r******2
发帖数: 1021 | 1 20日，美国科学家宣布世界首例人造生命———完全由人造基因控制的单细胞细菌诞生
，并将它命名为“人造儿”。这项具有里程碑意义的实验表明，新的生命体可以在实验
室里“被创造”，而不是一定要通过“进化”来完成。
“一个新时代到来”
这项研究由美国基因遗传学顶尖科学家克莱格·凡特主持，历时10多年，耗资超过
4000万美元。研究团队共有20多位科学家。
名为“人造儿”的人造细菌内核是移植于实验室、完全人工合成的基因组。凡特博
士表示这意味着“一个新时代的到来”。
科学家们首先选取一种名为丝状支原体的细菌，对其基因组进行解码并复制，产生
人造的合成基因组。然后，将人造基因组移植入另一种称为山羊支原体的细菌，通过分
裂和增生，细菌内部的细胞逐渐为人造基因所控制，最终成为一种全新的生命。在培养
皿中，合成细菌的分裂等行为就像天然细菌一样。
科学家们在“人造儿”DNA上写入4个“水印序列”，使其有别于同类的天然细菌，
以及在这种生物的后代中识别它的“祖先”。
“当带着水印的细胞活了过来，我们欣喜若狂，它是一个活生生的生物了，成为了
我们地球上各种生命的一部分。”凡特博士说。
应用前景广阔
尽管这种技 |
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z**********e
发帖数: 22064 | 2 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: zhonghangyue (中行说), 信区: Military
标 题: 付巧妹；一个改写了欧洲最早现代人类史的中国女科学家
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 14 16:09:33 2016, 美东)
http://www.chisa.edu.cn/news1/rencai/201607/t20160707_508577.html
付巧妹；一个改写了欧洲最早现代人类史的中国女科学家
发布时间：2016年07月07日 来源：澎湃新闻
今年5月，当《自然》杂志的编辑第一次向付巧妹的邮箱发来采访邀请时，一向不热衷
于媒体的付巧妹选择了冷处理。直到编辑辗转询问到了她的另一个工作邮箱，再次发来
邀请。邮件里只说“想通过介绍中国几位科研人员，了解关于中国科学的一些状态”。
32岁的付巧妹在科技界可谓年轻，却已经是在古DNA研究领域具有广泛国际影响力的学
者，目前是中国科学院古脊椎动物与古人类研究所古DNA实验室主任。她作为第一作者
的最新研究成果“冰河时期的欧洲人群历史”，根据51个末次冰期欧亚个体的基因组数
据，首次... 阅读全帖 |
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z**********e
发帖数: 22064 | 3 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: zhonghangyue (中行说), 信区: Military
标 题: 付巧妹；一个改写了欧洲最早现代人类史的中国女科学家
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 14 16:09:33 2016, 美东)
http://www.chisa.edu.cn/news1/rencai/201607/t20160707_508577.html
付巧妹；一个改写了欧洲最早现代人类史的中国女科学家
发布时间：2016年07月07日 来源：澎湃新闻
今年5月，当《自然》杂志的编辑第一次向付巧妹的邮箱发来采访邀请时，一向不热衷
于媒体的付巧妹选择了冷处理。直到编辑辗转询问到了她的另一个工作邮箱，再次发来
邀请。邮件里只说“想通过介绍中国几位科研人员，了解关于中国科学的一些状态”。
32岁的付巧妹在科技界可谓年轻，却已经是在古DNA研究领域具有广泛国际影响力的学
者，目前是中国科学院古脊椎动物与古人类研究所古DNA实验室主任。她作为第一作者
的最新研究成果“冰河时期的欧洲人群历史”，根据51个末次冰期欧亚个体的基因组数
据，首次... 阅读全帖 |
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j****u
发帖数: 1413 | 4 全文与照片：http://www.ustcif.org/default.php/content/833/
2010年8月7日，中国科大新生嘉年华在北京国家天文台进行。一周之后，2010级新生即
将背负行囊，南下江淮。近100位新生出席嘉年华，受到校友的热情欢迎与祝福。新生
嘉年华成为这些新生的难忘一课。
科大的书不好念
10余位校友与优秀毕业生代表前来与新生座谈，让新生们感到浓厚的科大氛围。中国科
学院院士、中国科学院生物物理所研究员陈润生（59级生物物理系校友）是我国最早从
事理论生物学和生物信息学研究的科研人员之一，曾参加我国第一个完整基因组泉生热
袍菌 B4基因组序列的组装和基因标识，曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的
研究。他回忆起51年前在玉泉路求学科大的时光，感谢“科大培养了我们科研工作的思
维方式”。陈润生说“原以为自己老得不成样子，不想今天还能见到自己的师兄”——
黄吉虎（5807）是中国科大第一届本科生。1958年9月2 日，黄吉虎身挑扁担，步行四
小时从前门走到玉泉路，稀里糊涂的成为第一位到校报道的本科生。黄吉虎分享了中国
科大第一代学生师从钱学森、严济慈、 |
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j******g
发帖数: 175 | 5 中国"对科学与人类贡献的里程碑"
-水稻（籼稻）基因组的工作框架序列图及其研究成果
（一）
水稻是最重要的粮食作物之一，世界上一半以上的人口以之为生。水稻产量、品质的
提高，对于国计民生、社会稳定与粮食安全都具有至关重要的意义。
中国是世界上最早种植水稻的国家。浙江省宁波市河姆渡遗址所发现的水稻种子，证
明中华民族在7000－8000年以前就已经把野生水稻培育成农作物，中华民族的祖先为水稻
的培植做出了开创性的贡献。
中国也是世界上水稻种植面积最大的国家之一。袁隆平院士培育的超级杂交水稻，比其它
品种的水稻增产20－30％，为解决我国及世界的粮食问题做出了新的重大贡献。
（二）
一个生物的全基因组序列蕴藏着这一生物的起源、进化、发育、生理、以及与所有遗
传性状有关的重要信息。所有这些重要的信息都写在由4种碱基（A、T、C、G）组成的基
因组DNA那条长长的双链上。正因为如此，2000年人类基因组序列框架图的完成被誉为"解
析生命的天书"、人类自然科学史上的"重要里程碑"。
水稻基因组序列也同样蕴藏着与水稻的高产优质、美味香色，以及与生长期和其他生 |
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s*k
发帖数: 144 | 6 是这样：要分析人的基因组有至少两个难题：
1。 人的细胞生长速度慢，每个细胞只有一套染色体组
能提取的DNA数量太少，不够玩的，因此大家想法找个
替罪羊来多生产点。当然首选就是细菌，酵母菌这帮低等的傻家伙。
方法是把人的染色体切成片段，嵌在细菌或酵母的染色体里。
如果把大段外来的染色体嵌在细菌的染色体里， 构成的染色体
就是BAC, 如果把大段外来的染色体嵌在酵母的染色体里， 构成的染色体
就是YAC(Bacterial/yeast artificial chromesome).
这些含有人体基因组DNA的细菌酵母就被叫做人的基因组文库。
(genomic DNA library).
当然，难点之一就是如何建造一个既能让傻小子们快乐生长的染色体
又能让这些傻小子认为所携带的外来DNA只是一串对于它们毫无意义的
bit stream.(DNA重要的是其序列信息，在什么宿主里关系不大，
就如同文件重要的是其比特流，存在哪个平台关系不大)
2.人的基因组总长大约30亿对碱基，这么多的内容
没法一下子分析清楚，人们只好想法化整为零，采用分治法，
然而，分治法的一个要求是转化了的子问题必须能构成 |
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d**b
发帖数: 1286 | 7 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
（consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
$250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
的计划是
￥5,000）。
这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
Illumina
Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
（PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
quantum dot technology，Oxford Nanopore，IBM等等。
目前其中最主要的三家是是Illumina，SOLID和454。这里有篇综述主要介绍了他们的技
术比较 |
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D*a
发帖数: 6830 | 8 继续一点儿。本文讨论生物，不是讨论千老。劝退的就算了吧。
这个考夫曼呢，他兴趣广泛，一开始想写剧本，剧本变成了几个人喋喋不休讨论生命意
义，他就去学哲学去了。后来他觉得自己思维太天马行空了，又去学医学院，要学习一
下大量的事实。
他接触到了发育生物学。他被强烈震撼了。
一个受精卵分裂成成千上万的细胞，包括上百种不同的细胞。“奇怪的不是生而缺憾的
悲剧常有发生，而是大多新生命一出生就完美无缺。”基因组上的调节元件开放和关闭
就有点像生化计算机。而不同的组合又演变成不同的秩序（各种细胞和器官）。
他发现，许多的基因并不像人的计算机那样逐步执行指令，而是同步，平行的执行大多
数指令。如果是这样的话，那么重要的不在于一个基因精确的按照界定好的顺序激活了
另一个基因，而是整体的基因组能否将活性基因组合成一个稳定的，自我连贯的形态。
单个的基因组应该能有很多种稳态，也许这就是发育过程种能产生许多不同细胞类型的
原因。
下面就是self-organisation和进化了。我研究研究，免得写错了。 |
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l***d
发帖数: 1828 | 9 http://www.dfdaily.com/html/8755/2011/5/14/604774.shtml
作者 李福洋 来源:东方早报
DNA 储存在细胞核内，生物体在死亡过程中，细胞会逐渐发生自溶，大量酶类如蛋白酶
、DNA酶等释放，细胞的DNA很快会被降解，即便是细胞没来得及自溶，但是天长日久，
微生物进驻组织或细胞，就像寄居蟹一样，在那里吃喝拉撒、生老病死，它们产生的酶
类也会把原细胞内的DNA破坏掉，一般死亡的动物和人的遗体，DNA很难完整保存下来。
最终技术的进步打破了这个咒语，研究人员成功地获得图坦卡蒙的DNA，也成功地得到
了各个木乃伊的DNA指纹图谱。
古埃及法老（国王）的尸体都被做成木乃伊，保存在金字塔里，据传说，冒犯了法老王
的干尸，就会中法老的咒语。在美国电影的渲染下，这个咒语被传得充满玄机，神秘莫
测。似乎在埃及北部第六代塞加拉王朝的法老墓外，或内侧出现类似“咒语”的文字，
据说也只是针对祭司的，好让其尽职保护墓地，而非防盗墓贼设定的神秘“咒语”或机
关。考古学家其实并未在法老墓内发现任何咒语。
既然法老的咒语不一定有，那也就不存在打破一说。不过，法老... 阅读全帖 |
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Y**********j
发帖数: 369 | 10 失去了自己的idea，只是一个很小的问题，就像高人指点的那样，“idea is
cheap”，我心领神会，后面再也不提了它了。
但是树欲静，风不止，老板狂热的开始研究这个潜在的enhancer区域，我也算参与
其中了。他有一个病人的DNA标本，无论enhancer或coding region都检查不出任何大的
DNA deletion，所以放在那里一直没有结论，现在忽然成了最好的检验enhancer功能的
对象。我被要求扩增enhancer区域并去测序，看看有什么问题。我做的很顺利，第一轮
PCR能看到很单一的条带，只是太弱，不得已作第二轮PCR，条带很漂亮，心里一块石头
落地了。电泳检测时候，发现和正常对照有几百bp的差别，我很敏感这种差异，就向老
板报告了。他让我重复一遍电泳，看得更清楚了，或许真的钓到大鱼了吧，老板很是兴
奋。我虽然不像老板那么兴奋，但起码我参与的这一块有些可作的东西，也不是坏事吧。
不一会，老板又跑过来找我，说有问题。他的疑问在于，PCR产物只有一条带，但我们
研究的疾病从来没有听说过纯合子缺陷型。这里需要介绍一下我们研究的背景。我们研
究的是一... 阅读全帖 |
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Y**********j
发帖数: 369 | 11 失去了自己的idea，只是一个很小的问题，就像高人指点的那样，“idea is
cheap”，我心领神会，后面再也不提了它了。
但是树欲静，风不止，老板狂热的开始研究这个潜在的enhancer区域，我也算参与
其中了。他有一个病人的DNA标本，无论enhancer或coding region都检查不出任何大的
DNA deletion，所以放在那里一直没有结论，现在忽然成了最好的检验enhancer功能的
对象。我被要求扩增enhancer区域并去测序，看看有什么问题。我做的很顺利，第一轮
PCR能看到很单一的条带，只是太弱，不得已作第二轮PCR，条带很漂亮，心里一块石头
落地了。电泳检测时候，发现和正常对照有几百bp的差别，我很敏感这种差异，就向老
板报告了。他让我重复一遍电泳，看得更清楚了，或许真的钓到大鱼了吧，老板很是兴
奋。我虽然不像老板那么兴奋，但起码我参与的这一块有些可作的东西，也不是坏事吧。
不一会，老板又跑过来找我，说有问题。他的疑问在于，PCR产物只有一条带，但我们
研究的疾病从来没有听说过纯合子缺陷型。这里需要介绍一下我们研究的背景。我们研
究的是一... 阅读全帖 |
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t*********5
发帖数: 2 | 12 生化与细胞所在DNA去甲基化机制研究中获得重要进展：发现一种新的修饰碱基
2011-08-08 10:02:00 | 来源： | 【大 中 小】【打印】【关闭】
在高等生物的基因组DNA中除含有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)四
种常见的碱基形式外，还含有胞嘧啶的修饰形式：5-甲基胞嘧啶（5mC），被称为第5种
碱基。而且它可以进一步被氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5hmC），也被称为第6碱基。这些
修饰形式在表观调控中都具有重要的作用，但它们如何被可逆转变为胞嘧啶(C)还不清
楚。中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所的工作证明，DNA中
的5mC和5hmC都可以被Tet家族的双加氧酶进一步氧化为第7种碱基：5-羧基胞嘧啶（
5caC）；此外，胸腺嘧啶DNA糖基化酶（TDG）可以特异性地识别这一新的碱基修饰形式
，并将其从基因组中切除。2011年8月4日，《Science》杂志在线发表了这项关于DNA去
甲基化机制的研究发现。这项研究由徐国良、李林、丁建平实验室及中科院药物所等单
位合作完成，副研究员贺宇飞、博士后李滨忠等承担了主要工作。
动植物生长... 阅读全帖 |
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o*****m
发帖数: 981 | 13 事情是这样的，我们实验室一个美国人投了个nature子刊被拒，要求增加data，而且还
是基因组范围内的。
当时他只做了一个基因的实验，就说这个方法好，editor直接说你这个对其他基因如何？
于是老板让我做基因组的数据，我就花了俩月设计了方法，结果把基因组范围内的都做
出来了。也熬夜奋战了两个月。个人觉得从贡献上真不亚于他。 虽然我时间用的少，
但我加班加点，而且做这个需要不少技术。
这初步结果已经ok了，下面就是让结果更好看，让读者更容易使用结果。也是很boring
，工作量很大的。现在是我都做完基因组范围内的工作了，那边实验还没做出来。。。。
虽然我半路加进来的，但贡献值自己感觉到了一半，老板给排了个二作，提交了个会议
。这咱不在乎，但如果真正提交nature的话，我是否应该挑明要共同一作呢？
没做过湿实验，不知道他那方面难度如何。反正我这边设计算法和计算真是花了大力气
了。请有这方面经验的人提出点意见，谢谢。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 14 关键技术居然没有NGS，MASS－Spec，而是基因芯片和蛋白芯片？
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（二）突破一批核心关键技术
选择具有中国特色和优势核心关键技术，集中优势资源，实现重点突破，力争在国际生
物前沿科学领域占据一席之地，抢占一批国际生物技术研究开发制高点。
发展重点：
1、“组学”技术
以 开发新一代测序技术为我国生物技术实现跨越发展的突破口，带动基因组技术、转
录组技术、蛋白质组技术、代谢组技术、表观遗传组技术、结构基因组技术等各类 组
学研究技术的快速发展，研发高通量生物医学数据分析与文本挖掘技术，高通量样品分
析技术、微量样品提取和放大技术、海量数据分析技术等，加快组学技术与 生物信息
技术在疾病防控、临床诊治和生物制造、品种创制、新药开发等领域的应用。
2、合成生物学技术
发展高通量、低成本DNA合成技术和基因片段高效组装技术，蛋白质结构功能的分析、
定向设计与合成技术，标准化生物元件与功能模块的构建技术，建立合成生物学在药物
前体和中间体、生物能源、生物基化学品等的应用技术，逐步探索合成生物学在医药和
能源领域的应用。
3、生物信息技术
突 破生物调控元件的计算、... 阅读全帖 |
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q******g
发帖数: 3858 | 15 看来他的数学和编程功底很强。
http://news.zilive.com/20111114/1321256831909.html
作为一家民营机构，华大基因在国际基因研究领域占据一席之地。自承担人类基因
组计划1%的工作开始，华大基因先后完成了中国水稻基因组计划、SARA 基因组研究、
家蚕、家鸡、大熊猫基因组计划等多个项目。
一名高二学生，如何进了“基因测序世界工厂”华大基因？赵柏闻是北京人大附中
的学生。从初中起，赵柏闻就去了北京农科院研究所实习。高一时，他得知华大基因在
做基因测序，便请求农科院的导师介绍自己去实习。高二暑假，赵柏闻来到了深圳华大
基因总部。
赵柏闻找到院长汪建要活儿干，汪建把他“推”给了华大基因首席科学家李英睿。
李英睿随手写了一道数学+编程的题目，让赵柏闻自己去解。
赵柏闻用一个下午打草稿，晚7时开始编程，改了四五遍，凌晨时分把答案交给李
英睿。李英睿当场震惊，这是他们千人基因组项目所遇到的难题，没想到赵柏闻一个下
午就搞定了。看到赵柏闻如此有才， 李英睿便“忽悠”他留在了华大基因。 |
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s****l
发帖数: 10462 | 16 假如说要测
1，一百个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
2，一千个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
3，一万个随机片段，每个片段两三百碱基，两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
4，一次上升到百万级别，大概就相当于基因组重测序吧。
这四组相比，测序的精确度会改变吗？为什么？
我不是想知道同样的测序方法同样的测序通量，这样下来每个组的coverage会怎么样不
同。我想知道，某个测序方法，可以是Illumina or Ion or SOLiD or 454，这个测序
方法的每个碱基（per base）的精确度会不会改变？ |
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d*p
发帖数: 534 | 17 这几年一直在做高通量的shRNA筛选，感觉现有的产品有很大缺陷，想开发以下产品：
现在做功能研究比较快,能够进行高通量的就是knockdown and over-expression 这两
种方法。因此想做下面两类产品：
1， 覆盖全基因组的shRNA和siRNA， 每个基因两条， 每条的knockdown效率经过验证
，保证大于80%，提供蛋白水平的knockdown结果。
2， 覆盖全基因组的cDNA表达库，克隆每个基因的cDNA到Lenti-vector, 带上Barcode。
算了一下成本，用我的方法，大概5m 美元能够做完人和小鼠的这两个库，Broad现在也
在做，但是他们的方法效率太低，结果还非常不可靠，按他们的方法，50m都不够。
完成以后,
1. 可卖单个基因的产品，和市场上的公司竞争，全球市场大概有5亿美元左右的市场。
目前市场上的shRNA基本都是卖几个给你，不知道那个有用，有时候一个有用的都没有
，或者knockdown太低，看不到表型，需要自己花时间去验证。
2. 全基因组的knockdown 和over-expression library完成后，每个基因有两... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 18 生物信息学系 （详细情况请站内联系：该千人是我一直很想合作的生物信息学方面的
国际权威，一流学校的冠名教授，是重要国际和全美NIH超大合作项目中核心成员；不
久前会议上结识，三天中交谈很多。个人感觉非常不错的学者，学问做的很出色，人品
应该也很好--相信我们两个课题组不久会有不少合作）。
同济大学(生物信息系千人课题组诚聘副教授, 讲师, 博士后各一名。实验室主要方向
是用生物信息学和计算生物学手段来研究基因调控的遗传和表观遗传的机制，及起沉默
作用的小RNA的调控机制。相关工作发表于包括NCS在内国际一流期刊。
研究课题：
1. 利用统计方法和计算开发来整合大量高通量遗传和表观遗传的数据，用以研究转录
因子的染色质免疫共沉、核小体定位、组蛋白修饰、DNA甲基化、DNA复制和表观遗传组
学的个体化，并使其应用于疾病诊断和治疗。
2. 利用统计方法和计算开发来分析起沉默作用的小RNA高通量测序数据，确定它们的核
苷酸性质、基因组定位、不同细胞类型和基因型的相对丰度、进化守恒以及沉默作用的
生物功能，并寻找可以揭示这些小RNA的生物遗传和靶识别的特征。
3. 开发预测转座子转座（插入和缺失... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 19 En
Bio aspect:
兰州大学 生命科学部 畜牧学与草地科学 张金林 草类植物逆境生理
中国农业大学 生命科学部 遗传学与生物信息学 陈忠周 表观遗传学中重要蛋白质的结
构和功能研究
中国医学科学院基础医学研究所 生命科学部 遗传学与生物信息学 许琪 DTNBP1选择性
剪接异常在精神分裂症发病中的作用机制研究
中国科学院上海生命科学研究院 生命科学部 遗传学与生物信息学 王佳伟 植物小分子
RNA的生物学功能
中国科学院遗传与发育生物学研究所 生命科学部 遗传学与生物信息学 焦雨铃 遗传学
与生物信息学
复旦大学 生命科学部 遗传学与生物信息学 李辉 人类起源与进化
华中农业大学 生命科学部 园艺学与植物营养学 徐强 果树种质资源与基因组学
山东农业大学 生命科学部 园艺学与植物营养学 任仲海 蔬菜学
浙江大学 生命科学部 园艺学与植物营养学 杨建立 植物营养逆境分子生理学
中国农业科学院植物保护研究所 生命科学部 植物保护学 陆宴辉 农业昆虫与害虫防治
南京农业大学 生命科学部 植物保护学 陶小荣 植物病毒学
中国农业大学 生命科学部 植物学 毛同林 植物细胞骨架
中国科学... 阅读全帖 |
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t****b
发帖数: 47 | 20 2012年11月13日，新的生物学刊物eLife发表论文：中国科学家攻克了一个长期困扰国
际科学界的难题，而这一基础科学问题也与人类、特别是中国人民的健康相关。
过去，世界和中国忽略了1980年代我国科学家在条件艰苦时代做出重要贡献，我们现在
应该赞广西肿瘤防治研究所的严瑞琪和苏建家等、北京第二传染病院的余昌晏等和中国
医学科学院的庞其方等建立乙肝动物模型；
现在，我国已经有条件和能力改革科学管理体制机制、提供适当环境，让一些科研机构
年富力强的科学家心无旁骛，如北京生命科学研究所的李文辉带领学生和同事发现乙肝
病毒受体；
将来，希望全国科研机构能推广适合各个学科和机构自身规律的体制机制改革，使大批
年轻人集中精力在专业上充分发挥作用，他们大有作为才能使中国的科学大有希望。
肝炎和肝炎病毒
肝炎在全世界有广泛的危害，中国人群肝炎患病率尤其高。多种病毒导致病毒性肝炎：
甲、乙、丙、丁、戊（A、B、C、D、E）等。
全球二十亿人曾感染乙型肝炎病毒（HBV），慢性乙肝感染超过3.5亿人。即使在乙肝疫
苗已经研制成功多年以后，我国还有逾九千万人感染过乙肝病毒，上千万乙肝患者，每
年感染超过百万... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 21 我觉得要考虑几个方面：
1.如何定义“遗传因素比较大”？ 想确定到底是familial还是sporadic，肯定要收集
足够的sample吧。。有时候对于有的疾病sample都很难收集。这不仅是人力，精力，
funding的问题，有的疾病病人死的很快，或者sample本身很少，总是很难碰到一个好
的大的pedigree的
2.NGS技术本身我当然是很看好的了，肯定越来越精确成熟，而且越来越便宜。但到底
能有多便宜？什么时候可以很轻松的给每个人做全基因组测序？read length可以达到
长?（肯定是越长越好）计算机的硬件能跟上NGS数据发展的趋势吗？
3.生物信息分析。我只能说现在的bioinformatic pipeline，除了read alignment和
SNP calling变的非常成熟（不仅sensitivity/specificity很高，而且可以做
population-level的分析），在其他方面，要么很艰难，要么很混乱。就是说无法达成
一个统一大家公认的最好的pipeline，我开发一个方法，你开发一个软件，最后把使用
者都搞的糊里糊涂的。比如indel cal... 阅读全帖 |
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h********8
发帖数: 49 | 22 看到网上一个报道，用全基因组测序肿瘤以确定突变类型和疗法的。
大家怎么看个性化医疗在抗癌领域的应用，我觉得要解决以下问题。
1.我以后得某种癌的可能性
2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤，如血液检测circulating tumor cell
3.一旦得癌，我得的是哪一种，肿瘤基因组出现了什么突变，有没有针对性的抗癌药和
临床试验
4.抗癌药的剂量是不是最优
5.治好后或者稳定期，会不会恶化或者重来。
故事原文在这
http://www.caijing.com.cn/2012-09-05/112107241.html
发个精要版
2004
• Beth McDaniel, 61, 癌症症状从全身瘙痒开始。然后, 皮肤变成了猩
红色，开始发生感染
2005
• 被诊断为一种罕见的 T 细胞淋巴瘤，导致白细胞癌变并迁移到皮肤表
面。这是一种不治之症，没有标准疗法，到了她这个阶段的病人平均只能再活几年
2010夏天
• 病情急剧恶化了，数百个肿瘤在皮肤下突然出现，有些足有猕猴桃那么
大，并且开裂了。
&... 阅读全帖 |
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c******r
发帖数: 3778 | 23 终于啊，不用转基因可以讨论些有意思的问题了。赞！
你的这个正是现代肿瘤研究的发展方向。
肿瘤有高度的自身选择和进化，导致非常diversified。在基因水平上就是不同肿瘤有
不同的基因改变，病理上同一种肿瘤也有不同的基因改变，即使到同一个人的肿瘤里面
不同的细胞也有不同的改变。因此个性化医疗，或者说对肿瘤的个性化治疗。
看到网上一个报道，用全基因组测序肿瘤以确定突变类型和疗法的。
大家怎么看个性化医疗在抗癌领域的应用，我觉得要解决以下问题。
1.我以后得某种癌的可能性
／／在一定程度上yes，完全可以做到。比如angelina jolie，就通过基因检测发现有
很高的乳腺癌几率，所以做了预防性切除。但是除此之外，还有很多散发肿瘤，无法预
测。
2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤，如血液检测circulating tumor cell
／／这个一直在做。但是太难了。你想想，全身4升血，取血10ml，有几百万细胞里面
也许只有几个肿瘤细胞。这对检测试剂的灵敏性准确性要求非常非常高。目前手段还不
容易做到。当然随着新技术的发展，还是有可能的。比如有研究用纳米筛来检测癌细胞... 阅读全帖 |
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h********8
发帖数: 49 | 24 某文献里看到，
利用常规巴氏检测（Pap test）获得的宫颈分泌物来检测卵巢癌及子宫内膜癌。在一项
初步研究中，研究人员采用这种命名为“PapGene”的测试方法，依靠全基因组测序癌
症特异性突变，检测出了全部24个子宫内膜癌，以及22个卵巢癌其中的9个，准确率分
别为100%和41%。对照组中没有任何健康妇女被错误归类患有癌症。
由于无法获得最常见子宫内膜癌类型的全基因组研究，他们对22个子宫内膜癌展开了全
基因组测序研究。通过这些卵巢癌和子宫内膜癌基因组数据，在两种癌症中发现了12个
最常见的突变基因，基于这些认知开发出了PapGene测试。随后研究人员用PapGene检测
了来自卵巢癌和子宫内膜癌患者的巴氏检测样本。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 25 陈竺“为洪国藩物理基因图正名”的谈话确是一桩科学丑闻
巴山
身为中科院副院长，院士，生物学家的陈竺，对报纸发表公开谈话，涉及对一项
“国家级重大科研成果”的评价和“正名”，答复公众对该项耗资巨大的科研项
目的质询，是非常严肃和慎重的事，很难想象身为中国科学界领导人的陈竺院士
会有任何的不严谨和无根据之处。在西方国家，任何接受政府资助的机构或科学
家对公众媒体作这种谈话时都是非常谨慎的，任何没有事实根据的言论都有可能
被认为是误导公众，有违职业道德。
结果令人难以置信！如方舟子文章的指控属实的话，这位陈竺院士试图用华大基
因中心的“籼稻9311基因组文库”与另二种水稻基因组文库的比较结果来证实洪
国藩院士的“水稻物理基因图”的正确性。陈竺院士没有给出解释，为何华大基
因组文库的比较结果可用来证实洪国藩院士的“水稻物理基因图”的正确性，而
据方舟子文章指控，华大基因组文库的覆盖率“和洪国藩的籼稻广陆矮基因物理
组图谱没有任何的关系”，“覆盖率95%以上指的是籼稻9311基因组框架图，而不
是洪国藩的物理图谱”。
我想，不应质疑身为中科院院士，生物学家的陈竺的专业知识和理解力。在没有
事实根... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 26 陈竺“为洪国藩物理基因图正名”的谈话确是一桩科学丑闻
巴山
身为中科院副院长，院士，生物学家的陈竺，对报纸发表公开谈话，涉及对一项
“国家级重大科研成果”的评价和“正名”，答复公众对该项耗资巨大的科研项
目的质询，是非常严肃和慎重的事，很难想象身为中国科学界领导人的陈竺院士
会有任何的不严谨和无根据之处。在西方国家，任何接受政府资助的机构或科学
家对公众媒体作这种谈话时都是非常谨慎的，任何没有事实根据的言论都有可能
被认为是误导公众，有违职业道德。
结果令人难以置信！如方舟子文章的指控属实的话，这位陈竺院士试图用华大基
因中心的“籼稻9311基因组文库”与另二种水稻基因组文库的比较结果来证实洪
国藩院士的“水稻物理基因图”的正确性。陈竺院士没有给出解释，为何华大基
因组文库的比较结果可用来证实洪国藩院士的“水稻物理基因图”的正确性，而
据方舟子文章指控，华大基因组文库的覆盖率“和洪国藩的籼稻广陆矮基因物理
组图谱没有任何的关系”，“覆盖率95%以上指的是籼稻9311基因组框架图，而不
是洪国藩的物理图谱”。
我想，不应质疑身为中科院院士，生物学家的陈竺的专业知识和理解力。在没有
事实根... 阅读全帖 |
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w*******e
发帖数: 63 | 27 这个是对你刚才帖子的回复，不知道为什么你把原贴删了。
你的第一个问题：
:What is the independency of your mentor?
:Don't tell us that his as last author PNAS 2011 edited by whom is his :1996
1997 papers last author
:http://www.umich.edu/~zhanglab/publications.htm
我对你第一个问题的回答：
的确，张建之是Dr. Nei的phd学生，他的2011的PNAS也是直接投稿（Direct
Submission）后Dr. Nei编辑的。具体过程记不太清了，应该是Dr. Nei是推荐的三个
reviewer之一。李文雄（WH Li）应该是另一个推荐的reviewer（WH Li也是Dr. Nei的
学生，是张建之的师兄）。领域内的院士也就那么几个。
下面我想用几个理由说明张建之研究的独立性是很强的。
第一、张建之发表的绝大多数文章都没有博士和博士后导师的名字。张建之到目前为止
发了144篇文章，引用数超过10的... 阅读全帖 |
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s******c
发帖数: 331 | 28 赞，同样做为做结构的，觉得结构基因组就是joke，基本上没有什么方法学的重大突破
，也没有generate很多有用的结构，不过过去几年暴增的很多GPCR的结构，倒是大部分
是结构基因组资助的，这个还是很少见的，membrane protein一般来说结构基因组成功
率极低，但是偏偏最重要的药靶GPCR可以用固定的方法high throughput去做结构，这
个在工业界还是很受认可很实用的事情。
结构基因组的砍掉绝对对于做结构的单个实验室是好事，而且结构生物学paper的引用
跟做结构的没关系，没几个结构的文章会引用跟自己结构无关的其它蛋白结构，如果你
做的蛋白够重要，结构够原创，那些做相关biochemistry的，做pharmacology的，甚至
做animal的都一定会引用。
另外一方面，现在越来越少纯粹做结构生物学的实验室了，首先重要东西的结构解析
greatly depends on biochemistry，很多时候重要的结构是一些做biochemistry做的
很好的实验室的水到渠成的事情，很多传统做结构的实验室也开始发展相关的
biochemistry和cell bi... 阅读全帖 |
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S***J
发帖数: 1210 | 29 你猜得与真实情况差太远，完全的驴唇不对马嘴，唉。。。
1. 施回国前刚评上HHMI，NIH就算一分钱没有他也是高富帅。
2. NIH砍的是“结构基因组”的钱，这都是些非常大的国家级的Center，与真正的“结
构生物学“实验室有天壤之别。我这么说吧，像施这种结构生物学实验室，都是巴不得
NIH把结构基因组大中心砍掉。
3. NIH明确说明，砍掉的结构基因组的经费将主要用于资助：”小型的结构生物学实验
室“。也就是说，NIH砍了结构基因组，对生物学其他方向没什么影响，既没好处也没
坏处。但是对于施这种实验室，那是好处大大滴。
我猜，施回国最根本的是他相信中国的上升势头，而且相信自己回国会在人生地位上有
无比巨大的提升，通俗点说就是他这种性格是不会安分的（这是褒义，不是贬义）。而
且我也相信他还是有爱国情怀的，但如果没有地位上的提升，他的爱国情怀是不足以让
他选择回国的。
我不觉得施对中国的科研有很大的误导，相反我觉得他撕掉了海龟的装逼外衣，让大家
都老老实实的，挺好。你看看他回国前国内发个cns都tmd要个人奖励好多钱，甚至很多
都是一篇cns就评院士！现在你没有两篇cns想评杰青都够呛... 阅读全帖 |
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n*******l
发帖数: 75 | 30 我刚开始做小鼠，所以从genotyping做起。
现在问题来了。第一次用相同的kit，primer做了结果挺好的。结果我repeat的时候，
用同样提取的基因组DNA竟然做不出了（PCR产物几乎看不见）。我试了不同公司的kit
，结果一样。
我保存基因组DNA的时候是-20，是不是反复冻融，DNA降解了呢。GENOSOME是加入
buffer和proteinaseK overnight，然后85度1小时。用上清做的PCR。
另外，我用别人提取的基因组DNA是做出来的PCR结果的。
今天又来了一批新样品，我重新提取了基因组，然后做，什么也没有啊，阳性对照说明
我的反应体系没有问题。难道，我提取的方法出问题了么？这批是老鼠的手指头。
实在想不通那里出问题了。好发愁啊。 |
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G******n
发帖数: 289 | 31 小伙伴儿，你在哪儿？
或许，你想换个平台，过年了，找个更有发挥空间的岗位；
或许，单位架构在调整，而很不幸你处于其中的某个单元；
或许，你是想回到北方，找个离家更近的、更亲切的环境；
或许，你是想换种思路，以一种全新的方式开创健康未来；
这一切，我们都可以帮您实现！
这是个叫…基云惠康...的创业公司，坐标北京，奥体公园鸟巢旁，上班前、下班后都
可以过去走走，空气是北京城里最好的。附近是中科院的生命科学园区，生物物理所、
遗传所、动物所、基因组所、微生物所、心理所就在旁边，食堂是开放式的，健身设施
都可以用。还有最大屏的巨幕电影院。
我们做什么呢？三点：一是人全基因组数据的处理，因为测序越来越便宜，速度越来越
快，但数据处理速度会是个瓶颈，这一点我们已经通过云计算的方式把效率提高了很多
，这个业务是Genome Analysis In Cloud，简称GAIC，已经可以开始提供服务，当然，
我们会持续的进行性能提升；第二是人全基因组基因的解读，这点刚开始，所以需要你
……一个生物信息主管，要求你对人基因组很了解，特别是关于基因、疾病、突变的N
个数据库熟悉，各种分析工具熟练应用，对语言... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 32 确实并没有排除假阳性。他是用GFP的表达来显示表达GFP的那段基因组序列有没有被破
坏掉，那么就有两种可能性，第一是GFP的基因组片段被破坏，第二表达GFP的mRNA被破
坏，第三种是GFP基因组序列被修饰沉默（这个我在hiPS细胞上发现过，很多时候如果
GFP自带promoter的话，这个promoter有被随机沉默的可能性。另外即使是把GFPknock-
in到某个蛋白的内部，也是有可能被沉默掉，这个我听一个中科院的人讲过，机理不清
楚）。对于第二种可能性，因为他是用磷酸化酶处理oligo，很有可能这个处理不完全
，还含有大量未被磷酸化的oligo，他的对照应该是那种没有通过磷酸化的oligo，确保
不是因为RNA破坏了mRNA。还是等他们的基因组测序结果吧 |
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t**m
发帖数: 158 | 33 13位科学家实名呼吁对韩春雨启动调查：为了中国学界的名声
澎湃新闻记者 王盈颖 康宁 王灿 虞涵棋
2016-10-10 23:17 来自 能见度
这是一场和时间的赛跑。这场赛跑赌上的，是中国学术界在国际上的名声。
一切源于2016年5月2日，河北科技大学副教授韩春雨课题组在国际顶级期刊《自然-生
物技术》上发表了NgAgo基因编辑技术的论文。刚发表时，NgAgo被认为是新一代基因编
辑工具，可媲美此前有“基因魔剪”美称的CRISPR技术，被国内部分媒体誉为“诺奖级
”学术成果。 然而，之后的故事急转直下，全球数百家实验室，历时5个月的时间，没
有一家宣布能重复成功。质疑声越来越大，韩春雨不作正面回应，却收获接连的荣誉：
河北科协副主席、美丽河北最美教师、100万元国家自然科学基金……受惠于NgAgo技术
，河北科大获得了河北发改委2.24亿元的财政拨款，用于建设河北科技大学基因编辑技
术研究中心。
“是时候了，”北京大学生命科学学院教授魏文胜对澎湃新闻（www.thepaper.com）、
中国青年报表示，科学家有必要站出来表达看法。“处理不好的话，会严重影响中国科
学家的声誉。”魏... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 34 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 35 作者：汤波
来源：中国科学报
2017年8月2日，《自然-生物技术》发布声明称，撤回韩春雨团队于2016年5
月2日发表在该期刊的论文，该论文撤回是韩春雨团队主动申请的，这一轰动一
时，争议长久的事件终于可以平息了，但是科学家们探寻新的基因编辑技术的脚
步不会停息。
基因编辑技术不断创新
今天，基因编辑技术看起来“无所不能”，其实它也是一步步不断发展完善
起来的。
上世纪九十年代，一种名为锌指核酸酶（ZFN）技术诞生，锌指核酸酶包括
锌指蛋白和核酸内切酶两个组成部分，前者负责识别基因组DNA中特异序列，后
者则负责将DNA切断，利用细胞自身DNA损伤修复功能，实现对目的基因的修饰。
由于ZFN技术能像Word软件编辑文字一样对目的基因进行修改，较之前的同
源重组技术大幅提高了基因敲除的效率，从而被称为第一代基因编辑技术，其在
随后十多年里独领风骚。
不过ZFN技术并不能对基因组中任何位点进行修改，脱靶效应较高，也就是
存在较多的非特异编辑，而且构建成本高且费时费力，到2009年，科学家们又开
发出另一种与其类似的基因编辑技术体系，即类转录激活样效应因子核酸酶
（TALEN）技术，是第二... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 36 ·方舟子·
1996年克隆羊多莉诞生后，人们马上想到，能不能克隆人？“能不能”有两
层意思：伦理上允不允许？技术上可不可行？我当时曾写过文章论证，认为从宗
教、伦理的角度反对克隆人是站不住脚的，反对克隆人的理由能成立的只有技术
障碍：因为成功率太低，或者结果不安全，不能贸然去做。
人和绵羊都属于哺乳动物，但是亲缘关系还是比较远的，克隆羊能成功，克
隆人就不一定。我们不能草率地拿人做实验，想要证明克隆人可行，首先要能克
隆出猴子出来。人和猴子都属于灵长类，亲缘关系很近，能在猴子身上做出来的，
一般也就能适用于人。
但是在多莉之后，虽然有二十多种动物都被克隆出来了，各国多家实验室克
隆猴的尝试却都失败了。现在，中国科学院神经科学研究所研究人员克隆出了两
只猴子，轰动了世界。别人都做不出来，他们为什么做得出来呢？
我们这里说的克隆，指的是体细胞克隆。从一个供体的体细胞取出细胞核，
把它移植到去掉了细胞核的卵子中（或者让供体体细胞直接与去核卵子融合），
再让这个卵子发育。但是体细胞是已经分化的细胞，里面的基因组发生了很多变
化，跟没有分化的胚胎细胞里... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 37 你对乙肝一知半解，还是先别误导了，楼上那位医师说的没有问题。
HBV不存在整合到人类基因组的问题（并不是说完全不整合，比例非常低，而且最关键
的是，整合到基因组中的HBV就失活了，没有继续复制的能力了），乙肝病毒的复制酶
也没有“将乙肝病毒整合到人体染色体之中”这个功能，而只是复制HBV病毒本身而已
。你基本上把HIV和HBV混为一谈了（HIV的整合酶而不是聚合酶，可以将HIV整合入人类
基因组中）。
HBV病毒在肝细胞中会产生游离于基因组之外的cccDNA分子，这是所有病毒复制的源头
，而目前所有的抗病毒药物对于这个cccDNA没有作用，这也是为什么乙肝无法彻底治愈
的原因，在这个层面上你说的有一部分是正确的。
但是无论如何，对于LZ母亲的情况，眼下需要抗病毒治疗是无疑的，否则肝纤维化会进
一步加剧，不控制有很大的可能进一步发展为肝硬化和肝癌，这在流行病学中已经得到
大量的印证，尤其对中老年人，切切慎重。
楼上那位医师说的很对，对于这个年纪，干扰素治疗不是首选，原因很多不赘述。服用
核苷类抗病毒药物应该是理性的选择，耐受性好副作用相对小，唯一的问题是耐药性的
可能。拉米夫啶和阿德福韦... 阅读全帖 |
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s*****e
发帖数: 18 | 38 生物芯片的应用
美国科学促进会将基因芯片技术列为 1998 年度自然科学领域十大进展之一，足见其在科
学史上的意义。现在，基因芯片这一时代的宠儿已被应用到生物科学众多的领域之中。它
以其可同时、快速、准确地分析数以千计基因组信息的本领而显示出了巨大的威力。目前
在文献上可查到的生物芯片的应用有基因表达谱、HLA分型、SNP分析、丙型肝炎分型、物
种鉴定、DNA测序、连锁不平衡作图、HIV-1诊断、BRCA1突变分析、炎症分析、线粒体基因
组分析、囊性纤维检测、地中海贫血症突变检测、寡核苷酸间相互作用研究，等等。在基
因表达检测的研究上人们已比较成功地对多种生物包括拟南芥、酵母及人的基因组表达情
况进行了研究，并且用该技术（共 157,112 个探针分子）一次性检测了酵母几种不同株间
数千个基因表达谱的差异。实践证明基因芯片技术也可用于核酸突变的检测及基因组多态
性的分析，例如对人 BRCA Ⅰ基因外显子 11、 CFTR 基因、β-地中海贫血、酵母突变菌
株间、HIV-1 逆转录酶及蛋白酶基因（与 Sanger 测序结果一致性达到 98%）等的突变检
测，对人类基因组单核苷酸多态性 |
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k**h
发帖数: 2929 | 39 我来用中文说吧，我想senegal问的主要问题在于病毒在宿主细胞里的寿命。这里需要提
到一个概念基因组整合，某些病毒在侵染宿主细胞后需要将自身DNA整合到宿主的基因组
里，然后通过宿主的表达机制来合成和复制自身，代表的病毒就是逆转录病毒，如HIV；
但是它们并没有所谓“一次感染终生带毒”的能力，高等动物的免疫系统可以清除大部份
“外来”的蛋白（当然艾滋病毒把免疫系统破坏了，所以死翘翘），而且细胞在复制的时
候这些外来基因虽然会一起复制，但是会在纠错机制和其他未知机制的作用下部分丢失，
几代之后就几乎没有了。只有很少数的病毒片断能保存下来，甚至传给后代，不过它们大
多无害，事实上，在千万年的进化中，人的基因组里还是留下了许多病毒的痕迹，你我身
上可能都有。
另一些病毒没有基因组整合能力，它们侵入细胞之后是直接表达复制，包括冠状病毒在内
，这些病毒在宿主中的存活时间就取决于免疫系统什么时候把它们清除了。
另一个问题是病毒的毒理，这个我不太在行，我只知道不同种病毒的毒理效应差别很大，
不能拿个HIV来类比所有的病毒。希望有专家来讲解一下。
总之那篇文章的作者对病毒学一知半解，并大量用臆测来代 |
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R******d
发帖数: 1436 | 40 问题是这样的：
首先，发现了基因组中具备某种特征的基因会聚集在一起（clustering）。用的是
simulation的方法，构建一个统计量，计算基因组的真实值。然后把基因组中的基因顺
序打乱，重新计算这个统计量。得到的p值显著。
其次，又发现了基因组中的某个特征会导致基因聚集。也是用上面的simulation的方法
，也是显著的。但是用的是另外一个统计量，这个统计量计算方法和前面一个统计量差
别比较大，没有可比性（因为用的数据不同）。
现在想知道的是，在两个都用simulation，而且构建的统计量不同的情况下，如何知道
扣除第二个的影响后，第一个统计量还是显著的？
多谢了。 |
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p********a
发帖数: 5352 | 41 ☆─────────────────────────────────────☆
Rainbird (落汤鸟) 于 (Tue Aug 24 02:47:48 2010, 美东) 提到:
问题是这样的：
首先，发现了基因组中具备某种特征的基因会聚集在一起（clustering）。用的是
simulation的方法，构建一个统计量，计算基因组的真实值。然后把基因组中的基因顺
序打乱，重新计算这个统计量。得到的p值显著。
其次，又发现了基因组中的某个特征会导致基因聚集。也是用上面的simulation的方法
，也是显著的。但是用的是另外一个统计量，这个统计量计算方法和前面一个统计量差
别比较大，没有可比性（因为用的数据不同）。
现在想知道的是，在两个都用simulation，而且构建的统计量不同的情况下，如何知道
扣除第二个的影响后，第一个统计量还是显著的？
多谢了。
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cgukevin (kevin) 于 (Tue Aug 24 12:50:54 2010, 美东) 提到:
你说的simulat |
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m***f
发帖数: 1622 | 42 http://baike.baidu.com/view/2564830.htm
苏珊·霍克菲尔德第十六任麻省理工学院(MIT)校长，也是麻省理工建校以来第一
位女校长，美国艺术与科学院院士。她首开在脑研究方面使用单克隆抗体技术的先
河，发现了导致癌细胞在脑内扩散的蛋白质家族和基因。
苏珊·霍克菲尔德，第十六任麻省理工学院(MIT)校长，也是麻省理工建校以来第
一位女校长，美国艺术与科学院院士。现生在神经生物领域，她一直致力于哺乳动
物脑发展的研究，尤其在致命性的神经胶质瘤方面有所成就 。她首开在脑研究方
面使用单克隆抗体技术的先河，发现了导致癌细胞在脑内扩散的蛋白质家族和基因
。她是美国科学发展学会会员，美国神经生物学学会会员。先后担任《神经科学杂
志》、《学习与记忆》等杂志的编委。苏珊·霍克菲尔德（SusanHockfield）自
2004年12月起任麻省理工学院第16任校长以来，一直大力倡导和推动科学技术以及
研究型大学在世界事务中发挥重要作用。霍克菲尔德1985年在耶鲁大学教授神经生
物学，1994年被评为正教授。她在耶鲁大学度过了19个春秋的学术生涯，曾经先后
担任其研究生院院... 阅读全帖 |
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b*****h
发帖数: 3386 | 43 ☆─────────────────────────────────────☆
badfish (badfish) 于 (Mon Jul 20 13:55:04 2009, 美东) 提到:
内线朋友告诉我，是因为很多科研机构的刺激计划的拨款还未落实，预定的设备被暂时
halt了。 导致上个季度miss。 在第4季度应该恢复。
现在这个股比前一个月下降了25%， 我正式建议大家用自己的投资账号或退休账号
buy on dip。 这是未来几年的明星企业， 在新一代测序技术问世并商业化前，
Illumina将统治这个行业至少3-5年。 我今天入1/2仓。
☆─────────────────────────────────────☆
pippo (pippo) 于 (Mon Jul 20 14:03:44 2009, 美东) 提到:
用投资帐号or退休帐号means real-long-term play？
☆─────────────────────────────────────☆
badfish (badfish) 于 (Mon Jul 20 14:13:... 阅读全帖 |
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s****l
发帖数: 10462 | 44 ILMN,LIFE,PACB,GNOM, which one will you go for?
HLCS is certainly out.
Forbes Scans the Future of Sequencing
December 30, 2010
Type size:
-
+EmailPrinter-friendly versionRSS FeedIn its Jan. 17, 2011 issue, Forbes
magazine examines "Jonathan Rothberg's desktop decoder," and reports on the
potential for hackers to harvest sensitive data generated by "cheap gene
scans." In describing Life Technologies' Ion Personal Genome Machine, Forbes
' Matthew Herper calls it "the machine that could change your... 阅读全帖 |
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a****o
发帖数: 1786 | 45 《Nature》: “垃圾”DNA的新启示
新手指南大全导航帖【看完本贴，就能玩转星荧】
虽然名为“Junk DNA”但实际上，很多科学家已经为这些重复序列DNA正名了，垃圾DNA
不仅不再是无用的基因组序列，反而成为具有多种功能的重要序列，比如说，垃圾DNA
曾被发现对人类的进化具有重要的作用，Nature的一篇文章又发现垃圾DNA的新功能，
文章Targeted deletion of the 9p21 non-coding coronary artery disease risk
interval in mice解析了垃圾DNA与心脏疾病的可能关联。
参与研究的有来自美国国立Lawrence Berkeley实验室基因组研究部，美国能源与基因
组研究所，美国西南医学中心遗传分子实验室，内科研究实验室的科研工作者。通讯作
者是来自Lawrence Berkeley实验室和能源与基因组研究所的Len A. Pennacchio教授。
在基因组中存在有一部分不能表达蛋白的非编码序列，有很长的一段时间科学家们没有
认为这些非编码的作用，因此，这些重复的DNA片段被冠以垃圾DNA（Junk |
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a****o
发帖数: 1786 | 46 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: dfbb (东方不败), 信区: Biology
标 题: next generation sequencing technology
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 23 21:30:45 2010, 美东)
1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
（consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
$250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
的计划是
￥5,000）。
这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
Illumina
Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
（PacBio），Complete |
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s*****n
发帖数: 1636 | 47 大脑是人体最复杂也是最神秘的器官，迄今为止，人类对于大脑是如何运作仍只是一
知半解。早在上个世纪90年代，美国总统老布什就提出了“脑的十年”计划，其后日本
、欧洲等相继跟进，对大脑开展了深入研究。
刚刚开始第二任期的奥巴马，将解开大脑之谜作为美国科技发展的重点，并欲借此
振兴美国经济。《纽约时报》称，奥巴马政府酝酿的这项宏大计划堪与人类基因计划相
媲美，其最终目标是绘制出完整人脑活动地图,并全面解开大脑之谜。
1 堪比人类基因计划
据报道，奥巴马计划在下个月商讨政府预算草案时，正式提出这项名为BAM (大脑
活动地图）的科研计划。这项计划将专门针对人类大脑的思维活动进行研究，并尽可能
绘制出完整的大脑活动地图。
该计划的参与者将包括联邦机构、私人基金会，以及神经科学家和纳米科学家组成
的团队。他们将共同努力，增进人类对人脑中近千亿个神经元的认识，更好地了解人类
的知觉、行为，并最终解开人类意识之谜。
科学家对这项计划抱有很高期望，项目如果成功，一些与大脑相关的疾病诸如阿尔
茨海默氏病、帕金森氏症、自闭症等,将得到准确定位，从而为寻找新的治疗方法提供
可能。
此外，绘制人脑地图，将有可能... 阅读全帖 |
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o***s
发帖数: 42149 | 48 世界首例古人类全基因组的深度序列测定和解读工作，近日由中国深圳华大基因研究院和丹麦哥本哈根大学联合创建的中丹基因组联合中心完成。科学家的研究成果以封面故事的形式在2月11日出版的国际科学期刊《自然》上发表。
论文中的古人类样本来源于一个被称为“萨卡克（Saqqaq）”的人类群体，约在4750年前至2500年前居住于格陵兰岛，其后灭绝。数年前，科学家从格陵兰岛永冻层中发现了一名约生活在4000年前的Saqqaq古人的头发样本，随即开展了各项研究工作。2009年，中丹两国科研工作者成功从该头发样本中提取出细胞核DNA碎片并进行了测定，经过艰苦的组装和序列分析工作，证明来自格陵兰岛的Saqqaq古人的遗传信息比公认的美洲原住民（主要是印第安人和因纽特人，同属黄种人）更加接近于现代东亚和西伯利亚人群。
这一研究以强有力的数据证明，在现代美洲原住民迁徙到美洲之前，还有更早一批的黄种人群体经西伯利亚迁徙到美洲，为这一人类演化历史中的重大问题提供了根本证据。非常有趣的是，科学家通过对其基因组序列的仔细分析，推断出这一4000年前的古人应该具有在亚洲人中常见的A型血、褐色眼睛、浓密的黑发和较干的耳蜡， |
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c***s
发帖数: 70028 | 49 前不久，意大利考古学家声称，他们在佛罗伦萨一座女修道院下面找到了可能是达?芬奇名作《蒙娜丽莎》人物原型的头骨，目前正试图提取DNA并重建此人的面容。
众所周知，DNA分子涵盖了生物遗传所需要的几乎所有信息，研究者早已发现头色、肤色、有无雀斑，眼耳口鼻的大小位置都是由基因决定的。但是以目前的技术水平，直接反映面容特征的DNA信息是零碎和不完整的。
令人惊喜的是，科学家将利用统计学手段研究人类的多个基因和面部特征的关系，一张脸将被定位成231个数据，而这231个数据都一样的两张脸是几乎不可能存在的。如此，我们便有望建立DNA信息决定面部特征的模型。
DNA虽然为法医鉴定提供了极大的便利，但是事实上，德国、比利时以及美国的印第安纳州和怀俄明州明确规定了该手段的非法性。毕竟DNA推断仍可能百密一疏，更何况DNA信息的本质涉及个人的隐私问题。
据英国《每日邮报》5月19日报道，由意大利考古学家希尔瓦诺?文塞提（Silvano Vinceti）教授所领导的团队日前在佛罗伦萨圣厄休拉修道院遗址下面的地窖中挖掘出了一副头骨，目前正试图提取DNA并重建此人的面容。此人的遗体如此受到重视的原因在于她或许就... 阅读全帖 |
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o***s
发帖数: 42149 | 50 以下图片由尼克莱兰姆提供：
从我们的智人祖先到现在，人类的相貌发生了很大的变化。比如在80万年前到20万年前这段时间里，地球气候发生了急剧的变化，而同一时期人类的大脑和头骨也变大了两倍，致使面部开始扁平。未来人类的生理学特征将如何变化，特别是在像谷歌眼镜等全新可穿戴技术改变我们对身体和脸部的使用方式的情况下？艺术家兼研究人员尼克莱兰姆（NicolayLamm）和一名计算遗传学者合作，向我们展示了未来2万年、6万年和10万年人类的长相。
兰姆表示，这是“其中一个可能的时间轴。”感谢受精卵基因组工程技术，未来的我们将拥有控制人类生物学和人类进化的能力，一如我们现在驾驭电子来供给我们所处的这个世界供能一样。
兰姆还提到了人类自然进化和改变人类生物学特征以满足我们自身需求之间“势均力敌的抗争”。绘制未来人类样貌图像的想法来自于和艾伦关（Alan Kwan）博士的谈话。关博士是华盛顿大学的计算基因组学博士。（兰姆的研究项目还受到了MyVoucherCodes.co.uk网站的赞助，他在该网站上设有个人博客。）
关博士对未来人类样貌的预测基于三点：未来生活环境、气候和技术发展。他认为，一个重要的变... 阅读全帖 |
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