发帖数: 1 | 1 记者10日从重庆市新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会获悉，重庆日前开展了24例新冠肺
炎患者样本基因测序，获得8株新冠病毒全基因组序列。结果显示，其与武汉流行的病
毒高度同源，表明病毒在重庆流行没有发生大的变异。
重庆市疾控中心副主任唐文革介绍，该市在2011年就已建成生物安全三级实验室，具备
了高致病性微生物检测能力。疫情发生以来，重庆强化传染源发现和溯源，较早发现病
例潜伏期、无症状感染者具有传染性，出院病例核酸检测阳性，粪检阳性病例等情况。
疫情发生后，重庆建成以市疾控中心实验室为龙头，区域疾控中心实验室为补充，各区
县疾控中心、具备条件的各类实验室为成员的87家实验室网络。在全国率先实施市疾控
中心复核病例阳性结果一致后，认可各区县实验室的检测结果，极大缩短了病例确诊时
间。
唐文革说，疫情发生以来，针对社区病例和家庭传播现象，重庆及时实施公告确诊患者
行动轨迹，对密切接触者原则上实行集中医学观察等措施，有效阻断了传播。重庆市疾
控中心疫情防控组每天开展疫情分析和研判，数据处理累计达到5000余万条，提交相关
疫情分析、报告140余份，为重庆全市防控工作的精准施策提供了有力的技术支... 阅读全帖 |
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m*****i
发帖数: 628 | 2 去UCSC 看了一圈， 只有conserved region的SNP才有 phastCons46way score.
我想知道 整个人基因组的平均 phastCons46way, 去哪里查、算？
谢谢! |
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J******e
发帖数: 507 | 3 有懂行的展开说说这个人类基因组成果到底应用在哪儿？医学上有突破性的进展吗？
中国获得了多大的利益？ |
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J******e
发帖数: 507 | 4 有懂行的展开说说这个人类基因组成果到底应用在哪儿？医学上有突破性的进展吗？
中国获得了多大的利益？ |
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d******d
发帖数: 1 | 5 剑桥—苏大基因组研究中心是由苏州大学与英国剑桥大学Sanger研究所合作建立，依托
Sanger研究所提供的资源，建立起干细胞资源中心，以此成为一个提供干细胞、疾病模
型以及基因功能解析技术的生物技术平台。
Cam_Su GRC因发展需要，面向海内外诚聘中级以上职称人员5-6名。有关招聘事宜
具体公告如下。
一、招聘岗位：
讲师（助理研究员）、副教授（副研究员）、教授（研究员）
二、工作内容：
主要从事干细胞研究、小鼠制备以及表型分析与数据库的相关工作。
三、招聘基本要求：
1、具备从事科学研究的道德素养、良好的思想政治素养、团队合作精神和奉献精
神；
2、爱岗敬业、勤奋踏实、有强烈的事业心和责任感；
3、应聘者须具有国内外高校或科研院所博士学历、学位；
4、身心健康。
四、岗位具体要求：
1、在干细胞、小鼠制备、小鼠表型分析、转化医学与产业化方面有相关背景
2、具有良好的文字运用和口头表达能力，有较强的英语运用能力，具备良好的思
维能力
五、应聘材料：
1. 个人简... 阅读全帖 |
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s****r
发帖数: 1446 | 6 求审稿机会, 植物分子生物，基因组，遗传方向
现在急等增加篇数，只差这一项太少，保证尽心尽力，万分感激！！ |
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s****r
发帖数: 1446 | 7 求审稿机会, 植物分子生物，基因组，遗传方向
现在急等增加篇数，只差这一项太少，保证尽心尽力，万分感激！！ |
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l********3
发帖数: 248 | 8 正在申请绿卡，已签合同并缴费。律师要求至少有11篇审稿，现在才有5篇，也跟自己
的老板和很多杂志的主编发信，都说可以，可是到现在都没有给我审稿机会，比较着急。
背景：系统与进化植物学，分子进化，基因组进化，发育生物学。
已发表文章8篇，2篇在审稿中，其中一个是Nature Communications.
已经帮New Phytologist, BMC Plant Biology, Journal of Genetics and Genomics,
Agronomy Journal审稿，共计5次。
谢谢大家能给我一些审稿机会，不胜感激。
请发站内信，我会给您发我的简历，谢谢！ |
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s****n
发帖数: 123 | 9 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: sloven (青丝秀发缘系百年), 信区: JobHunting
标 题: 华大基因在UC Davis的基因组中心现招聘实验员
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jul 6 15:47:33 2012, 美东)
前几天的帖子不知道为什么被删了。再贴一次，要是不符合规矩，请版主提醒。有兴趣
的请站内回复，询问更多信息。
BGI Americas has a job opening at BGI@UC Davis genome lab, located at UCD
Medical School in Sacramento. Please see below description for detailed
information.
关于华大基因 http://www.genomics.cn/en/index
关于北美华大基因 http://bgiamericas.com/
华大基因在UC Davis的实验室 http://research.ucdavis.edu/bgi
Laboratory Technician... 阅读全帖 |
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H********g
发帖数: 43926 | 10 现在全基因组测序这么快？
我猜应该是跟23&me那样做了套定点分析吧。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 11 单细胞全基因组测序现在质量很差的，gap和错误会非常多。我估计有把握就是能够检
测一些大的片段缺失，看点突变是很没有把握的
卢光琇一直很能炒，这次是放了个大炮竹 |
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H********g
发帖数: 43926 | 12 那为什么人基因组里到现在还是一半都是垃圾？为啥没有选出来编码效率更好的？ |
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H********g
发帖数: 43926 | 13 如果给人装个超级兔子，把人基因组里的垃圾清一清，究竟是会做出来轻装版的人，还
是会把人搞死机？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 14 这种乱插入扩大基因组容量速度快啊；而且无数重组造成各种缺失和重复
突变。尤其是重复突变，一个功能基因变两个，其中一个可以保留功能，
另一个可以随便开发新功能 |
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t****p
发帖数: 1504 | 15 在过去的4000年里，生活在青藏高原上的牧民依赖牦牛而不是普通的牛来驮载货物。虽
然牛和牦牛有紧密的关系——仅仅在490万年前，这两者才开始出现分离，同一时间，
人类和黑猩猩也“分道扬镳”，但是驯养的牦牛却能够更好地适应这一地区的极端海拔
高度——牦牛能够生活在超过4500米的高海拔地区。
最近一项新研究中，研究人员揭示了牦牛这项生存能力背后的遗传学因素。研究人员通
过对已驯化的雌性牦牛的基因组研究，发现牦牛的几个基因让它能够更好地适应高海拔
地区的生活。相关研究成果在线发表于《自然遗传学》杂志。
研究显示，有三个基因能够帮助这种动物调节其身体对于高海拔地区氧气不足或缺氧情
况的反应，另外五个基因则能帮助它最优化利用其从食物中获得的能量——高原上，食
物也十分缺乏。
研究人员还表示，通过研究在高海拔地区生活所需要的基因，科学家或许能够找到办法
以更好地治疗和预防高空病以及与缺氧有关的并发症，例如高海拔脑水肿和高海拔肺水
肿等，这些疾病对人类有致命影响。(生物谷Bioon.com）
doi：10.1038/ng.2343
PMC:
PMID:
The yak genome and ada... 阅读全帖 |
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t****p
发帖数: 1504 | 16 在过去的4000年里，生活在青藏高原上的牧民依赖牦牛而不是普通的牛来驮载货物。虽
然牛和牦牛有紧密的关系——仅仅在490万年前，这两者才开始出现分离，同一时间，
人类和黑猩猩也“分道扬镳”，但是驯养的牦牛却能够更好地适应这一地区的极端海拔
高度——牦牛能够生活在超过4500米的高海拔地区。
最近一项新研究中，研究人员揭示了牦牛这项生存能力背后的遗传学因素。研究人员通
过对已驯化的雌性牦牛的基因组研究，发现牦牛的几个基因让它能够更好地适应高海拔
地区的生活。相关研究成果在线发表于《自然遗传学》杂志。
研究显示，有三个基因能够帮助这种动物调节其身体对于高海拔地区氧气不足或缺氧情
况的反应，另外五个基因则能帮助它最优化利用其从食物中获得的能量——高原上，食
物也十分缺乏。
研究人员还表示，通过研究在高海拔地区生活所需要的基因，科学家或许能够找到办法
以更好地治疗和预防高空病以及与缺氧有关的并发症，例如高海拔脑水肿和高海拔肺水
肿等，这些疾病对人类有致命影响。(生物谷Bioon.com）
doi：10.1038/ng.2343
PMC:
PMID:
The yak genome and ada... 阅读全帖 |
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p*****n
发帖数: 981 | 17 ☆─────────────────────────────────────☆
stlstl (射天狼) 于 (Thu Jan 18 18:02:36 2007) 提到:
有什么方便快捷的方法把几个已知的蛋白的上游基因组序列拿出来？
这些蛋白是有NCBI ID的。UCSC genome 倒是能找到一些，但是有些非模型物种的蛋白
就找不到了。
☆─────────────────────────────────────☆
puppeteer (减肥中的河马) 于 (Thu Jan 18 19:37:47 2007) 提到:
Chromosome walking?
☆─────────────────────────────────────☆
stlstl (射天狼) 于 (Thu Jan 18 21:59:44 2007) 提到:
sorry, i mean electronically to find the sequence. any idea? Thanks.
☆─────────────────────────────────────☆
BM |
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p*****m
发帖数: 7030 | 18 基因组所是03年的时候中科院招安部分华大基因成立的所 之前的华大基因是个民营
企业。之后剩下那部分华大基因还存在 而且还跑到了深圳做的更大了。那些illum
ina都是华大买的BGI |
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p******n
发帖数: 874 | 19 一个人的样品的数据总量就几乎超过以前世界上元基因组的数据总量之和
Are you kidding me? Even for human genome, at the end of last year, we have
at least dozen of. With all other species considered, it's just plain
false.
Running those 128 machine is not cheap. running those analysis is not cheap
either. |
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l***m
发帖数: 26 | 20 bioinformatics 难道值得就是测序？？恐怕是国外人聪明吧。中国你拿大把的钱去测
吧，国外的就说数据库公开吧，他们就开始数据挖掘了。国内数据挖掘能力弱吧，不清
楚~~。
真要看bioinformatics的水平还是要看谁从中发现有用的东西，而不是xxx基因组被测
完了，然后公开。这是浪费纳税人的钱。 |
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c*******y
发帖数: 161 | 21 各位朋友，我刚开始接触生物信息，想对两株细菌的全基因组序列和蛋白质序列进行比
对，找出两株细菌之间的差别，有哪位朋友知道什么软件可以解决这个问题，并请说明
一下具体怎么安装、怎么使用?多谢了,我的邮箱g***********[email protected] |
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c*******y
发帖数: 161 | 22 非常感谢您的回复,我的两个基因组序列有4MB多,估计有上千个基因序列,所以只能用
offline版本,可否告知如何下载,我去网站上看了,不知道在那里能下载这个程序,多谢! |
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a*****f
发帖数: 30 | 23 要扩增的基因组片段2kb，GC含量44%左右，看起来不是难P的那种。我用的是
invitrogen的Pfx高保真酶，设计了6对引物，结果都没P出来。后来尝试过提高镁离子
浓度，降低退火温度，结果还是P不出来T T
恳请达人指点该怎么办，多谢了bow |
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t*****z
发帖数: 1598 | 24 我现在有一个机缘巧合，可以去做进化分析的博士毕业课题，做的是某种跳蚤，大概工
作内容就是满世界采样，回家做PCR搞出序列来，用电脑建树。我的背景是传统的分子
细胞生物学，对于纯生物信息学的进化分析有不错的基础，但是对field work和跳蚤进
化并无兴趣。我的一厢情愿是通过做这个课题，加强自己的生物信息学知识技能和经历
，以后做博士后，往基因组学等其他更加实用的生信方向转移。很想知道这样的想法靠
谱吗？从跳蚤进化到肿瘤样本的转录组分析，有多远的距离呢？大家觉得呢？ |
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t*****z
发帖数: 1598 | 25 厚颜地自顶一下，纠结啊，感觉国内基因组学很火的样子。 |
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s*******r
发帖数: 92 | 26 搞下一代基因组测序怎么样？ 有一个老板在招千老，不是很了解这个方向，请教各位
高人。
谢谢。 |
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s*******r
发帖数: 92 | 27 没有bioinformatics背景，就分子生物学专业博士毕业。
不知道搞“下一代基因组测序”都是干什么？
请高人指点。谢谢/ |
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s*******r
发帖数: 92 | 28 “下一代基因组测序”的千老就是干wet lab work？
干这个以后能在工业界找到工作吗？
请您指点？ |
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r**********e
发帖数: 587 | 29 我也觉得这回复太搞笑了。要注明是你个人的经历/想法，不然容易误导别人。
NGS说的笼统点就是公司produce了一大堆基因组数据，那么需要bioinformatician这样
的人才，不仅有使用计算机（coding）来处理这些数据的能力，同时懂得生物、能从这
些数据中挖掘biological story。Scientifically来说，对于喜欢交叉科学的人是个很
好的选择。（或者心不灵，手不巧，做不了bench work的）
另外，sequencing的成本不断降低，已经低于储存大量data的计算机硬件的成本；所以
很看好这一行，因为想想以后如果每个人都可以sequencing自己的基因数据，这种
personalized medicine肯定火了起来、成为一种产业，就有无数的机会等着
bioinformatician去忽悠了（遗传咨询啥的）。说白了也就是门手艺，技能了。另外，
如果sequencing产生的数据量进一步增大，加上personalized medicine的趋势，那么
或许会带动新一轮的计算机的发展。
个人看法了。本人还只是个本科生level的混混，所以还请前辈指教了... 阅读全帖 |
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j*****d
发帖数: 787 | 30 死的那天肯定在想，被忽悠了，就算整基因组测序，其实也真没有什么用处。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 31 这位战友，你早说你就2个样本啊，而且还比较宝贵，那就更应该考虑kit了。不过允许
我嘲笑一下读书读傻了都，呵呵。
最简单的办法，打个电话给公司，直接要一个demo，大部分公司（尤其中小公司）都会
屁颠颠的立即给你寄一个4-10个样左右的demo kit，足够你用的了。而且这种基本试剂
盒原理简单，不存在不同公司效率差别很大的可能，放心使用，比你用传统酚仿抽提肯
定靠谱。
对BTW，于提取基因组DNA，基本上组织样本和培养的贴壁细胞没有本质差别，以前的
protocol都是一致的，现在的kit也都是两者通用。
kit
酶K |
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W*********n
发帖数: 775 | 32 mRNA数据库里面CDS前面的那部分肯定就是5‘UTR， 因为我觉得那些mRNA都是剪切过的
成熟mRNA.现在我所序列是从基因组测序出来的原始序列，我需要首先确定这个基因表
达的时候，从DNA转录到RNA从哪个位点开始的，然后转录出的RNA在哪些地方剪切去掉
内含子，然后剩下的就是成熟mRNA. |
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W*********n
发帖数: 775 | 33 这是个好办法，但是我觉得通过基因组测序的序列分析，也应该大致找出来需要的序列。 |
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p**i
发帖数: 3525 | 34 细菌的或酵母的，有卖的吗? 一般都是靠什么途径得到? 它们的确切基因组序列有公布
吗?
有知道的行家请指点一下，谢谢! |
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m*****i
发帖数: 628 | 35 去UCSC 看了一圈， 只有conserved region的SNP才有 phastCons46way score.
我想知道 整个人基因组的平均 phastCons46way, 去哪里查、算？
谢谢! |
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m*******n
发帖数: 387 | 36 如果不用retrovirus，直接转个质粒进去，用puromycine筛的话
这种stable cell line，基因是在基因组上吗？ |
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j******i
发帖数: 939 | 37 是的。凡是DNA载体，不管是非插入病毒还是plasmid载体, 都有部分会随机插入基因组
的。这种整合效率很低，一般为0,01-1%. 不想接触病毒，又想获得高整合效率，可以
考虑使用转座子系统，比如sleeping beauty or piggybac. |
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b***q
发帖数: 18 | 38 职位职责1、从事基因组学相关项目的研发及服务;2、落实项目的进度目标,保证项目的
正常实施,优质高效地完成项目任务.3、做好项目的基础管理工作,保存各文件,记录,数
据等资料;4、及时准确与负责人沟通项目进展,提供技术支持;
5．英文六级以上；
6. 较强的英文听说写作能力。
应聘要求：1、医学或生物学硕士及以上学历；2、熟练阅读中、英文资料，独立完成实
验方案的设计及实施.
北京安必奇生物科技有限公司是由一批资深留学归国人员创办的生物制药服务公司。公
司依托深厚的国际资源背景、经验丰富的留美科研人员致力于生物制药服务并为客户提
供项目解决方案。公司现有服务内容主要包括应用杂交瘤技术生产单克隆抗体、利用噬
菌体展示技术筛选人源抗体，以及抗体亲和力成熟、人源化等抗体基因工程，蛋白表达
、纯化，多克隆抗体制备以及细胞工程等相关服务。此外，公司还可提供多种抗体的大
规模表达服务，如scFv、Fab、双价抗体的原核表达，IgG抗体、嵌合抗体、小分子抗体
的哺乳动物细胞表达等，在业界具有较强的技术优势和价格优势。
2010年，单克隆抗体全球销售额将达到260亿美元，我国也将达到50亿元人民币的
... 阅读全帖 |
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f******g
发帖数: 1003 | 39 楼上说的有道理，我确实对这个课题不清楚，这个帖子如果对王俊等人造成不好的影响
，我道歉。
但是这个帖子也有好的一面，就象饶大嘴尖锐的批评一样，把很多人不敢说或者不愿说
或者不明白的说出来，然后通过明白人的解释，大家也就了解了。
我相信不知道或者对千人基因组课题了解很少的同学有很多。 |
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w*****t
发帖数: 179 | 41 在用MINI CircLE 做重组质粒，用氯化铯做分离沉淀后总是有细菌基因组的污染，用了
PLASMID SAFE DNASE 也不管用，请问大家有什么好的建议，多谢。 |
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j*****q
发帖数: 82 | 42 sybr green的方法。primer express设计的引物， 没hairpin，没dimer，在载体上扩
增很漂亮，线性化也很好。但是拿到基因组DNA上扩增就很差。 不同的底物浓度的ct值
很接近，而且都偏大，28，29的水平。
这样的现象能是什么问题呢？引物本身的问题吗？
多谢了 |
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j*****q
发帖数: 82 | 43
gDNA
这个能用已有的primer pair来找在template上的非特异性结合？
可是偶的template还没有全基因组序列呢。不是human，也不是mouse。
其实有特异性结合扩增问题不大的，因为probe也是specific的。 |
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G*****h
发帖数: 320 | 44 如果primers 的特异性很好，没有杂带，没有intons，那么很可能就是target gene 本
身的拷贝数就很低。
如果物种的 genome 已经测序过的，可以看看这个基因的拷贝数。也可以算一下一个细
胞的 DNA 大概是多少 DNA，然后算算你放进去的DNA的量可以折算成几个拷贝。
一般1个bp 大概 10^(-9) pg。1 Mb gDNA ～1 fg。如果一套基因组大小是 1 GB，那么
～1000 fg ＝ ～1 pg。如果你放了 10 ng，单拷贝的基因就是 10^4 拷贝。
当然 genome PCR 的条件也需要 optimized。比如先要 95 C denature 5 min，前面的
一些 cycles 的annealing 和 extension 的时间长些，等等。
再就是根据你 amplify plasmid的结果（slope），看看你的 PCR amplification 的
efficiency。如果 efficiency 很低，那么大genome 里面的低拷贝的基因就更需要多
个 cycles。 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 45 “但是拿到基因组DNA上扩增就很差。 不同的底物浓度的ct值
很接近，而且都偏大”
——除了上面这么多id说的，
另外还有一个情况要注意，gDNA提取过程中很多时候会带有PCR inhibitor
有的是样品带来的（比如environmental sample可能含humic acids， polyphenols
），有的是提纯过程中引入的（比如EtOH去的不干净之类的）
所以不是模板越多就越该P出来的
很多时候稀释模板以后反而能够P出来就是这个道理
因为稀释的时候PCR inhibitor也被稀释了
你这个“不同第五浓度Ct值很接近，而且都偏大”可能就是这个因素 |
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r******t
发帖数: 135 | 46 请问是否有人做过石蜡切片的基因组测序？有哪家公司提供上述服务？
多谢。 |
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o******n
发帖数: 511 | 47 我查到的r packages多是用来作图的，好像没找到能同时比较很多基因组的呢，你能具
体说下吗？:) |
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b******1
发帖数: 1116 | 48 以前学的细胞生物学，微生物学都换给老师了。。。求解答一下概念
1）细菌的菌种鉴定中，“细菌基因组DNA抽取”， 这个DNA是不是指核糖体DNA （rDNA
, Ribosomal DNA）？ 还是任何细胞内的DNA？
2）DNA抽取后采用PCR扩增，获得DNA序列 - 16S基因DNA，那这个16S基因DNA是特指
16s rDNA序列？还是只能用16S基因DNA这个笼统的表达方法？
3)扩增的是16s rRNA还是16s rDNA? |
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r*****i
发帖数: 117 | 49 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
谢谢。 |
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F*****d
发帖数: 23 | 50 很多朋友拿到芯片或二代测序结果(Microarray, RNA-Seq, ChIP-Seq, etc)后， 第一
个问题通常是“在我的实验中那些变化的基因有什么功能？”其实有很多工具可以解决
这个问题，但大多数生物学家仍需要很多帮助。所以我写了这个简单流程，希望对大家
有帮助。也欢迎高手指正并介绍其它好工具。
英文版链接：
http://goo.gl/ZlprLJ
步骤1 。原始数据分析
大多数时间，你拿到结果时会有基本的分析文件列出所有基因的表达值。
如果你只有原始数据，那么需要用相应软件处理。比如： GCRMA/RMA 分析表达芯片，
Homer/MACS分析 ChIP-Seq, Cufflink/RSEM 分析RNA-Seq.
步骤2。筛选差异表达基因
经常你会看到结果中有Fold Change (或 log Fold Change), P-value, FDR (或
adjusted P-value 或 Q-value). 如果没有，你可以使用limma来分析芯片，用DeSeq,
EdgeR, 或CuffDiff来分析RNA-Seq.
筛选基因时我建议用Fold Chan... 阅读全帖 |
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