l********n
发帖数: 260 | 1 请教各位老师，
下图的pathway分析怎么做的？ |
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a*****x
发帖数: 901 | 2 主要是明确的定义，以及pathway是什么? 谢谢！ |
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G***G
发帖数: 16778 | 3 can we perform pathway analysis on mitochondrial genes?
Is there such tools or softwares available now?
thanks. |
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h**********r
发帖数: 671 | 4 Title:
Flux analysis and control of the central metabolic pathways in Escherichia
coli
FEMS Microbiology Reviews
Volume 19, Issue 2, pages 85–116, December 1996
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8988566
My email is m******[email protected]
One Baozi will be sent after getting the paper.
Thanks! |
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y******5
发帖数: 131 | 5 请教诸位一下，只有p value和gene symbol可以做pathway分析吗？有现成的软件吗？
貌似GSEA都要输入原始数据。谢谢各位了！ |
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a*****x
发帖数: 901 | 6 有哪些pathways，哪些比较solid，研究工具是什么,最后的功能是什么？越多相关信息
越好，目前在盲人摸象阶段，非常感谢！ |
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G***G
发帖数: 16778 | 7 what is the definition of 'deregulated pathway?' |
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i*********0
发帖数: 915 | 8 就是upregulated+downregulated的pathway集合吧。 |
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w******a
发帖数: 1527 | 9 各位大牛，前辈，同行，如果有paper review机会，希望可以考虑一下我。拜托啦！
可以review的领域为：
Cancer biology,
Cell biology,
Stem cell,
Differentiation,
Transcriptional Regulation,
Signaling pathway,
Muscle and bone development,
临床方面的文章也可以~ |
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w******a
发帖数: 1527 | 10 各位大牛，前辈，同行，如果有paper review机会，希望可以考虑一下我。拜托啦！
可以review的领域为：
Cancer biology,
Cell biology,
Stem cell,
Differentiation,
Transcriptional Regulation,
Signaling pathway,
Muscle and bone development,
临床方面的文章也可以~ |
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A***u
发帖数: 3714 | 11 **刚才看到类似Morphin的ID， 心里感动了一下，为了回馈对师兄的恩情，也算回馈对
本站的恩情，我来回答你的问题。。。
我是医学院毕业的，我的人生很坎坷，我来美国13年了，至今还在等485。。。。。。
。省去很多字，。。。overall, 我今天是开心的，感恩的， 觉得一切都会paid off,
人在这个世界上，人品很重要。。。做人要扎实，爱钱财，没有问题，但是要有眼光，
要有品德，，也许国家确实需要郭靖这样的人。。。。我不是什么好东西，我也做污龊
的事。。。。。。。所以，我简单的说了一句“折腾Notch很多事”，这个是言外之意
的事，本身Notch-Mindbomb pathway我已经落后都解放前了。。。。我的生物PhD 学位
没有完成的时候已经QUIT 了，就去混华尔街了。。。。Morphin还给我打电话，。。。
以为我赔光了内裤，精神分裂了，，我感谢这样的师兄。。。。
Morphin是做Zebrafsih的，我也是，我在做鱼之前，我做了Xenopus egg,我学发育拿了
硕士学位，我的真正Title是：Phd Candidate:)，总之， 我经历了很多很好的老师，
学... 阅读全帖 |
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A***u
发帖数: 3714 | 12 **刚才看到类似Morphin的ID， 心里感动了一下，为了回馈对师兄的恩情，也算回馈对
本站的恩情，我来回答你的问题。。。
我是医学院毕业的，我的人生很坎坷，我来美国13年了，至今还在等485。。。。。。
。省去很多字，。。。overall, 我今天是开心的，感恩的， 觉得一切都会paid off,
人在这个世界上，人品很重要。。。做人要扎实，爱钱财，没有问题，但是要有眼光，
要有品德，，也许国家确实需要郭靖这样的人。。。。我不是什么好东西，我也做污龊
的事。。。。。。。所以，我简单的说了一句“折腾Notch很多事”，这个是言外之意
的事，本身Notch-Mindbomb pathway我已经落后都解放前了。。。。我的生物PhD 学位
没有完成的时候已经QUIT 了，就去混华尔街了。。。。Morphin还给我打电话，。。。
以为我赔光了内裤，精神分裂了，，我感谢这样的师兄。。。。
Morphin是做Zebrafsih的，我也是，我在做鱼之前，我做了Xenopus egg,我学发育拿了
硕士学位，我的真正Title是：Phd Candidate:)，总之， 我经历了很多很好的老师，
学... 阅读全帖 |
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R****n
发帖数: 708 | 13 最近转了个miR到膀胱癌细胞里，和control比较的时候确实看到增殖速度变快了。但是
初步做了几个常见的pathway,发现在转入的细胞里p-ERK,p-cMyc,p-mTor,p-c-raf反都
下降了，PTEN,p-Akt,FGFR1/3, p-MEK1都没有什么变化。我做了两次，结果是一样的。
我背景不是生物的，希望大家能给点建议。还有什么比较大的跟增殖速度相关的蛋白可
以试试。
targetscan的结果有个GPCR,G-protein跟增殖速度关系大不？ |
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发帖数: 1 | 14
试了一下分析pathway，挺不错的，继续摸索。非常非常感谢！ |
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v********a
发帖数: 646 | 15 如题，大家现在都是用什么软件来制作pathway图？ |
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G*****h
发帖数: 320 | 16 Illustrator 最灵活、最专业吧。什么都可以做，没有局限，但对技巧有些要求。不过
一般技巧应该可以做大部分生物学图了。
PPT 也能用来做大部分生物图表了。不过 PPT 本身并不是特别设计用来作图的软件，
细调起来很不容易。必要时候，可以调整画板大小，改变 grid spacing 定义（或关闭
snap to option），调整 textbox 里面 internal margins 定义（否则不容易把小图
片挪到需要去的地方）。PPT 有不少现成的基本图案可用，是个优点。我有时候会从
ppt 上烤些图案到 Illustrator 上使用。
谢谢 BoomerSooner 介绍 draw.io ！刚才上去看了看，里面有不少现成的图案。具体
编辑功能还没有试过，但这些现成图案挺好的。
此外，记得有一家公司在卖整套整套的 PPT 模板，其中有 pathways。 |
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v********a
发帖数: 646 | 17 谢谢回复。illustrator用得不熟练。
Science Slides是有现成的元素和pathway可买，但是太贵了：https://store.
visiscience.com/#cat=7 |
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g****m
发帖数: 2 | 18 Call for Papers
Multi-aspect Analysis of Biological Pathways Using High-throughput Data
Sources
A Workshop of 2007 IEEE International Conference on Bioinformatics and
Biomedicine
(IEEE BIBM 2007, co-located with IEEE/WCI/ACM WI-IAT 07 and IEEE GrC 07)
http://www.cis.drexel.edu/faculty/thu/bibm/index.php.htm
San Jose, CA, USA Nov 2-4, 2007
Key Dates
August 10, 2007: Due date for full workshop papers submission (at least two
reviews for each paper)
September 10, 2007: Notification of paper accepta |
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f**d
发帖数: 768 | 20 这是一本计算神经科学的优秀著作，全文拷贝这里（图和公式缺），有兴趣的同学可以
阅读
如需要，我可以分享PDF文件（－－仅供个人学习，无商业用途）
From Computer to Brain
William W. Lytton
From Computer to Brain
Foundations of Computational Neuroscience
Springer
William W. Lytton, M.D.
Associate Professor, State University of New York, Downstato, Brooklyn, NY
Visiting Associate Professor, University of Wisconsin, Madison
Visiting Associate Professor, Polytechnic University, Brooklyn, NY
Staff Neurologist., Kings County Hospital, Brooklyn, NY
In From Computer to Brain: ... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 21 Beutler得奖，Medzhitov会不会有意见？
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761309002
Ruslan Medzhitov
This year marks the 20th anniversary of a publication (Janeway, 1989) that
in many ways revolutionized our understanding of the immune system. As part
of the proceedings of the Cold Spring Harbor Symposium on Immune Recognition
, the paper authored by the late Charles A. Janeway, Jr. was not a standard
peer-reviewed publication. In fact, Charlie used to refer to it as “the
best paper I've ... 阅读全帖 |
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l****z
发帖数: 29846 | 22 Top doctor's chilling claim: The NHS kills off 130,000 elderly patients
every year
By Steve Doughty
PUBLISHED: 18:08 EST, 19 June 2012 | UPDATED: 08:20 EST, 21 June 2012
Worrying claim: Professor Patrick Pullicino said doctors had turned the use
of a controversial ¿death pathway¿ into the equivalent of
euthanasia of the elderly
Worrying claim: Professor Patrick Pullicino said doctors had turned the use
of a controversial 'death pathway' into the equivalent of euthanasia of the
elderly
... 阅读全帖 |
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j*****8
发帖数: 12 | 23 I Have Made Significant and Internationally Recognized Scientific
Contributions to the Area of Medical Genetics, and to the Field of Genetics
of Mental Diseases in Particular
1. My significant contributions to XXXX at The University of Chicago (
Feb. 2005~Jun. 2008)
As Dr. GGGG stated, “It is well known that BBBBB disorder is one of
the most costly psychiatric conditions. It ranks among the top ten in
disability in the World Health Organization’s Global Burden of Disease.
More than 2... 阅读全帖 |
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y***v
发帖数: 270 | 24 你们看看： 比较长，
转一篇文章。让事实为肖传国说话
转自：虹桥科教论坛 http://www.rainbowplan.org/bbs/topic.php?topic=114563&select=&forum=1
有人在散仙谷转了一篇文章。应该把这篇文章广为转发。让当局和国内不明真相的人民
都知道肖传国的医学探索的价值。方舟子夹私打假必然会被钉在科学的耻辱柱上。
“肖氏反射弧”真相解析
肖传国教授在世界上第一个提出并证实 “人工建立体神经-内脏神经反射弧” 用于治
疗各种脊髓损伤导致的排尿障碍。这一发现在肖传国与方舟子之间挑起了一场科学与反
科学长达五年的论战。为帮助公众了解这场论战的事实真相，本文首先从学术角度根据
科学文献和科学事实对“肖氏反射弧”作一番解析。
反射是神经支配机体生理机能的基本方式。反射弧一般由感受器，传入神经，反射中枢
，传出神经和效应器组成。正常的排尿反射由位于脑干和大脑皮层的高级排尿中枢控制
达骶髓的排尿反射初级中枢完成。膀胱充盈时，膀胱壁的牵张感受器受到刺激而兴奋。
冲动传入高级中枢产生排尿欲。中枢经过判断认为可以排尿，于是发出神经冲动沿下行
传导束到脊髓初... 阅读全帖 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 25 我们就是把负责做那个修饰的酶给KO了，然后pathway A 和 B 同时出问题了。
然后我们把修饰好的蛋白扔进去，发现该蛋白和pathway B colocalizes, 而且recue
了pathway B，但是对pathway A就没有这个效果。
其实这个东西对pathway A到底有没有作用我们不太关心（阴性结果不说明就没有关系
）因为针对于那个蛋白和pathway A的文章超过一千篇，所以是一个没有什么意思的方
向，所以我们那个文章里面没有对pathway A下任何结论。
不过对于pathway B的结论应该是没有问题的吧？因为能够很明确的rescue, 而且很明
确的colocalizes.
批注：全部症结在此，这个叫Involved，确实没有mechanistic，
所谓mechanistic，就是A蛋白作用B蛋白，B蛋白作用C蛋白，C蛋白是公认的教科书功能
，无需多说。这就是我们这个时代的研究路数。
比如说，C是myosin，解释了宏观肌肉收缩，B是myosin kinase，A是某蛋白，能在某个
场景（Ca influx etc etc）on/off B，这个就可以了... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 26 好帖，收获不小
我过两年也打算好好补一补这方面的知识
我觉得肿瘤的signal pathway确实应该是数学模型相对在近期在生物方面有用武之地的
方向
我没太多数学基础，但是是不是这个级别的数学只能算是很普通的水平，根本用不到研
究生级别的数学知识。感觉以前在国内学生统的时候，这种寻找最优路径的方法就有涉
及了？
另外，虽然这个数学模型确实不需要基于任何机理，但是我觉得能整合进去已知的机理
还是有益的吧，起码可以作为一个training set，比如用你这个实验系统研制几个已知
的同pathway的和几个已知不同pathway的，看是不是不同pathway的是不是真的效率更
高？
另外我也不知道，同pathway的两个药物在真实世界里是不是就真的不如两条pathway的
药物。假如这一pathway真的是不可或缺的呢？本来如果是几个药物同时阻断这条
pathway的几个redundant的分子就可以彻底搞死癌细胞的，但是你首先就人为把这种可
能性给扔掉了。就好象占遗传病大多数的是隐性遗传而不是显性遗传，就是说大多数情
况下，你要搞死一个pathway的两个redundant的copy才... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 27 好帖，收获不小
我过两年也打算好好补一补这方面的知识
我觉得肿瘤的signal pathway确实应该是数学模型相对在近期在生物方面有用武之地的
方向
我没太多数学基础，但是是不是这个级别的数学只能算是很普通的水平，根本用不到研
究生级别的数学知识。感觉以前在国内学生统的时候，这种寻找最优路径的方法就有涉
及了？
另外，虽然这个数学模型确实不需要基于任何机理，但是我觉得能整合进去已知的机理
还是有益的吧，起码可以作为一个training set，比如用你这个实验系统研制几个已知
的同pathway的和几个已知不同pathway的，看是不是不同pathway的是不是真的效率更
高？
另外我也不知道，同pathway的两个药物在真实世界里是不是就真的不如两条pathway的
药物。假如这一pathway真的是不可或缺的呢？本来如果是几个药物同时阻断这条
pathway的几个redundant的分子就可以彻底搞死癌细胞的，但是你首先就人为把这种可
能性给扔掉了。就好象占遗传病大多数的是隐性遗传而不是显性遗传，就是说大多数情
况下，你要搞死一个pathway的两个redundant的copy才... 阅读全帖 |
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t***o
发帖数: 4265 | 28 另外，在一个英文论坛网页上也找到了一个老外引用的肖的简历。
开来老外对肖的手术还是评价还是不错的，首先觉得很新颖很有趣，其次有些手术效果
不错，有的还有待观察。在2008年，这个手术在美国还是处于试验研究阶段，只对严重
瘫痪病人试用。
http://sci.rutgers.edu/forum/showthread.php?t=70481&page=4
CURRICULUM VITAE September 3, 2004
Name: Chuanguo Xiao, 肖传国 Male
E-mail: xiaoc01 @ med . nyu . edu Cellular: 13707136268
EDUCATION:[学历]
8/1988-12/1990 AUA Fellow, Neurourology & Reconstructive Urology
Eastern Virginia Medical School, Norfolk, VA
8/1987 7/1988 Fellow, Institute of Urology,
University College London, UK
1... 阅读全帖 |
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A********e
发帖数: 354 | 29 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 30 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
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花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
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O***n
发帖数: 13127 | 31 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
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花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
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a********k
发帖数: 2273 | 32 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 33 我们就是把负责做那个修饰的酶给KO了，然后pathway A 和 B 同时出问题了。
然后我们把修饰好的蛋白扔进去，发现该蛋白和pathway B colocalizes, 而且recue
了pathway B，但是对pathway A就没有这个效果。
其实这个东西对pathway A到底有没有作用我们不太关心（阴性结果不说明就没有关系
）因为针对于那个蛋白和pathway A的文章超过一千篇，所以是一个没有什么意思的方
向，所以我们那个文章里面没有对pathway A下任何结论。
不过对于pathway B的结论应该是没有问题的吧？因为能够很明确的rescue, 而且很明
确的colocalizes.
related |
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Z**********g
发帖数: 222 | 34 不是做遗传的，试着我的理解：
1. 由于是hypomorph，如果是synergistic，一种可能是a和b在同一pathway上，双突变
后有synergistic效果，另一种可能是不同pathway上，但两pathway彼此有正调控作用
，故双突变也有synergistic效果。
2. 如果a和b处在完全独立的pathway上，应该是additive效果。
3. 如果a和b处在两条pathway上，但彼此有负调控作用，估计就是40%的情况。
4. 30%的情况？a和b处在两条pathway上，但彼此有更复杂的负调控？估计a pathway能
较强的抑制b pathway？ |
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p*******g
发帖数: 2976 | 35 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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r****y
发帖数: 263 | 36 收入申请书模板类别http://user.qzone.qq.com/2915799706/blog/1398824866
Petition letter （参照laoda555超长经验和hotmale的NOID回复写的）：
XX , 2010
U.S. Department of Homeland Security
Citizenship and Immigration Services
RE:Applicaions: I-140 Immigration Visa Petition
Petitioner: Dr. B AA
Beneficiary: Dr. B AA (AXXXXX)
Category: Alien of Extraordinary Ability
Dear Immigration Officer:
The following is respectfully submitted in support of my petition for
classification as a qualified immigrant under the First Preference ... 阅读全帖 |
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l******u
发帖数: 936 | 37 我做的是病人样本. 用laser microdissection 切取俩相邻的细胞群(A & B),
然后做microarray 看trancpitone, 在IPA发现某代谢的pathway 在A里很高,
详细看发现这个代谢的pathway 最重要的合成酶在A里几乎都高表达在B里不表达.
然后发现这个代谢pathwway的主要产物的受体在B里高表达而在A里不表达,这样就发现了
这个pathway在这俩相邻细胞群的interaction里起非常重要的作用.
A细胞的代谢产物(小分子)通过ECM里跑到B细胞那边发生了interaction.
(几个重要的酶和受体都在IHC得到很好的验证)
做cell biolgoy的人对pathway的理解其实跟做genomics的很不一样. pathway受影响
是正常啊. 但是假设, 前人发现ABCDpathway 在疾病X 里很重要, 但是不一定知道
pathway F 也在疾病X里很重要, 并且不知道跟 pathway ABCD 有interaction,
如果你通过一些生物信息的工具
找到了 F, 并且有些hint 告诉你 F 跟 ABCD 有... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 69 | 38 这个帖子对于一个即将要读生物PHD的人是个很大的打击。 我个人感觉随便找个人，在
实验室教他一个月，怎么cell culture, 怎们做western。只要有钱买抗体，就能做
cell signal的活。我现在觉得cell signal就是一个大大的坑！一看公司送来的signal
poster，他妈的全都有联系。从A一只能联系到Z，随便找个信号分子，做做induction
,看看pathway的key enzyme的变化，就可以下结论说，哦，这个分子影响这个pathway
，然后做做细胞功能assay，得出结论这个分子有神马功能。然后发现这个分子是蛋白
大家族的一员，有开始做其他成员的pathway，或者又发现个上游或者下游的调节因子
，然后又开始做这个因子的pathway，最后做做in vivo，KO mice，会玩的还会看看这
个分子在免疫细胞的作用。
然后做做siRNA,shRNA,FISH,IHC 说是这个东西是潜在的biomarker，又说mAb,si/sh-
RNA可能成为治疗某种疾病的手段。
我感觉太胡掰了，简直是自己给自己讲故事。天天MAPK.NF-KB,AP1,GP... 阅读全帖 |
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s***h
发帖数: 487 | 39 其实男生的 dopamine pathway 强大，oxytocin pathway 衰减快到 24 小时衰减，也
可能就是进化优势适应女生的 mean girl 。
合理推测就是，人类早期，如果男生不能每 24 小时 refresh 一次 oxytocin，那么无
法保证人类毫无抵抗力的娃的安全。这样不如 dopamine pathway 理性选择占优势。
男生的 dopamine pathway 是最 semi-structured data science 用的，其特点是看所
有的 data points 理性思考，而不是盯着一个 data point 看半天而被老板扫地出门。
同理在没有 oxytocin pathway 的情况下，男生更乐意跟不同的女生性爱，而不是盯着
一个女生性爱，也是适应女生 mean girl 的进化优势。Dopamine pathway 使得男生更
多理性思考 data science 之 天涯何处无碧草 的问题，懒得跟 mean girl 互相对攻
型选择性偏执。
: hoho,大概有点明白你啥意思了。
: 就是说此女就属于被自动淘... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 40 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: niceboat (Spore), 信区: Biology
标 题: Open Position: Research Scientist – Metabolic Engineering & Fermentation
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 15 16:01:59 2013, 美东)
Job ID: GF2013A003
Posting Title: Research Scientist – Metabolic Engineering & Fermentation
Brief Introduction of Gate Fuels Inc.: “Imagination, Innovation,
Implementation --- Enabled Technologies for a Green, Clean World”
Gate Fuels, Inc. is a biotechnology startup company that is developing
recombinant Bacillus s... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 41 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: niceboat (Spore), 信区: Biology
标 题: Open Position: Research Scientist – Metabolic Engineering & Fermentation
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 15 16:01:59 2013, 美东)
Job ID: GF2013A003
Posting Title: Research Scientist – Metabolic Engineering & Fermentation
Brief Introduction of Gate Fuels Inc.: “Imagination, Innovation,
Implementation --- Enabled Technologies for a Green, Clean World”
Gate Fuels, Inc. is a biotechnology startup company that is developing
recombinant Bacillus s... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 10097 | 42 你说的这些想法并不奇怪啊，而且其实是共识啊。别说这种细胞程度的evolution
pressure都写进教科书的，我自己的paper里面都发现类似的情况（敲除一个oncogene
后抑制了肿瘤生长，但是过了很久又从新长出肿瘤，测序是second hit mutation把上
一条pathway bypass了）。这些都是大家无数人研究出来过的。所以现在combine
therapy 的idea才那么火，类似于鸡尾酒疗法的idea同时抑制不同的pathway; 还有人
认为不要过分用放化疗刺激癌细胞，而是给以较温和的某一类pathway的抑制剂（甚至
不是抑制剂而是modulator）让癌细胞向更容易生存的pathway adopt甚至产生oncogene
addiction, 这之后既可以持续保持一定的药量维持一种和肿瘤细胞的“共生”关系，
也有可能能忽然改变这一通路的强特效抑制剂彻底杀灭肿瘤。当然因为这个领域大家都
还在搞，所以怎么做的人都有，但我觉得这个大思路是对的。现在做microRNA therapy
的人多也有一个原因就是很多microRNA一次调控上百个gene,但是每个的... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 43 在空间上来说，pathway A 和pathway B在细胞里是位于不同地方的，所以readout 肯定是没有问题的。打个比方说，一个在线粒体内，一个在核内（打比方而已，不是真的），所以要把readout 清楚的分开并不是很难的事情。几个不同的主编貌似也没有质疑这一点。
而且，退一步来说，即使最后被发现是通过对pathway A 的作用来间接的影响到pathway B，应该也是一个很有意思的结果啊，因为大家都不知道这个pathway B具体是如何调控的。
path
pathway |
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s******y
发帖数: 28562 | 44 说到这个mechanistic insight,
昨晚我痛定思痛的想了一下，我大概可以做这几个方面：
１。提供该蛋白和pathway B具体某个蛋白的作用证据，这个我其实很粗的做过一些初
步试验，那个蛋白在被修饰之后貌似增强了pathway B里面一个重要成分的活性。当然
这个实验很粗糙，所以这个数据就没有包含到投才出去的文章去。
我可以好好想想，找一个比较好的assay 来证明一下。这个应该不是特别难做，就是会
费点时间。因为相关蛋白的提取和assay很花时间.
但这个如果做出来的话，应该算是比较直接的证据了吧？
２。提供证据说明为什么那个蛋白被修饰之前不能和pathway B 作用，修饰之后就可以
了。比分说是否修饰之后就对pathway A affinity 低了，对pathway B affinity 高了。
但是这个可能会比较复杂，因为pathway A, B 虽然细胞内定位有区别，但是有好几个
公用的蛋白成分，而且都是很大的complex, 还涉及膜什么的，不太可能用简单的co-IP.
我想对于这篇文章，这个大概是可以先搁着不做的吧？ |
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D*a
发帖数: 6830 | 45 cynthia kenyon是坚定的pathway理论拥护者，我觉得应该也有那个时代机械论的影子。
但是很多搞evolution和aging的是反对这种说法的，因为单从evolution上就说不通。
也包括一些benth people。我现在也倾向于反对这种说法。
当然这些基因肯定是归根到底从pathway上影响了aging，但是不能就说他们是pathways
of aging
如果你感兴趣，这里有篇review综述所有的theory
Ljubuncic, P. & Reznick, A.Z. The evolutionary theories of aging revisited-
-a mini-review. Gerontology 55, 205-16 (2009).
这个reproduction和aging的casual relationship 现在也只在线虫里仔细做过吧。
我的一个想法是，aging到底是适应性的（从而在生物学上有专门的pathway控制）还是
非适应性的（就是一堆random的gene会导致aging，当然这个不是说没有pathway可以用
来延缓／加... 阅读全帖 |
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a*****x
发帖数: 901 | 46 你们这种回答只会让lz更confuse。
如果A->表型，B->表型，完全独立的话，那么A&B->表型概率应该是44%。独立的意思是
A->表型发生的话不影响B->表型，反之亦然。所以是两个独立的pathway。即使连个
pathway作用在同一个蛋白上（比如同一个C蛋白的不同位点的磷酸化），或者甚至是同
一个作用，比如分别独立的磷酸化蛋白C的同一个位点，并不达到饱和。只要保证 P(A|
B)=P(B),以及P（B|A）= P(A)就行了。
如果A&B->表型概率不是44%，则表示连个pathway是相关的。相关的意思是A->表型发生
的话，会影响B->表型发生的概率，也就是Bayes Formula里所谓条件概率。产生的机制
有各种可能。如果A&B->表型概率大于44%，表示P(A|B)>P(B)或者以及P（B|A）> P(A),
也就是两个pathway之间正相关，生物上叫做"sensitize"。 sensitize往往是同一个
pathway不同层次的作用引起的。如果A&B->表型概率小于44%，那么表示他们也是在一
个pathway，但是附相关，desensitize。den... 阅读全帖 |
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E******T
发帖数: 59 | 47 Gene module在生物医学癌症分类（clustering），以及生物活性marker鉴定的应用
生物医学样品的分类（clustering）及其复杂，有几个原因： 医学样品的构成，比如
说白血病病人，有年龄，性别，癌症分级（I，II，III），用药情况，癌症类别（AML
，ALL）等等。按照不同的标准，就可以把病人样品分成不同的类别（clustering）.
更深一层次，不同的类别如果从生物学上来看，是由不同的基因，信号通路引起。如果
能找到这些不同类别对应的pathway,那么相对应的分类也就能被发现。 比如，白血病
里面的一种AML，他相应的信号通路就不同于另一种ALL，所以根据这些基因就能把白血
病分成AML和ALL。同理，如果能发现与癌症分级不同的信号通路，就能把白血病分成I
，II，III等不同的级别。但是，在平常的研究当中，这些具体的分类都不是特别清楚
。大多数情况下，仅仅知道其中的一种，比如在白血病里面就知道AML和ALL的分类，至
于其他的信息，很难得到。所以我们用了unsupervised learning的思想来研究这个问
题。
从生物角度来看，如果一个pat... 阅读全帖 |
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l*****7
发帖数: 8463 | 48 Cancer researcher retracts 19 studies at once
with 23 comments
jcheng
Jin Cheng
A former cancer biologist at the Moffitt Cancer Center in Tampa, Florida has
retracted 19 papers from a single journal.
Jin Cheng, who studies how ovarian cancer develops, withdrew 19 papers from
the Journal of Biological Chemistry originally published over the last 15
years, and corrected another. All of the retractions are for image
manipulation.
For example, here’s the notice for “Activation of phosphatidylinosito... 阅读全帖 |
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c*********d
发帖数: 9770 | 49 荒猫牛不耕微信号laoniu003005
功能介绍
好文分享
来源：荒猫之舞
作者：荒猫
中美贸易战告一段落，毫不意外地，咱们又赢了。不过与以往不同的是，这次美国也赢
了，是双赢。据报道，咱们答应了美国减少贸易逆差的要求，所以美国赢了；而因为要
减少贸易逆差，中方将大量增加自美购买商品和服务，这样可以满足咱们不断增长的消
费需求和促进高质量经济发展，所以咱们也赢了。
但让我感觉不可思议的是，这么好的事情，为什么一直不做呢？为什么要在美国政府的
逼迫下去做呢？是因为没有想到？那岂不是说那些人能力低下？是因为想到了而不做，
那岂不是证明了那些人很坏？
而且在美国高调启动贸易战之初，咱们是抱着多大的决心，宁为玉碎不为瓦全，一定要
打赢的，一定要粉碎美国人阻挡咱们大国崛起的阴谋的。当美国提出500亿的清单时，
咱们针锋相对；当美国提出1000亿的清单时，咱们继续应战；而当美国把清单的总价提
高到2000亿的时候，一夜之间，美国就不是阻挡咱们大国崛起，而是有利于咱们大国崛
起了。美国的要求原来是有利于咱们的发展，而不是遏制咱们的发展了。我恍然大悟：
原来以前的针锋相对，是用的激将法，是为了刺激美... 阅读全帖 |
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t*******r
发帖数: 22634 | 50 或者说，acquired 意思，unscientifically speaking:
(1) Neuroplasticity maybe (more or less) the opposite of strong & stable
neuro pathways.
(2) However, neuroplasticity certainly doesn't mean no neuro pathways. (That
called retarded). Neuroplasticity maybe the outcome of many many related
weaker & less stable neuro pathways, or even form a correlated graph between
those less stable pathways, instead of small number of strong & stable
pathways.
(3) If the above 2 guesswork are true, then it's plausible t... 阅读全帖 |
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