l**********1
发帖数: 5204 | 1 pls try Multiplex PCR by A, B and C three primers set (below figure that
X, Y, Z as A, B, C primers)
PMID 19936220
Generation and characterization of mice carrying a conditional allele of the
Wwox tumor suppressor gene. (2009).
PLoS One. 4: e7775.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19936220
or refer
Biology版 - 有没有可能出现假KNOCKOUT的情况?
hashuoy
2010-09-09 13:52:31
来自: 192.168.
1从公司订制的KO老鼠,带CRE基因,大半年折腾下来去掉CRE并拿到大量杂合子,按照公司
给的DATA SHEET, GENOTYPING双引物鉴定老鼠各基因表型正常,符合孟德尔遗传,但在对
培养的野生型和纯合子MEF细胞鉴定时,我发现虽... 阅读全帖 |
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s*******e
发帖数: 1389 | 2 搭车问，我同时用Qiagen RNA mini kit提WT和mutant动物肠子的RNA，
已经三次了，每次mutant的RNA nanodrop 260:230<0.5 （WT 260:230>2)
这是为什么？难道mutant肠子中有特别的东西？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 next try gentleMACS™ Octo Dissociator
RUN four WT and four Mutant on the same dissociation/RNA extraction
then use Qiagen RNA mini kit
then compare WT and Mutant sample OD value
PDF link:
HTTPS//www.miltenyibiotec.com/~/media/Images/Products/Import/0002000/
IM0002018.ashx
18,600 usd/unit
or small type: gentleMACS™ Dissociator
HTTPS//www.miltenyibiotec.com/~/media/Images/Products/Import/0001600/
IM0001677.ashx
5,700 usd/unit
or contact details:
HTTPS//www.miltenyibiotec.com/en/About-u... 阅读全帖 |
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K**R
发帖数: 193 | 4 谢谢您，
另外 那如果用 Cre做control是不是更好？
我看过还有些人是这样做的， 首先用WT加tamoxifen和不加，在用lox system 加
tamoxifen和不加。 发现WT 加和不加变化不大， 然后两个图同时放上去。 |
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H**1
发帖数: 34 | 5 小弟设计了一些primer，用来做RT-QPCR，检测几个基因的mRNA在WT和KD细胞的变化。
设计好了primer，小弟先在WT和KO细胞测试引物的efficiency。
小弟把cDNA稀释成1：5，1：10，1：20，1：40，然后做QPCR，计算efficiency。
结果发现同一个引物，在两个细胞系的efficiency居然不同。
请教这是为什么？
着急。 |
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r*****i
发帖数: 117 | 6 我的KO小鼠spleen和liver出现肿瘤，肿瘤细胞是血液细胞来源的，我们现在想将肿瘤
细胞移植给WT小鼠，看能否生长。
小鼠都是BL6背景。
问题：
1. 受体小鼠是否还需要放射线照射？
2.如果肿瘤细胞能够在WT受体小鼠中生长，是否说明有肿瘤干细胞存在？或者至少可以
说明移植的肿瘤细胞有自我更新的能力？ |
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g******o
发帖数: 96 | 7 这个protein S-D 蛋白变的stable，降解慢。按道理来讲S-A应该降解的快才对，可是
和wt没什么区别。 互补实验也是这样D mutation有表型，A mutation和wt一样。 |
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r*****i
发帖数: 117 | 8 谢谢。
1. the percentage of B cell in PB is also increased, not check SPL yet.
2. mainly, immature B cell increased in my KO mice compared to age-matched
WT mice.
As for MZ B cell, FO B cell, and GC B cell, I did not checked it yet. I plan
to check pro-B, pre-B, pre-pro-B.
3. As for IgG, IgM, IgA, I did not check it yet. I can check it by ELISA.
4. I did not get your point. Some of my experimental result (mutual
transplantation assay) shows that B cell increase in response to this gene
deletion is ... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 9 另外，这个也要看你做的是什么基因.
除了常见的比如clonal effect外 ，你所说的Stable Clone中上调，你的Control是什
么，是WT cell么？还是用empty vector从WT cell做出来的clone?
有一种可能是你所发现的基因上调和你的目的基因根本没关系，只是你clonal
selection过程中compensatary 的上调， Such like p53, ATF等protein都有可能这样
（还有无数别的可能）
所以主要看你做的pathway
最后，你做的是什么cell line?
如果是mES cell或者别的highly proliferative and self renewing 的cell line，
clonal effect要相对小.
如果是个Cancer cell line, 那么我觉得genome translocation导致的side effect可
能性非常大 |
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D*a
发帖数: 6830 | 10 没有了是死了还是吃了。如果吃了的话，估计不需要24小时就死了。
首先看看刚生下来（T=0）的肺能不能呼吸，不能呼吸的话一会儿就憋死了，肺扔在水
里沉底，能呼吸的话有可能是饿死的，而且肺是漂着的。能呼吸的话，死了的胃里有没
有奶。但是饿死的老鼠有的能撑一天多，所以也不好说一定是饿死的。你上面说的领养
，如果是实验的目的，要严格P1给WT P1的妈才行。而且要看WT
P1是不是能喝到奶，不是随便一只刚下仔的母老鼠。
做上面的之前，首先你先看几只正常老鼠生小老鼠吧，先知道老鼠是怎么生的。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 11 小几率事件always happen.
这就是为什么大数据的cut off 0.000000000...1
或者说你拿20只KO，20只WT，测它们的各种数据，by chance就会有一两个significant
p value 0.05 就是说H0成立的时候有5%的机会你能得到KO和WT不同的结果，这还不高？
关键是 楼上说得好，你自己的data什么样自己心里有数，其实不用什么统计学。但是
paper都是精挑细选的data，给别人看的，别人判断起来，不知道你notebook记了些什
么鬼画符，只能看p value。
01 |
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n***w
发帖数: 2405 | 12 Except when your homo (Cre+ f/f male) has some sort of phenotype that
affects
breeding, using a het (Cre+ f/wt) may be better. The downside of this is
you get fewer experimental mice but you can overcome that by setting up more
breeders. Also this strategy has built-in controls for Cre toxicity and you
don't need a separate Cre wt breeding line ongoing as a control. |
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J*****8
发帖数: 6 | 13 我最近有一批KO和Het老鼠，是littermates。 然后用病毒感染，和WT比较，发现het的
表型比KO还强。比如说KO和Het都表现出cytokine比WT底，KO是低50%，但是het却能低
80%左右。有什么好的解释吗？头痛啊。 |
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D**F
发帖数: 54 | 14 最近用PCR鉴定 loxp小鼠
在flox区域两侧设计引物， 理论上WT 产物较短，floxed产物较长
但奇怪的是，要么只看到长的产物，要么只看到短的产物，从来没有见到过同时有长短
两条带
根据交配后代的结果显然那些只看到 长产物的小鼠中是有 loxp +/- 杂合体的
有人遇到过这种情况吗？
感觉是floxed allele在PCR中抑制了WT的扩增
但为什么会造成这种抑制实在想不明白 |
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v**********8
发帖数: 1685 | 15 是要一个一个突变往WT上叠加，还是只是在WT上做很多点突变？如果是后者，为啥要一
个一个做一年才能做完？就算用最老土的办法，96孔板一板不就能做96个。。。 |
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l****y
发帖数: 486 | 16 Assume your knock-in here refers to mutating a site at the endogenous locus
(thus over expression-type approach, such as making transgenic mouse from
Rosa26 locus, will not be applied here).
Then the question is: you expect your mutation is a gain-of-function
mutation or loss-of-function mutation.
If your mutation is GOF mutation, it is easy, see Kras V12 KI strategy--
basically insert stopper element LSL before Kras V12 Exon. Note that the
allele LSL Kras V12 (before crossing with Cre) is a nul... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 17 Cre, LSL-KD/+没表型应该是fertile的吧？把这个line跟floxed WT line cross，得到
Cre, LSL-KD/floxed WT。如果用合适的Cre，能否得到KD/-？ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 18 我不知道你说的“不纯”是指那种情况：1。PCR产生的non-specific product,大小也
和specific产物一样；2。就是我说的那种一个DNA分子的两条链不match,一条是mutant
, 一条是wt。
前者有strategy可以对付：另用一个specific的sequence primer，而不用PCR里用的两
个primers之一。你说的Nested PCR思维上基本差不多，也可以，就多一步PCR。
后者是我担心的，nested PCR不能解决我的问题。我的mutant和wt用同一个非PCR的
specific sequencing primer。 |
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w******g
发帖数: 301 | 19 ttaccaccactc -> ttaccactc 的deletion用啥方法genotype比较好？
1. 已经尝试用mismatch primers做PCR，结果mutant primers放大wt， wt primers放
大mutant. Tandem repeat很让人头疼啊。
2. 正在考虑用 IDT 的 ZEN Black Hole quenchers做Taqman, 但是不知道quencher碰
上tandem repeat会出现啥情况。而且那个quencher好贵。
3. 测序就更加贵了，不在考虑中。
4. 片段无法酶切，木有位点。
请教一下高手们，还有其他快速便宜的方法来做么？还有啥我木有想到的么？谢谢 |
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L**o
发帖数: 15 | 20 wt和ko小鼠同时皮下MOG/CFA免疫，一周后取脾细胞用MOG刺激，发现ko组的上清里
IL17A和IFN均下降。
可是之后尝试KLH/CFA免疫后，这两种cytokine的表达水平相比于wt，都没有变化，对
于IFNg来说，甚至在KO里有所升高高。
请问这该如何解释?难道仅仅是抗原大小不同？
多谢！ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 21 很多年前新到一个实验室，老板人不错，但对新来的人多少有些不信任。给我的第一个
project是一篇draft已经写好，但有几个试验需要补充的。两个作者已经离开实验室，
但还在campus里面。
其实是一个很简单的project。一个mutant和wt在DNA binding活性上的比较。在真核细
胞里表达wt和mutant,然后都不用纯化，直接上gel-shift。老板把我找过去说：这篇文
章就等一两个数据，然后就可以送出去了。我已经把数据在一个学术会议上讲了，UCSF
那边有一个实验室把这个mutant knock-in到老鼠里，表型和我们的试验结果非常吻合
。最近那边来信，问我们什么时候发表文章，他们想等我们发表了，就送出去。。。
我是第一次作gel shift的试验，所以小心翼翼。老板也知道我是第一次，除了指定实
验室的一个老手帮忙外，自己也盯得很紧。第一次结果出来，正好和以前的结论倒过来
。自然重复，连着三次一模一样的结果。重新表达，再来。。。到最后连transfection
的方法也试了几种，结论和原来的就是相反。最后没有办法，只好找原来作试验的两个
人。挖出了实验室以前很多... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 22 很多年前新到一个实验室，老板人不错，但对新来的人多少有些不信任。给我的第一个
project是一篇draft已经写好，但有几个试验需要补充的。两个作者已经离开实验室，
但还在campus里面。
其实是一个很简单的project。一个mutant和wt在DNA binding活性上的比较。在真核细
胞里表达wt和mutant,然后都不用纯化，直接上gel-shift。老板把我找过去说：这篇文
章就等一两个数据，然后就可以送出去了。我已经把数据在一个学术会议上讲了，UCSF
那边有一个实验室把这个mutant knock-in到老鼠里，表型和我们的试验结果非常吻合
。最近那边来信，问我们什么时候发表文章，他们想等我们发表了，就送出去。。。
我是第一次作gel shift的试验，所以小心翼翼。老板也知道我是第一次，除了指定实
验室的一个老手帮忙外，自己也盯得很紧。第一次结果出来，正好和以前的结论倒过来
。自然重复，连着三次一模一样的结果。重新表达，再来。。。到最后连transfection
的方法也试了几种，结论和原来的就是相反。最后没有办法，只好找原来作试验的两个
人。挖出了实验室以前很多... 阅读全帖 |
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j*****u
发帖数: 285 | 23 有4组数据：wt, wt + treatment, mutant, mutant + treatment
用prism 的group graph, 然后需要用two-way anova 做统计分析，可是不知道如何设
置可以最后得到两两比较的p value.
多谢大家！ |
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s******s
发帖数: 13035 | 24 你也不说你到底做啥，谁知道你要比几个
一般来说，重要的也就三个
不加药wt 和 mut比
mut加药和不加比
wt加药和不加比
两个bar用线连起来，上面标一二三个星号一类的，这种图到处都是啊 |
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g*****n
发帖数: 241 | 25 谢谢大家回复，我统计方面是菜鸟，所以想请教一下大家
我的样品是这样的
1） WT, 2） mutant A (partial loss of function), 3） mutant A (null); 4）
mutant B (null), 以及mutant B和两种mutant A的组合。我想看各个mutant和WT是否
有差异，mutant A和B之间是否有差异，mutant A的partial loss of function是否和
null有差异；以及双突变是否和单突变有差异（看是否是叠加效应）。所以想两两比较。
谢谢大家 |
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I*******o
发帖数: 49 | 26 各位前辈，
我检查WT和mutant B中蛋白A的蛋白量，发现没有区别。但是，我将蛋白A的超表达植株
与mutant杂交，从F3中获得野生型和突变体背景的蛋白A超表达植株，发现蛋白A在
mutant中的蛋白量低于WT。这结果怎么解释呢？蛋白B貌似不能影响蛋白A的endogenous
水平，但影响artificial超表达的水平，有意义吗？这结果可信吗？谢谢大家指点迷津
。 |
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B**7
发帖数: 62 | 27 这是两个样品，用的chloroform作染料的溶剂搅拌SBA-15。那个在550度有一个大坡的
是0.05%wt RhodamineB相对于SBA，而那个没有陡坡的反而是0.1%wt RhodamineB。按道
理应该是浓度高的，TG质量损失多啊。不过我还发现一点，就是我的数据都是因为在这
个陡坡上面，而我Calcine我的SBA-15的时候，为了把polymer构架烧掉，也是在550度
的时候恒温6小时的，所以会不会是有残留的polymer在SBA孔中，影响了我的实验？可
是我的SBA如果不吸附RhB，做TG的话也看不到有这个坡啊，奇怪了。 |
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b*****k
发帖数: 80 | 28 First,make a correction for 1):the input signal should be x(wt)
And the output is |H(jw)|x(wt+arg(H(jw))
The result 1) is the eigenfunction property of complex exponentials for
LTI systems. The input sinusoid wave starts from time -infinate,so there
is no Transient response.
When you make the comment like 2),you assume that the sinusoid wave starts from time zero,
i.e. input is x(t)u(t), it is a suddenly applied input,
so there is a transient response.
From the view point of 2),if u assume the i |
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x*x
发帖数: 46 | 29 我两年前恰好搞的和这个差不多，说说我个人的理
解吧。（个人意见，仅供参考）。希望信息不是太
落伍：）
其实所有这些都是将信号进行TFD（Time-Frequency
Distribution)后再分析，也就是信号的一种表示方
法，即时频表示。小波的scale也就是频带了，事实
上，Short-time Fourier Transform(STFT)也是用的
窗函数。而ambiguity function(AF)其实也就是WVD的
2-D Fourier Transform，where WVD is Wigner-Ville
Distribution。WVD是Cohen类时频表示中的一种，由于
其权函数为1，所以具有最好的时频分辨率，当然也有
缺点，就是交叉项过于明显了。
再回到STFT、WT和AF的比较上来，STFT是一次型时频表
示，其能量化二次型表示就是平常我们一直用来显示的
谱图(spectrogram)了；WT的能量二次型就是尺度图scalogram，
尺度图是谱图的仿射(affine)对等体；AF就是WVD的二
次型Fourier Transform，而谱图可以看作是对WVD |
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c*u
发帖数: 916 | 30 signal = I cos(wt) - Q sin(wt)
w 是载波频率. |
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s*****n
发帖数: 430 | 31
en, our hydrogenation process is like this:
catalyst system:
a. Palldium 5% on CaCO3 (about 25%wt in polymer)
b. Wilkinson's catalyst: Chlorotris (triphenyl phosphine) rhodium (I)
(about 3.5%wt in polymer)
temp. around 65C
H2 not higher than 400 psi, even lower, but it may need more time
but this's for PBd.
you can monitor the reaction by checking = with FTIR. |
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y****u
发帖数: 50 | 32 basically the original question was about wt% or mol%. obviously it is wrong
to use mol%.
yes, we can. once we know the Mn of diblock and wt% of MMA, the second monomer
doesn't matter for the answer.
but
My understanding: "segment"="block". |
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t***m
发帖数: 114 | 33 就是你说的这个
Mn from GPC or 膜渗透
wt% from NMR
then wt of PMMA segment |
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d****o
发帖数: 44 | 34 要求,surfactant free, 20-60 nm之间,接近monodisperse,固含量大于2-wt.%吧.现已知
的方法有surfactant free 聚合,但是这个尺度的乳液固含量太低,约0.02-wt.%,还有微乳
液聚合,但是表面活性剂太多,dialysis后可能不稳定.请各位有此经验的提供一个简便易
行的方法,或提供一些参考文献目录,或者哪个公司产这种东西,请不吝赐教.方法越多越好
,越简单越好,多谢! |
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w********h
发帖数: 12367 | 35 approximately 58K PS,
then 5 wt% is still in dilute regime considering PBD58K's C* should be higher
than 3 wt%. according to my experience.
//BTW: Why PS-PEO is so interesting?
So many people are working on that ;-)
a |
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c******h
发帖数: 4573 | 36 不是用端基的OH，是连着OH的CH2，是的看了文献的积分也和理论值有差距。
还有个问题是Sn(Oct）2的用量
如果按文献加2 wt% 的Sn(Oct)2, 六小时后，很多未反应的HEMA，应为在6.1和5.6 ppm
不再是两个单峰，而是两个双峰。
我第一次试做的时候，加了大概是0.2 wt%的Sn（Oct)2，好像就是两个单峰。 |
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h******g
发帖数: 600 | 37 如果已知道聚合物(A)n, 聚合物(B)n 的dn/dc，ABAB无规共聚物的dn/dc是不是等于
A%（wt%）× 聚合物(A)n的dn/dc + B%（wt%）× 聚合物(B)n的dn/dc? 谢谢了。 |
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C********n
发帖数: 6682 | 38 y= c1*sin(wt)+c2*cos(wt)+b/a
其中 w=sqrt(a) |
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z****i
发帖数: 406 | 40 你的这个式子 (w/s1)^2*0.2^2+((1-w)/s2))^2*0.3^2+(w/s1)((1-w)/s2))*0.2*0.3
里面不应该有S1和S2，因为你的股票的vol跟你股价是没有关系的。 这么说吧，假设你
有$100投资在一个股票里，如果股价是$1, 那么你有100股，如果股价是$2, 那么你有
50股。 不管那一种情况，只要这个股票的volatility是20％， 你手上的投资的
volatility 就是20％。 跟股价无关。
sin(Wt)的期望是0， 我那个算的好像是cos(Wt)的期望， 而且还算错了。 汗。。。 |
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w**********y
发帖数: 1691 | 41
不是我说的吧?你再看看几天俺发的贴..
万能判断法则就是,ito lemma的drift是0.
martingale的定义是什么?-conditional expectation of the increment is zero.
E(X_t-X_s|F_s)=0 或者 E(X_t|F_s)=X_s
sin(w_t)的expectation是什么?--0
sin(w_t)是martingale么?--不是.
为什么?--E(sinw_t)=0. 但是 E(sinw_t-sinw_s|F_s)=E[sin(Wt-Ws+Ws)-
sinWs|F_s]=sinWs*{E[cos(Wt-Ws))]-1}!=0.
或者说E(sinW_t|F_s)!=sinW_s |
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t**********a
发帖数: 166 | 42 not sure what is "hedging cost"
If it meant the slippage and bid/ask spread, that is due that your delta
trading will move the price against your
target price, resulting in costing more money;
or it meant gamma PNL, that is due to realized vol is different from implied.
Actually what you try to say might be close to slippage, but it is not due
to "noncasusality" (i.e. not know the
price before delta hedging). The delta is a strategy based on all the
information we know (dW = Wt - W(t-dt),
not Wt |
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z****i
发帖数: 406 | 43 d(Xt) = 1/2*(ln2)^2 *Xt dt + ln2*Xt dBt
= ln2*Xt (1/2*ln2 dt + dBt)
Let Wt = 1/2 ln2 *t + Bt, we want Wt to be a standard Brownian motion under
the new probability measure Q. (suppose the original measure is P).
Then by Girsanov,
dQ/dP = exp(-(1/2*ln2)^2*t/2- 1/2*ln2 Bt), which is a martingale under P.
(this is kind of working it out backwards..)
Let me know if this is not correct. |
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s****n
发帖数: 41 | 44 pcasnik大牛，不好意思我还是有些不明白。
你的方法解出来，Xt=X0*exp(-Wt+0.5t),这样得到的结果貌似和careerchange的正确答案Xt=X0*exp(-0.5t-Wt)还是不一样，到底哪个才是正解？
另外，我看到之前Blook给出的解法，如下
“
1. you know how to do the following:
dY + aY dt = f(t)dt
2. you know how to perform ito's lemma to
d(e^W_t)
3. follow the same logic as 1, you will know how to do
dY_t + bY_tdW_t = dt
或者麻烦一点，推导一下如下通解
dYt=aYtdt + bYtdBt
然后记住结论，这样对所有类似题就通吃了。
”
我用他的方法解，似乎最后要解一个ODE。请问你们用的是一个方法吗？
多谢！ |
|
s*******0
发帖数: 3461 | 45 同理
随机微分需要很当心 不要忽略了dwt这项 和一般的微分方程不同
d(b1b2)=b1db2+b2db1+sigma1*sigma2*dt
if
b1=sigma1*wt+u1*t
b2=sigma2*wt+u2*t
没注意相关系数为零
同问一下为何相关系数为零？ |
|
x******a
发帖数: 1 | 46 1，Sum seri - Sigma (N^2)/(3^N)
2, Two assets with same expected return but one has Vol.30% and the other 20
%; they are correlated 50%. How to allocate a fixed amount of money btw them
to minimize risk
3, Solve ODE y" + 2y' + y = 1
4, Wt is standard Brown motion. What is the SDE satified by (Wt)^3?
5, Matrix C = [1 a 0]
[b 1 4/5]
[0 4/5 1]
if C is correlation matrix, what're the conditions on a and b?
6, If stock price follows a normal diffusion dS = a*dt + b*dWt, ... 阅读全帖 |
|
c**********e
发帖数: 2007 | 47 Your idea is close, but expectation increases with time only when Wt is positive. The expection decreases if Wt is negative. |
|
m*****z
发帖数: 357 | 48 简单市场只有一个股票driven by 一个Brownian Motion Wt
St是一个标准的geometric Brownian Motion with respect to Wt
问这个股票的lookback option 的现价，maturity time T >=3,
payoff being max(T-2<=t<=T)(St-ST) |
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m******2
发帖数: 564 | 49 你说的这个我知道。
但是关键是能否严格的证明一下，毕竟variable一个是Wt Mt，一个是Wt和t |
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m******2
发帖数: 564 | 50 还是有个问题啊
就是那种Mean-Reversion的过程怎么去drift
比如
u=(A-Wt)h
这种过程还能用Girsanov去掉随时因Wt变化的drift吗？
Shreve的证明很形式化，但是没有触及到这种本质问题。
比如一个股票几乎永远在10-14元波动，它的期权就一定和同方差的另一支股票一样吗
？Girsanov定理的也适用这种吗？
至少按照probability乘法法则，这种是不适用的，因为dX之间不independent |
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