 89 | 19 x,y,z都是normal random variables
z相当于一个information,
x,和y是收到z之后的行动，y发生在x之后
比方说是买和卖，for instance, z是好消息，今天就买入(x),明天买入或者卖出(y)
x=f(z,k) and y=g(z,k) k 是（0,2）之间的实数
我得出下面一些计算结果，但自己有些糊涂怎么解释
cov(x,z)>0,
cov(y,z)<0 for 00 for 0.5
cov(x,y)<0 for 00 for 1
第一个好理解，好消息今天更可能买入
第二个也好理解，好消息的情况下根据k来的判断更大可能明天是买入还是卖出，特别
是在0.5
但我该怎么理解第三个？比如0.5
盾啊
请指教。 |
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b***k
发帖数: 2673 | 20 One question on the following solution I copied from wilmott.
let Z be an independant uniform variable
and
Y2 = X if Z< rho
Y2 = Y if Z > rho
Cov(X,Y2) = cov(X,X) * rho
and Y2 is uniform
(X,Y2) is our solution.
对于上面构造的Y2，如何计算E(Y2),Var(Y2),
为什么Cov(X,Y2)=cov(X,X)*rho?
是从公式Cov(X,Y2)=E(X*Y2)-E(X)*E(Y2)得到的吗？我推不出来啊。 |
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b***k
发帖数: 2673 | 21 Thanks,miles. From this equation I know
E(Y2)=E(X)*rho + E(Y)*(1-rho),and
Cov(X,Y2)=Cov(X,X)*rho+Cov(X,Y)*(1-rho)=Cov(X,X)*rho
But how to evaluate Var(Y2), since I need to know it because
Corr(X,Y2)=Cov(X,Y2)/[sqrt(Var(X))*sqrt(Var(Y2))] |
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L*******t
发帖数: 2385 | 22 想起Linear regression了
Yj=aj+bjX+ej
理论上说如果hedge掉了b，a是常数，剩下的就是e了。
两个hedged portfolio高度相关就是两个e高度相关。
把hedge拿掉可能相关度变低，因为cov(Y1,Y2)=beta1*beta2Cov(X,X)+cov(e1,e2)
你假设了cov(e1,e2)很大，但是如果beta1*beta2Cov(X,X)<0并且和cov(e1,e2)不是同
号的话，的确可以降低cov |
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h********h
发帖数: 89 | 23 x,y,z都是normal random variables
z相当于一个information,
x,和y是收到z之后的行动，y发生在x之后
比方说是买和卖，for instance, z是好消息，今天就买入(x),明天买入或者卖出(y)
x=f(z,k) and y=g(z,k) k 是（0,2）之间的实数
我得出下面一些计算结果，但自己有些糊涂怎么解释
cov(x,z)>0,
cov(y,z)<0 for 00 for 0.5
cov(x,y)<0 for 00 for 1
第一个好理解，好消息今天更可能买入
第二个也好理解，好消息的情况下根据k来的判断更大可能明天是买入还是卖出，特别
是在0.5
但我该怎么理解第三个？比如0.5
盾啊
请指教。 |
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r******e
发帖数: 244 | 24 【 以下文字转载自 EE 讨论区 】
发信人: realhire (realhire), 信区: EE
标 题: [求助] 使用MCMC方法和卡尔曼滤波求后验概率遇到一些问题求助
发信站: BBS 未名空间站 (Wed May 8 16:14:26 2013, 美东)
我的问题是这样的:
意志一个系统状态X的先验分布为N(mu, sigma),和测量更新方程: Z=HX+V,
H为线性矩阵,V为测量噪声,设为normal分布. 要求X的后验概率密度.
我使用了两种方法:
1 基于random walking 的MCMC方法, 但是这个方法求的后验概率的均值和方差都很不
稳定. 我已经使用超过100万次的转移,效果还是不理想. 我用的是M_H的方法,求解一个
未知参数为二维的问题, 转移概率 : 后验概率~先验概率*likehood函数.
2 所以我想通过卡尔曼滤波的方法,求的这个后验概率的真实的均值和方差, 以下是我
的结论:
E(X_hat)=(I-K*H)*E(X)+ K*Z
Cox(X_hat)=(I-K*H)*Cov(X)*(I-K*H)' +K*Cov(Z)*K'
K=C... 阅读全帖 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 25 这个SARS-CoV protease inhibitor很多文章了，很多实验室都搞出来过。
蛋白酶抑制剂很成熟的方法了。他主要解了SARS-CoV protease的结构，就是一公颜宁
搞的那种。这样，活性中心和底物结构就很清楚了，可以看着结构设计抑制剂，就是
structure based drug design.
结构化学的价值体现之一。
可以合成出非常有效的抑制剂。
只不过野生型SARS被土共从地球上消灭了，这种高效抑制剂就没有用武之地，没有商业
价值了，所以没有制药公司跟进搞成药上市。
假如SARS-Cov protease inhibitor已经成药，会是治疗的特效药，阻断病毒组装，切
断病毒复制，大大减少viral load, 给免疫系统胜利的机会。还可以制成气雾剂用于预
防。
可惜，现在不赶趟，他最对带些实验室制备的少量对有限的病人治疗。
目前，最现实的，是使用特异性差一些的HIV protease inhibitor, 对SARS-CoV也有抑
制作用。
国内医院已经在用了，ritonavir, lopinavir |
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C*I
发帖数: 4736 | 27 Nature
Letter Published: 04 April 2018
Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus
of bat origin
Peng Zhou, Hang Fan, Tian Lan, Xing-Lou Yang, Wei-Feng Shi, Wei Zhang, Yan
Zhu, Ya-Wei Zhang, Qing-Mei Xie, Shailendra Mani, Xiao-Shuang Zheng, Bei Li,
Jin-Man Li, Hua Guo, Guang-Qian Pei, Xiao-Ping An, Jun-Wei Chen, Ling Zhou,
Kai-Jie Mai, Zi Xian Wu, Di Li, Danielle E. Anderson, Li-Biao Zhang, Shi-
Yue Li, Zhi-Qiang Mi, Tong-Tong He, Feng Cong, Peng-Ju Guo, Ren Huang,... 阅读全帖 |
|
A****7
发帖数: 902 | 28 本报讯（记者谢绮珊）昨天，卫生部公布了对今年4月份北京、安徽非典疫情的原
因调查结果和责任追究情况。调查结果认定，这起非典疫情来自实验室内感染，感染来
源局限在中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所腹泻病毒室，是一起因实验室安全管
理不善，安全防范措施不力的重大责任事故。卫生部决定，对负有重要领导责任的中国
疾病预防控制中心主任李立明及分管副主任分别给予行政记过、记大过处分，并同意其
辞去主任、副主任职务；对负有主要领导责任的病毒病预防控制所所长、分管副所长和
负有直接责任的腹泻病毒室主任给予行政撤职处分。
感染来源在腹泻病毒室
调查认定，宋某和杨某两个原发病例发生在同一实验室。该实验室一直开展有关
SARS冠状病毒（SARS－CoV）的科研工作；封锁病毒所后，未再出现任何SARS病人；从
二代病例魏某（宋某之母）胸水分离到SARS－CoV，其全基因组序列与该室用于实验的
毒株（HT－SCoV－2）高度同源；没有发现宋某和杨某与野生动物接触感染的证据；宋
某和杨某发病潜伏期内没有任何其他SARS病例报告，没有实验室外接触其他SARS病人而
被感染的可能；杨某与宋某最后一次接触，到杨某发病... 阅读全帖 |
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S*******d
发帖数: 1 | 29 以性命担保研究病毒未泄露的石正丽，2015年发表的论文：“我们构建了一种嵌合病毒”
2015年，著名的自然医学电子刊物上发表了一篇论文，主要作者为中国科学院武汉病毒
学研究所、武汉大学病毒研究所教授石正丽。
这篇论文说，他们医学研究发现，只要把蝙蝠身上的S蛋白里的ACE2这个受体开关一调
，这个病毒马上就可以传染给人类。利用病毒基因重组技术将蝙蝠的S蛋白和小老鼠的
Sars病毒重组，得到的新病毒可以和人体的血管紧张素转化酶2（ACE2）结合，能很有
效地感染人类的呼吸道细胞，毒性巨大。他们发现新病毒明显地损害了老鼠的肺部，所
有疫苗管失去作用。于是，石正丽团队继续用猴子做实验，模拟病毒在人体上的效果。
这个实验当时引起美国医学界非常大的争议，医学专家Declan Butler也在Nature
Medicine上撰文表示，这种实验没有什么意义，而且风险很大。由于缺乏技术，当时石
正丽团队是和美国北卡罗莱纳的一个医学小组合作。2014年美国疾病控制中心意识到这
个病毒有可能成为生物化学武器时，立刻已经叫停了这种病毒改造计划，并停止拨款给
相关的研究。
这是Declan Butler 质疑文... 阅读全帖 |
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d*******g
发帖数: 8992 | 30 武汉病毒所是疫情源头?石正丽:阴谋论者不相信科学
2020-02-06 19:24:55 来源: 澎湃新闻
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（原标题：武汉病毒所是疫情源头？无事实依据，学者呼吁不要凭空假设）
中国唯一的P4生物安全实验室所在地中科院武汉病毒研究所，近日卷入了“新冠病毒源
头”风波。
该研究所的石正丽研究员率领的团队是蝙蝠病毒研究领域的权威，也是中国SARS（严重
急性呼吸道综合征）病毒的源头攻克团队。然而，随着疫情的进展，“实验室病毒泄漏
”、“人为制造新病毒”等流言开始笼罩在武汉病毒研究所及石正丽等人身上。
2月2日下午，石正丽在朋友圈回应：“2019新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习
惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，和实验室没有关系。”石正丽曾经的合作伙伴、
美国非营利组织生态健康联盟（EcoHealth Alliance）疾病生态学家Peter Daszak在接
受《科学》杂志（Science）采访时也表示，每当新疾病、新病毒出现时，都会产生诸
如实验室泄漏或者生物工程制造一类的“阴谋论”，“这令人... 阅读全帖 |
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d*******g
发帖数: 8992 | 31 要是看不懂报道的内容，那还是别传播病毒是人工编辑并从实验室泄露的谣言啦。
当然，对于独轮运，造谣是天赋人权！
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https://news.163.com/20/0206/19/F4NOA6MQ0001899N.html
武汉病毒所是疫情源头?石正丽:阴谋论者不相信科学
2020-02-06 19:24:55 来源: 澎湃新闻
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（原标题：武汉病毒所是疫情源头？无事实依据，学者呼吁不要凭空假设）
中国唯一的P4生物安全实验室所在地中科院武汉病毒研究所，近日卷入了“新冠病毒源
头”风波。
该研究所的石正丽研究员率领的团队是蝙蝠病毒研究领域的权威，也是中国SARS（严重
急性呼吸道综合征）病毒的源头攻克团队。然而，随着疫情的进展，“实验室病毒泄漏
”、“人为制造新病毒”等流言开始笼罩在武汉病毒研究所及石正丽等人身上。
2月2日下午，石正丽在朋友圈回应：“2019新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习
惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，和实验室没有关系。”石正丽... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 32 Nature
Letter Published: 04 April 2018
Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus
of bat origin
Peng Zhou, Hang Fan, Tian Lan, Xing-Lou Yang, Wei-Feng Shi, Wei Zhang, Yan
Zhu, Ya-Wei Zhang, Qing-Mei Xie, Shailendra Mani, Xiao-Shuang Zheng, Bei Li,
Jin-Man Li, Hua Guo, Guang-Qian Pei, Xiao-Ping An, Jun-Wei Chen, Ling Zhou,
Kai-Jie Mai, Zi Xian Wu, Di Li, Danielle E. Anderson, Li-Biao Zhang, Shi-
Yue Li, Zhi-Qiang Mi, Tong-Tong He, Feng Cong, Peng-Ju Guo, Ren Huang,... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 33 1. 没有做测序对比，只是比较了基因数据库的info，没有支持起假设的实验证据。作
为一种看法，无法否定indian tech教授的质疑。
2. “SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1、HCoV-229E、HCoV-OC43及HCoV-NL63在内的6种
可以感染人类的冠状病毒，以及被广泛认为是病毒源头的蝙蝠冠状病毒（RaTG13）高度
相似。甚至部分基因片段在上述六种冠状病毒上发现了相似的同源片段。”
那相似度到底是多少？也就是应当用实验检测数据来对比印度教授所说的4个s蛋白和
HIV相同 vs 6种冠状病毒也有相同片段。
3.说蝙蝠冠状病毒（RaTG13）与sars， mers 等冠状病毒“发现了相似的同源片段。”
等于没有说，因为石正丽早在2013年，2018年的论文中就明确说明，sars-cov，mers-
cov等冠状病毒就来自蝙蝠，其实验室检测的相似度在96%-98%。 今天才这么新“发现
”，等于装模做样，假装没有看人家多少年前的paper. |
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C*I
发帖数: 4736 | 34 中国的所谓非洲猪瘟到底怎么来的？ 石正丽2018年的nature paper 说是蝙蝠冠状病毒
传染给猪的。
这让人非常怀疑！
Nature
Letter Published: 04 April 2018
Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus
of bat origin
Peng Zhou, Hang Fan, Tian Lan, Xing-Lou Yang, Wei-Feng Shi, Wei Zhang, Yan
Zhu, Ya-Wei Zhang, Qing-Mei Xie, Shailendra Mani, Xiao-Shuang Zheng, Bei Li,
Jin-Man Li, Hua Guo, Guang-Qian Pei, Xiao-Ping An, Jun-Wei Chen, Ling Zhou,
Kai-Jie Mai, Zi Xian Wu, Di Li, Danielle E. Anderson, Li-Biao Zhang, Shi-
Yue Li... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 35 中国大陆海内外网络一度曾经流传这次武汉爆发冠状病毒，系因当地病毒研究中心泄漏
病毒而引发，但原来此说并非完全空穴来风。根据中国一名学者在网上发布的一份英文
报告指出，距离被指是爆发病毒源头的华南海鲜市场不足300米的武汉疾控中心，有研
究人员曾被用来研究的蝙蝠的血液和尿液溅到，受影响的人员已接受自我隔离14日。大
陆有其他学者在病毒爆发初期已经猜测，病毒原来的载体可能是来自蝙蝠。
华南理工大学生物科学与工程学院教授肖波涛在SCRIBD网站发表一份英文报告指出，在
武汉爆发的新型冠状病毒基因排序发现，有96%及89%与菊头蝠有的冠状病毒（CoV ZC45
）相似，但须研究病原体及如何传递给人类。报告引用医学期刊研究，指武汉受感染的
41人中27人与华南海鲜城有联系，在华南海鲜城搜集到的585份样本中有33份测出新型
冠状病毒。
不过，曾在哈佛大学医学院工作，并与美国西北大学有合作研究，多次获国家自然科学
基金的肖波涛在报告同时指出，载有CoV ZC45的蝙蝠最早发现于云南省及浙江省，距离
华南海鲜城远逾900公里，加上蝙蝠通常栖身野外，而该处人口密集，蝙蝠飞往该处的
可能性“非常低”。而... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 36 学术界目前基本排除了新型冠状病毒是来自于人工合成的说法。斯克里普研究所免疫学
和微生物学副教授Mansun Law通过电子邮件说明，标题是“SARS-CoV-2的近源研究”(
The Proximal Origin of SARS-CoV-2)。这份说明是根据世界顶尖流行病学家哥伦比亚
大学(Columbia University)的伊恩·利普金(W. Ian Liplin)、悉尼大学的爱德华·霍
姆斯 (Edward Holmes)和斯克利普研究所的克里斯蒂安·安德森等人对SARS-CoV-2基因
组中两个疑似人为干预的特征进行功能性和结构性的比较分析所得的结论。声明说，“
这些分析提供了大量的证据推论出SARS-CoV-2不会是实验室工程制造而泄露的病毒，而
应该是病毒自然进化的产物。” |
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发帖数: 1 | 37 学术界目前基本排除了新型冠状病毒是来自于人工合成的说法。斯克里普研究所免疫学
和微生物学副教授Mansun Law通过电子邮件说明，标题是“SARS-CoV-2的近源研究”(
The Proximal Origin of SARS-CoV-2)。这份说明是根据世界顶尖流行病学家哥伦比亚
大学(Columbia University)的伊恩·利普金(W. Ian Liplin)、悉尼大学的爱德华·霍
姆斯 (Edward Holmes)和斯克利普研究所的克里斯蒂安·安德森等人对SARS-CoV-2基因
组中两个疑似人为干预的特征进行功能性和结构性的比较分析所得的结论。声明说，“
这些分析提供了大量的证据推论出SARS-CoV-2不会是实验室工程制造而泄露的病毒，而
应该是病毒自然进化的产物。” |
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发帖数: 1 | 38 有了PRRA 基本可以排除实验室泄露可能被排除，可以转守围攻了
"There are also documented instances of the laboratory acquisition of SARS-
CoV-1 by laboratory personnel working under BSL-2 containment29,30. We must
therefore consider the possibility of a deliberate or inadvertent release of
SARS-CoV-2. In theory, it is possible that SARS-CoV-2 acquired the observed
RBD mutations site during adaptation to passage in cell culture, as has
been observed in studies with SARS-CoV5 as well as MERS-CoV31. However, the
acquisition of ... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 39 “While the analyses above suggest that SARS-CoV-2 may bind human ACE2 with
high affinity, computational analyses predict that the interaction is not
ideal7 and that the RBD sequence is different from those shown in SARS-CoV
to be optimal for receptor binding7,11. Thus, the high-affinity binding of
the SARS-CoV-2 spike protein to human ACE2 is most likely the result of
natural selection on a human or human-like ACE2 that permits another optimal
binding solution to arise. This is strong evidence t... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 40 小将埋怨native speakers的英语不好？哈哈哈哈
: “While the analyses above suggest that SARS-CoV-2 may bind human ACE2
with
: high affinity, computational analyses predict that the interaction is
not
: ideal7 and that the RBD sequence is different from those shown in SARS
-CoV
: to be optimal for receptor binding7,11. Thus, the high-affinity
binding of
: the SARS-CoV-2 spike protein to human ACE2 is most likely the result
of
: natural selection on a human or human-like ACE2 that permits ... 阅读全帖 |
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w********9
发帖数: 8613 | 41 http://www.nhc.gov.cn/yzygj/s7653p/202003/46c9294a7dfe4cef80dc7f5912eb1989.shtml
新型冠状病毒肺炎诊疗方案 (试行第七版)
2019年 12月以来,湖北省武汉市出现了新型冠状病毒肺炎疫情, 随着疫情的蔓延,我国
其他地区及境外多个国家也相继发现了此类病例。 该病作为急性呼吸道传染病已纳入
《中华人民共和国传染病防治法》规定的乙类传染病,按甲类传染病管 理。 通过采取
一系列预防控制和医疗救治措施,我国境内疫情 上升的势头得到一定程度的遏制,大多
数省份疫情缓解,但境外的发病人数呈上升态势。 随着对疾病临床表现、病理认识的深
入和诊疗经验的积累,为进一步加强对该病的早诊早治,提高治愈率,降低病亡率,最大可
能避免医院感染,同时提醒注意境外输入性病例导致的传播和扩散,我们对《新型冠状病
毒肺炎诊疗方案(试行第六版)》进行修订,形成了《新型冠状病 毒肺炎诊疗方案(试行
第七版)》。
一、病原学特点
新型冠状病毒属于B属的冠状病毒,有包膜,颗粒呈圆形或椭圆形,常为多形性,直径60-
140nm。 其基因特征与SAR... 阅读全帖 |
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g**********y
发帖数: 423 | 42 欢迎讨论，特别是各种程序的调用参数 。。。
http://dl.dropbox.com/u/62547840/NGS_Illumina.pm
http://dl.dropbox.com/u/62547840/NGS_Illumina.pl
screen output:
Illumina 1.3+ fastq format: ASCII(min, max) = (66, 102)
2012/08/25 11:41:15 START maq ill2sanger Run1_testicular-28T_lane2_read1_
sequence.txt Testis_T28_read1_sanger.fq
2012/08/25 11:42:57 SUCCESS after running 0 hours 1 minutes 42 seconds
2012/08/25 11:42:57 START maq ill2sanger Run1_testicular-28T_lane2_read2_
sequence.txt Testis_T28_read2_sanger.fq
2012/08/25... 阅读全帖 |
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C***m
发帖数: 120 | 43 0=Var(X1+X2+...+Xn)
=Var(X1)+Var(X2)+...+Var(Xn)+\sum Cov(Xi,Xj)
=n*Var+n(n-1)Cov
with,
E=1/n*(1+2+...n)
Var=1/n*(1^2+2^2+3^2+...n^2)-E^2=(n^2-1)/12
=>
Cov=-(n+1)/12
so,
Var(X1+X2+...Xm)=m*Var+m(m-1)*Cov=m(n^2-1)/12-(n+1)m*(m-1)/12
=m(n+1)(n-m)/12
is it correct? |
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k*****y
发帖数: 744 | 44 Assume var(X) = var(Y) = var(Z) = 1.
Write
Y = 0.7*X + sqrt(0.51)*y
Z = 0.8*X + 0.6*z
where cov(X,y) = cov(X,z) = 0, and var(y) = var(z) = 1.
Then cov(Y,Z) = 0.56 + sqrt(0.51)*0.6 cov(y, z). Therefore
max = 0.56 + sqrt(0.51)*0.6
min = 0.56 - sqrt(0.51)*0.6
Z) |
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k**y
发帖数: 920 | 45 sigma_x和sigma_y是std对吧？
let Y'=X+Y
then EY'=mu_x+mu_y
std(Y')=sqrt(varX+varY+2rho*sigma_x*sigm_y)
Cov(X,Y')=Cov(X,X+Y)=varX+Cov(X,Y)=sigma_x^2+rho*sigma_x*simga_y
根据Normal Dist条件分布的公式
E(X|Y'=z) = mu_x + sigma_x/std(Y')*corr(X,Y')*(z-EY')
= mu_x + Cov(X,Y')/std(Y')^2 *(z-mu_x-my_y)
= mu_x + (sigma_x^2+rho*sigma_x*sigma_y)/(sigma_x^2+sigma_y^2+2rho
*sigma_x*sigma_y *(z-mu_x_mu_y)
z |
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P*S
发帖数: 381 | 46 试着写写我的思路，
Q1:
cov(y_hat, y)
= cov(beta1 x1+beta2 x2, y)
= beta1 cov(x1, y) + beta2 cov(x2,y)
= 0.5beta1 + 0.6beta2
Q2: 先orthogonalize X1,X2,再做linear regression
(1)regress X2 on X1, 取residual，作为新的变量,X2_hat。保证 X2_hat和X1是
uncorrelated
(2)regress y on X1, X2_hat |
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m*****8
发帖数: 654 | 47 一组变量里面的一个和这组变量的均值有没有covariance？
比如 yi=xi-xbar
那么varyi=var(xi)+var(xbar)-cov(xi,xbar)吗？
我觉得不是，因为cov（x，xbar）如果要估算只能是0，因为xbar是不变的。cov(x,
xbar)=E(x-u)(xbar-u)/...
但是estimate
cov(x,xbar)=E(x-xbar)(xbar-xbar)
但是我又很confuse。
另一个是two-way model 问题。
yij=u+ai+bj+eij
如果知道ij那么
varyij|ij=sigma^2
如果只知道i那么bj就有variance了
varyij|i=varbj+sigma^2
那么var（bj）算什么呢，b是一个常数还是一个bernulie变量还是dummy variable？ |
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l*********s
发帖数: 5409 | 48 I want something like cov below //residual is a residual matrix of a manova
model
cov=vector()
for(i in 1:6){
cov[i]=cov(residual[i*4-3:i*i,])
} |
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l**********n
发帖数: 1742 | 49 Middle East Respiratory Syndrome (MERS) is an illness caused by a virus (
more specifically, a coronavirus) called Middle East Respiratory Syndrome
Coronavirus (MERS-CoV). MERS affects the respiratory system (lungs and
breathing tubes). Most MERS patients developed severe acute respiratory
illness with symptoms of fever, cough and shortness of breath. About 3-4 out
of every 10 patients reported with MERS have died.
Health officials first reported the disease in Saudi Arabia in September
2012. Th... 阅读全帖 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 50 The genome of SARS-CoV consists of a single, positive-strand RNA that is
approximately 29,700 nucleotides long. The overall genome organization of
SARS-CoV is similar to that of other coronaviruses. The reference genome
includes 13 genes, which encode at least 14 proteins. Two large overlapping
reading frames (ORFs) encompass 71% of the genome. The remainder has 12
potential ORFs, including genes for structural proteins S (spike), E (small
envelope), M (membrane), and N (nucleocapsid). Other pot... 阅读全帖 |
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