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全部话题 - 话题: exon
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b**********8
发帖数: 349
1
来自主题: Biology版 - 大家有没有经历过这种情况?

当初确实设计了不同序列的两对shRNA,结果一样,只不过其中一对更为profound。这样
的话是不是可以排除shRNA的脱靶效应。
我后来比较了一下,两队shRNA分别target A基因的第1和第4个exon,后来买的
smartpool siRNA,其中两条也是target这两个exon,还有两条target 更靠近3'端,其
中好像有一条还target到3’UTR(记不清了),请问这个有什么影响吗?
j****x
发帖数: 1704
2
这个可以想象,正是由于老板自身的经历,才会觉得这些都是无比正常的事情。
如果我是你,也许我会和老板说,如果我现在还处在30多年前的条件下,我也许会和您
一样接受这个挑战。而今30多年过去了,我却还需要用几乎同样的低效率的方法和路线
再重复您当年的老路,我觉得这是这个课题的悲哀,也是我们两代biologist的悲哀。
如果我做这个课题,首选方法是RNA Sequencing和exon array。Northern能带给你的信
息,测序结果或者exon array都能呈现,你自己也能借此学到比较前沿的实验和数据分
析方法。更为重要的是,整个初步结果也许你一个月都拿到手了。我是无法理解,这1-
2万美金的实验花费会比这2年的时间成本更重要。。。当然,也许你老板并没有把握做
完这个screening一定会有类似当年的重要发现,而不愿意冒这个成本的风险,那实话
说,你就更没有必要冒这个风险了。呵呵,可以建议老板花钱雇个technician来完成这
个项目,你可以坦白告诉她,你需要的是PHD training。
m***o
发帖数: 272
3
谢谢楼上各位。
tozifeng85: 蛋白纯化不出来是不可以打质谱吧,有3个离的很近的ATG都在读码框架里。
juzbox,我做的这个gene有全gene序列,而且已经知道全长cDNA的序列,就是根据全长
序列,我才能说这个短的有3个ATG都在读码框架里。知道基因组序列信息可以怎么做而
不用做RACE呢?有什么网站或者软件推荐吗?
另外蛋白N端比较保守,我觉得不对呢,我读了些alternative splicing 的文章,大部
分是N端不一样,而都保留相同的C端。
我现在比较确定拿到了比较靠5‘端的序列,但是不能保证就是最长的,而且再上游没
有ATG。 现在打算是先设计几个引物,在得到的最长的序列的5’和3‘端,做RTPCR,
然后看看产物强弱,再设计几个RACEprimer比较靠近5’端,再挑一轮clone测序。
另外先转录下游exon再转录上游exon的情况没有人遇到过吗?
m***o
发帖数: 272
4
Thanks, whitesand.
1. We are thinking of doing that way. But most plasmid has a strong promoter
, I am guessing whenever they meet ATG they all will transcribe. The other
possible is we clone this gene's own promoter and mutate each of the 3 ATG
to see. There will be a lot of work and now I do not have any idea how long
the promoter will be.
2. If my GSP recoginze a sequence in the reverse orientation, why it
transcript the complete exon not part of it?
I am thinking of what wenqian said because... 阅读全帖
y******8
发帖数: 1764
5
来自主题: Biology版 - knock out的问题
which is the first coding exon? Is there any conserved domain before exon 6
or 5?
S******9
发帖数: 2837
6
exon GU------A------AG exon
考step1学的结构。产生的蛋白功能改变,但是免疫活性不变。
g***y
发帖数: 201
7
1. A lot of expression vectors contain SV40 pA or BGH pA. You can simply
PCR adding those sequence right after the stop codon.
2. It all depends on how you design your KI allele. If your KI allele is
only to replace one exon, then you don't need to worry about anything. If
you are to insert a cDNA sequence right at the 1st exon,
then you may have to worry about non-sense mediated dacay. In this case, it
would be safer to add an exogenous pA.

allelle
n******7
发帖数: 12463
8
事情是这样,我们用RT-PCR克隆了一些gene的transcript (CDS only),然后丢给454
测了,然后把其中的一些克隆又拿去做了Y2H。我发现有好几个基因都有个特别的
transcript克隆出来。它们的特点是:
1. 超级短。往往gene有七八个exon,这个transcript就在取了第一个和最后一个exon
的各一部分了事。一共也就200个nt左右
2. READS coverage很低。我们平均的coverage在60X+,这几个小东西也就1-2X,因为
也很短,也就是说,就一两条reads支持。很奇怪,因为我们是用clone测序,所以这个
跟表达量也没关系。后续的Sanger data也确认了这些短序列
3. 不是canonical splicing site。把这些序列align的genome的话,都是覆盖最5'和
最3'端的,之间是一个巨大的gap。如果gap是spliced intron的话,对应的splicing
site不是GU..AG。
4. interaction partner往往很多。比如有个transcript,有15个partner筛出... 阅读全帖
m******5
发帖数: 1383
9
来自主题: Biology版 - 关于alternative splicing
I don't know why I was under the impression that exon exon junction may have
something to do with defining the splicing context.....

branch
be
m******5
发帖数: 1383
10
来自主题: Biology版 - 问个关于RLM 5'RACE的问题
原理上来说,是否RNA ligase mediated 5'RACE得到的一定是有效的5‘末端,也就是
individually transcripted,而非降解或者unspecific splicing产物?
我目前的理解是这样的,但因为结果太奇怪,上来问一下.
另外,还有一个问题,putative ATG前面允许存在Exon-Exon junction么?
m******5
发帖数: 1383
11
如题
google了半天找不到答案
m******5
发帖数: 1383
12
Thank you! I was under the impression that without 60s,40S alone can not
remove EJC so the mRNA would possibly be subjected to NMD

of
v***a
发帖数: 1242
13
来自主题: Biology版 - 请教关于KO mice
没有接触过KO mice,读paper碰到些问题想请教大家。KO mice得到的途径有很多种吗
?怎么来评估一只老鼠是否是彻底的KO呢?因为发现有一个gene的KO mice,是利用在
其两个exons之间插入另一个不相关的gene,来使其原蛋白丧失功能,研究发现此KO无
任何生理改变,一般行内都会就此得出结论说此蛋白对生物体来说是dispensable的吗
?但是后续有研究又发现,此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体(由不同的exons变
换组合而成),而且KO和非KO的变异体种类和数目还略有差别。那这种还可以称之为KO
吗?还可以说此蛋白是dispensable的否?因为关于变异体的来源众说纷纭,有人还发
现有独特的mRNA对应于不同的变异体。所以也无法就确定说变异体就是由此蛋白的gene
来的。谢谢~
p*********e
发帖数: 23
14
来自主题: Biology版 - 请教关于KO mice
也有这种情况
但楼主说“是利用在其两个exons之间插入另一个不相关的gene,来使其原蛋白丧失功
能”
所以严重怀疑是个genetrap knockout
后来楼主又提到“此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体(由不同的exons变换组合而
成)”
我想这是指alternative splicing
一般用同源重组做KO时,可以在设计时避免alternative splicing的干扰。
D*a
发帖数: 6830
15
来自主题: Biology版 - 请教关于KO mice
一般建老鼠系的时候,要genotype, southern western都做了来确认你的老鼠没有目标
蛋白表达,建立起来之后,就可以只做genotyping了。
如果是tissue specific的KO,交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认,
cell specific的最好还能加IHC确认,然后之后的routine的交配可以只做genotype
我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
很多KO的mRNA转录很活跃,因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能,比如造成移码突变等等,因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段,然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon,你切了第10个想让他KO,但是恰好这个蛋白有两种长度形式,其中一个小的是利用了前面的9个exon,那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊,我觉得大部分应该是没活性的吧? dispensable与否
要看是生理情况下... 阅读全帖
s******y
发帖数: 28562
16
来自主题: Biology版 - 请教关于KO mice
zan

下做KO的会尽量使mRNA丧失功能,比如造成移码突变等等,因此一般蛋白翻译会是无功
能的小片段,然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个
exon,你切了第10个想让他KO,但是恰好这个蛋白有两种长度形式,其中一个小的是利
用了前面的9个exon,那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
dispensable与否
i*********0
发帖数: 915
17
来自主题: Biology版 - ES cell的transcriptome
问问牛人:ES 细胞的transcriptome是不是比adult stem cell和somatic cell的
transcriptome更加的复杂,而且错误比较多(比如exon inclusion, etc)?
最近用ES 细胞来源的CDNA 做RT,发现扩增的gene 产物,很多奇怪的序列,大部分是
exon inclusion。
u*********1
发帖数: 2518
18
这个,还是少说点废话空话大话。。。
说个对自己研究最实在的:
我分析exome data,希望寻找可能的disease-causing mutation;目前大家主要关注的
还是exon里面的nonsynonymous mutation,或者frameshift mut (主要还是SNP,然后
加上少数indel);而且还要通过1000G的筛选找到rare mutation,还要根据疾病的模
型进一步筛选。所以筛选到最后,反正我自己的project就是找不到。
那么我就想问,是不是这个ENCODE出来了以后,等于说更多的genome被annotate了?那
我们的寻找disease mutation的眼光就不用只放在exon上了?。。。可能致病位点就是
在那些regulatory sites上呢。。。当然这样就不能仅限于exome测序了。。。。。但
到底多少疾病是因为regulatory region的SNP导致的呢?我看nature genetics上很多
遗传病或者遗传相关的疾病还是exome的突变导致的
u**********d
发帖数: 573
19
选择性地测exome,有什么好处?降低non-exon信号的干扰?降低成本增加depth?感觉
那个富集exon的过程不太好。
x********e
发帖数: 35261
20
1.你克隆promoter的目的是啥?如果是看有没有转录因子调控的话,需要看看ChIP-Seq
等数据,确定enhancer包含在里面了。单纯minimal promoter只要几百bp就够了。
2.克隆模版有两种。一个是自己提纯genomic DNA。1500bp基本上不需要kit,裂解然后
土法提纯一下就p得出。运气好的话直接拿裂解液p都能成功。更好的方式是用BAC做
template。B以前基因组测序的时候别人就把genomic DNA切成小片段放到载体里做成了
library。去blast一下就能得到包含你目标序列的BAC clone。买回来摇菌提质粒,然
后用质粒做模版p,效果比用genomic DNA高很多。
3. 设计引物。一般是取upstream promoter sequence到第一个exon。如果第一个exon
有TSS,引物设计在TSS之前。
4. vector。不知道你做reporter construct的目的是什么,不过luciferase好像多用
于in vitro assay。GFP, lacZ,luciferase等reporter vector中选... 阅读全帖
j**W
发帖数: 89
21
来自主题: Biology版 - Help: mouse genotyping by sequencing
见新图并更正。
Sequencing was done with P2, which is within Exon 1. The resulting sequence
include region A (part of Exon 1 starting from P2 to before NotI site)
followed directly by region C (Intron 1 after the AscI site). NotI and AscI
are the enzymes used to put the construct together.
现在清楚了吗?
q***7
发帖数: 144
22
来自主题: Biology版 - Help: mouse genotyping by sequencing
看来你不但好多东西没有说,而且表达还真是有问题。你的中文真的很难理解,尤其是
上面的解释。还不如英文清楚,虽然英文也有很多错误。
你说RESULTING SEQUENCE包括。。。。(我们一般从测序引物的那边说起,你这却从离
引物最远的那边说起)说明序列都测过过那个LOXP区域了。但是你中文里又说P2之后
70BP就停了。
你不是搞分子生物学出身的吧?用P2做引物测序后面都是DOWNSTREAM,应该说P2后7
0BP。这targeting vector也不是你构建的吧?知道为什么要扩那么长吗?你如果能回
答出这个问题 说明你还懂些分子生物学。
你这图比例严重失调,GFP600BP左右,你EXON1500BP左右,图中差别却是几倍
。还有,你P3应该在GFP后面离EXON1100BP左右的地方,你却标到了GFP的中间。
好啦,现在回到你的问题。你不应该用P2来当测序引物,离你需要确定序列的地方太
近。
最早测序时,测序引物后面50BP左右(甚至到100BP以上)的序列是读不出来的。
所以那时的测序引物一般设计在需要确定序列的上游至少50BP以上。大多数引物都
设计在要确定的序列上游10... 阅读全帖
l**********1
发帖数: 5204
23
来自主题: Biology版 - Help: mouse genotyping by sequencing
GC contents of that P2 to AscI site if >65% DMSO 5% to buffer or try
Clontech GC rich kit
Cycle time 35 that is no problem
pls refer
GC-rich PCR concerns DNA templates with high GC content, which is defined as
the percentage of guanine-cytosine base pairs. When amplifying templates
with >60% GC content (i.e 5' ends of most mammalian cDNAs), the three
hydrogen bonds shared by GC pairs lead to enhanced thermostability, which is
problematic for un-optimized Taq polymerase systems.
http://www.clon... 阅读全帖
s******r
发帖数: 1245
24
来自主题: Biology版 - Help: mouse genotyping by sequencing
他的意思是他们在exon和intron中间插了个loxP,但是sequence出来的exon后面直接就
是intron,那个loxP不见了,看上去就和wt一样。扩4k很正常,保险点的PCR一般是要
flank homo arm的看当时es怎么做的了,当然southern啥的都做了,扩短一点可能问题
也不大。
建议楼主仔细查查这个knockin当时是怎么做的,那个位置是不是应该有这个loxP,这
个设计图看着很奇怪,是不是漏了点啥或者有地方画错了。另外可以用P1测一下看看能
不能测到GFP cassette,这个长度测序末尾应该能测到外源序列的,那就确信测得是
targeted allele了
l**********1
发帖数: 5204
25
来自主题: Biology版 - 如何处理RNA-Seq
RE:
>is that Cufflink remains the only one
Yes, if by overlap graph mode, Cufflinks is the only one,
but now we have 'Traph' which by splicing graph mode,
it was used minimum-cost network flows princeple..
details pls check,
Tomescu AI et al., (2013).
A Novel Combinatorial Method for Estimating
Transcript Expression with RNA-Seq:
Bounding the Number of Paths
Abstract. RNA-Seq technology o ers new high-throughput ways for transcript
identi cation and quanti cation based on short reads, and has ... 阅读全帖
x*****d
发帖数: 704
26
来自主题: Biology版 - 如何检测 long noncoding RNA

我的意思是最少要50b paired end.100bp,150bp paired end更好.read length越长,就
越有机会cross exon-exon junction从而检测到splice variant.
S*******e
发帖数: 94
27
来自主题: Biology版 - 如何检测 long noncoding RNA
很多long ncRNAs本身就比较短,表达量又低不容易检测。所以担心150bp paired end
建库的时候就是300bp左右了,容易把一些lncRNA给弄断了弄丢了。所以我的一个很个
人的建议是,直接100-nt SE就可以。重点是测得深一些,后续分析仔细点。
至于exon-exon junction,其实也无所谓了。 long ncRNA gene的本身是热点,但的
splice variant其实感觉上也不是一个特别好的热点。因为做这个的需要后续,这时
候麻烦事或者无效劳动量也挺多,个人意见了。
还有就是strand specific library之后用Cufflinks这一套去拼接lncRNA。这个如果是
intergenic的,那还好说。如果是Antisense,这个如上文有人提到,有"很多tricky的
地方",从tophat这一步就开始了。
另外就是Poly-A selection或者Ribosomal RNA depletion。其实这两个技术回答的问题
有点不一样。 如果没有什么特异的考虑,那么我个人觉得Poly-A selection鉴定
lncRNAs
就... 阅读全帖
f*****f
发帖数: 195
28
来自主题: Biology版 - 问knockin或转基因
谢谢。假如我希望表达fusion protein,不是用2A-GFP或ires,比如如上所面帖子,
ATG-GFP-exon1-...即把gfp插入到第一个exon之前可行么?另外,可以把GFP序列插入
到最后一个exon之后。在体外瞬时转染,gfp放在N或C端有时会影响蛋白自身,一般做
knockin的话,该如何选择?为规避这种,还是knockin一般用小tag的多?比如flag,
v5等等。
Z******5
发帖数: 435
29
想做一个老鼠模型,该模型既可以实现knockout,也可以实现overexpression。
大致方案是这样:
5‘arm-loxp- 2 Exon - 3 Exon -loxp-4、5、6Exon mini gene-PA-TRE- targetted
gene cDNA-PA-3’arm
KO由loxP控制,OE由TRE控制。
老鼠做出来后,和组织特异性Cre小鼠杂交,可以实现组织特异性敲除;和组织特异性
rtTA小鼠杂交,可以实现组织特异性过表达。
现在担心的问题是TRE启动子如果不严格,做KO的时候,就没办法敲除干净。
=====================
而且还没有看到过有文献做这样的模型。
i*********0
发帖数: 915
30
来自主题: Biology版 - premRNA也有polyA tail么?
做cDNA synthesis之前做了DNAse 1的处理。在去qPCR的时候,我同时做了这个gene的
exon,3‘UTR 和2个introns的PCR,exon和3’UTR 有3倍的表达差异,两个intron都没
有差异。
n******2
发帖数: 971
31
在文献中得到引物序列,想知道引物在基因上的位置,以便于知道产物长度,中间是否
有intron,某一引物是否跨exon... 我现在都是先在ncbi做blast找到reference
sequence,然后根据列出来的exon碱基位置一点一点对照,做得很崩溃。有没有什么网
站能把基因名字和序列输进去就给出位置的啊?谢谢。
g******r
发帖数: 139
32
来自主题: Biology版 - SYBR real-time PCR误差很大?
谢谢你的建议。我知道qPCR的efficiency, 但确实没有测过各个primer的efficiency到
底怎么样。但理论上effiency对Absolute Quantification影响很大,而对ddCT方法的
影响有限。而我就只用ddCT方法比较各个gene在不同条件下的表达,没有去比较基因间
的表达。至于ddCt的方法有人要argue有缺陷,不理想,那是另外的话题 (体外话,我
发现没有测primer效率的人不在少数,当然绝大部分人也是用ddCt)。
以一个简单的knockdown为例,设目标gene表达量为X0,在Ct时的PCR产物为Xt0,效率
为EX, reference gene的表达量为R0,在Ct时的PCR产物为Rt0,效率为ER;在
knockdown情况下目标gene表达量为X1,在Ct时的PCR产物为Xt1, reference gene的表
达量不变,仍然是R0,在Ct时的PCR产物为Rt1 (两次的Ct可能一样,也可能不一样)。
Xt0=X0 (1+EX)CtX0, Rt0= R0 (1+ER)CtR0 ;Xt1=X1 (1+EX)CtX1, Rt1... 阅读全帖
w***j
发帖数: 88
33
来自主题: Biology版 - 也问一个knockout小鼠的问题

同求教!我也有一个这样的老鼠,也是和楼主一样直接给cre杂交了
以前我也问过 就是EUCOM的老鼠
但这里没一个人给过确切答复
FRT-lacZ-loxp1-neo-FRT-loxp2-exon-loxp3
这所谓的KO first老鼠并没有发生基因缺失啊?为何说有leakage?
和Cre杂交后exon被deleted后才有基因缺失啊
l********e
发帖数: 415
34
来自主题: Biology版 - 也问一个knockout小鼠的问题
google "gene trap"
I'm pretty sure that the insert contains a splicing acceptor site followed
by STOP codons. This would promote upstream exon to be spliced into the
insert, instead of the downstream exons. Thus, the mutant transcript would
contain multiple STOP codons that prevent translation of downstream mRNA
sequences.
Leakage happens when normal splicing occurs at low frequency, even in the
presence of the inserted splicing acceptor site.
Hope it helps.
r******g
发帖数: 600
35
我完全混乱了
楼主说的这种情况,为什么需要药筛呢?
直接把 在 exon 或者 exon junction的 DNA double strand 用Cas9 break了,NHEJ不
就把target gene给敲了么
然后做单细胞克隆,然后再PCR筛,sequencing confirm,难道这样不是简单些么?
l********e
发帖数: 415
36
来自主题: Biology版 - CHIP-qPCR求助
与其相信enhancer在exon, 还不如相信楼主sonication做的不彻底,intronic
enhancer把exon sequence带出来了。
n******7
发帖数: 12463
37
来自主题: Biology版 - 克隆splicing isoform的套路
可以预测一下siRNA-2的target site
然后看在哪个exon上
可能是exon skipping的事件
这是最简单的情况
复杂的就很复杂了
你可以测序验证
如果是有生物功能的isoform的话 还是有点意思的
f*********9
发帖数: 258
38
来自主题: Biology版 - qPCR来鉴定lncRNA
你可以涉及跨junction 的primer,就是pirmer 一半在exon 1上一半在exon 2上面,这
样就可以忽略掉gDNA 的污染

发帖数: 1
39
来自主题: Biology版 - GTex portal dataset download
On your computer with web browser
1. go to https://www.gtexportal.org/home/datasets
2. You will be asked to login, so login with your google account
3. open developer console, run
"gapi.auth2.getAuthInstance().currentUser.get().getAuthResponse().id_token"
4. Copy this token
On your Linux command line
5. run the following command to obtain the URL for each of the file, replace
XXX with the token
curl -X GET https://gtexportal.org/rest/v1/admin/file_download?objectPath=
gtex_analysis_pilot_v3/rna_... 阅读全帖

发帖数: 1
40
来自主题: Biology版 - GTex portal dataset download
On your computer with web browser
1. go to https://www.gtexportal.org/home/datasets
2. You will be asked to login, so login with your google account
3. Randomly choose a small file to download (such as "GTEx_Analysis_v7_
Annotations_SubjectPhenotypesDD.xlsx"), this is to trigger the
authentication process
4. open developer console, run
"gapi.auth2.getAuthInstance().currentUser.get().getAuthResponse().id_token"
5. Copy this token
On your Linux command line
6. run the following commands to obtain ... 阅读全帖
B*********h
发帖数: 800
41
☆─────────────────────────────────────☆
exon (Exon! : )) 于 (Fri Nov 24 13:24:39 2006) 提到:
I think NYU has the best quantitive finance program, Columbia's FE is good
too.
Rutgers's program is cheap for me (I am in NJ), making it a reasonable
backup.
But how should I choose between princeton, cornell and Carneige Melon 's
programs?
Anyone has experiences of these programs?? or what criteria should I follow
when comparing them?
I've just graduated this summer from shanghai JiaoTong U, major in
I****a
发帖数: 407
42
Yes but the efficacy is not as good as for exon 19 deletion or exon 21
mutation.
q*****n
发帖数: 1035
p*********e
发帖数: 32207
44
来自主题: _Auto_Fans版 - 昨晚对N55的表现很失望
又看了一下这个帖子,并排之后开始floor油门几秒俩车速度到了什么情况还有印象么?
还有exon说的确实有道理
如果对方是从后面追上来的,那么并排时已经有速度优势
那么接下来即便两车加速度相当,因为既有速度差距,车距还是会不断增大
同时还要考虑对方已经是full throttle在加速,而己方从build turbo boost pressure
到真正全功率输出还有额外的(根据我的经验大概是一秒或者再久一些)延迟
这两个都考虑到,那也就如同exon所说的,你要有明显高于对方的动力才可能追平.
p*********e
发帖数: 32207
45
来自主题: _Auto_Fans版 - 昨晚对N55的表现很失望
又看了一下这个帖子,并排之后开始floor油门几秒俩车速度到了什么情况还有印象么?
还有exon说的确实有道理
如果对方是从后面追上来的,那么并排时已经有速度优势
那么接下来即便两车加速度相当,因为既有速度差距,车距还是会不断增大
同时还要考虑对方已经是full throttle在加速,而己方从build turbo boost pressure
到真正全功率输出还有额外的(根据我的经验大概是一秒或者再久一些)延迟
这两个都考虑到,那也就如同exon所说的,你要有明显高于对方的动力才可能追平.
p*********e
发帖数: 32207
46
来自主题: _Auto_Fans版 - 我觉得BMW的50:50有点作弊。。。
我觉得felixcat和exon是不同的
exon是真心的在讨论问题,无论他的观点怎么样至少他是真诚的,
并没有预设的不可说服的偏见
但felixcat我觉得,很多时候他是明明知道自己在用trick

cruse
k*****r
发帖数: 21039
47
来自主题: Military版 - 呼吁立即释放下弦月妹纸
余也刚从didadida的黑狱里面出来, 和下弦月妹纸关在同一间牢房里.
妹纸给俺讲了讲很多有趣的东西, 比如dna, rna和蛋白质生成的机制和信息通道, 感觉
尼玛的上帝原来是程序猿出生啊. exon, inxon, 不就是prefix coding吗.
关押才女+美女, 是犯罪, 我坚决反对版上的暴行.
f***y
发帖数: 4447
48
施一公组首次报道人源剪切体原子分辨率结构
http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/5/376111.shtm
2017年5月12日,清华大学生命学院、结构生物学高精尖创新中心施一公研究组于《细
胞》(Cell)在线发表了题为《人源剪接体的原子分辨率结构》(An Atomic
Structure of the Human Spliceosome)。这是第一个高分辨率的人源剪接体结构,也
是首次在近原子分辨率的尺度上观察到酵母以外的、来自高等生物的剪接体的结构,进
一步揭示了剪接体的组装和工作机理,为理解高等生物的RNA剪接过程提供了重要基础。
在真核生物细胞内,大多数基因是不连续的,它们的编码区(exon)被称为“内含子(
intron)”的非编码序列隔断。在基因表达过程中,内含子需要经过“剪”和“接”这
两步化学反应被去除,从而使得编码区可以连接成不同的信使RNA(mRNA)。同一个基
因,因为内含子的边界和数量不同,经过剪接,便可以产生出多种编码蛋白的mRNA。
RNA剪接是所有真核生物特有的过程,是真核生物“中心法则”的关键步骤之一,也被
认... 阅读全帖
t**x
发帖数: 20965
49
是的,
因为实验室会说我认为那个突变是安全的, 所以不报出来。 美国医生就是这么欺骗我
的。
我家小孩acad9基因里面有一个insert, 这个书上讲一般来说问题比突变大, 因为挪
位置了, 但是实验室也没有报告。
最可靠的是酶活性, 清华那个不知道有没有人测他们那个霉, 可是最可靠的这个没有
人谈, 没有人研究, 大家都是大谈基因测序,, 你说说是不是王八蛋。
我们证明的是靠酶活性。 这个数据给了cchmc作假的那个主任, 他这么说
你的突变应该不在exon再intron, 就是扯皮。。 他意下已经承认这个病了。 所以我
说我根本不用做了。
你让我看协和看华大, 我看上去都是一群猪头害人的王八蛋, 我还回去看病?!
自己找死啊。
t**x
发帖数: 20965
50
我的是exons
https://drive.google.com/file/d/0B3-bsyRHGbNQX2k0YlJSOHlObWs/view?usp=
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你把所有变异帮我找出来, 生成一个VCF,
我要数据不是为了打官司。 只是自己看看而已。
打官司的数据只要医生说话就行了, 我有酶活性和新生儿代谢, 这俩是决定性的。

测,
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