由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: sds
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c***t
发帖数: 383
1
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mifepristone (弃婴) 于 (Sun Apr 28 20:18:34 2013, 美东) 提到:
大家回忆下当年班上最后拿不到学位证书的都是啥混混?
连学位证书都拿不到中途退场的又是些啥
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SlowAction (反应慢) 于 (Sun Apr 28 20:24:13 2013, 美东) 提到:
He is much better than those postdogs. Money talks!
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monkeylady (Monkeyqueen) 于 (Sun Apr 28 20:25:00 2013, 美东) 提到:
但他用internet救了朱令, 是他一再要朱令查是不是铊中毒的。
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mifepristone (弃婴) 于 ... 阅读全帖
c***t
发帖数: 383
2
来自主题: WaterWorld版 - [合集] 批盆冷水吧
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withourcar (注意不是老id"没有车") 于 (Tue Apr 30 11:22:46 2013, 美东) 提到:
朱令这个事根本不可能重起。
政治集团不是傻子,不会为了一个朱令挖自己的坟的。
该不要脸的时候,政治集团比谁都不要脸。 你别以为水版,华人闹得沸沸扬扬就能怎
么样。 我问一下国内同学,根本就没几个人知道这个事的。 国内一片蒙昧和谐。 只
要国内人不吵不闹,几个“境外势力”论坛触及不到政治集团的奶酪。
政治集团的底线早就一次一次的暴露清楚了。糗事能压就压,能捂就捂。 只有那些没
法捂住的事情才会假惺惺表个态。 比如薄熙来案,证据在美国人手里。 比如非典,
每天上百上百的死人。
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aixiaoxiaoyu (我爱小小鱼) 于 (Tue Apr 30 11:24:22 2013, 美东) 提到:
咱别的也帮不上,就只能嚷嚷几声了
☆──────────────────────────────... 阅读全帖
t******n
发帖数: 2939
3
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TravisBickle (Travis) 于 (Mon Apr 29 10:07:29 2013, 美东) 提到:
发信人: alltest (iron3), 信区: Military
标 题: 物化2班王一风站出来了
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 29 05:12:19 2013, 美东)
http://huaren.us/rd/rd.asp?hrtopic_id=1418551&hrurl=http://big5
B.
記者調查
朱令當年在清華的同班同學中,有人多年來一直默默關心朱令,王一風便是其中之一,
他在新浪微博開設了賬號,專門發布和朱令相關的信息。雖然已過去近20年,但王一風
依然記得當年清華大學化學實驗室的人員及其管理情況,並認為孫維是唯一能既近距離
接觸有毒試劑鉈和朱令的人。
B.01. 誰才懂得用“鉈”下毒?
孫維曾在2005年的聲明里指出,自己並非唯一能夠解除到鉈的學生,稱幫老師做實驗使
用的鉈溶液是別人已經配好放在桌上的,還稱清華化學系使用鉈試劑有很長... 阅读全帖
t******n
发帖数: 2939
4
来自主题: WaterWorld版 - [合集] 关于给不给红十字会捐款
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aple (凸-_-凸) 于 (Sun Apr 28 14:34:16 2013, 美东) 提到:
看到国内一个人的看法
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GoBlue (Wolverines) 于 (Sun Apr 28 18:53:03 2013, 美东) 提到:
这叫穷得瑟,捐那几十块钱都不够郭美美买包,还显摆什么。
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r2000 (r2000) 于 (Sun Apr 28 18:57:09 2013, 美东) 提到:
显然智商还未开化
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bxt2013 (怎么了) 于 (Sun Apr 28 19:16:49 2013, 美东) 提到:
跟康妈党一个调调
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ClassicWSN ... 阅读全帖
t******n
发帖数: 2939
5
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moonlight12 (一光年) 于 (Wed May 1 17:25:04 2013, 美东) 提到:
刚看到的好消息。
太高兴了! 终于打通了国土安全局的举报电话,详细告知铊作为投毒案主要嫌疑人可
能有的移民意图。告知了国土安全局铊用的几个名字和铊夫的名字,铊夫的移民状况,
和他们可能假离婚。留了本人姓名电话供国土安全局进一步询问时用。
北美筒子们,经几天拨打,发现向国土安全局举报时这个电话更好用:
202-282-8000
这个电话一直有接线员接听,不像另一个免费电话总是没人接。接通后,请求转到举
报热线
(Please transfer me to the tip line. ) 然后有巨长的选择菜单,要仔细听。先选
1(新案及旧案举报),然后又是巨长的选择菜单,我好像选的4. 然后有真人接听,您
就可以娓娓道来了。
另外youtube上关于朱令案的网址,请大家打开看,增加流量,一定要看完啊,否则不
算点击率
点击量高了就会推到首页,希望每个人都能伸出援手,我们为之争取的,不仅仅是朱令... 阅读全帖
r****o
发帖数: 105
6

blot stripping buffer:
100mM beta-Mecaptoethanol
2% SDS
625mM Tris.Hcl pH6.8

To make 50 ml stripping buffer:

41.5ml ddH2O
5ml 20% SDS
3.125ml 1M Tris.HCl pH6.8
0.352ml beta-Mecaptoethanol
To use the buffer to strip the blot:

1. incubate the blot in the stripping buffer for
30 min at 70 celcius degree
2. Wash the blot with PBST five times
Note: this protocol's condition is very hars
r****o
发帖数: 105
7
来自主题: Biology版 - Re: 请问Co-IP中的几个问题
1. 一般LYSIS BUFFER里头SDS的浓度比较低,最多只有1%,所以
不至於让蛋白质变性,破坏正常的结合能力。不过很难讲,你要
试试。如果你要用lysate做enzyme assay,那就最好不要用SDS,因为
会降低酶活性。
2. 不太清楚,常规的LYSIS BUFFER并不一定需要Sodium fluoride.
查了一下,NaF好像是一种phosphatase的抑制剂。
3. 选择HEPES还是TRIS主要是看在特定pH 附近的缓冲能力。HEPES
是一种酸,用它配pH从5到7.5都还可以,再偏硷性,比如到8,就不是
很好了。TRIS则是一种硷,Pka比HEPES大,配pH8到7之间的缓冲液,
还可以,再偏酸性就不合适了。
如果你要做crosslinking,并且用的是amine coupling的crosslinker,
就不能用TRIS,因为TRIS分子有四个氨基,很容易与crosslinker发生
耦联。
4. 非离子型去垢剂,Nonidet P-40 是最温和的一种。 Triton X-100
也可以。
5. 不太清楚,但是我觉得问题不大。只要你保
O******e
发帖数: 4845
8
来自主题: Biology版 - [合集] 大家见过这种现象吗?
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happyfly (快乐小苍蝇) 于 (Fri Feb 24 03:44:20 2006) 提到:
我在e.coli和bacmid里表达一个小蛋白,大约8.7kD,检测用抗
c-末端的单抗,但在sds电泳中,能检测的信号基本上都在浓
缩胶里,只有极其微量的单体在8.7的位置上。看来这个蛋白是
以一种复合体的形式存在的,这个复合体不能被尿素、SDS和
巯基乙醇解离。初步分析发现复合体包含DNA/RNA,但不能被
核酸酶解离(可以完全被蛋白酶降解)。现在我们想得到单体
蛋白,但没有方法。
我个人感兴趣的是这个现象,就是有谁见过不能跑进分离胶的
蛋白吗?或者说蛋白能形成难解离的复合物吗?
欢迎讨论。
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royluo ( 罗马情结) 于 (Fri Feb 24 11:26:38 2006) 提到:
Where exactly does this band lrton.u]
m***o
发帖数: 272
9
来自主题: Biology版 - 郁闷之极,求教CHIP
chromatin immunoprecipitation做了一个多月了,可是在最开始的步骤上就迈不开步
子。我是用的SDS free lysis buffer:1% Triton-X 100, 0.1% sodium deoxycholate
. 超声后离心,14000 rpm 10min,DNA 总是在离心后的沉淀里,上清很少。但是DNA的
大小都超声的大概300bp 了。是我离心速度太快吗, 因为DNA上有蛋白,比较大?还是
说细胞核没有裂好?因为我用1%SDS buffer 裂解细胞核,再超声,离心就没这个问题
。如果DNA 大小在几百个bp了,是不是说明核已经裂了呢?我可以干脆省掉离心这步吗
?或者就用4000rpm 离心beads的速度离?有哪位知道吗?怎么我老是碰到一些看起来
对别人根本不是问题的问题呢?十分十分感谢您的任何建议回答!
a****o
发帖数: 1786
10
来自主题: Biology版 - 郁闷之极,求教CHIP
you can try 0.1-1% SDS. If you worry about SDS, you can dilute when you do
IP.
j*****a
发帖数: 658
11
来自主题: Biology版 - 到底怎么抽提全细胞蛋白呀?
1。 proteinase inhibitor cocktail and phosphatase inhibitors 是要加的。他们
的作用是防止你在抽提蛋白的过程中蛋白讲解。在你一开始用pbs悬细胞的时候,如果
不加这两种抑制剂,会有蛋白降解。一般我洗细胞的时候就开始加。当然蛋白煮过变性
就不存在这个问题了。
2。 你的方法当然是可行的。5x sds page loading buffer 里就有detergent SDS,然
后再加热裂解,当然没错。如果你对自己的手平行操作非常confident,是完全可以不
测蛋白浓度的,直接加热完后run gel。 其实测蛋白的时候如果做的好一般情况下,
sample和sample之间浓度都是差不多的,校正和不校正是没有很大差的。所以你的做法
没有啥不对。只是你老板的做法是小学生式的,step by step, 也是classic的做法。
3. RIPA buffer是很强的裂解液,里面有几种detergent 组合,所以一般情况下裂解是
很完全的。就像上面的人说的,超声主要是打碎DNA,有点牛刀杀鸡了。
4。关于loading contro
j*******8
发帖数: 933
12
Dear DaNiu in Neuroscience, help me please!!!!
I'm testing protein interaction in the post-synaptic density (PSD) fraction
of brain tissue. Usually, we use 1% SDS to dissolve the PSD pellet. However,
we're now planning to test protein interaction with IP. So, my questions
are: does 1% SDS interupt protein interaction? if does, what should I use to
dissolve PSD? Many thanks (and baozi if I have any).
s******y
发帖数: 28562
13
If you are using SDS powder, either way would take almost the same time.
If you are using pre-made SDS solution, then it will help.
h******y
发帖数: 1374
14
我们lab都是让本科生做10% SDS-PAGE gel;
seperating gel的部分用的是1.5M Tris pH 8.8,另外的成分还有30% acrylamide,
10%SDS,10%APS和water。
今天跑胶的时候发现55kD以下的marker没有被分开,stack在一起;于是重新pH了一下
才发现学生配成1.5M Tris pH 7.4,请问是不是这个情况直接导致了55kD以下的蛋白没
有被分开来?
另外这样还能够做出21kD和27kD的蛋白吗?因为样品很珍贵,想着死马当着活马医试试。
多谢!
j********r
发帖数: 156
15
来自主题: Biology版 - 请教buffer里的各种成分作用
I suppose no much difference between KCl and NaCl. But if you do some
functional assay, you might prefer KCl, which is more physiological. One
disadvantage of using KCl is that if you run SDS-PAGE, the potassium form of
SDS will precipitate (by the same token, the buffer 3 in plasmid DNA kit
usually includes KOH but not NaOH) at room temperature, which might cause a
little trouble for loading.
As to Mg++, it is required for metalloproteinase as well as for many
functional enzymes in the cell. St
w*****n
发帖数: 107
16
* Use Sodium acetate (0.3M final conc, pH 5.2) for routine DNA
precipitations
* Use Sodium chloride (0,2M final conc) for DNA samples containing SDS
since NaCl keeps SDS soluble in 70% ethanol so it won’t precipitate with
the DNA.
* Use Lithium Chloride (0.8M final conc) for RNA. This is because 2.5-3
volumes of ethanol should be used for RNA precipitation and LiCl is more
soluble in ethanol than NaAc so will not precipitate, but beware - chloride
ions will inhibit protein synthesis
S****2
发帖数: 164
17
1) non radioactive的EMSA kit发现pierce有卖,但文章很少,不知道能用不?
2) Chromatin IP,每次的sonication结果都不太一样,有时候200-1000 bp,有时候
1000 bp-genome size的smear
1% SDS根据millipore的EZ-ChIP自己配的
misonix 3000 with cuphorn adaptor
program: 10s On, 5s off, 30 cycles, 300ul sample volume, tube placed in
chilled water (if on wet ice,sds recipitates everytime within 1 minute)
谢先!
T**********t
发帖数: 1604
18
来自主题: Biology版 - EMSA遇aggregate--衰人再问
蛋白用着没问题当然就不用专门跑SDS看。但你现在不是troubleshooting么,SDS还是
应该跑一个的,步骤简单,也不需要大量样品。
我非常同意做selex的话rp最重要。。。
i********e
发帖数: 50
19
来自主题: Biology版 - 请教native page

faction,然后用这些fraction做western blot (注:这时候SDS-PAGE会让蛋白变性根
本就不重要,你只是要确定自己的蛋白是在哪些fraction里面)。gel filtration的每
个fraction根据和standard蛋白位置的比较,是可以知道大概的size的,那不就知道你
的protein的size了吗。你已知monomer是550Kda,到时候不就知道是monomer还是
tetramer了吗
我们的tetramer就是用gel filtration 分离纯化出来的,western 的结果也没问题。
现在怀疑monomer的存在。SDS-PAGE的话,假如原本是tetramer的蛋白也会变性成
monomer跑出来。这样就不知道原来fraction里的究竟是tetramer还是mononer.这就是
我为什么想用native-page的原因。monomer就有550Kda,一般gel filtration用的
standard 蛋白没有那么大的。最理想的结果是tetrmer在void volume,monomer不是。
用什么柱子能使2者的re
K**********e
发帖数: 188
20
350 mM KCl的buffer里的蛋白,加了loading buffer,就生成SDS-K沉淀了。怎么上样
跑SDS PAGE胶啊?加热倒是能
溶解沉淀,但是刚刚吸起来,马上又沉淀了,加到上样孔都是沉淀。
会影响跑胶吗?怎么办呢?(不能加水稀释,因为样品体积就是30ul了,再加loading
buffer,刚刚好)
K**********e
发帖数: 188
21
??为什么不可能?
就是含有氯化钾的buffer,遇到loading buffer里面的SDS,生成SDS钾,就沉淀了。
会不会影响跑胶?
c******r
发帖数: 3778
22
这个SDS钾会沉淀蛋白吗?不是就SDS沉淀嘛?能不能沉淀了离心取上清跑胶?
S****r
发帖数: 982
23
Cysteine-trap is a regular approach to confirm dimer of membrane proteins.

dimer
No. SDS-PAGE, reducing or non-reducing environment, depending on the linkers
you chosen.
No, SDS-PAGE
n******u
发帖数: 418
24
我直接把chromatin pellet用SDS loading buffer去boil几分钟然后用来跑胶,但是可
能是因
为里面含有genomic DNA的原因,会比较sticky,虽然跑SDS-PAGE胶的时候sample不是很
sticky,但是跑出来之后做western发现整条lane城smear状,特别是大size的protein
,有人建
议我做一下sonication把genomic DNA震碎,我做了但是貌似不起作用,还有人建议我
treat
with DNase,但是我从来没做过,不知道这个会不会起作用,这里有没有人做过类似的
实验,如果
DNase treatment有作用的话,要加多少量并且在什么条件下treat多长时间呢?
如果这个方法也不行的话,请问还有什么别的办法可以解决smear的问题?
谢谢各位了!
y*********o
发帖数: 38
25
来自主题: Biology版 - native gel
跟正常SDS-PAGE胶跑法差不多,就是loading buffer中不加SDS,beta-Me,不用煮沸
样品。直接跑就行了,最好在四度跑胶。电压100v30min,150v35min 就差不多了。可
以用不重要的样品试试,很简单的。Good Luck。
b********c
发帖数: 161
26
我按照你的方法做了次SDS-PAGE,但并没有发现任何inclusion body的存在.
我实验室里面也有相同的基因在pGS21a vector里面的细菌,所以我顺便也跑了下这个的
SDS-PAGE,在这个vector 里面 0.5mM IPTG确实提高的蛋白的表达量.
因为TOPOvector出错了,还是由于IPTG的浓度需要做调整?
s********n
发帖数: 2939
27
你可以试试加SDS溶解,但具体的浓度你得参照你的蛋白测定方法所能忍受的SDS浓度范
围。
s*********s
发帖数: 110
28
4X(SDS sampling) 50mL
6.25ml 1M Tris,pH 6.8
20ml glycerol
20ml 20% SDS
5mL BME
0.5mL 2% Brom-blue(10mlstock:0.2g/10mLEtoH)
5X, 6X 适当增减
r******y
发帖数: 21907
29
来自主题: Biology版 - 什么东西可以替代SONICATOR呢?
哦,那是动物上的抗体了,植物都没有。):
你用什么分离蛋白的?加了sds了?我们是先用1%的SDS再稀释到0.1% final [] no
more than
0.1%, but between 0.05-0.1%
C*******e
发帖数: 4348
30
来自主题: Biology版 - ask for a Native PAGE gel protocol !!!
invitrogen blue native gel与自己配的胶跑出来有差别
blue native gel的文献链接在invitrogen那个产品下面的说明里有
你可以自己去看
不过我觉得如果不是有特别需要
就是偶然跑一下的话
还是用Lammli PAGE胶的那个配方就可以了
就是配胶的时候不加SDS,跑胶的buffer里不放SDS,
样品不煮,直接加上DNA loading dye就上样
就可以了
如果你的蛋白不是high pI的话
根本不需要我后面提的那两个系统
l**n
发帖数: 109
31
膜蛋白SDS-PAGE样品不要煮,否则会聚集,另外要多加SDS和DTT/BME
H*g
发帖数: 2333
32
I used only supernatant this time. I also saved precipitate and haven't
tested
yet. I only ran supernatant with SDS-PAGE since I sincerely hope I could
observe a huge band somewhere, however, I didn't.
I used Invitrogen SimpleBlue (same as CommassieBlue) and haven't tried WB.
I will run SDS-PAGE precipitate as well (such as to add 50uL loading buffer,
boil and load 20 uL onto each lane).
Thanks a lot and let's go SUNNY!
s******y
发帖数: 28562
33
有一个可能就是你那个全长的蛋白因为一些构象原因不能被pulldown,
反而是被切过的(或者alternatively splice) 的可以被pulldown.
如果你开始用的是native buffer pulldown 的话,不妨换成denaturing pulldown
condition
比方说用 2 %SDS 把细胞给煮了,然后加缓冲液稀释到0.2% SDS再pulldown,
这样一方面可以解决大部分构象原因,另外一方面也会减少背景
当然,如果你比较倒霉的话,这样也有可能导致你什么都pulldown 不下来。这个你得
试一试,就没有人敢给你保证了。
b*********b
发帖数: 64
34
来自主题: Biology版 - 请教:BAC Maxi Prep的问题
I use QIAGEN Plasmid Midi kit. 100ml culture could give about 30-50ug. I
tried Qiagen's large construct kit.But in my hand, the midi kit is much much
better than the large construct kit, and also takes much less time.The
following is the protocol I got from Qiagen.
User-Developed Protocol:
Isolation of BAC DNA using the QIAGEN® Plasmid Midi Kit
This procedure has been adapted by customers from the QIAGEN® Plasmid
Midi Kit Protocol.It has not been thoroughly tested and optimized by QIAG... 阅读全帖
m**********d
发帖数: 137
35
IHC及IF显示蛋白A在tumor cell的细胞核里高表达,蛋白A的canonical function是与
蛋白B bind并激活B。一些preliminary data提示蛋白A有新的功能,就是与蛋白C
bind而调控另一个重要的生物过程。
现在需要得到A与C直接作用的证据,下面这个用Dynal magnetic beads做CO-IP的
protocol:
10μl Dynal beads coated with protein A+10μl Dynal beads coated with
protein G each reaction, wash with ice cold PBS plus 5% BSA, three times.
Incubate with antibody against 蛋白A (20μl, approximately 4μg) in 500μl
PBS plus 5%BSA, overnight.
2^106 cells/10cm plate, treatment (which induces A and C interaction while
... 阅读全帖
L*******e
发帖数: 2153
36
来自主题: Biology版 - 求mass spec高人指点
I am planning to prepare coIP samples and use mass spec to get a protein
binding profile. By comparing control and mutant groups, I am hoping to
find targets that are more disease relevant. I use magnetic beads for Co-IP.
Now here comes the questions:
Would it be good enough to just use SDS buffer for elution? I know this is
the case if my next step is western blotting.
If not, would an acidic glycine buffer followed by a basic buffer (Tris-HCl
) be sufficient since this only results elution o... 阅读全帖
c********b
发帖数: 363
37
你的loading dye dilute 之后就是2% SDS啊,loading 没关系的,5%的我都用过,
dilute到2%也能跑。
一般如果是DNA binding蛋白最好上2%SDS, 不然就RIPA+Benzonase (多麻烦啊)。
l**x
发帖数: 52
38
soak the gel in SDS, 是指跑完胶后把胶泡在SDS里吗,多长时间,有什么作用呢?
H****n
发帖数: 26
39
自己折腾了好久,还是解决不了问题,只好来版上请教大牛了。
DNA shearing to 150-700 bp, Input DNA 量是~100ug,抗体用Abcam的anti-HA (
ChIP grade, 5ug for each IP)
抗体结合的buffer 配方是(ChIP dilution buffer: 20mMTrisHC PH8.0, EDTA PH8.
0 2mM, NaCl 150mM, SDS 0.01%, TritonX-100 1%). 抗体incubate Overnight,
millipore的beads用dilution buffer 洗三遍,然后BSA block overnight 第二天加进
去,3-4hours.
还有,做的是tissue的ChIP(表达这个TF的细胞只占细胞总数的8%-10%),为了让固定
的1%甲醛渗透更快点,用tripsin消化了
组织(之前直接用SDS裂解组织也做过,效果也不好),固定10min.
wash: 1 low salt ->1 high salt->1 LiCL suffer->2* TE
问题: 1.... 阅读全帖
k******0
发帖数: 1073
40
来自主题: Biology版 - 引用最多的文章?
Laemmli的Nature上一篇SDS PAGE 也很猛,google上17万多次,但大家现在使用他的方
法但都不引用了。
http://scholar.google.com/scholar?q=Laemmli++SDS+Nature&btnG=&h
b**********8
发帖数: 349
41
新鲜的肿瘤组织,很宝贵,用RIPA lysis buffer提取总蛋白,请大家推荐个可靠地保
存方法,
1)直接冻于-80?or
2)添加 SDS loading dye之后冻于-80?or
3)添加 SDS loading dye并denature之后冻于-80?
先行谢过
a*******a
发帖数: 4233
42
来自主题: Biology版 - 求助: 270KD 蛋白的半干转PROTOCOL
湿转260-270kd的蛋白没什么问题。。当然肯定会有不少蛋白还残留在胶上的,buffer
里面少加一点甲醇就是了。甲醇的作用之一是清除同蛋白结合的SDS, SDS多的话转膜
速度很快,不小心就转到膜后面的纸上了。
个人经验。。
s*******e
发帖数: 1010
43
最大的可能性就是个SDS抗性的二聚体。
SDS-resistant的蛋白多聚体挺多的,老麦的KcsA就是个例子。
C*******I
发帖数: 151
44
有时SDS不足以解开oligomers。多加些SDS(1.5%)和beta-mercaptoethanol(4%)。然
后在90C加热10分钟试试。
C*******e
发帖数: 4348
45
可以跑个native page
就是running buffer还有sample buffer里面都没有SDS的
制备胶的时候也没有SDS
不知道你的二聚体有多大
另外是不是上样太多了
不过带弥散开来的话跑native page挺常见的
不过你不跑自己的样品也不知道对吧
C*******e
发帖数: 4348
46
lz没说做的是强酸电泳啊
普通蛋白的话跑native gel还是一样的碱性条件下跑的
不放SDS也就是看个大概
“ pH低于所有蛋白等电点”这个应该是跑的high pI蛋白吧
我跑过两种pH<7的电泳
不好使是真的
不过跟lz遇到的问题完全无关啊

SDS
G
g****0
发帖数: 425
47
对的,样本和群体不一样,所以要有n=?。
在比较群体的差别时,你强调平均值的可靠性(重复性)重要,我强调平均值差别的相
对(于组内差别)意义。所以要给n=?。
“When you compare group means, showing SDs conveys an idea of the magnitude
of the difference between the means, because you can see how big the
difference is relative to the SDs. In other words, you can see how big the
effect size is. ”
结论是要给n=?。其实计算SD的时候,n已经起作用了。
g****0
发帖数: 425
48
对的,样本和群体不一样,所以要有n=?。
在比较群体的差别时,你强调平均值的可靠性(重复性)重要,我强调平均值差别的相
对(于组内差别)意义。所以要给n=?。
“When you compare group means, showing SDs conveys an idea of the magnitude
of the difference between the means, because you can see how big the
difference is relative to the SDs. In other words, you can see how big the
effect size is. ”
结论是要给n=?。其实计算SD的时候,n已经起作用了。
f*****f
发帖数: 195
49
来自主题: Biology版 - 怎么证明一个protein是dimer?
方法很多:
一种是稳定的dimer,比如二硫键形成的dimer,SDS lysis buffer 也不能破坏,
Western blot会有两条带,刚好两倍差别。一定要确定的话可以IP后可以mass-spec
二假如SDS lysis buffer 会破坏,可以先IP后,sucrose gradient或是分子量层析,
至少有2个component
三,假如蛋白能纯化出来的,就更容易了。直接GST-protein过分子筛。
四,IP或pull down用外源蛋白可以沉淀下endogenous protein,说明可以形成dimer或
polymer
五,X-ray and structural determination确定dimer结构
k*****n
发帖数: 323
50
我们用的是rick young 的protocol。
Lysis Buffer 1 Add protease inhibitors just before use, filter and keep cold
. Consists of 50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 140 mM NaCl, 1 mM EDTA, 10% glycerol,
0.5% NP-40, 0.25% Triton X-100, 1× protease inhibitors Lysis Buffer 2 Add
protease inhibitors just before use, filter and keep cold. Consists of 10 mM
Tris-HCl, pH 8.0, 200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.5 mM EGTA, 1× protease
inhibitors
Lysis Buffer 3 Add protease inhibitors just before use, filter and keep cold
. Consists of... 阅读全帖
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