g*********d
发帖数: 233 | 1 intergenic sequence的相对比exon多
我的感觉 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 2 可能是very recently arised pseudogene or duplicates.
如果exon完全一致，那么恐怕不能叫做paralog了。
anyhow, 不管是那种情况，都没啥大意思。
象oyster这类的，恐怕duplicate gene不少吧。 |
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l******n
发帖数: 520 | 3 好像有个online程序可以把你的DNA seq map到amino acid seq上
然后看你的突变点处于intron还是exon，对翻译产物有无影响一目了然
其实也可以写个perl |
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a******g
发帖数: 129 | 4 RT-PCR有时候是看不出这个gene是不是表达的，因为你的primer只探测一部分mRNA的表
达，如果你用RNA-seq去看的话，你会发现这个gene的某些exon highly transcribed,
但有的几乎没表达，结果就是这个gene的mRNA不完整无法被translate,你自然就看不见
蛋白了 |
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E****A
发帖数: 184 | 5 如果一条mRNA在第一个和第二个exon上分别有一个AUG，并且有完整的ORF，只是ORF1比
ORF2多出几十个氨基酸，剩余的氨基酸序列完全相同。请问，这条mRNA在细胞里被翻译
时会从哪个AUG上开始翻译？会同时被翻译成两条多肽链吗？
看一些文章说upstream ORF会影响翻译。到底怎么一个影响法呢？
多谢讨论！ |
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E****A
发帖数: 184 | 6 thx for yr opinion. but why do u think that translation doesn't start from
the AUG in the sencond exon? is there any proof?
front
your |
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l*****g
发帖数: 43 | 7 想用knockin表达一个基因（不同种系），为什么有些人用genomic DNA（intron和exon
），而不是简单的full length cDNA？我不需要高表达，只要right amount， right
place。 |
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r**z
发帖数: 37 | 8 knockin还真没见过有人用gDNA的，能给个例子吗？谢谢
exon |
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l*****g
发帖数: 43 | 9 有。用人基因代替老鼠基因，3到4个exon。是公司做的，没看见发表文章
如果是转基因，什么时候用cDNA，什么时候用G DNA？什么考究呢？ |
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m***o
发帖数: 272 | 10 我是不是还没有讲明白，急死了。转录和翻译的起始点我都困惑。
这个5UTR是在原来gene的intron里面。
关于翻译的起始点，是不是原则No1是第一个ATG一般就是起始的，No2 才是考虑Kozak
序列。虽然后面的两个有Kozak序列，但因为第一个ATG挡在那里，所以翻译还是从第一
个开始。
关于转录的起始点，我测了20多个序列了。如果第一个ATG的A为0，那么我只有一个在
大概-70（这是最远的），有2个在-4，其余的大概好几个就在+4+5+6位置，还有好多在
+15to+18之间（这个就是3个ATG的下游了）。（原来说的60个bp的差别该改成88个）。
如果在3个ATG的下游，那岂不就没法翻译了吗。不过PCR倾向于拷短的条带，所以有可
能放大了短的片段。
然后我用RT-PCR把5‘引物放在+24，可以看到很强的条带，放到-20条带就弱了很多，
放到-70位置，就更弱了。但是都能看到条带，而且对照很干净，所以就是说这些不同
长度的RNA都存在。而且还有可能-90的位置可能也转录了，但是我没有得到克隆测序。
所以我现在就很想知道转录到底哪是起始点。
另外做5-RACE，大家可以得到... 阅读全帖 |
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h********n
发帖数: 4079 | 11 exon 4 deletion应该没错, 两个实验室验证了.
alternatice splice, 怎么验证? |
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s******r
发帖数: 2876 | 12 不如先RT，western看看还有没有转录和表达。
exon 4 deletion应该没错, 两个实验室验证了.
alternatice splice, 怎么验证? |
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h********n
发帖数: 4079 | 14 恩, 我准备做RT看看含有exon 1-3的mRNA 是否存在. |
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B******o
发帖数: 496 | 15 是怎样的KO呢。一般KO去掉个exon啥的只是蛋白没了，mRNA当然在啊
记得哪里见到过，细胞内如果有反馈机制的话自然会试图提高mRNA的transcription。
这没啥不正常吧 |
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d******u
发帖数: 178 | 16 即使只是truncate部分exon，KO一般会导致mRNA表达不稳定，如果有truncated
protein表达的话，KO是不成功的。
上面情况最可能的解释是：那个probe also detects other Bcl6 family members。查
一查那个probe的序列，然后看看Bcl6 family的同源性。 |
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o*****r
发帖数: 156 | 17 someone has mentioned before that in KO, not the whole gene was completely
deleted.
In most cases, just an exon. So depends on which part of the gene been
probed in microarray,
you might see higher level profile because cells tend to increase the gene
expression level trying to
compromise the KO defect, though not effective.
strains was shown to have higher expression of Bcl6 than in the wild type.
How could this happen? I kind of
think it should be the opposite. |
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s******s
发帖数: 13035 | 18 我觉得NGS你没这么多钱全测, 只能targeted, 用probe pull down或者PCR,
价格也不低或者工作量也不小, 还不如手工测. 如果只测exon/tss啥的,也就是
几个plate而已. |
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s******s
发帖数: 13035 | 19 人家不是要exon seq, lz都知道要测那个具体基因了。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 20 我们确实是想同时关注3'utr, 5‘utr和non-coding sequencing上的信号的，不仅仅测
exon。我能不能限制几个target genes来做？会更省钱更快么？ |
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n**********s
发帖数: 228 | 21 研究的基因是一个酶，很简单的knock in模型，就是将GFP-Neo同源重组到基因的第一
个exon前面，这样homozygous的老鼠该酶实际上是knock out的。
理论上GFP表达细胞是受该基因调控的，现在的结果是，在已知正常情况下该基因表达
的器官，homozygous的老鼠GFP细胞数大概是heterozygous的2倍多，比较的是相似位置
的切片，做过统计，基本上是这个结果。
请教这种现象准确原因是什么？Allelic Imbalance造成的吗？好像没什么理论基础支
持这个？另外，该基因也不存在明显的imprinting，应该不是这个原因吧。请高人指教
！ |
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c**********6
发帖数: 1173 | 22 就是三个不同的exome capture的design
最早的design是38M，然后出了v2是44M，加了一些新的或者以前没有包括的exon，然后
又出了50M的design |
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W*****o
发帖数: 1780 | 23 我研究一个基因家族，利用transcriptome的办法鉴定出来该家族二十多个基因。同其
他species中的类似基因相比全部提前终止，而且只在一个exon里。为了进一步确定这
个发现，我做了3‘RACE，但由于该基因家族表达量太低，RACE拿到的片段都不是我需
要的。请问各位高人，除了继续优化RACE外我还有什么其他办法来确定transcriptome
的结果是正确的吗（C末端提前终止)？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 24 没做过老鼠。是不是只knockout了function，比如一个exon啥的，你测了其他的了 |
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T*****n
发帖数: 274 | 25 1. 确定是Δ/Δ而非fl/fl?
2. Target gene只有某个exon/UTR被deleted, 而你的real time PCR引物pick up了没有
被敲掉的genomic DNA contaminant。检查引物看它们的genome locus是否隔得够远? |
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T*****n
发帖数: 274 | 26 非也。mRNA有稳定性的问题，只敲一个exon或者UTR也可能导致无mRNA转录。 |
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T*****n
发帖数: 274 | 27 其实也要视实际情况。比如knock out target gene的一个exon by introducing
frameshift and stop codon (对于很多很大的基因来说，这样做很常见），如果
RT－PCR的一条引物在敲掉区域，肯定是检测不到mRNA的；但实际上target
gene有可能表达为truncated/mutated form，这样子的话RT-PCR就会出错。
这种情况下，RT-PCR引物扩增没有delete的片段更加可靠,它可以明确告诉你target
gene是否有表达为任何形式。
当然，最可靠的手段还是southern和western。 |
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R******n
发帖数: 33 | 28 从基因组DNA里面分段扩exon然后拼起来 ：） |
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n***1
发帖数: 45 | 29 谢谢，这个我当然知道啊，我是说在EXON的5＇和3＇端多远，哪些conserve sequence
的mutation算splicing site mutation, 看了半天文献也没看明白。。。
做遗传的请指教下
in |
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p****p
发帖数: 3360 | 30 I think ss mutation potentially could also leads to alternative splicing and
therefore missing of exon?
in |
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m***o
发帖数: 272 | 31 十分感谢各位的回复。又学到了新东西！抓住老板谈了谈，老板观点，继续试别的组织
和细胞系看看RNA和蛋白有没有可能表达。我对这个很没有信心。而且刚刚有个发现是
，我发现这个新的form可能是个pseudogene。因为我用genomic DNA，也得到了片段，
我的primer是跨3个exon。虽然我认为这个片段是alternative splicing得到的，但是
我也没证据排除是这个psuedogene转录得到的。如果是pseudogene转录的，但别的组织
都没有。感觉这个新的form在进化中可能有作用，但是现在不知继续研究它还有没有意
义。跟老板谈，老板很不感兴趣，认为我做的太多方向，要有priority。
打印出来了大家推荐的文章，再次感谢。 |
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b*********g
发帖数: 506 | 32 已知一个exon的序列，是mouse的，如果比对它跟其他种属的同源性？
有没有哪个网站，我输入我的序列，它能自动帮我找到其他种属的序列，并给出对比的图
多谢 |
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n******7
发帖数: 12463 | 33 也许可以用UCSC genome browser
用Multiz Alignments of 46 Vertebrates， 把你的exon序列BLAT到MM9，然后看看其
他物种alignment的情况 |
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y*********u
发帖数: 183 | 34 在研究一个蛋白
文献报道有两个isoform ，A和B
isoform A所有exon都表达
isoform B发生了两个splicing event
我现在疑问的地方就是觉得可能存在另外两个isoform ：因为从序列特性上来说，两个
spicing event都可以独立发生
在这种情况下，要去哪些数据库中dig out可能的spicing event 呢？ |
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y*********u
发帖数: 183 | 35 很多commercial CMV driven 的plasmid能做到用IRES drive上游下游基因同时表达，
但很多文章里似乎说到如果把IRES knock in到内源基因的EXON，上游基因表达就会被
抑制(但也有说会增强的……) ， 雾水了 |
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n******7
发帖数: 12463 | 36 自己回答一下
就我的经验，gmap用来做454 sequence的alignment非常好
bowtie-tophat 有很多很奇怪的结果 后续用cufflink处理丢了很多exon |
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n******7
发帖数: 12463 | 37 自己回答一下
就我的经验，gmap用来做454 sequence的alignment非常好
bowtie-tophat 有很多很奇怪的结果 后续用cufflink处理丢了很多exon |
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j*****d
发帖数: 787 | 38 http://the-scientist.com/2011/09/20/plant-rnas-found-in-mammals
+Plant RNAs Found in Mammals
MicroRNAs from plants accumulate in mammalian blood and tissues, where they
can regulate gene expression.
By Cristina Luiggi | September 20, 2011
11 Comments Link thisStumbleTweet thisDreamstime.com, Rewat
WannasukMicroRNAs from common plant crops such as rice and cabbage can be
found in the blood and tissues of humans and other plant-eating mammals,
according to a study published today in Cell Research.... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 39 The lincRNA annotation from Broad is not really good. Many people have
complained about that. For example, in this paper, the authors only give the
chromosome start stop of the predicted lincRNAs, although, we are pretty
sure they have the exon coordinates and splicing structures (because that
was a direct output from either Cufflinks or Scripture). |
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y*********u
发帖数: 183 | 41 如图
我要knock in表达的原基因有4个exon，我想插入一个EGFP reporter
，于是把exon1和exon2 replace掉（留下一小部分flanking sequence）
因为这个基因的3'UTR的调控做得很热，因此我就不能引入外源polyA 比如SV40, BGH
polyA等
粗看过去似乎问题不大，我用的EGFP的编码做过修改不含有splicing context
但是也有人说不加外源polyA的knock in表达很靠运气？ |
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g***y
发帖数: 201 | 42 设计一个vector应该尽量实现多重目的。
像你这个设计，我觉得实现的功能比较少。
你这个原则上就是个 complete knockout 的设计
如果你只是想把原基因的前两个exon替换成egfp，那么是想看在transcription level
这个基因的表达。
那么随便从什么地方买个 gene trap就可以了，为什么还要自己费劲做呢？
另外，你这个设计也有潜在的问题，就是如果egfp本身带了stop codon,我 建议你去搜
non-sense mediated decay.
如果efgp没有带stop codon,你想让它作为fusion protein 跟 exon3,4 接在一起，那
我不确定是不是后面的序列会影响
gfp fluorescence,可以随便在什么cell line 里表达看看。
总之，建议你多看看别人的conditonal knockout vector 的设计。 |
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d******r
发帖数: 124 | 43 一般来说，RNAi是降解整个mRNA，还是其中拥有同源序列的那部分mRNA？其他部分仍然
能转译表达？我用两个shRNA降解同一个基因，但是得到的表型却完全相反。有没有可
能是因为这两个shRNA降解了不同的exon，形成了不同功能的片段？ |
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d******r
发帖数: 124 | 44 一般来说，RNAi是降解整个mRNA，还是其中拥有同源序列的那部分mRNA？其他部分仍然
能转译表达？我用两个shRNA降解同一个基因，但是得到的表型却完全相反。有没有可
能是因为这两个shRNA降解了不同的exon，形成了不同功能的片段？ |
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t*d
发帖数: 1290 | 45 来接个龙。这个错误怎么样？一篇今年的 Genome Biology 的文章。
Figure S1: pptimal probe melting temperature is consistent in exons, introns
, and intergenic regions.
这个是正文中，给补充材料的说明。不是在补充材料中。补充材料一般更是错误百出。
我自己文章的补充材料也不怎么认真写。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 46 目前查到大多数主流故事都是认为 intron上的splicing donor/accepter比较重要
熟悉这个领域的同学能讲讲Exon/Intron junction的重要性么？
谢谢！ |
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s********r
发帖数: 312 | 47 I think its two different processes. splicing donor/accepter determines
splicing pattern. Exon/intron junction accounts for nonsense-mediated decay,
to degrade mis-spliced mRNA |
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b**********8
发帖数: 349 | 48 针对某个基因的mRNA 设计shRNA, 靶向第4个exon，western检测KD的效果。用这个基因
编码蛋白的C-terminus antibody检测，跟control shRNA相比，这个shRNAKD的效率接
近100%，但是用这个蛋白的N-terminus antibody去检测，却只有很微弱的（~10%）的
下调。
怎么解释这个现象？ |
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M*****n
发帖数: 16729 | 49 问题是跟什么比较啦。
删除了SNP以后，还是会有很多variation的。
建议从exon入手啊。
把病人的所有组织都测一遍。 |
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k****f
发帖数: 29 | 50 PS: Knockout mice were produced by inserting NEO to delete one exon.
a |
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