A******y
发帖数: 2041 | 1 You should talk to your PI about your aims. Are you suppose to write a R01
like grant? If you are going to do that, here is my suggestion.
Aim 1: You are proposing a fishing expedition. It is sure way to get low
score on your grant. Propose specific pathways or interacting partners for
your aim 1. The pathway has to be novel somehow.
Aim 2: Do you need some preliminary data on this? What you purposed is
like
generating preliminary data.
Aim 3: Interesting...but please check your model on ... 阅读全帖 |
|
b*****n
发帖数: 1841 | 2 说不客气点，你的认知水平在一个比较低的层次。这可能跟你老板的视野，周围同事的
水平，你专注于当前做的事情等有关，需要跟更多生物领域的老板博后博士生聊天探讨
提高。这好比是我大学毕业觉得分子生物学是了不得的工具，克隆个基因那是很
fashion的东西，酵母双杂交钓蛋白相互作用牛上天了。这些东西都是因为自己在一个
封闭落后的环境中臆想出来的。多年过去的今天，这些东西要么被淘汰（现在基本上没
有人做酵母双杂交了），要么成了非常简单不值一提的工具了。
现在做分子生物学和生物化学的，dissect pathway的基本上难发好paper难拿funding
了，混得开的也是跟那些热门的pathway靠近。
生态的如果知道分子生物学一套的，这两者都很通的人的确不是很多，那你要找到一个
着眼点，让这两者相得益彰，如果冲着这个去的，是可以学一些生化分子生物学的东西
（但是我非常怀疑你现在能有高度想到自己以后要做什么很有意义的方向；自己懵懂认
为有意义的不算）。分子植物生理方面的，要做得很好发很好的文章也是可遇不可求；
另外如前面的网友所说，生化和分子生物学这种东西太简单了，学个半年不太笨的话基
本就上手... 阅读全帖 |
|
b**y
发帖数: 86 | 3 首先进入药厂第一件要知道的事情就是journal里的结果（不管是Ｃ还是ＮＳ）可以重
复的大概就只有２０％;前两年前有几个Ａmgen的scientist不是发了篇Ｎature说这个
事情吗;倒不是说大家都在造假，可是很多实验的细节往往给的不清不楚;而且谁知道文
章里那些漂亮的图是从多少次实验里挑出来的啊～而这这直接导致了internal得到的结
果更被重视和相信，大家也更愿意follow up;美国人太实诚，谁会怀疑自己人还需要
造假。。。。
说这些target还没研究清楚就上项目的，我倒想知道有几个target几条pathway是算完
全研究清楚，说抑止／激活就能成药的。。。事实就是biology还处在盲人摸象的水平;
一般药厂只能做些基础的验证工作。研发竞争激烈，后面各个步骤耗时又那么长，不可
能花几年把一条pathway都搞清楚再开始吧（再说也不可能完全搞清楚）。因此只能一
边开始做些small molecule，一边再figure out biology。这种stratagy也是没有
办法的办法，直接导致研发失败率之高，也是整个制药界需要解决的问题。现在一种模
式就是这些high... 阅读全帖 |
|
l**********t
发帖数: 5754 | 4
其他学科我了解不深。生物学里面很多你都不能精确的predictable的结果。比如说吧
，研究癌症的，拿10种不同品系的老鼠，让你knock out一个癌症相关基因，你来预测
一下那个品系的更容易得癌症。再比如说从一个品系的老鼠，你拿100只，用诱变剂诱
变，你能预测一下那个老鼠会得癌症，哪个不会，会得什么癌症？不能predict本身是
因为系统本身的复制性，系统的某些过程本来就是存在随机性。不能预测是这个系统本
身决定的。
I was refering to the well established basic principles/rules/theories
within biologicla science, since some (not you) has claimed that "evolution
theory" falls into this category (as core to biology as "theory of grativity
" to physics).
Theores/principes in the category --genetics ... 阅读全帖 |
|
l****b
发帖数: 400 | 5 做生物没有必要和医学连一块，主要是NIH比较急功近利，二来现在钱少人多。所以生
物WSN就想着法往医学靠,可以忽悠钱。但是无论人多人少，钱多钱少，总得要有人来做
和医学相关的生物，因为生物学的大进展会带来医学药学的进步。
可惜的是，生物WSN对医学所知甚少，无非自我吹嘘对人类健康会有多好多好。好多生
物巨牛都是pathway做的很漂亮，疾病phenotyping基本是漏统百出，reviewer没看出来
就行。反过开，MD有的对生物技术也是一窍不通，他们做生物基本是把热门的生物
pathway往疾病模型里套，然后依样画葫芦发表就是。
但是做总比不做好，做了以后小部分还真可能是gem. |
|
e**f
发帖数: 144 | 6 还有几篇呢
1: Yan X, Shen H, Jiang H, Hu D, Wang J, Wu X. External Qi of Yan Xin Qigong
inhibits activation of Akt, Erk1/2 and NF-?B and induces cell cycle arrest a
nd
apoptosis in colorectal cancer cells. Cell Physiol Biochem. 2013;31(1):113-2
2.
doi: 10.1159/000343354. Epub 2013 Jan 25. PubMed PMID: 23363659.
2: Yan X, Li F, Dozmorov I, Frank MB, Dao M, Centola M, Cao W, Hu D. Externa
l Qi
of Yan Xin Qigong induces cell death and gene expression alterations promoti
ng
apoptosis and inhibiting proli... 阅读全帖 |
|
j******9
发帖数: 128 | 7 Hi
I did some miRNAs files in patient samples, and some miRNAs were upregulated
, but some miRNAs were down regulated. Now I want to look into the signal
pathway associated with these miRNAs. Is such software for predicting theie
targets signal pathway available? Who would like to refer me some software
have such function(input several miRNAs and then get the network chart)?
Thanks in advance |
|
w**********k
发帖数: 386 | 8 由于我在的系，有幸接触到许多物理pH.D和数学pH.D转到生物研究的。
有些人非常成功，成功的人大部分pH.D或本科阶段既有物理或数学背景，又有生物背景
，生物物理出身的最好，他们即懂得生物研究的复杂性，有一定生物实验的经验，又有
很强的数理能力，做的model比较靠普，也解决了一些光靠传统实验解决不了的问题。
再说另一类，就是纯物理或数学背景的，PhD以前没有接触到太多生物实验训练的。其
中有一小部分是很成功的，这些成功的人的一大特点就是特别能吹，滔滔不绝的吹，给
talk时候吹，写paper也能忽悠，paper发了一大堆，也能找到很好的位置，但是说能够
解决什么问题吗？我才疏学浅，看不出来，可能把很简单的问题弄得更复杂了，说作纯
生物的写Paper忽悠，这些人写paper更能忽悠。不管怎么样，他们成功了。这些人聪明
之处在于，知道自己擅长什么，坚决不或很少去touch wet bench。
还有一半的纯物理或数学背景的，比较悲摧，作了5，6年，一事无成，郁闷的转行了。
当年可能认为作生物的人智商不行，我们高智商的过来拯救这个行业，没想到生物这个
行业对实验能力要求这么高，有的人陪几... 阅读全帖 |
|
H*Q
发帖数: 725 | 9 email, h********[email protected]
thanks a million
Nat Med. 2011 Nov 7;17(11):1359-70. doi: 10.1038/nm.2537.
Tumor angiogenesis: molecular pathways and therapeutic targets.
Weis SM, Cheresh DA.
Source
Department of Pathology and Moores University of California-San Diego Cancer
Center, University of California-San Diego, La Jolla, California, USA.
Abstract
As angiogenesis is essential for tumor growth and metastasis, controlling
tumor-associated angiogenesis is a promising tactic in limiting cancer
pro... 阅读全帖 |
|
f*******d
发帖数: 92 | 10 小妹刚刚开始做NfkB pathway.
想研究一个treatment对细胞能不能激活这个pathway。我首先做了IkBa western, 看到
了降解。然后做了EMSA. 也看到了increased gel shift. EMSA用的probe是买的biotin
labeled, 序列如下：AGTTGAGGGGACTTTCCCAGGC。
然后我想看看不同的基因超表达会不会对这个造成影响，所以就在细胞系里面建立了
luciferase reporter system. 用的是买来的plasmid, pGL4.32. 作实验的时候，用
TNFa做了positive control, 看到了大概10倍的信号。但是这个时候，我的treatment
确一点信号扩增都没有。 我后来查了一下pGL4.32厘米的nfkb reponse element, 发现
DNA序列跟之前我做EMSA的序列不一样，是GGGAATTTCC GGGGACTTTCCGGGAATTCC
GGGGACTTTCCGGGAATTTCC。 我就不知道该怎么办了。为什么同样的Nfkb，大家用 EMSA
DNA 序列会跟这个r... 阅读全帖 |
|
c********r
发帖数: 1125 | 11
readout
恩，你得前提是这些JBC之间的图是没有联系的。
诚然，1年完全不相关的3篇JBC是很难的，但是如果是很接近的课题的灌水JBC1年3偏完
全有可能，尤其做磷酸化／pathway的，系统成熟，基本就是拿同样的套路体系，换个
分子／pathway灌水一样的故事，这种的JBC1年3偏是可能。 |
|
b****r
发帖数: 17995 | 12 大家知道有什么pathway或者gene family 的突变经常会造成autosomal dominant
genetic disease吗，机理可以说haploinsufficiency或者gain of function 之类的。
我知道比如chromosome remodeling pathway差不多就属于这种情况 |
|
T****u
发帖数: 424 | 13 http://www.sciencemag.org/content/341/6148/903.full.pdf
James还不至于如此。
这篇paper进一步指出了STING,cGAMP这条pathway的重要性!
这篇paper用的是HIV/Retrovirus病毒感染的model，另外一个就是前面paper里面展示
的某个自身免疫疾病。
在STING KO杂交的disease model上，auto-immune disease几乎100%被block.
如果可以基于这条pathway开发出anti-autoimmune的drug，基本上是Nobel Prize级别
的。
成3 |
|
n***3
发帖数: 663 | 14 从理论上来讲，任何一条innate immune pathway都很重要，很难说哪一个更重要。很
多pathway都和autoimmunity相关。Type I IFN的相关性最常见的也就和lupus联系一下
,没有什么groundbreaking的意义. 很多的autoimmune disease和type I IFN也没有多
大的关系。
我非常赞成说James Chen很厉害，他是华人生物学家在美国典型的代表人物，很令人尊
敬和钦佩。但是他的research只是在biochem/molecular biology做的炉火纯青，从免
疫学的角度来讲还差一些，得Nobel奖更是差的太远了。华人生物科学家缺乏的是从
conceptual角度做出groundbreaking的工作的人，再形象一点儿来说，是缺乏像
Charles Janeway Jr和Ruslan Medzhitov这种能改变整个field的人物。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 15 While you guys established one novel cutting edge protocol to 检测这种细胞中
病毒的
复制状况, of course, it will beyond STORM or PALM or Cyro-EM,
then you can try N method or Science if you guys found different mechanism/
pathway to already known mechanism and pathways of prion, then you can try
Cell main.
>现在我们没有技术手段检测这种细胞中病毒的
>复制状况。 |
|
S**********e
发帖数: 1789 | 16 不要总说做癌症的是骗人。 给你个例子， 看过电影非诚勿扰吗？黑色素癌是最可怕的
癌症之一，以前基本无药可用。 自从有了BRAF inhibitor,病人可以缓解大半年。看看
照片你就知道了。 尽管最终他们还会复发，但这绝对是进步了。你要指望人长生不死
才算进展的话， 那我也没话可说。
左面是用药前，右面是用药后。BRAF pathway绝对是学生物的发现的。验证这个
pathway是否有效也是生物人搞的。 |
|
y***i
发帖数: 11639 | 17 你这又在干嘛呢？我直接告诉你吧，我是分子生物学学位。做的是模式动物的notch
Pathway 对胚胎神经发育的影响。看你不断的问我什么专业我憋着不说逗你玩。这里还
和suunday讨论过Alzheimer's disease 因为Psn是Notch Pathway上的脢我正好知道。
你怀疑我是统计不是因为我表现的生物知识比较少而是漏了点你不懂的统计知识。我
说的那个multiple correction 概念不过是接触的一点统计最粗浅的概念，没想到吓住
了你，哈哈哈。。。
伙计你太逗乐了。。。 |
|
q******g
发帖数: 3858 | 18 editor explained
The Hippo signaling pathway plays key roles in many processes, from cell
proliferation and cell death to regulation of stem cells and cancer cells.
Kwon et al. (p. 737, published 10 October) attempted to systematically
identify all components of the pathway. A protein-protein interaction screen
identified more than 200 interactions among approximately 150 proteins. A
protein identified in the screen, Leash, restrained the activity of the
transcriptional coactivator Yorkie, which... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 19 Plus PMID 23953117 Lim WA@UCSF new Cell paper:
Coyle SM, et al., (2013).
Exploitation of latent allostery enables the evolution of new modes of MAP
kinase regulation.
Cell. 154: 875-87.
n.b. MAPK 变构反应 原来是为了进化潜规则 中 起到调控另外的pathway/s 开关作用
的...
>Abstract
ignored stuff
>The magnitude of this latent allosteric potential drifts widely among pre-
Ste5 MAP kinases, providing a
pool of hidden phenotypic diversity that, when revealed by new activators,
could lead to functional divergence and to the evo... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 20 Plus PMID 23953117 Lim WA@UCSF new Cell paper:
Coyle SM, et al., (2013).
Exploitation of latent allostery enables the evolution of new modes of MAP
kinase regulation.
Cell. 154: 875-87.
n.b. MAPK 变构反应 原来是为了进化潜规则 中 起到调控另外的pathway/s 开关作用
的...
>Abstract
ignored stuff
>The magnitude of this latent allosteric potential drifts widely among pre-
Ste5 MAP kinases, providing a
pool of hidden phenotypic diversity that, when revealed by new activators,
could lead to functional divergence and to the evo... 阅读全帖 |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 21 其实translational research这个词，一方面强调了研究应用化，另一方面也算个空话
可以钻很多空子。我眼里的translational其实可以囊括basic research以外的所有研
究，比如clinical research/biostat/药物/engineering，甚至包括我自己这种用病人
样本但还是基础手段做disease研究的。总之最后目的还是治病救人；要translational
肯定离不开basic science；但一味basic最后也就很容易陷入拼figure，纠结detail的
泥潭。
但我要说，从不同角度看同一个主题，还真是不一样。
比如neuroscience vs neurology，过去刚入行的时候觉得这俩应该肯定有很多
overlapping吧，但XX-ology就真的是想方设法，动用各种手段来了解disease本身，一
个有影响力的MD老板，手上有样本有资源，就可以招各路神仙，有做genetics的，做
bioinformaitcs/测序的，做RNA的，做protein structure的，做老鼠的，做signaling
path... 阅读全帖 |
|
w***r
发帖数: 709 | 22 挺牛但是长期效果，尤其是复发情况有待观察（个人不太看好，为啥肿瘤一定要有免疫
原性？？）
谁知道相关文章推荐一下。
Safety and Activity of Anti–PD-L1 Antibody in Patients with Advanced Cancer
(NEJM 2012)
Background: A major implication of the clinical activity of immune
checkpoint blockade is that significant endogenous immune responses to tumor
antigens are generated, and these responses may be harnessed
therapeutically to mediate clinical tumor regression on checkpoint
inhibition. An emerging concept in cancer immunology is that inhibitory
ligands su... 阅读全帖 |
|
E******g
发帖数: 170 | 23 Cao E, Liao M, Cheng Y, Julius D (2013) TRPV1 structures in distinct
conformations reveal activation mechanisms. Nature 504:113-118.
Caterina MJ, Schumacher MA, Tominaga M, Rosen TA, Levine JD, Julius D (1997)
The capsaicin receptor: a heat-activated ion channel in the pain pathway.
Nature 389:816-24.
Caterina MJ, Julius D (2001) The vanilloid receptor: a molecular gateway to
the pain pathway. Annu Rev Neurosci 24:487-517
Cosens DJ, Manning A (1969) Abnormal electroretinogram from a Drosophila
m... 阅读全帖 |
|
s****l
发帖数: 10462 | 24 能把突变的基因放到pathway里面看看那些pathway受到影响吗?（Ingenuity?)
另外，有没有可能对照一个正常小孩子的 exome data （哪个数据库里面会有？）看看
那些通道有显著的正负变化吗？ |
|
o*******a
发帖数: 242 | 25 thx, 他实验室是一窝老中啊！文章发的真是牛逼。
这个cGAS是他实验室首次发现的吗？
Discovery of cGAS-cGAMP pathway and its role in immune defense
We identified cGAS, which directly binds to cytosolic DNA and synthsizes
cGAMP from GTP and ATP. cGAMP with mixed phosphodiester linkages binds to
STING with high-affinity and induces STING conformational change and
interferon expression. We generated cGAS knockout mice and cell lines. Using
these reagents we found that cGAS-cGAMP pathway is important for immune
response against DNA viruse... 阅读全帖 |
|
t**l
发帖数: 109 | 26 不过她们家的文章都很有意思，做神经行为方向，全是western blot 生化方向的。 很
少有组织学，生理学的实验。当然最后总会用一个行为学的实验来验证一下genetic
phenotypye,剩下的就是用生化解释pathway。感觉CELL老多都是这样的PAPER。起点都
是一个IN VIVO或者primary cell tissue, 中间做着做着，就看见293T cell, 然后
FLAG-TAG。我现在一看见有293T cell的文章，感觉都头大。那些生化PATHWAY用293T解
出来的，到底有多少是能真实的反应in vivo的生理。 |
|
O******e
发帖数: 4845 | 27 我推荐大家都读一下这篇文章：
http://www.pnas.org/content/111/16/5773.full
全文：
By Bruce Alberts, Marc W. Kirschner, Shirley Tilghman, and Harold Varmus
By many measures, the biological and medical sciences are in a golden age.
That fact, which we celebrate, makes it all the more difficult to
acknowledge that the current system contains systemic flaws that are
threatening its future. A central flaw is the long-held assumption that the
enterprise will constantly expand. As a result, there is now a severe
imbalan... 阅读全帖 |
|
s*********m
发帖数: 15 | 28 如何把人的多能干细胞分化为卵子or精子？
有哪些重要的signaling pathway参与？ 估计Wnt, BMP, FGF这些pathway少不了。
如果这样可以做的话，就可以实现自身产精子和卵子 |
|
t******y
发帖数: 716 | 29 目前的转基因技术太粗糙，不应该推广。我认为理想中值得推广的转基因技术是能够提
供作物产量（光转化比）或天然抗逆性，而不是目前这种转入莫名其妙非作物本身基因
的转基因。理由很简单，对于生物体我们了解太少。尤其转基因这种影响全人类的技术
，我们尤其要谨慎。因为很简单，目前的转基因对人类的贡献有限，危害却无限（因为
我们不了解）。没有必要因为它是科学的结晶就要推广。尤其是在没有做长期动物实验
之前。
很多人做生物以为自己了解很多，其实未必。很多时候做细胞生化的不懂做动物模型的
。做植物的对动物免疫更加无知。前段时间参加一个会议，与会的学者做了一个转基因
动物，敲除了端粒合成体系里的一个基因，老鼠在这个基因敲除后，端粒长度没有变化
，没有其他任何表型。直到突变体回交6代后，老鼠端粒长度突然短，并且早死。没人
知道这是什么原因，敲除一个基因要等到6代后才出现表型。举这个例子只是要说明生
物体的复杂性。
很多人对转基因想得太简单。不要说在宏观生态上当下的转Bt和除草剂的作物危害巨大
，而且证据很多。即使在微观上，这些转基因对个人的影响也需要长期验证才能谨慎应
用。
当下实在没有必要推广这种转基因技... 阅读全帖 |
|
t******y
发帖数: 716 | 30 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: timeonly (圆满), 信区: Military
标 题: 我来谈谈转基因技术
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 3 23:19:19 2014, 美东)
目前的转基因技术太粗糙，不应该推广。我认为理想中值得推广的转基因技术是能够提
供作物产量（光转化比）或天然抗逆性，而不是目前这种转入莫名其妙非作物本身基因
的转基因。理由很简单，对于生物体我们了解太少。尤其转基因这种影响全人类的技术
，我们尤其要谨慎。因为很简单，目前的转基因对人类的贡献有限，危害却无限（因为
我们不了解）。没有必要因为它是科学的结晶就要推广。尤其是在没有做长期动物实验
之前。
很多人做生物以为自己了解很多，其实未必。很多时候做细胞生化的不懂做动物模型的
。做植物的对动物免疫更加无知。前段时间参加一个会议，与会的学者做了一个转基因
动物，敲除了端粒合成体系里的一个基因，老鼠在这个基因敲除后，端粒长度没有变化
，没有其他任何表型。直到突变体回交6代后，老鼠端粒长度突然短，并且早死。没人
知道这是什么原因，敲除一个基因要等到6代后才出现表... 阅读全帖 |
|
V******t
发帖数: 444 | 31 很好 谢谢分享
刚好看了一篇文
说是四倍体 多个centrosome 会激活Hippo pathway 让Lats2表达 使得细胞抑制在G1期
Ganem, N. J., et al. (2014). "Cytokinesis failure triggers hippo tumor
suppressor pathway activation." Cell 158(4): 833-848.
G1 |
|
V******t
发帖数: 444 | 32 很好 谢谢分享
刚好看了一篇文
说是四倍体 多个centrosome 会激活Hippo pathway 让Lats2表达 使得细胞抑制在G1期
Ganem, N. J., et al. (2014). "Cytokinesis failure triggers hippo tumor
suppressor pathway activation." Cell 158(4): 833-848.
G1 |
|
r******k
发帖数: 446 | 33 小弟最近看了看糖尿病的research。 发觉糖尿病人都是insulin resistance，然后
PI2k pathway是inactivation的。 那这不是跟癌症的pi3k pathway activation正相反？
而且如果治疗糖尿病的话，restore PI3k activation那不是很容易得癌症吗？
小弟不懂 忘大神们指点一二！ 谢谢！ |
|
r******k
发帖数: 446 | 34 小弟最近看了看糖尿病的research。 发觉糖尿病人都是insulin resistance，然后
PI2k pathway是inactivation的。 那这不是跟癌症的pi3k pathway activation正相反？
而且如果治疗糖尿病的话，restore PI3k activation那不是很容易得癌症吗？
小弟不懂 忘大神们指点一二！ 谢谢！ |
|
b*******1
发帖数: 16 | 35 岗位一：吴虹课题组博士后工作人员 （2名）
主要职责：
1）独立开展科研工作，动手进行体内外实验；
2）协助PI负责实验室研究课题的设计和开展；
3）参与科研基金撰写；
4）协助培养研究生。
招聘条件：
1）品学兼优，身体健康，年龄在40岁以下；
2）近年来在国内外获得分子生物学、细胞生物学、肿瘤遗传学、药理学等相关专业博
士学位；
3）至少具备一项以下领域内的工作经验和文献发表：
a. 独立运用细胞和动物模型进行肿瘤药物的机理研究
b. 在分子生物学和细胞生物学领域有深厚的知识背景；
c. 在蛋白质分析、核酸分析和细胞生长分析等相关技术方面有丰富的经验；
d. 对治疗癌症的药物疗效和安全性评价方面有强烈的兴趣和研究背景 ；
4）有较强的团队合作精神，沟通协调能力强，动手能力强，工作细心，积极主动，能
持之以恒；
聘用待遇：
本职位将为你提供在生物学领域极具竞争力和创造性的工作机会。博士后工作人员薪酬
标准按照北京大学生命科学院和北大-清华生命科学中心相应规定及个人工作经验及能
力确定。
联系方式：
有意者请将本人应聘材料电子文档发至以下联络方式（请在应聘材料及邮件主题上注明
：姓名 ... 阅读全帖 |
|
z****u
发帖数: 1007 | 36 总觉得说一个pathway控制organ size 实在太简化了点。
换个角度看，发育的过程就是embryonic progenitor cell逐渐specify, restrict成为
lineage specific stem cell或者消失的过程。看看Hippo pathway是如何调控stem
cell的形成，特化应该会很有意思。 |
|
n*********s
发帖数: 552 | 37 拿不到学分，只是旁听，最后可以给一个certificate。泛泛而谈的话，我估计肯定是
有帮助的，问题是我现在很困难的权衡着。一边是由于个人原因终于有点时间想全心做
实验，发篇文章对自己博后生涯有个交代。另外一边，万一努力了还是到最后没有
publication，那就更难找工作，到时候如果想进industry，scientists估计没戏了，
如果上了这个课，指不准还能对找其它类工作有点帮助。问题是想把这个课
certificate拿到貌似还是要很多时间的，我肯定不能全心扑在实验上。所以想问一下
，尤其是industry的，我这种情况旁听这课的benefits是不是overweighing。唉，年纪
大了，家有小娃要养，没有时间造啊，每一个决定都小心翼翼～这课每周一次，两小时
，持续整个spring semester，schedule大概是这个样子：
Session 1 (Jan 22): Introduction to FDA and Forum for Collaborative HIV
Research
Session 2 (Jan 29): Standards for Eff... 阅读全帖 |
|
i*********0
发帖数: 915 | 38 我不是做植物的，最近看文章，看到这个RNA-directed DNA
methylation pathway，google search一下，这个东西只在植物里面有很多的报道，
review什么的都是植物方面的知识。
这个pathway在脊椎动物中不保守么？
是不是植物有什么特别的地方用到这个RNA-directed DNA
methylation？
懂行的同学来科普一下吧。
谢谢！ |
|
z*t
发帖数: 863 | 39 不过对未知的天然产物合成pathway你怎么能用宏基因组和宏转录组来预测pathway上的
关键酶？
除非你要看的天然产物在结构上和已知的天然产物类似，并且已知天然产物的合成途径
关键酶已知。
如果你有已知的物种可以产生天然产物，做mutagenesis看表型，然后用NGS找突变倒是
可行。
如果连产生天然产物的已知物种都木有，用宏基因组和宏转录组可能很难做得下去
不是相关领域的，讨论讨论，拓展下思维：）
重要 |
|
r*****m
发帖数: 3619 | 40 Results: 46
Select item 25597018
1.
Exome-wide Sequencing Shows Low Mutation Rates and Identifies Novel Mutated
Genes in Seminomas.
Cutcutache I, Suzuki Y, Tan IB, Ramgopal S, Zhang S, Ramnarayanan K, Gan A,
Lee HH, Tay ST, Ooi A, Ong CK, Bolthouse JT, Lane BR, Anema JG, Kahnoski RJ,
Tan P, Teh BT, Rozen SG.
Eur Urol. 2015 Jan 14. pii: S0302-2838(14)01396-7. doi: 10.1016/j.eururo.
2014.12.040. [Epub ahead of print]
PMID: 25597018 [PubMed - as supplied by publisher] Free Article
Related citations... 阅读全帖 |
|
t*******w
发帖数: 107 | 41 James Chen 拿不到的
vision还是太窄了，靠1，2个分子拿诺奖还是挺难的
并且TMEM173 （cGAS）从function上说，没有那么重要（有很多compensatory
pathways）
只是这东西新，大家都在做，并且James chen的东西做的很solid，重复性高
good science不代表nobel prize
这个世界上还有很多发现没有被颁呢
1. coagulation cascade?
2. angiotensin pathway?
好多好多好多呢
最近这几年的估计“PD1”还是蛮有希望的，honjo终于熬到头了 |
|
m*****r
发帖数: 1164 | 42 继续求并更新下信息：
My current and previous expertise focusing on various membrane receptors and
their corresponding signaling pathways, and protein-protein interaction
mechanisms in interrogation of obesity, diabetes and cancers for therapeutic
intervention. Following keywords describes my expertise in detail:
Keywords: free fatty acids receptor, epidermal growth factor receptor (EGFR)
, PI3K/Akt signaling, AMP-activated protein kinase (AMPK), Adiponectin,
insulin-like growth factor (IGF), protein-prote... 阅读全帖 |
|
z****u
发帖数: 1007 | 43 同关心Hippo pathway. 说它负责mechanosenor. 那mechanosensor除了这个hippo还有
别的啥pathway. |
|
m********2
发帖数: 20 | 44 大家好，请大家帮忙推荐审稿，十分感谢！
研究内容如下：
1. MicroRNAs regulation
2. Cancer-related mouse model
3. Plant development
4. Interaction between plant hormone pathway and light pathway
恳请诸位帮忙啊，需要的话把CV发给您，谢谢！
邮箱： [email protected]
/* */ |
|
s***e
发帖数: 911 | 45 你说的这种是特定的重要生物过程信号通路里的Mechanoisensing. YAP/TAZ的
subcellular localization肯定受力调控，这个是已经实验确定的。Notch pathway
notch receptor cleavage也已经知道是受力调控的。刚才我顺手google, 发现也有很
多文献报道wnt pathway也直接受力调控。这些实验表明力可以是调控重要生物过程的
重要因素，不代表是必要因素。所以你的结果其实和Hippo mechanosensing没有显著茅
盾。对了，能分享一下你怎么通过knockout模型来讨论hippo和mechanosensing的联系
的？还想请教一下YAP在细胞质内是和那些蛋白相互作用？我对hippo mechanosensing
很感兴趣，但是对hippo相关的生物基本不了解。正在自学。
除了这些有名字的信号通路，mechanosensing在cell-ECM连接，cell-cell连接, cell
migration, tissue maintenance, 离子通道, actin stabilization, mus... 阅读全帖 |
|
s******c
发帖数: 331 | 46 忍不住再夸大一下结构的作用。
如果能够有精细的arrestin和其它GPCR的结构，并且对于他们的结合对arrestin
signaling的影响有分子水平上的认识，那对于制药也是一个很大的推进。市面上几乎1
/3的药物作用于GPCR，但是基本都是无差别的简单粗暴的抑制或激活的机制，现在很火
的一个概念是用药物选择性的控制某一种GPCR signaling pathway而不影响其它。比如
心脏里肾上腺素受体的激活长时间是对心脏有害的，但是如果仅仅是arrestin的激活，
反而是有保护作用，还有某些受体，G 蛋白激活是破坏血管壁，arrestin的激活却可以
保护血管壁。现在的努力方向都是寻找结合受体外部的小分子，然后异构的调节胞内
signaling，做法还是传统的盲筛。arrestin结合的结构对这个是有帮助的，比如有一
个arrestin extemely biased ligand和受体以及arrestin的结构，至少就可以知道小
分子的设计应该是向什么方向。另外arrestin结合的结构的一个很大的作用是可以作为
模版去设计直接作用在蛋白结合表面的药物！这样的药物可能会有更... 阅读全帖 |
|
T*****n
发帖数: 274 | 47 感觉你并不清楚你的locus of interest可能有什么样的DNA damage. DNA repair不同
领域的人用的assay是完全不同的，简直不能互相理解。一般来说，MMS damage repair
更多是用来test BER/NER pathway/factors，研究这些pathway很难用specific
endogenous locus. 对于DSB repair来说,MMS更多只是yeast领域里面用来suggest
epistatic relationship.
从你的描述，感觉你倾向于认为你的locus of interest可能undergo DSB upon
genotoxin stress. 检测最简单的方法就是genomic DNA southern blot for
rearrangements，或者gammaH2AX ChIP，PCR-based assay比如sequencing也可行if
PCR is possible. 当然前提是break frequency要比较高,不然什么assay都白搭。一些
比较fancy的next-gen se... 阅读全帖 |
|
p*******l
发帖数: 10 | 48 千人彭金荣担任动物科学学院和生命科学学院两个院长, 从2008年回国后发表的SCI论
文（说明：IF标注的是2013的），包括综述。
1: Zhu Z, Chen J, Xiong JW, Peng J. Haploinsufficiency of Def activates p53-
dependent TGFβ signalling and causes scar formation after partial
hepatectomy. PLoS One. 2014 May 6;9(5):e96576. （IF=3.534）
2: Ou Z, Yin L, Chang C, Peng J, Chen J. Protein interaction between p53 and
Δ113p53 is required for the anti-apoptotic function of Δ113p53. J Genet
Genomics. 2014 Feb 20;41(2):53-62.
(IF=2.924)
3: Tao T, Shi H, Huang D, Peng J. Def... 阅读全帖 |
|
m*********D
发帖数: 1727 | 49 大谢！
不记得lentivirus的vector会整合到genome呀。他那个GeCKO v2 vector（包含guide
sequence和Cas9)也能整合进genome吗？
我们有一个自己筛出来的compound，还有一个新的pathway, 所以，想借他的这个思路
，找出这个pathway上的其他蛋白分子。这个思路很不错。
谢谢这里的大侠们。上次来问CRISPR技术,倒是真用这里大侠们提供的方法和思路，作
出了single amino acid的突变（还有几个Nt的突变，引入酶切位点和搞掉PAM，但不改
变amino acid)，连两个拷贝都replace的克隆也拿到很多。这里还真酸生物同行的家。
：）。 |
|
m*********D
发帖数: 1727 | 50 你看我昨天来问的时候就是这个上面有些糊涂。我现在也还担心：如果CRISPR
function很快，virus进细胞后表达gRNA/Cas9，马上ko了一个pathway上的基因，3天的
puromycin selection期间，没整合进genome,这个细胞也可能survive的。所以，我以
为sequencing整个genome来找呢。
既然是比较两个pool,遗漏一些或false positive是难免的。估计搞的几个就好。现在
的signal transduction的“网络”已经很成熟了，找到几个估计就会有谱了。看了
Feng zhang的method section,细胞用量很大，估计是不是考虑了整合进genome的效率
不是很高这个因素。
我这个因是新的pathway,自己有potency到了drug级别的small molecule inhibitor，
所以，就想自己试试。
谢谢！
gRNA |
|
