c***y
发帖数: 615 | 1 如果是罕见物种(基因组go term未知)的功能富集, GSEA可以用吗? |
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w*****s
发帖数: 230 | 3 谢谢。他的测序在这个地方做的，
https://www.bcm.edu/research/medical-genetics-labs/index.cfm?PMID=21319
我们家宝宝6个多月被医生诊断为晚期肝硬化，必须换肝。从PICU回家后改为食用高MCT
奶粉在家等待换肝期间， 身体状况不断改善，目前不需要立即换肝。根据我们观察，
感觉宝宝身体积累长链脂肪酸到一定程度就开始伤害他的肝。可是医生不这么认为，认
为我们观察到的只是偶然巧合，可我们认为三次了不算巧合：
第一次在PICU， 食用长链脂肪酸非常高的奶粉病情急剧恶化。
第二次回家换奶粉后，病情改善完全出乎医生预期。
第三次最近食用鸡蛋半个多月，结果去年住院前的症状重现。
在我们尽力争取下做了全基因组测序，可是没有任何有用的结果。就报告来看，孩子应
该一切健康。我们怀疑的NICCD基因报告里没有显示任何不正常。
可是有的文章说这个基因的genotype和phenotype没有确定联系。而ncbi那里似乎东西
也挺全的，没有道理不报告出来。我们是在baylor medical center做的。目前还没有
要到原始数据，而根据他... 阅读全帖 |
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l********3
发帖数: 248 | 4 正在申请绿卡，已签合同并缴费。律师要求至少有11篇审稿，现在才有5篇，也跟自己
的老板和很多杂志的主编发信，都说可以，可是到现在都没有给我审稿机会，比较着急。
背景：系统与进化植物学，分子进化，基因组进化，发育生物学。
已发表文章8篇，2篇在审稿中，其中一个是Nature Communications.
已经帮New Phytologist, BMC Plant Biology, Journal of Genetics and Genomics,
Agronomy Journal审稿，共计5次。
谢谢大家能给我一些审稿机会，不胜感激。
请发站内信，我会给您发我的简历，谢谢！ |
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g*r
发帖数: 67 | 5 污染是很难避免的。应该可以查到不少protocol声称去掉/保留plasmid，但也要先尝试
和验证。
LZ目的是基因组测序的话，也许可以在分析时区分开来。 |
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V******t
发帖数: 444 | 6 瞬时转染 质粒飘在核里面 能表达
如果有筛选标记 整合进基因组的才能被筛选下来
原理是啥？
谢谢 |
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n******t
发帖数: 1281 | 7 有三个细菌菌株需要测序全基因组。
请帮忙推荐一家性价比高的公司。
多谢！ |
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I*****h
发帖数: 470 | 9 我的电脑Corei7,内存12G，感觉好吃力啊
请推荐其他更好的软件或在线程序，需要最后能直观地显示出两个基因组的不同之处
谢谢 |
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I*****h
发帖数: 470 | 11 请一个公司做基因组测序
测完了做了de novo assembly结果还是有很多小gap，而且这个公司做不了gap closure。
请问有可以帮忙做gap closure的公司吗？
谢谢！ |
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发帖数: 1 | 12 博士做微生物信号传导，毕业后做基因组测序和后续分析。
现求相关方向审稿，请站内联系，我给您发CV，万分感谢。 |
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发帖数: 1 | 13 如果病人样品做全基因组测序，是不是都得从头拼接？
为什么？
谢谢 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 14 这个问题我也很感兴趣，期待版上高人回答。
我的理解，人跟人之间的基因组的差异还是有一些，尤其是病人的话，大家肯定想找出
差异。如果简单的把序列map到reference genome上边，有些差异比如SNP，小的indel
还是可以找得到，但是很多复杂的差异，大片段的indel、invertion什么的，也许就不
太容易找到了。
这里有篇很好的2015年的nature review：Genetic variation and the de novo
assembly of human genomes
“Short-read massively parallel sequencing has revolutionized our ability to
discover genetic variation but is insufficient to generate high-quality
genome assemblies or resolve most structural variation. Full resolution of
variation is only guaran... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 15 gibson assembly不是拼出整个线粒体基因组吗。 |
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j****n
发帖数: 3370 | 16 很早之前 整个细菌基因组久实现从头合成
去年合成了一个酵母染色体
离合成酵母全套染色体应该不远了
最近church不是在忽悠要合成整个human genome |
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p*******1
发帖数: 495 | 18 真心希望，这个Ago还能有起死回生的那一天。蛋白质指导，RNA指导，就差这个DNA指
导的基因组编辑系统了，世界如果是完美的话，必定存在这样一个DNA 指导的编辑工具
，这个概念还是很高大上的，希望这不只是一个概念。大家一起努力把它找到！！！ |
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a*********n
发帖数: 390 | 20 构建多个gRNA表达的construct，共转染干细胞，在成活细胞中筛选删除片段，然后后
代老鼠杂交，F2代筛选最小基因组
窃以为这个idea有点奇怪，因为没用的基因会在进化中丢失掉 |
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发帖数: 1 | 21 一个哲学问题：如果肝脏移植了，你还是你；肾脏移植了，你还是你；手臂移植了，你
还是你 .... 一直替换下去，到哪一刻，你就不再是你了？
老鼠，基因组一直删下去，或者用新合成的基因片段替补，到哪一刻，它就不再是原来
的老鼠（物种）了？ |
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w***a
发帖数: 4361 | 23 点突变概率确实不会随genome大小变化，但是还有deletion，insertion，
Double-Strand DNA Breaks，virus infection呢，
有个大的基因组抗住这些意外事件发生的能力肯定强过全是
essential DNA sequence的小genome。 |
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发帖数: 1 | 24 xiaofang的问题非常有意思，现在能够合成酵母染色体了，随着技术的发展，成本的降
低，也许可以合成哺乳动物的染色体，合成精简版的染色体，一条一条替换，也许最后
能够得到一个基因组减小几倍甚至几十倍的小鼠。 |
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发帖数: 1 | 25 跟大分子照相技术比，
人类基因组计划
二代测序
也该得奖吧。 |
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s******y
发帖数: 17729 | 26 发给测序仪的发明那个可以有。发给这些用测序仪的，和发给富士康厂妹没有任何区别
。人类基因组就算了，和发给工地搬砖砌墙的有啥差别 |
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发帖数: 1 | 27 仔细回想一下，人类基因组计划本身很有用，但也就是它开了个坏头，从此生物学研究
进入大项目时代，无脑烧钱堆数据灌水发paper。。。 |
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f***y
发帖数: 4447 | 28 http://scitech.people.com.cn/n1/2017/0310/c1007-29135176.html
人工合成4条酵母染色体 我国科学家开启“再造生命”新纪元
人民网北京3月10日电（记者赵永新）大姑娘出嫁——头一回！3月10日出版的国际顶级
学术期刊《科学》，以封面的形式同时刊发了中国科学家的4篇研究长文！
由天津大学、清华大学和华大基因分别完成的这4篇长文，介绍了真核生物基因组设计
与化学合成方面的系列重大突破：完成了4条真核生物酿酒酵母染色体的从头设计与化
学合成——要知道，酿酒酵母总共有16条染色体，此前国际同行奋斗多年才发现了一条。
在合成染色体的过程中，他们还突破了生物合成方面的多项关键核心技术，比如：突破
合成型基因组导致细胞失活的难题，设计构建染色体成环疾病模型，开发长染色体分级
组装策略，证明人工设计合成的基因组具有可增加、可删减的灵活性，等等。这些技术
将帮助在全世界的生命科学研究和相关实际应用中大显身手，其价值不可估量。
国内外同行指出，这是继合成原核生物染色体之后的又一里程碑式突破，开启人类“设
计生命、再造生命和重塑生命”的新纪元。
参与... 阅读全帖 |
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u****n
发帖数: 7521 | 29 放眼世界 决战高端
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4a78b4ee010187sr.html
from 穿过记忆的河流 by 但斌
放眼世界 决战高端 2011年01月10日07:04 深圳特区报
放眼世界决战高端
“解读生命的奥秘”是华大年轻科技工作者的信条。深圳特区报记者刘启达 摄
基因，是一种新的有限的战略性资源。开发基因资源已成为发达国家之间激烈竞争
的焦点之一。——题记
■ 深圳特区报记者 刘启达 谭大跃
深圳华大基因研究院（放眼世界 决战高端）惠州基地昨日传出消息，该基地国内
首批手工克隆猪即将成熟上市，此举意味着中国基因科学研究在成果产业化方面跨出突
破性步伐，这也意味着深圳市委、市政府近年在优化产业结构、加快高端产业布局方面
开始结果。
秋天的收成源于春天的汗水。华大基因作为深圳进军高端产业的代表，在国际基因
领域创造了太多的“世界第一”：首份黄种人基因组图谱、首个大熊猫基因组图谱、首
个ＳＡＲＳ的诊断试剂、万种微生物基因组计划等等……近日，本报记者深入深圳华大
基因研究院，试图为您展示一个脚踏实地发展基础科学、掌控产业上游参与全球竞... 阅读全帖 |
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V******t
发帖数: 444 | 30 Nature把王俊称为中国最著名的科学家之一
来源：生物谷|Lzheng 2015-07-29 18:55
编者按：成立于上世纪末的华大基因研究院（BGI），历经十几年的发展，已经成为了
中国最大、甚至是亚洲最大的基因组测序和研究基地。从最初的人类基因组项目中国区
的工作，到后来的首个水稻基因组、首个熊猫基因组到首个黄种人基因图谱，华大不断
发展壮大，取得了非常大的成绩。不仅仅是基因组测序，华大基因研究院也广泛涉及到
诸多领域的研究和服务，已经形成了科学、技术、产业相互促进的发展模式，拥有一支
世界一流水平的产学研队伍，科研基地遍布全球。小编在2013年夏天有幸参观了华大基
因总部（深圳盐田区），看到了科研大楼中整层整层的研究人员和大量先进的测序仪器
。这些科研人员们正是华大基因的中坚力量，推动着华大基因的发展和中国基因组学的
不断进取，在南中国最有创新活力的土地上续写着辉煌。而王俊，就是这些华大基因科
研人员的杰出代表。
Nature：中国最著名的科学家之一
《Nature》最近连续两次发文讲述了中国基因组学家王俊的故事，甚至高度赞扬他是“
中国最著名的科学家之一”。这样的赞扬非常中... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 31 #注明译者，请随便转载：）
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德（Eric Lander）
小鹿／译
三年之前，科学家们宣布，CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此，这项技术手段已然震撼了科学界，数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而，从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始，到确认这种
现象为适应性免疫系统，进而对它的生物功能特性的了解，直至开发为一项基因工程的
技术，这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白，它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事，并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
，科学家宣布，CRISPR系统，即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统，可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域，如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型；... 阅读全帖 |
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c***s
发帖数: 70028 | 32 由中科院上海生命科学研究院、北京基因组研究所、中国水稻研究所等单位合作的研究成果《水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析》，日前在线发表在《自然―遗传学》（Nature Genetics）杂志上。
该研究报道了中国水稻地方品种的全基因组的遗传多态性和单倍体型图谱，并对籼稻品种的14个重要农艺性状进行了全基因组关联分析，确定了这些农艺性状相关的候选基因位点，对水稻的遗传学研究和分子育种提供了重要资源。
论文一经发表，便迅速引起了世界同行的关注，许多人称之为作物遗传学研究中里程碑式的工作。
《自然―遗传学》副主编Pamela Colosimo介绍，这篇论文从编辑部到同行专家评议都获得了高度评价，是她在该杂志遇到的发表最为顺利的一篇论文。中科院副院长李家洋也对研究团队的成果表达了高度赞赏。
功不可没的GWAS
全基因组关联研究（Genome-wide Association Study，简称GWAS）是一种用来寻找基因变异与表型之间关系的遗传学方法，最近几年在人类医学遗传学领域中发展迅速。
以常见人类遗传疾病的GWAS为例，研究者首先要选取一个较大的人群样本，考察哪些是患者，然后... 阅读全帖 |
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t*****g
发帖数: 6101 | 33 世界生命科学领域的权威学术杂志《细胞》20日对外发布，来自中国北京大学的科研团
队，在国际上首次完成了人类单个卵细胞高精度基因组测序。这项技术可帮助医生检测
出遗传过程中来自母亲的遗传病，并有可能将试管婴儿的活产成功率从目前的30%提高
到60%。
中国科学家全球首次完成人类单个卵细胞高精度基因组测序
巧妙实现卵细胞基因测序
据《细胞》杂志披露，近日，北京大学的科学家们完成了对单个卵细胞的高精度全基因
组测序，这是一项里程碑式的工作。该项研究由北京大学第三医院乔杰教授、生物动态
光学成像中心汤富酬教授和谢晓亮教授所领导的三个研究小组共同完成，谢晓亮同时也
是哈佛大学教授。
人类的遗传信息存在于每个细胞的DNA中，DNA是由四种不同的核苷酸组成的长链。这些
核苷酸的组合和序列组成了遗传的基本功能单位——基因。无论在基础研究还是临床应
用上，对细胞中所有基因序列（全基因组）的测定都是极其重要的。但是，由于单个细
胞中仅含有每个基因的两个拷贝，因此对单个细胞进行全基因测序是非常困难的。
在《细胞》杂志的这篇报道中，北大团队巧妙地利用了卵细胞成熟、受精过程出现的独
特的结构——极体，它是卵细胞... 阅读全帖 |
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d*******3
发帖数: 8598 | 34 基因产业战：中国基因技术的尴尬
2014-01-06 1 来源：财经国家周刊 作者：陈荣4 V+ Z- R& K4 I# o
% w, d. q- k( e( I
工业化时代的监管思维和手段，有必要作出相应调整。中国对基因这一前沿科技的政策
必须更具前瞻性
没有机场，再好的飞机也难以飞向天空。
中国基因技术正面临这样的尴尬。由于注册死结迟迟未能解开，多地医院开展已久的无
创产前基因检测服务，被国家监管部门三度叫停。- O$ j: k; D* B- B1 s
基因被认为是人类生命科学的顶峰。通向这一顶峰的路上，中国民营机构参与了国际人
类基因组计划，并承担了部分测序任务(1%)，所幸没有被完全抛下。
其后，国内基因产业的先行者实现了由参与、接轨到同步及部分引领的跨越发展，并逆
向并购了美国上游公司。但这并不代表取得这场商业战争的完胜。整体观之，中国基因
产业企业在全球竞争中依然处于被动。& J, Y! N* q6 v% D$ a3 E* U
业界认为，坐拥足够大的市场需求，宝贵的主场优势，中国基因技术和产业，完全有理
由做得更好。
但前提是，中国对基因这一前沿科技的政策更具前瞻性，成为这... 阅读全帖 |
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u***r
发帖数: 4825 | 36 https://zhuanlan.zhihu.com/p/103783584
导读
疫情暴发时，增强疫情信息的透明度、可信度和及时性，加强国内和国际合作，利用各
种资源来鉴别病原体，让国际社会共同参与——这是SARS给我们留下的宝贵教训。
2019年末，武汉暴发“不明原因肺炎”。2020年1月9日，以中国疾控中心徐建国院士为
首的团队向公众发布消息称，在武汉的不明原因肺炎患者体内分离并检测到了一种新型
冠状病毒。发稿时的最新数据显示，截至1月19日22时，武汉累计报告新型冠状病毒感
染的肺炎病例198例，其中治愈25例，死亡3例。
经历过2003年非典疫情的人对冠状病毒不会陌生。那场可怕传染病的病原体正是一种冠
状病毒。如今，与SARS病毒相近的新型冠状病毒在中国大陆卷土重来，我们应该怎样应
对？本世纪以来，高致病性冠状病毒在人类社会已出现三次暴发（SARS、MERS以及本次
不明肺炎），过往的防疫战斗能带给我们什么样的启示，我们该怎样渡过眼前的疫情？
“疾如风，徐如林，侵掠如火，不动如山。”军事家孙子这样描述一支强大的军队。
疾和病组成疾病。疾，在汉语中也有快的意思。用“疾如风”“侵... 阅读全帖 |
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d********f
发帖数: 43471 | 37 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mahmet (里约大冒险), 信区: Biology
标 题: 知识分子独家专访：面对质疑的韩春雨
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 17 21:05:25 2016, 美东)
独家专访：面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影：陈晓雪
内文提要：
独家专访：面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按：
5月初，《知识分子》以国际科学媒体的标准，第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论，并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后，国内媒体和单位纷纷跟进，因为没有新的工作进展，《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果，《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态，但不依据私下匿名来源为主作报道，直到13位中国科学家公开
实名发言后，《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 38 独家专访：面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影：陈晓雪
内文提要：
独家专访：面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按：
5月初，《知识分子》以国际科学媒体的标准，第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论，并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后，国内媒体和单位纷纷跟进，因为没有新的工作进展，《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果，《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态，但不依据私下匿名来源为主作报道，直到13位中国科学家公开
实名发言后，《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之久，至今虽有多方表态，但仍然没有迹象显示很
快会得到解决。如何在学术规范下寻找解决之道，是摆在中国科学界面前的重要挑战。
10月10日晚，12位科学家实名呼吁调查（后增加一名科学家），《知识分子》
当晚连线韩春雨，并于第二日中午赶赴河北科... 阅读全帖 |
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m******r
发帖数: 4351 | 39 声明一下，本文转自西西河石老人的帖子，之前贴了链接但发现大家都比较懒，没几个
人看，所以未经作者同意，转过来了，标题也是我胡乱加的，内容也有删节(原文是对
一些帖子的零乱回复)，如有错误，是我的责任。
某种程度而言也是因为作者的某些观点其实和我比较一致。飞机经常失事，但很多人还
是选择坐飞机。 农药危害巨大，但农业上还是广泛使用。烧煤导致雾霾，核能可能会
有核泄漏，水库可能会导致地质和天气变化，但国家还在干这些事。
总之我觉得转基因可能被妖魔化了。从逻辑上来说，证明没有是最难的，你得把所有的
可能全排除掉才行。先不说分析和提取成分的难度，即使是已经完全确知了成分，你也
无法保证这些成分就没问题。就像主贴所说，可能99.99%的人没事，但是可能有那么0.
01%的因为某种变异或者缺乏相应的解毒，结果就可能悲剧了。
主贴的科普，我认为其实是说明了转基因作物，原理上其危害其实不比各种育种杂交嫁
接等更大。大家如此恐惧转基因，恐怕是对未知的恐怖。就好比恐怖片，恐怖的不是鬼
魂，而是不知道会发生什么。当年洋务运动，中国人怕火车，但火车毕竟看得见摸得到
，最怕的反而是埋在地下的电线。
当然我还... 阅读全帖 |
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t*****g
发帖数: 6101 | 40 中国女孩杨璐菡领衔清除猪器官人体移植障碍 被称“基因剪刀手”
美国哈佛大学和生物技术公司eGenesis研究人员最近利用一种新的基因编辑技术，敲除
了猪基因组中可能有害的病毒基因，从而扫清猪器官用于人体移植的重大难关，为全世
界亟需器官移植的上百万病人带来希望。今年29岁的杨璐菡是异种器官移植课题带头人
，她2008年本科毕业于北京大学，目前在哈佛大学攻读博士后。她曾因第一个利用
CRISPR-Cas9技术修改细胞基因组，并与导师、基因编辑大牛乔治·丘奇领导eGenesis
，在2014年被福布斯杂志评为30岁以下30个科学医疗领域领军人物之一。
川籍女孩杨璐菡再上《成都商报》头条
12年停滞
上世纪90年代，猪器官移植项目一度在全球受到追捧，但没想到后来发现猪的基因组里
面有内源性逆转录病毒存在，最终被明令在找到解决办法前，停止一切异种器官移植的
临床试验。
杨璐菡说：“由于无法预期什么时候，以及用什么方法来解决这些问题，异种器官移植
行业遭到了重创，经历了12年的停滞。”从2014年起，杨璐菡作为异种器官移植课题带
头人，带领10个人的科研团队利用新发明的“基因剪刀”技术，敲除猪基... 阅读全帖 |
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d***e
发帖数: 3497 | 41 难道不能从大洋洲，美洲，亚洲，欧洲走出来的？
晚期智人是在大约20万年前，在非洲某处进化而来的。但是我们这个物种又是怎样遍及
世界其他地方的呢？
人类是在一次大移居中涌出非洲，还是在几万年的时间里一波一波地离开那片大陆的？
这是人类进化中最大的问题之一，它已经困扰了科学家数十年之久。
现在他们可能找到了答案。
星期三，《自然》(Nature)杂志发表了一系列前所未有的基因分析报告，三个不同研究
团队都得出结论，非洲之外所有人类的祖先都可以追溯到5万年到8万年前离开非洲的一
批人。
奥布雷·林奇是澳大利亚Wongatha土著人群体中的一位老人，他参加了一项基因分析研
究，该研究或许有助于揭示古代人类的迁徙。
►奥布雷·林奇是澳大利亚Wongatha土著人群体中的一位老人，他参加了一项基
因分析研究，该研究或许有助于揭示古代人类的迁徙。PREBEN HJORT/MAYDAY FILM
“我觉得三组研究基本上说的都是同一件事，”华盛顿大学的约书亚·M·阿基(Joshua
M. Akey)说，他为这个新研究撰写了一篇解释性文章。“我们知道，非洲有多次向外
界传播人口，但现在我们可以... 阅读全帖 |
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a***k
发帖数: 1038 | 42 2019年12月26日刚上班，还是如往常一样先大概浏览一下这一天的mNGS病原微生物自动
解读结果，没问题的话就开始一天的研发工作了。
意外的是，发现有一个样本报出了敏感病原体——SARS冠状病毒，有几十条的序列，且
这个样本只有这么一个有意义的病原体，如果是普通病毒，这已经是一个相当可靠的结
果了。心头一紧，赶紧后台查看详细的分析数据，发现相似度并不算很高，只有大约94
.5%（这跟卡相似度的阈值有关，相当于只筛选下了相似度比较高的序列）。想到有几
种可能：1、SARS不同毒株基因组有一定差异；2、RNA病毒容易突变，距离SRAS事件17
年了，变异比较大；3、近缘物种的错误比对等等。为了确认结果的可靠性，开始了详
细分析。
好在之前已经遇到过几次这种类似的敏感的病原体确认分析工作，而且领导也曾跟我讨
论过几次能不能做一个新发病原自动挖掘的分析流程，心里一直记着这个事情，在做其
他权重更高优先级更高的项目时也随手做了一个初步的版本出来， 这个样本刚好可以
派上用场。我给它起了个名字，相比于日常生产用的分析流程，它多了个后缀：“探索
版”，包含了几乎所有已测序的病毒基因组。
探索版的分... 阅读全帖 |
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c****t
发帖数: 19049 | 45 与其说你是一个人，不如说是一个人和微生物组成的“超级有机 体” 。科学家说，在
不久的将来，我们对自身体内生态系统的担心， 不亚于我们担心地球生态系统的失衡
。 华盛顿大学基因组研究中心对新生儿的大便很感兴趣。 新生儿排 泄物能够用来研
究坏死性小肠结肠炎，这是一种肠道疾病，黏膜甚至 肠深层都会坏死，5%的早产儿死
于此病。以往人们认为这种病和细 菌感染有关，是一种传染病，目前已经证实它和一
种微生物有关，这 种微生物破坏了肠道菌群和人体之间的平衡而致病。 为了进一步证
实 这种看法， 华盛顿大学的研究人员希望在新生儿大便中找到一个不正 常的菌落组
合，提示什么婴儿将出现这种疾病。 这个研究是 “国际人类微生物组联盟” （IHMC
） 工作中的一部分， 他们的目标是分析人体健康和疾病状态下人和微生物之间的关系
。 “这会改变我们对人体内寄生微生物的认识， 人们将会认识到我们尽 最大努力用
抗生素等药物来消灭的微生物是我们的朋友，而非敌人。 事实上，我们和这些微生物
密不可分，它们能帮助训练我们的免疫系 统，提高我们的消化能力。我们每个人都是
一个巨大而复杂的人类生 态系统的一部分，与其... 阅读全帖 |
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k*****n
发帖数: 417 | 46 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2014/1/287264.shtm
2014年1月《自然—方法学》（Nature Methods）上发表年度特别报道，将“单细胞测
序”（Singled out for sequencing）的应用列为2013年度最重要的方法学进展。
近几年来，基于单细胞测序技术的科学研究取得了突飞猛进的发展，其成果有望为一些
重要的医学问题提供新的解决方案。文章总结了2013年单细胞测序技术对于人类早期发
育、癌症以及神经科学研究等几个重点领域的最新应用成果。文章特别指出，来自中国
北京大学的一些研究团队在这方面完成了许多优秀的工作，做出了突出的贡献。
单细胞基因组扩增新技术（MALBAC）最早由哈佛大学谢晓亮教授发明，相关论文2012年
发表于《科学》 （Science）杂志。该方法通过形成闭合环来抑制DNA片段被重复地复
制，以保持DNA扩增的均匀性，解决了传统方法对单细胞基因组扩增的强烈偏好性的问
题。这项突破在单个细胞水平实现了全基因组93%的高覆盖率，同时也能准确检测单个
肿瘤细胞中的染色体拷贝数异常。
2013年是单... 阅读全帖 |
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v*****s
发帖数: 20290 | 47 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: fossilfield (值钱的石头), 信区: Military
标 题: 专家：6万年前，我们共同的祖先走出非洲
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 26 09:15:08 2011, 美东)
2011年08月26日 08:11 来源：解放日报
告诉你“我从哪里来”
——独家专访国际人类基因组组织理事、复旦大学副校长金力教授
采写/本报记者 曹静
“我从哪里来”，这是人类孜孜不倦追寻的一个终极问题。
将遗传学应用于人类历史研究，追根溯源，我们得到了超乎想象的答案：人类有着
共同的祖先、相同的起源、在漫长的历史中各自迁徙分化，又欣然相遇、互容。每一个
个体之间的生物差异，其实不大；人与人之间的关系，其实很近。
借助遗传学研究，一个超越东西方藩篱和民族界限，描绘出整个人类大家庭生生不
息、迁徙进化过程的大“族谱”，依稀呈现于眼前。
《解放周末》独家专访国际人类基因组组织理事、复旦大学副校长金力教授，为我
们深入解读。
■像一只探照灯，向幽深的远古射出光芒
解放周末：您曾经在复旦大学作过一个演讲，题目非常有趣——《... 阅读全帖 |
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发帖数: 3358 | 48 2011年08月26日 08:11 来源：解放日报
告诉你“我从哪里来”
——独家专访国际人类基因组组织理事、复旦大学副校长金力教授
采写/本报记者 曹静
“我从哪里来”，这是人类孜孜不倦追寻的一个终极问题。
将遗传学应用于人类历史研究，追根溯源，我们得到了超乎想象的答案：人类有着
共同的祖先、相同的起源、在漫长的历史中各自迁徙分化，又欣然相遇、互容。每一个
个体之间的生物差异，其实不大；人与人之间的关系，其实很近。
借助遗传学研究，一个超越东西方藩篱和民族界限，描绘出整个人类大家庭生生不
息、迁徙进化过程的大“族谱”，依稀呈现于眼前。
《解放周末》独家专访国际人类基因组组织理事、复旦大学副校长金力教授，为我
们深入解读。
■像一只探照灯，向幽深的远古射出光芒
解放周末：您曾经在复旦大学作过一个演讲，题目非常有趣——《写在基因中的历
史》。基因和历史有何关系？基因是如何“写”在历史中的？这引起了大家的好奇。
金力：“写在基因中的历史”是一个比较形象的说法。我想向大家表达的是，遗传
学与历史学是能够走到一起的。
我们知道，研究人类历史，最主要的窗口当然是史籍，它记载了历史上曾经发生过
的... 阅读全帖 |
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f***y
发帖数: 4447 | 49 http://news.xinhuanet.com/tech/2017-03/10/c_1120602281.htm
新华社北京３月１０日电（记者陈芳 董瑞丰）我国科学家利用化学物质合成了４条人
工设计的酿酒酵母染色体，标志着人类向“再造生命”又迈进一大步。研究结果１０日
以封面文章的形式在国际知名学术期刊《科学》发表，我国也成为继美国之后第二个具
备真核基因组设计与构建能力的国家。
来自天津大学、清华大学和深圳华大基因研究院的研究人员介绍，该研究利用小分
子核苷酸精准合成了活体真核染色体，首次实现人工基因组合成序列与设计序列的完全
匹配，所得到的酵母基因组具备完整的生命活性。
“如果说基因组测序是‘读懂生命密码’，基因组合成就是在‘编写生命密码’，
从读到写，是一个巨大飞跃。”中国科学院院士杨焕明说。
２０１０年，美国科学家首次将人工合成的基因组植入一个原核细菌，开启了化学
合成生命的研究大门。天津大学化工学院教授元英进告诉记者，原核生物基因组虽已合
成成功，但其染色体相对简单，动物、植物、真菌等真核生物具有多条线性染色体，生
命形式更复杂丰富，我国科学家在此次研究中解决了一系列科学... 阅读全帖 |
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u***r
发帖数: 4825 | 50 https://news.sina.com.cn/c/2020-02-08/doc-iimxxste9691528.shtml
原标题：华南农大宣布穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主 专家称仍可存在多个
中间宿主
新型冠状病毒中间宿主究竟是什么？继北大工学院团队宣布水貂可能为中间宿主后
，2月7日，华南农业大学研究团队宣布，岭南现代农业科学与技术广东省实验室、华南
农业大学教授沈永义、肖立华等科研人员通过联合攻关，在新型冠状病毒潜在中间宿主
的溯源上取得重大突破，他们的最新研究表明，穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主。
在华南农业大学2月7日举行的新闻发布会上，华南农业大学校长刘雅红介绍，通过
分析1000多份宏基因组样品，锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主；继而通过分
子生物学检测，揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%；进一步对病毒进行分离鉴定
，电镜下观察到典型的冠状病毒颗粒结构；最后通过对病毒的基因组分析，发现分离的
病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%。
但中山大学公共卫生学院教授陆家海告诉红星新闻记者，现在还没有一个新型冠状
病毒合适的动物模型，这个结论还需要进一... 阅读全帖 |
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