G*****h
发帖数: 320 | 1 这套数据里面，WT 相当于本地，KO 相当于实验组。正常的情况下，是先得到 WO 各个
样本的含量，由此求得平均值。这个平均值做本地，得到 WT 和 KO 两组的各个样本的
相对值。再得到两组样本的均值和SD（或者SEM）。最终 WT 的均值应该是 1，但可以
由此计算 SD。
现在的问题是原始数据是 Ct 指，不是含量。但Ct指与含量之间是指数关系，所以WT中
不同样本的Ct值，原则上是不能直接求平均值的（但 technical replicates 似乎可以
）。
这样的话，需要先把Ct 数据换算成含量，然后按照上述方法，求得本地的均值，再计
算各个样本的相对量。但先换算成绝对含量的话有不可能，除非你有绝对标准的
standard curve。因为只是知道 Y = A*X+B 里面的 A，不知道 B。所以比较可行的方
法是先用一个“参考点”（假设为 Ct0）来计算相对含量，这样 Ct 之间是互相加减关
系。
因为你的这个系统是比较同一个基因，样本也来自同一组织。所以每个样本的 PCR 效
率相同。也就是 A、B 相同。你用“任何一个参考点”来先计算各个样本的 delta Ct
值，... 阅读全帖 |
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a*******g
发帖数: 33 | 2 请教一下各位个统计问题。
在一个试验中有WT组和转基因组老鼠，进行药物处理和对照处理，测量结果是老鼠的免
疫细胞变化。2 way annova 结果是只有药物具有显著型变化，基因型和INTERACTION都
没有显著变化。post test 分析药物对不同基因组的影响显示，药物在WT老鼠组里有显
著变化，在转基因老鼠中没有显著变化。
这样的结果可以得出结论，药物对WT老鼠有作用，对转基因老鼠没作用吗？谢谢了
WT
Saline 38.6319 34.869 31.9395 22.729 17.355 32.568 14.
208 9.6915
drug 11.0331 4.10465 9.55296 6.3427 10.0128 1.584
TRANSGENE ... 阅读全帖 |
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l*******l
发帖数: 248 | 3 其他地方都没希望第一了。。。唉
Suppose we have an _arithmetic_ Wiener process. We start at time t=0. At
time t=1, there is an "obstacle", a vertical line {(t,Wt)| t=1, Wt>=0} What
is the probability of Wiener motion avoiding that obstacle? Now suppose
there is a second obstacle, {(t,Wt) | t=2, Wt<=0). What is the probability
of making through both of these obstacles? |
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m******2
发帖数: 564 | 4 假设Wt t 在 0和T之间
如果W0=0
Wt=a<0时候停止
Wt=b>0时候也停止
t=T时候更停止
求WT=x ( a |
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d***r
发帖数: 2032 | 5 Yes. then i know it is a normail distribution with mean 0. The variance is
Var(At)=Var(W(t) - 1/t*int^t_0(udWu))=Var(Wt)+1/t^2*int^t_0(u^2du)-2/t*Cov(
Wt,1/t*int^t_0(udWu)) = 4t/3 -2/t*Cov(Wt,1/t*int^t_0(udWu))
Not sure how to find Cov(Wt,1/t*int^t_0(udWu))=0? |
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w*******y
发帖数: 60932 | 6 The Large Stila Color Palette is only $19.99 (see pic below)
Set Includes:
30 eyeshadows, 15 lip colors, 3 blush, a bronzer, a highlighter, lip pencil,
and eye pencil.
There were also two other sets Stila Warm Glow Set 1 and 2 that are $13.99 (
see pic below)
Set Includes:
* STAY ALL DAY WATERPROOF LIQUID EYE LINER IN BLACK: Net Wt. 0.016 fl.
oz.
* MAJOR LASH MASCARA IN BLACK: Net Wt. 0.3 oz.
* LIP GLAZE IN HARMONY: Net Wt. 0.05 fl. oz.
* SUN BRONZER POWDER SHADE 01: Net Wt. 0.19... 阅读全帖 |
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w*******y
发帖数: 60932 | 7 Hi all,
Microsoft local store gives 25 dollars for any game preorder & 5 dollars off
the orginal price.
Locations of Microsoft stores are
Link:
http://www.microsoftstore.com/store/msstore/html/pbPage.Locatio store locations&WT.medium=cpc&WT.campaign=dSearch - Microsoft Store&WT.content=QX6O2FjF&WT.source=google&cshift_ck=d97961ab-ca3a-4bdc-b33e-502b35908078csQX6O2FjF
I had ordered Kinect sports 2 (preorder) & i got 25 dollars gift card on top
of it i got another 5 dollars off of the listed price... 阅读全帖 |
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R*****d
发帖数: 1148 | 8 ☆─────────────────────────────────────☆
lowfatmajia (低脂肪马甲) 于 (Tue Jul 5 12:46:52 2011, 美东) 提到:
大家有没有发现有关东西晋,南北朝的影视作品特别少？少得以至于我有时候都有个错
觉，几乎是三国之后就到了隋唐。
照理不应该呀？这期间三百多年，是封建社会两千年的15%强了。
说说我一个七零后的看过的电视剧，电影（正剧+演义+戏说），以东西晋,南北朝为背
景的几乎没有：
夏朝 - 太久远了，况且说的都是尧舜禹的事，胡core等人不敢高攀
商朝 - 封神演义，烽火戏诸侯
西周东周春秋-孔子，东周列国记，
战国-凯歌兄的赵氏孤儿，荆轲刺秦等
秦朝-若干港台穿越剧（怎么不穿越去跟竹林七贤碰碰头，貌似他们更酷）
西汉东汉（七爷演的汉武大帝，黄教主演的若干汉武大帝偶像剧）
三国-这都拍烂了
隋朝-港剧大运河，隋唐演义，
唐朝-大明宫词，决战玄武门，薛仁贵征东，薛丁山征西，薛仁贵的女儿蒸馒头等等
五代十国-这个好像也不多
宋 - 岳飞剧，苏东坡剧，杨家将剧，
元- 窦娥，明教的剧也算元末
明 - 朱元... 阅读全帖 |
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i******s
发帖数: 8734 | 9 what is basic knowledge for the society of radiation?
用DOSE EQUIVALENT来做 dose limit 的计算？
EFFECTIVE DOSE EQUIVALENT 的单位也是Sv 呀
NCRP 在制定dose limit的时候用的是EFFECTIVE DOSE EQUIVALENT
而不是DOSE EQUIVALENT， 因此这个wt 已经被考虑进去了
因为wt=1 for whole body , 因此DOSE EQUIVALENT=EFFECTIVE DOSE EQUIVALENT
其他各个器官的wt 都<1 ,有不是大与１
unit |
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发帖数: 1 | 10 转自微博：
UMass做CRISPR的教授Ryder公布了部分GeneEditSummit会议贺建奎所披露的数据，从纯
粹基因编辑的角度让人担忧的是，基因编辑并不成功。
娜娜有两个被编辑的CCR5单倍基因突变体，Ins1和Delta4（为了避免Mosaicity），
Ins1有11个与野生型（WT）完全不同的氨基酸序列，这11个氨基酸也是比经典
CCR5delta32多出来的；Delta4比Delta32多了9个氨基酸，但9个氨基酸序列也和WT完全
不同，也就是说在不考虑脱靶和其他技术威胁的情况下，娜娜每个单倍体CCR5基因被编
辑了完全非自然的CCR5基因。目前尚不知道这对发育意味着什么，因为这两种CCR5突变
从来没有过动物模型甚至没有细胞系研究。这样的突变可能造成显性基因隐性化，或基
因获得新功能，甚至发生机体形态学变化。当然，更不要说脱靶的危害。
而露露并不是CCR5delta32，从所披露的数据来看只有一个单倍体CCR5 WT被随机删除了
15个碱基对（5个氨基酸），和CCR5delta32几乎完全不同。而另一个单倍体基因数据他
并没有公布。所以贺说他进行了测序后确保序列无误... 阅读全帖 |
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S******n
发帖数: 5022 | 15 所以我心中
Dell Precision 4600M(wt.IPS RGB LED) rank 1st
Dell Precision 6600M rank 2nd
HP EliteBook 8760w rank 3rd
Thinkpad W520/T520 wt.FHD rank 4th
Thinkpad X220 wt.IPS rank 5th |
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b********r
发帖数: 295 | 16 请教一下大家，NJ的收入税有那些？
我8月刚刚毕业，来美国才两年。现在是OPT,contractor，有四项税：FICA，FED WT，
NJ ST, NJ UC.大概占到30%。这个数字正常么？此外，FED WT是什么？我的FED WT高的可怕。
刚才看了一下前面的帖子，好像FICA是不用交的。我打算跟公司要回来。但是一般公司是怎么处理的呢？马上就还给我们，还是到了年底或者退税的时候一起归还？
刚刚开始工作，请大家指点一下。谢谢！ |
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O*C
发帖数: 649 | 17 好像不太适合你啊。。。。
Abstract在这里，做med chem或者类似的给我pm吧
Beneficial effects of n-3 polyunsaturated fatty acids (PUFAs) on psoriasis
have been reported in rats, mice, humans, but the specific mechanisms
involved have not been well clarified. This study used the fat-1 mouse, a
transgenic model that endogenously convert n-3 PUFAs from n-6 FA to directly
determine if outcomes of psoriasis were correlated with n-3 PUFAs. Wild
type (WT) and fat-1 mice, which were treated daily with Imiquimod (IMQ)
cream or contro... 阅读全帖 |
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T**r
发帖数: 7016 | 18 对，
walmart也有，颜色没有这么全。
stinger-shad.shtml?
type=product&WT.tsrc=CSE&WT.mc_id=GoogleBaseUSA&WT.z_mc_id1=1159821&rid
=40&mr:trackingCode=178006C4-4815-E011-8E88-
001B21631C34&mr:referralID=NA |
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B*******d
发帖数: 1153 | 19 我也订了杆和轮，本来还挺期待的，看了你的帖，心凉了半截。
Spinning:
MODEL LENGTH POWER ACTION LURE WT. LINE WT. ROD WT. GRIP PCS. GUIDES
21CRG801ML-F-S 8’ 0” MED LT FAST 3/16-5/8oz. 6-12lb. 4.0ozs. 11" 1 TIP+8
我买的是3/16-5/8oz. 6-12lb. 4.0ozs，估计比你的更粗更硬，NND。 |
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M****I
发帖数: 825 | 22 普渡都有，OSU居然没有人入选。
2010 AFCA Coaches' All-America Team
Offense
Pos, Name, Ht., Wt., Cl., School, Hometown
WR, Justin Blackmon, 6-1, 205, So., Oklahoma St., Ardmore, Okla.
WR, Alshon Jeffery, 6-4, 233, So., South Carolina, St. Matthews, S.C.
TE, Lance Kendricks, 6-4, 241, Sr., Wisconsin, Milwaukee, Wis.
OL, Lee Ziemba, 6-8, 319, Sr., Auburn, Rogers, Ark.
OL, Rodney Hudson, 6-2, 282, Sr., Florida St., Mobile, Ala.
C, Chase Beeler, 6-3, 285, Sr., Stanford, Jenks, Okla.
OL, Stefen Wisniewski, 6-3, 306... 阅读全帖 |
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f*********1
发帖数: 419 | 23 谢谢楼上各位！白菜说的对，我在纽约，还从来没去过WA，也不知道下次什么时候能再
去，这次能走7天我很珍惜。现在倾向去Olympic和Rainier，总量7天。
本来想7天走个长长的trail，但是这3个公园都没有shuttle，走完之后怎样回去取车是
个大问题。看起来要么找个loop（还没找到合适的，需要各位帮忙推荐），要么分成2
－3天的trail，原路返回。
WT虽然是loop但是营地满了，网站上提示，it's impossible to reserve campground
for the whole WT. 所以WT大概只能走局部，比如走2天，原路返回，去人最少、
campground相对容易拿到的地方，也请推荐一下。我耐力不错，但是负重比较弱，所以
每天10mi基本就是上限啦。
谢谢饼干桶热心共享你的地图，我现在是拿不到的啦，到了Seattle之后找你拿？不知
道你有没有时间接见呀。
去WA的决定做的很匆忙，本来是想去glacier的，发现机票太贵了，临时改了主意。没
有来得及好好做功课。我们这一两周之内又要搬家，因为房东被人举报非法出租房屋，
这两天找房子找的焦头烂额，家里 |
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T*******f
发帖数: 566 | 24 这个球是个天外飞仙，goal 的关键有以下几点：
1）射门队员动作速率高于防守球员很多；
2）球在落地弹起过程中；
3）防守队员的间隙和球门有重叠，from view of shooter
wt（1）， 射门会被挡；wt（2）,射门速度没有这么快，不容易发力；wt(3)只能挂弧
，进球几率递减。
不管几步射门，只是为了调整球和人的相对位置，舒服了可以不调。参见小罗队大车，
欧冠入球。
这个球煤球王已经ready,此时不射何时射？！感觉是一瞬间的，让Messi 10 再射一次
也未必进。
这个球让我想起Figo欧洲杯的对阵英格兰入球，
球在前进过程中，没有弹起，难度比这个大；防守球员Adams，防守前扑，凶狠没有留
给菲戈任何角度，除了他自己的裆下；史上最远穿裆挂角 入球，没有之一（没考证）。
http://www.youtube.com/watch?v=8BmF8xu4BxA
进球从8：16开始 |
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n**b
发帖数: 13203 | 25 厚厚。。。
Serial number Product Name
2027872 SB-700
2000776 SB-910
2112783 SB-R200
2112784 SB-R200
2007201 SB-N5
2053595 SU-800
204369 AFS50/1.4G
211305 AF14/2.8D ED
2102538 AFS35/1.8G DX
203912 AFS35/1.4G
205138 AF105/2D DC
300048 AF135/2D DC
200382 AFS300/4D IF
200661 AFS300/2.8G ED VR2
200606 AFS200/2G VR II
205164 AFS 600/4G VR ED
302920 AF16/2.8D FISHEYE
2069545 AFS105/2.8G VR MICRO
201187 24/3.5D PC-E ED
2009455 AFS60/2.8G ED MICRO
201222 45/2.8D PC-E ED Micro
2024655 AFS85/3.5G DX ED VR
20239... 阅读全帖 |
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d********f
发帖数: 43471 | 26 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: zhoumaomao (周毛毛), 信区: Biology
标 题: 被坑惨了，看看我这还做得下去吗？
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jul 10 16:09:50 2013, 美东)
博后搞了个新field，虽然比较陌生，但是做着做着觉得做不下去啦！老板很老，以
前80年代90年代早期靠钓新基因发家的，整了一堆蛋白放那里。看看别人有什么新发现
，就拿出来再做一做。我目前做的这个蛋白，在此叫做A，在02年吧，有个牛人在其有
五六十页的专利的一个table里面列出来，说这个蛋白在一类淋巴瘤细胞里面表达量高
，估计跟这类淋巴瘤关系密切。应该是根据microarray得到的data来推论的。但是之后
牛人发了好多paper，关于这类淋巴瘤的，转录因子，蛋白激酶，做了一大堆，也测了
很多microarray 和RNAseq的data，但就是在其文章中找不到关于我做的这个蛋白A的只
言片语。我的老板写的grant，跟这个牛人实验室独立出来的一个老postdoc合写的，里
面有张WT电泳图要显示A在这类淋巴瘤细胞系里，相对... 阅读全帖 |
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x********u
发帖数: 15396 | 27 http://www.dogfoodadvisor.com/dog-food-recall/bravo-dog-and-cat
The recalled products include:
1) These products are being recalled because they may have the potential to
be contaminated with Listeria monocytogenes.
PRODUCT: RAW FOOD DIET BRAVO! BEEF BLEND FOR DOGS AND CATS (Made in New
Zealand)
All 2lb., 5lb., and 10lb. tubes
Product Numbers: 52-102, 52-105, 52-110
Best Used By Date: 10/10/15 or earlier
PRODUCT: RAW FOOD DIET BRAVO! BEEF BLEND FOR DOGS AND CATS (Made in New
Zealand)
All 2lb., 5... 阅读全帖 |
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h********n
发帖数: 4079 | 28 我觉得最终的比较组:
Rictor wt/flox Tek+
Rictor flox/flox Tek+
Rictor wt/wt Tek+ |
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s********d
发帖数: 156 | 29 是不是C57有易胖的倾向啊。好像哪里看到过。这样是不是可以解释我BACKCROSS越多以
后WT 和HET都比刚开始的几代胖？ 否则HET X HET出来的WT 和HET 变胖和我敲掉的
GENE 有什么关系？ 实验室刚开始做另一个KO老鼠，得到的CHIMERA怎么看怎么觉得很
胖，WT 也是，它的BACKGROUND就是C57. 所以楼上讲的可能有道理。。那目前我应该
怎样BREED更合理或者能多少降低不同STRAIN造成的差异呢。 |
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s********d
发帖数: 156 | 30 前面POSTDOC的结果我相信,因为PHENOTYPE确实还比较稳定.我觉得问题就出在她只做
BACKCROSS了5代,可能都不到. 她那时好像也没有KO X KO 存活低的问题.也没有我讲的
WT 不正常的问题. 但记录看来她的结果很多不是从HET X HET来的,而是WT X WT, KO
XKO 或者KO X HET.因为交接的时候很多BREEDER都是这样的,虽然也都是SIBLING. |
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c****r
发帖数: 199 | 31 手里有两组数据，一组是wt, 10个animal, 算了average和standard deviation
.另一组是mutant, 10个animal, 算了average和standard deviation. 现在需要用wt的
平均值去normalize mutant的数据。（就是拿每一个mutant数据去除以wt的平均值）。
我的问题是，这个normalize后的mutant数据，该怎么算standard deviation?
谢谢！ |
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m***o
发帖数: 272 | 32 knockout老鼠，生下来2周左右，把wt和ko的拿来放在手里，ko的就一直走动，而且一
直在嗅，而wt呢放到手上就很显的calm，鼻子也在嗅，但是没怎么走动。2个月大的老
鼠测activity也是比wt的要多。因为ko的蛋白主要表达在brain，各个不同的区表达相
似。请问该怎么着手研究ko的行为呢？ |
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r*******y
发帖数: 48 | 33 Although more info regarding your experiments is needed, but basically,
1. it is possible that WT hes1 activated promoter but dnHes1 (dominant
negative?) did not; it only suggests that the endogenous Hes1 in the cell
line you tested was not invoved in maintaining the basal activity of that
promoter. Actually, it is not a bad observation; it suggests that hes1
activated this promoter via DNA binding, becaseu usually dnHes should have
no or little DNA binding activity.
2. However, if you test both... 阅读全帖 |
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r*******y
发帖数: 48 | 34 1. 我没有做的很细致，但是我看到了dnHes1能antagonize WT Hes1 induced promoter
activity.
That is good;
2. 保守的序列我已经做了突变，但是仍然能看到WT Hes1的激活作用，因为有好几个
potential Hes1 binding sites，所以我不能排除其它的位点不起作用。我现在在做
truncation mutation，想找到Hes1 responsive element。
how long of this promoter you tested? mutation of that conserved binding
site resulted in how much percentage of reduction in its activation compared
with that of the WT promoter by Hes1? in most cases,it w ill not be only
one site that contributes 100% to that activation... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 35 我也觉得是这个原因，p2后面接着就是loxP，读不出来正常。
他这是用p2测序，测出来是wt序列不是很正常吗，
前面说用p1测序（用P1测序是把P1加到管子里，用P2测序是把P2加到管子里，这个怎么
还能说混了。。。），还测出来wt，我就纳了闷了。
如果说两头要分别测，那应该P3跨到GFP外面，上游的wt 序列那里，否则很难理解为神
马要扩4k的产物出来，测的连1k都不到。
还有一个疑问就是不是筛ES需要测序的吗（我没筛过，但是感觉上是应该测啊），就
算老鼠要再测序确认也应该是现成的protocol啊 |
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r*****i
发帖数: 117 | 36 我负责一KO小鼠colony，这个基因和一种免疫细胞相关。
此小鼠一岁时，spleen和liver出现tumor,明显比WT的大许多，见照片。
而且腿骨非常脆，一岁甚至8个月KO小鼠的腿骨就和2岁的WT的腿骨差不多，甚至更脆。
骨髓细胞中CD11b+细胞达到90%，有粒细胞白血病的征兆，正常的一岁的WT小鼠大约60-
70%。
请问大家我如何针对性的进行研究，比如spleen，liver和骨髓细胞。
我是个新手，老板对cancer也不是很熟，而且他也经常不在实验室，飞来飞去。
谢谢 |
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r*****i
发帖数: 117 | 37 thank all of you,
I discussed with my boss, he suggested me to do the following experiment:
1. measure the density of bone of KO mice, young KO vs WT, old KO vs WT
2. sections for live and spleen to verify the tumor: myeloid sarcoma,
lymphoma or others,
3. transplantation experiment: KO mice as recipient and donor to check
intrinsic or extrinsic influence,
4. Irradiate young KO mice (sub-lethal) to check DNA damage-inducible
changes in bone marrow, sleen, thymus.
5. analyze different sub-populat... 阅读全帖 |
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s********n
发帖数: 248 | 38 update：
我上周四按照板上的建议，把CFSE浓度降低到0.5uM,10^7cell/ml室温label 8分钟。
昨天取popliteal LN FACS了一下，所有老鼠的都有很多的OTI细胞，也有很好的
proliferation，在wt/ht/mt里边proliferation的区别也看到了。
估计是我之前用的CFSE浓度太高了，T细胞CFSE label以后都死光了。
真心感谢版上大家的帮忙！
需要比较WT和MT的dendritic cell antigen presentation的差异，因为MT的老鼠本书T
/B细胞和wt有差异,所以把老鼠breed 到RAG deficient background里。
实验是这样设计的，把OTI/OTII （2-5×10^6 cell/mouse） 细胞通过静脉注射打进老
鼠体内，一天以后footpad注射OVA+LPS. 再过72小时harvest popliteal lymph node，
看OTI/OTII增殖情况。因为是RAG deficient 老鼠，所以做tail vein injection前没
有irradiate老... 阅读全帖 |
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z********o
发帖数: 137 | 39 博后搞了个新field，虽然比较陌生，但是做着做着觉得做不下去啦！老板很老，以
前80年代90年代早期靠钓新基因发家的，整了一堆蛋白放那里。看看别人有什么新发现
，就拿出来再做一做。我目前做的这个蛋白，在此叫做A，在02年吧，有个牛人在其有
五六十页的专利的一个table里面列出来，说这个蛋白在一类淋巴瘤细胞里面表达量高
，估计跟这类淋巴瘤关系密切。应该是根据microarray得到的data来推论的。但是之后
牛人发了好多paper，关于这类淋巴瘤的，转录因子，蛋白激酶，做了一大堆，也测了
很多microarray 和RNAseq的data，但就是在其文章中找不到关于我做的这个蛋白A的只
言片语。我的老板写的grant，跟这个牛人实验室独立出来的一个老postdoc合写的，里
面有张WT电泳图要显示A在这类淋巴瘤细胞系里，相对与之对应的另外一类淋巴瘤细胞
是高表达的。蛋白A有100kd左右，但是这张WT的图显示的带在35KD左右，他们解释为是
B的特异性降解带。图好像是故意调过的，突出了他们想要表达的意思。我自己专门验
证过，A的蛋白水平并不是在这类淋巴瘤细胞系的每种细胞表达量... 阅读全帖 |
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z********o
发帖数: 137 | 40 博后搞了个新field，虽然比较陌生，但是做着做着觉得做不下去啦！
老板很老，以前80年代90年代早期靠钓新基因发家的，整了一堆蛋白放那里
。看看别人有什么新发现，就拿出来再做一做。我目前做的这个蛋白，在此叫做A. 在
02年,有个牛人在其有五六十页的专利的一个table里面列出来，说这个蛋白在一类淋巴
瘤细胞里面表达量高，估计跟这类淋巴瘤关系密切。应该是根据microarray得到的data
来推论的。但是之后牛人发了好多paper，关于这类淋巴瘤的，转录因子，蛋白激酶，
做了一大堆，也测了很多microarray 和RNAseq的data，但就是在其文章中找不到关于
我做的这个蛋白A的只言片语。我的老板写的grant，跟这个牛人实验室独立出来的一个
老博后合写的，里面有张WT电泳图要显示A在这类淋巴瘤细胞系里，相对与之对应的另
外一类淋巴瘤细胞是高表达的。蛋白A有100kd左右，但是这张WT的图显示的带在35KD左
右，他们解释为是A的特异性降解带。图好像是故意调过的，突出了他们想要表达的意
思。我专门验证过，A的蛋白水平并不是在这类淋巴瘤细胞系的每种细胞... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 41 是它的可能性，不是主观的“把握”。
但是他的可能性是通过前期实验得到的，也就是还是你前期实验的出来的可能性，“
the odds ... can be estimated from previous experiments, ... and other
knowledge” 其实那不就是你的把握吗。就是你看了一堆paper拿了老鼠来倒腾了一下
打算写proposal的时候那个“把握”。
你看他第一句话，左上角。“你的中心问题‘到底我的假设是不是对的？’这个问题不
光跟p value有关，还跟你的假设真的对不对有关。“
这其实是个绕圈的话，用数学严密的表现出来了。
也就是说这个图就是说你的假设"KO降低某蛋白"对的可能性越大,你测量完蛋白含量发
现mean KO < mean WT ，然后统计完得到p=0.05的时候越可能表明KO真的降低某蛋白。
当然鉴于你这次实验确实得到了mean KO < mean WT 的结论，那么它把你的假设的可能
性又提高了那么一点。当然了实验里面永远不可能真的得到mean KO = mean WT，我猜p
value是在这里引入能够让人得出结论的。
从他引的... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 42 是它的可能性，不是主观的“把握”。
但是他的可能性是通过前期实验得到的，也就是还是你前期实验的出来的可能性，“
the odds ... can be estimated from previous experiments, ... and other
knowledge” 其实那不就是你的把握吗。就是你看了一堆paper拿了老鼠来倒腾了一下
打算写proposal的时候那个“把握”。
你看他第一句话，左上角。“你的中心问题‘到底我的假设是不是对的？’这个问题不
光跟p value有关，还跟你的假设真的对不对有关。“
这其实是个绕圈的话，用数学严密的表现出来了。
也就是说这个图就是说你的假设"KO降低某蛋白"对的可能性越大,你测量完蛋白含量发
现mean KO < mean WT ，然后统计完得到p=0.05的时候越可能表明KO真的降低某蛋白。
当然鉴于你这次实验确实得到了mean KO < mean WT 的结论，那么它把你的假设的可能
性又提高了那么一点。当然了实验里面永远不可能真的得到mean KO = mean WT，我猜p
value是在这里引入能够让人得出结论的。
从他引的... 阅读全帖 |
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n*********s
发帖数: 552 | 43 实验过程：KO和WT bone marrow derived DCs各1million，sc flank打老鼠，7天后在
另一侧flank再打1million BMDCs，7天后flank种1million B16细胞。第一次实验tumor
完全没长。第二次，现在是种了B16后第8天了，打了KO DCs的老鼠tumor很明显，可是
打了WT DCs的还是没有tumor。本来还挺兴奋的，觉得差距挺大，可是WT干脆不长的话
是不是technial problem啊，B16一般几天开始有palpable的tumor呢？不长可能是什么
原因呢? |
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T*****e
发帖数: 247 | 44 你好！你这个问题还是有点太开放了。我说到translocation的时候只是举个例子。
我最初的意思大概是这样：
1.有一个细胞外信号进来
2. 它引起了新的基因alpha转录，你检测到这个事件是在信号发生后三小时，那么这就
有两种可能：
A.新的转录因子（比如c-Fos）被转录，翻译后，然后这导致了alpha的转录
B.转录因子在信号刺激下入核，导致了alpha的转录
那么通过加cycloheximide，你抑制了c-Fos的翻译，那么你可以通过alpha转录与否判
断这跟c-Fos有没有关系。到底需要新翻译的转录因子还是只要translocation就够了。
但是关于你的例子，我不记得你是否还发了别的帖子说这个，但是你给的模糊的信息实
在只能让我瞎猜。
我就瞎猜猜看吧。
WT蛋白寿命比mutant短，这至少有两个层次的原因：
1.WT蛋白受降解调控的部分在mutant中被破坏了；
2.WT蛋白本身参与蛋白降解的机制
这里本来可以分开讨论，但你应该比我更清楚情况，所以欢迎你澄清哪一种更接近事实。
这可能跟translocation有什么关系呢？我不觉得在这里有什么直接的关系。
硬要扯... 阅读全帖 |
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c*****8
发帖数: 49 | 45 找别的实验室要来的f/f小鼠，跟某种cre小鼠杂，得到的子代全部只有wt的条带，没有
mutant的条带，拿最早的要来的f/f小鼠做genotyping也是这个结果。给的protocol写
着wt应该有一条200
多的带，mutant会有100多的带，现在所有样品200多的带扩的很亮，100多的不管什么
样品都没扩出来过。已经优化了不少pcr条件了，但是还不行。我想一定是pcr有问题，
不可能对方给的全是wt啊。
大家有没有什么建议呢？先谢谢了！ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 46 哦，我这个是template里就有两种：wt/mutant。PCR后产物一起digestion，指望
mutant变成两条带，从gel上纯化回收seq. 没切的band也从gel上回收后送seq。如果酶
切完全，又没有一条strand是mutant/一条strand是wt的DNA（我想这种DNA酶切不了）
，我就省了好多事呢。结果seq出来，在mutation区间有很多杂峰，就怀疑要么酶切不
完全或一条strand是mutant/一条strand是wt的DNA存在了。
再切一次，不行就只好克隆了。：（。
谢谢！
sanger |
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D*a
发帖数: 6830 | 47 你不信就算了呗...
反正我老板亲自做转基因老鼠的时候是这么做的...
你自己觉得wt/mt杂一起挺稳定也就罢了，你说说一条DNA中间鼓起一块来还能跑得赶上
wt/wt的带的理论依据又是啥？ |
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D***a
发帖数: 516 | 48 pcr产物用annealing后t7 endonuclease切？
比如：能切开的是杂合，不能切开的是WT或homozygous mutant。再把这个不确定的和
已知WT的再次annealing， 切不开的是WT，切开的homozygous mutant。 |
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d***s
发帖数: 1062 | 49 谢谢上面两位的帮忙，终于能分析了。
但是分析结果好像不是很好。
大部分的gene sets在WT里upregulated了，但是在KO里就
很少。我分析了好几个gene sets database都是这样。
不仅如此，KO组里一个能看的enrichment plot都没有。
我用的都是默认的parameter，有些parameter是不是应该改一改。
Enrichment in phenotype: WT (4 samples)
701 / 797 gene sets are upregulated in phenotype WT
0 gene sets are significant at FDR < 25%
13 gene sets are significantly enriched at nominal pvalue < 1%
36 gene sets are significantly enriched at nominal pvalue < 5%
Enrichment in phenotype: KO (4 samples)
96 /... 阅读全帖 |
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x*****d
发帖数: 704 | 50
GSEA does not show directionality, so "significantly enriched in WT" could
be either positively enriched in WT or negatively enriched in WT. |
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