r***v
发帖数: 12658 | 1 可以选不同加油站的油卡
BP shell exon mobile啥的 |
|
g********r
发帖数: 31 | 2 Exonic AI-304 inCarBite Wireless Bluetooth Headphones |
|
C*****h
发帖数: 926 | 3 Small oilgos 还是可以直接进入细胞的，并且可能用来治病。
下面是两篇Nature文章，很有前途的。
（说明一下，这个纯粹学术交流，与方舟子打假无关。）
Peripheral SMN restoration is essential for long-term rescue of a severe
spinal muscular atrophy mouse model
Yimin Hua et al., 2011. Nature (478) 123-126
Pathogenic exon-trapping by SVA retrotransposon and rescue in Fukuyama
muscular dystrophy
Mariko Taniguchi-Ikeda et al., 2011. Nature (478) 127-131 |
|
|
c**c
发帖数: 2593 | 5 嗯，好像作者实际上实现起来比四个字母要复杂，用的是氨基酸序列。作者特地做了如
下说明：
To keep to 'the spirit of the genome', I did the conversion, not from the
bases (adenine, cytosine, thymine, guanine), but from the 'codons'--the sets
of three bases that code for an amino acid. There are 64 (4X4X4) possible
codons and only 20 amino acids. Amino acids then, are represented by a
variable number of codons--from six down to one. I associated those amino
acids with the highest number of codon representations with the most common
notes of t... 阅读全帖 |
|
n********n
发帖数: 8336 | 6 http://www.bydnacoding.org/WHY.html
客观地说，进化论诞生一百多年来，经历了无数的争辩，每次都以进化论的胜利告终。
因此，进化论在生物科学界，被认为是无可争辩的真理。
人们不禁要问，你们凭什么可以倾覆进化论？
我们的回答是：仅仅凭着两件简单的武器，这就是DNA编码和中学级别的数学。DNA编码
来自基因银行（美国NBIC GenBank）；数学是指数、对数运算和骰子理论。
就人类而言，DNA编码包含着人类全部的遗传信息。是DNA编码承载的“物质的遗传信息
”决定了人体和人体生理特征；“非物质的遗传信息”表达出人的聪明、智慧等特征。
DNA编码表达的事实，和进化论完全对立。而数学是DNA解码的有力武器，因为数学能最
深刻、最直接地表明哪些是不可能产生的假说，哪些是必然发生的事实。
“数学不是理论的构建者，也不是假说，但是，它却是理论和假说的法官、是理论和假
说必须服从的裁判者。没有数学的认可，既没有规律可以遵守，理论也得不到解释。”
( 美国数学家、天文学家，本杰明·皮尔斯Benjamin Peirce ,1809 – 1880）
“neither is ... 阅读全帖 |
|
s******n
发帖数: 7 | 7 寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家
我们也想借未鸣空间的宝地，公开求贤，寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家，共同创
业。
专业方向:
Gene expression microarray data analysis
Array-based CGH Data Analysis
SNP array data analysis
Exon array data analysis
MicroRNA array data analysis
DNA methylation array data analysis
欢迎有这方面专长的学者来函洽谈。
联系方式：
Email:c*****************[email protected]
联系人：Steve Sun, Ph.D. |
|
s******n
发帖数: 7 | 8 寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家
我们也想借未鸣空间的宝地，公开求贤，寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家，共同创
业。
专业方向:
Gene expression microarray data analysis
Array-based CGH Data Analysis
SNP array data analysis
Exon array data analysis
MicroRNA array data analysis
DNA methylation array data analysis
欢迎有这方面专长的学者来函洽谈。
联系方式：
Email:c*****************[email protected]
联系人：Steve Sun, Ph.D. |
|
|
q**w
发帖数: 782 | 10 今年生物似乎不错
http://www.nature.com/nsmb/journal/vaop/ncurrent/full/nsmb.2959
NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY | ARTICLE
Exon-intron circular RNAs regulate transcription in the nucleus
Zhaoyong Li, Chuan Huang, Chun Bao, Liang Chen, Mei Lin,
Xiaolin Wang, Guolin Zhong, Bin Yu, Wanchen Hu, Limin Dai,
Pengfei Zhu, Zhaoxia Chang, Qingfa Wu, Yi Zhao, Ya Jia, Ping Xu,
Huijie Liu & Ge Shan |
|
s******n
发帖数: 7 | 11 寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家
我们也想借未鸣空间的宝地，公开求贤，寻找ＤＮＡ芯片数据分析方面的专家，共同创
业。
专业方向:
Gene expression microarray data analysis
Array-based CGH Data Analysis
SNP array data analysis
Exon array data analysis
MicroRNA array data analysis
DNA methylation array data analysis
欢迎有这方面专长的学者来函洽谈。
联系方式：
Email:c*****************[email protected]
联系人：Steve Sun, Ph.D. |
|
w****e
发帖数: 536 | 12 ebay上淘个exon L5640 es，大概400美金以下
Corsair XMS3 12GB ( 3 x 4GB )
Gigabyte LGA 1366 Intel X58 USB 3.0 ATX Intel Motherboard (GA-X58-USB3)
其他随便。 |
|
c*********r
发帖数: 1312 | 13 多谢推荐，ebay上这个exon L5640 es要bid吧？
12GB RAM对我的应用稍小了一些。 |
|
e*******d
发帖数: 462 | 14 要多线程应该上X79平台，exon cpu吧，多核，四通道内存，价格也不贵 |
|
M****e
发帖数: 70 | 15 windysea, it seems that you have to do KO job as well. good:).
typical design for the targeting construct will aim at the
first several exons. in my case, since i only got the genomic
fragment in the middle, and several years ago mouse genome
sequence was not published yet, i had to choose a functional
domain that is important to the gene, in my case, a protein
kinase. when i got the knockouts, the phenotype was pretty
interesting so that i could get some publications; however,
i still could not |
|
f***r
发帖数: 19 | 16 1) Do your realtime primer/probe span exons? If not, genome contamination may
cause the discrepancy.
2) Narrow down your standard curve range, for example using a two or three
times dilution intead of ten.
3) It seems you use absolute standard curve method. If you just wanna compare
two samples, why not use total cDNA make standard curve and normalize to
housekeeping gene? |
|
s*******e
发帖数: 740 | 17 Thank you for carefully read my post.
你说的对，我只是将问题简化来说了，实际情况要复杂一些
我设计的vector包含3个loxp sites，前两个夹着一个exon，第二个和第三个夹
着一个neo基因，这是很常规的设计方法，整个insert region很大，有3k左右
我可以通过southern blot来检测homologous recombination，因为这个insert
引入了一个新的EcoRI site
我的确得到了homologous recombinated干细胞，并用它做了老鼠，但当我用这个老鼠
和Cre mouse杂交时，我怎么也看不到Cre－loxp recombination
仔细检查才发现第一个loxp site莫名其妙得丢了
如我前面叙述的，这个loxp site夹在两个NcoI site中间，它前面和后面很近
的DNA都进去了，就是这一段丢了 |
|
G***G
发帖数: 16778 | 18 anyone can help me with it? |
|
G***G
发帖数: 16778 | 19 right. that is my argument.
but a professor and a student insist on 'yes'.
I was only voice saying 'no'.
so majority of the audience didn't support me.
up. |
|
g**********t
发帖数: 475 | 20 我觉得这是个概率问题。对于全基因组尺度的分析，如果误杂交的概率很小的话可以这
么说。但是对于单个基因来说还是应该用更可靠的方法验证。 |
|
s*******p
发帖数: 41 | 21 Postdoctoral Fellow (Bioinformatics-focused)
This position is open immediately in the Lo Laboratory, which is focused on
melanoma research in three thematic areas:
Discovering somatically mutated genes in melanoma using exon capture and
next-generation sequencing and studying these genes in the pathogenesis of
melanoma.
Dissecting oncogene co-dependent survival networks in melanoma using V600EB-
RAF as a prototypic melanoma oncogene and siRNA library as a discovery tool.
Understand the mechanism |
|
c*t
发帖数: 1063 | 22 一个dominant的老鼠，heterozygous breeding female根本不怀孕，所以无法得到
homozygous的老鼠。现在只能用heterozygote来找mutation。并且位点在比较大的
intro上，如何找这个mutation呢。。
大概图（exon 2 and 3 deletion）
exon1（70） （intron 60k） exon2（1800） exon3（400） （intron 20k） exon4
（140）。
欢迎各位前辈指教.
谢谢！！！ |
|
i********f
发帖数: 206 | 23 intron应该不是必须的吧,
又不少基因就是只有一个exon的,至少在RICE和ATH里面是这样 |
|
b***g
发帖数: 516 | 24 你的qPCR的引物在不同的exon么
我是说会不会是genomic contamination |
|
w*******g
发帖数: 16 | 25 谢谢各位的回复。probe是在exon和intron之间，不会是genomic contamination |
|
n**b
发帖数: 23 | 26 only boundary sequence in Intron is nonexceptional (that is to say, intron
has to start with GT,and end with AG). As for the sequence in Exon, it
usually ends with AG, and starts with GT. So It will be OK to change A to G
for your case. But as HENBEN said, you'd better to test it first. |
|
i*********0
发帖数: 915 | 27 Normally I just leave the AG GT in the introns unchanged. I do not care
about the end and beginning of the exon.
whatever, when you have the targeted ES cells, you can detect it with RT-PCR.
G |
|
L******e
发帖数: 679 | 28 最近PCR碰到一个奇怪问题。需要从人的genomic DNA 里PCR一个100到150bp左右的片段
（EGFR）。在第一个exon之前的intron里，设计了好几次引物，还是用PCR-BLAST设计
的。结果每次都出来一个1000bp左右的片段，测序后根本不是我要的那个基因来的（
EGFR）。最离谱的是在这里面（新基因全部的基因序列）尽然找不到我的PCR引物序列
。所用工具为BLAST。用BLAST检查引物又都对。
大家碰到过这种问题吗？劳驾给点建议。谢了。 |
|
b******r
发帖数: 111 | 29 I need PCR 5-flanking of mouse APOE genomic DNA(9kb upstrean of exon 1),and
human APOE3,4 genomic DNA(4kb). I have tested 10 primer pairs and their
combinations.But till now,can not get the target PCR product.Maximum is non-
specific 2-4 kb Anyone knows any vectors and their vendors contain the
mouse and human APOE full length genomic DNA ? |
|
h****g
发帖数: 439 | 30 比较小白。
一般把loxp放到某个基因某个exon的两侧，比如exon3. 在cre的作用下，exon3被cut。
但这个DNA是不是还是要转录成mrna，只是中间缺少了exon3？这个残缺的mrna还翻译成
蛋白吗？
确实很小白，大家不要笑:) |
|
z****g
发帖数: 972 | 31 看附图。
有没有什么软件能够输入Genomic Sequence，自己可以标记哪里是intron，exon和
insertions？就像画质粒图谱的那种软件一样？ |
|
a***e
发帖数: 1010 | 32 blast exon sequence with the genome. |
|
|
c**n
发帖数: 73 | 34 The easier way is to design a pair of primers at exon junctions so that the
PCR reaction won't pick up anything from genomic DNA.
You can certainly do DNase I treatment but often you lose a lot of RNA
during this step. |
|
h*****y
发帖数: 10 | 35 It's a homologous recombination deleting one exon. And this gene is a member
of protein family. |
|
c******r
发帖数: 3778 | 36 你是说2kb？如果你想表达这个蛋白，很简单啊。设计对primer，提点RNA直接做RT-PCR
好了。这样得到的就是coding sequence，没有intron，表达比较容易吧？
从genomic DNA上clone除了exon还有intron，有时候不一定在细胞里面能够正确表达。 |
|
m*********7
发帖数: 606 | 37 不客气，希望你能顺利克隆。
还有一个办法你可以试一下，如果你这个蛋白序列比较保守的话，你可以将已知的序列
，如sequence1,去和其他物种（如小鼠，大鼠，黑猩猩）的genome sequence及已知的
cDNA序列比较一下。高度保守的蛋白在较近的物种间coding sequence的exon和intron
间splice的方式很接近，有助于你判断start codon和stop codon的位置。反正你只需
要知道coding region和很小一部分的5'-UTR和3'-UTR的序列，方便克隆就行。 |
|
E****A
发帖数: 184 | 38 长是够长。不过根据我个人经验，强烈不建议用utr region来做probe，尤其是5’-UTR
。我曾经在5'UTR region做过两个probe，效果都很不好，全杂到rrna上了，结果后来
在中间部分的两个exon上做了两个probe，结果就很漂亮。 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 39 别晕。这种情况不少见。因为很多alternative splicing 并不需要第一个exon |
|
|
s******y
发帖数: 28562 | 41 设计得好的也可以啊，比方说如果是切5-end exon, 那就用3-end的探针来杂交，
看看转录出来的片断有多长。如果出来一条不是在意料之中的长度的话，
那就说明可能出来了意外的剪切 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 42 你想敲掉的基因的exon 两端先knockin flox element
然后和已经knockin 由某个特异pomoter 驱动的cre基因的老鼠杂交
杂交后代的老鼠，在某些组织里会表达cre蛋白，就把flox element 镶嵌的基因序列
剪掉了。 |
|
S*********e
发帖数: 127 | 43 for example, from GenBank? |
|
|
s*********s
发帖数: 110 | 45 check ensembl
they have detailed information for each gene |
|
n******7
发帖数: 12463 | 46 CNV分析我刚接触，不知道怎么比较sequencing和microarray检测出来的质量，
1000genome的文
章有详细的方法叙述，感兴趣可以看看
分辨率对我们来说很重要，因为我们需要精确的知道break point。 microarray的分辨
率是500左
右，比很多exon都大了。。。 |
|
d******e
发帖数: 351 | 47 design ur primers in fixed exons |
|
n********t
发帖数: 1079 | 48 不significant就不用发了，发出来都丢人。不过他们是targeted screen，应该没啥问
题。
还有一种可能是他老板是牛人，或者认识一个可以拉来署名的牛人，那就去牛人灌水的
自留地：PNAS
改变AA？这个太难了，基本上screen出来的都不是Exon里的SNP。如果是validated
missense/nonsense，抱着这个蛋白追击，实验结果漂亮的话能上CNS。 |
|
z***i
发帖数: 166 | 49 可以不再exon而在intergenic sequence里吗？ 有大概比例吗？谢过。 |
|
