t***q
发帖数: 9 | 1 中国科学院北京生命科学研究院（http://www.biols.cas.cn/）计算生物学研究中心拟向海内外公开招聘计算生物学和基因组学方向研究人员（副研究员或助理研究员）和博士后。该研究组主要从事基因组学和计算生物学方向的研究。
一、聘用基本条件
1. 具有生物信息学或基因组学相关专业的博士学位；
2. 具有良好的分子生物学，遗传学或生物信息学基础，并在国际学术刊物上发表过学
术论文；
3. 具有较好的英文听说读写能力；
4. 热爱生命科学，工作认真，责任心强，具有良好的团队协作精神。
二、基本职责
1. 能独立申请与开展课题研究，并协助研究组长进行课题与实验室管理；
2. 协助研究组长指导研究生在相关课题下进行协同工作。
三、入选后待遇
应聘答辩通过者研究院依据其工作经历与能力拟聘相应职务，并享有北京生科院规
定的相关待遇。
四、应聘材料的投递和面试
应聘者请将应聘材料发送至 b***********[email protected]
通讯地址：北京市朝阳区北辰西路一号院5号 邮编：100101 |
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o******n
发帖数: 511 | 3 大家好,
我有几十个细菌isolates,从不同的宿主和环境下培养出来，测了它们的基因组。我想
通过比较它们的基因组来分析它们怎么适应不同的宿主或环境的。
现在我拿到的data是Illumina测序后的全基因组DNA fastq file，我们的合作者应该也
给它们做了annotation，以后才会拿到。
我不会写perl/python，会一点R。请问对于新手，有什么好的程序或package，让我可
以做些初步分析？另外，是不是只有做过annotation的序列才适合分析，纯DNA序列没
法怎么分析？
谢谢任何建议或帮助。 |
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y****n
发帖数: 8 | 4 1)抽提的是细菌基因组DNA，核糖体DNA是基因组DNA的一部分
2）16S rRNA基因DNA序列是指16s rDNA序列,rRNA是rDNA基因表达产物
3）从基因组DNA中扩增的当然是16s rDNA。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 5 这么严重的应该不是23andme测的那些SNP，或者别的公司测的那些大规模测序估算糖尿
病风险之类的，再找那些公司测也没有用。很可能是突变或者隐性遗传的。隐性遗传的
例子见http://matt.might.net/articles/my-sons-killer/ 一个类似的例子，他们四岁多才确诊（找到基因），突变的我在网上遇到过一个国内的（聊过几句），是有症状之后两年多确诊，这么“快”可能是因为这个基因导致的遗传病是很清楚的，可能确认什么罕见病折腾了一阵子。这边的很多罕见病的病人自述也有不少是半年多一年多才确诊的，而且貌似不知道病就没法测基因，上面那个例子是exom测序，因为不知道什么病，没办法挑基因去测，估计大部分罕见病人不是这么弄的。楼主也没说清楚到底是一般测序还是全基因组测序还是SNP还是芯片还是什么的。楼主虽然说全基因组测序但是貌似只测了几个跟代谢有关的基因，这不叫全基因组测序，--不是挑刺，因为很多人可能会理解错了。也许联系一下罕见病的机构会有帮助，bless！ |
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w*******e
发帖数: 63 | 6 经常在这个版上潜水，很少发言，心理承受力较差，如果哪些话说得不合适，还请诸位
轻拍。这个帖子主要是自己要招实验室工作人员。另一个帖子（http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31869207.html）涉及遗传发育所分子系统生物学中心PI的招聘信息。
首先这不是一个典型意义上的招聘广告，因为从海外直接招聘实验室工作人员，仅仅电
话或者skype，对应聘者对我都更像是赌博，双方风险都不小。所以我想象中的招聘对
象是由于家庭等原因已经决定回国，又还没有找到合适的工作，对于科研仍然感兴趣，
又不一定要自己开实验室的人。
我（钱文峰）2002年到2006年北大生命科学学院读本科，毕业论文在王文实验室完成（
对，就是你知道的那个，他在学术上对我有非常大的帮助）。2006年到2012年在U of
Michigan的EEB（生态与进化系）张建之实验室读博士，2012年12月加入中科院遗传发
育所建立实验室。在博士期间我的研究方向从比较基因组学，进化基因组学，慢慢转向
功能基因组学。现在我最感兴趣的问题是variation of gene expression,... 阅读全帖 |
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o**i
发帖数: 1165 | 7 代友发文 请联系文中email
温州医科大学基因组医学研究院招聘科研助理2名
温州医科大学基因组医学研究院主要利用基因组学、生物信息学、遗传学、分子生物学等
研究手段从事复杂疾病、特别是神经精神类疾病的发生发展的机制研究；基于人类全基因
组重测序技术进行生物信息学算法和工具的开发及鉴定新的疾病相关基因和功能验证。
本课
题组经费充足，具有各种生物学实验平台、生物信息学分析平台、具有良好的发展前景。
现因工作需要，拟招聘科研助理2名。
工作地点：温州
招聘人数：2名
联系电话：0577-88831292
EMAIL：[email protected]
/* */
应聘要求：
1. 生物信息学、遗传学或其它相关生物学专业博士毕业；
2. 具有神经生物学或动物模型研究背景者优先；
3. 良好的英语阅读写作及听说交流能力；
4. 能独立申请国家科研项目，独立开展工作并协助研究生培养，有工作责任心和团队合
作精神；
5. 至少发表过一篇SCI论文（IF>3.0）；
6. 遵守国家法律法规和单位规章制度。
待遇：
温州医科大学正式编制，待遇如下：
1. 基础年薪12万元以上（具体数额面... 阅读全帖 |
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H****h
发帖数: 1037 | 8 【 以下文字转载自 ChinaNews 讨论区 】
【 原文由 Ilovexiaoyu 所发表 】
http://www.sina.com.cn 2000/07/23 11:23 南方周末
你眉头开了，所以我笑了/你脸红了，我的天灰了！/天晓得，你能跑多
少*！/你快乐，于是我快乐/80kb*是目标，我还想怎么呢/求之不得，求不
得/天造地设*一样地难得/喜怒和哀乐，有我来重蹈你覆辙/天晓得，不问为
什么/心安理得......
在人类基因组1%中国实验基地测序室外的一面墙上，记者看到了以上
这样的歌词。（*的注解在文章最后）
“中国的基因测序能力，已超过法国和德国，名列世界第4。”中科院
遗传所人类基因组中心、北京华大基因研究中心(两块牌子实为一个中心)
主任杨焕明对记者说：“我中心也由全球第10跃居第7名。”
人类基因组1%中国实验基地在北京空港工业区B区一幢4层高的白色楼
房里，第2、3层租用为基因测序实验室，另外两层就像基地大部分的经费
一样，年轻的员工每月薪水只有一千元左右， |
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j***n
发帖数: 13 | 9 经过不懈的努力，同济大学医学遗传研究所所长、附属同济医院心脏内科专家陈义汉博
士等和国家人类基因组南方研究中心徐世杰博士等以及其他科研单位的科研工作者密切合
作，最近找到了一个引起家族性心房颤动（房颤）的致病基因。这项研究成果发表在2003
年1月10日出版的国际权威学术刊物《科学》杂志上。这是迄今为止发现的第一个引起家
族性房颤的致病基因，是我国生物医学界在疾病基因组学研究中取得的又一可喜成果。
房颤是一种常见的心律失常。根据统计，房颤发病率随着年龄的增长而急剧增高，其
发病率在40岁以下的成年人中接近1%，40岁以上的成年人中为2.3%，而在65岁以上的老年
人中则高达5%以上。房颤可以导致运动耐力降低、促发心力衰竭、产生快速或缓慢性心律
失常、引起中风等血栓和栓塞事件、增加基础心脏病的死亡率。房颤本身还可以引起心脏
扩大和心肌病变。老年人口中有三分之一的中风正是由于房颤引起的。房颤严重地影响着
人类的健康和生命，也给社会带来了相当大的经济负担，因此受到普遍关注，但其发病机
制尚不明确。
通过对房颤家系的遗传连锁分析，研究人员首先把致病基因定位在11号染色体末端，
然后运用生物信息 |
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m****g
发帖数: 530 | 11 美国费城儿童医院一个由Hakon Hakonarson主持的研究小组将一种计算机程序——全
基因组关联研究，应用到基因标记
物上，与传统的评估患1-型糖尿病概率的方法相比，该方法有更高的准确性。该技术或
许能够应用到某些复杂的多基因疾
病上，也将促进针对患者的基因特征开发出个性化的治疗药物。该研究报告发表在10月
9日的《PLoS Genetic》杂志网络
版上。
全基因组关联研究(Genome-wide association studies, GWAS)是一种自动基因分
型工具，旨在从人类基因组中寻找致
病的基因变异体，使医生能够准确预测出个体患某种疾病的可能性，从而达到早预防早
治疗的目的。
据论文作者说，目前，许多疾病的致病主要基因仍然未被发现，而一些研究也只是有选
择性的选取小部分基因变异体进行
研究，所以研究结果有很大的局限性。在近期的一些研究中，研究人员通常利用曲线下
面积 (the area under the
curve,AUC)来评估患病率，AUC值一般在0.55~0.6之间，因此临床应用价值不大。
Hakonarson研究组拓宽基因变异体的研究范围，广 |
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s*****n
发帖数: 1636 | 12 英国医学研究理事会20日证实，人类基因组时代的开创者、两度获得诺贝尔化学奖的英
国生物化学家弗雷德里克·桑格前一天去世，享年95岁。
医学研究理事会说，桑格19日上午在熟睡中去世于剑桥郡阿登布鲁克医院。
桑格获称“基因学之父”，是20世纪世界最伟大的科学家之一。他是第四位两次获
得诺贝尔奖的科学家，也是唯一两获诺贝尔化学奖的科学家。
桑格完整定序了胰岛素的氨基酸序列，证明蛋白质具有明确构造，于1958年获得诺
贝尔化学奖；他上世纪70年代提出快速测定脱氧核糖核酸（ＤＮＡ）序列的技术“双去
氧终止法”、即双脱氧核苷酸链中止法，又称“桑格法”，于1980年与另外两名科学家
共享诺贝尔化学奖。
英国医学研究理事会前主任科林·布莱克莫尔教授说，桑格发明的两项技术打开了
分子生物学、遗传学和基因组学研究领域的大门。
桑格1918年出生于格洛斯特郡，毕业于剑桥大学，父亲是医生，对他影响很大。
1986年，桑格获得英国最高荣誉“功绩勋章”，但拒绝封爵，因为不喜欢别人称自己为
“老爷”。他有两个儿子和一个女儿 |
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P**5
发帖数: 7467 | 13 东亚人祖宗都是黑棕。后来北方的人群， 15号染色体的OCA2有了突变，肤色变浅。
与白人的浅色不是一套机制。
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中新社昆明1月8日电 (记者 马骞)皮肤颜色的变化是人类进化历程中的重要事件。记
者8日从中科院昆明动物研究所获悉，该所科学家联合多家科研单位采集了近1000份东
亚人群的血液样本和肤色表型数据。通过全基因组芯片分析，他们找到了深肤色的南亚
语系人群(生活在中国云南以及东南亚国家)与浅肤色的中国汉族人群之间遗传差异最大
的色素基因——OCA2。由此揭秘了东亚人群肤色变浅的分子机制。
非洲祖先为了适应靠近赤道的高紫外线辐射环境而进化出很深的肤色。现代人在约
5-6万年前走出非洲并向世界其它地区迁徙和扩散的过程中会面临新的环境。现在的世
界人群中，生活在高纬度地区人群的肤色较浅，体现了人群对环境紫外线辐射强度变化
的适应。以前的研究提出，欧洲和东亚人群的肤色变浅可能是独立的进化事件。目前，
对欧洲人群的肤色变浅已有系统的研究，并发现了一系列导致肤色... 阅读全帖 |
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z*****3
发帖数: 1793 | 14 我记得我上高中的时候生命科学就吹的厉害。当年主要是受人类基因组计划的刺激，都
几吧在说人类基因组牛逼啊。大有前途啊。
当时我们数学老师还讲了一个奇葩傻逼，考上清华了，结果不是生命科学专业，不读。
第二年又复读，继续考清华，而且只读清华生命科学院。简直是被这帮学究忽悠得一愣
一愣的，这娃可惜了。
我一直对生物都不是很感兴趣。所以一直没上这些当。11g回国都是后来的事情了，但
是其心可诛。
来看看11g的言论：
让我们以施一公先生的三句话来共勉吧：“从来不信自学成才，只有名师带高徒”，“
学好数理化是小聪明，学好生物学才是大智慧”，“在你不愁吃不愁喝的时候，不要再
只为钱而工作。”
http://www.sdlyyz.net/n2826c42.aspx
尼玛又有多少优秀的学子又要跳入这火坑。虎肉教授说的不错，11g做研究不错。但是
这样忽悠年轻学子，把人往火坑里带。显然是损人利己啊。
我相信这边很多ID不是因为11g的学术问题讨厌他，主要是还是其言论，误导性非常重
。其心可诛。 |
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z*****3
发帖数: 1793 | 15 我记得我上高中的时候生命科学就吹的厉害。当年主要是受人类基因组计划的刺激，都
几吧在说人类基因组牛逼啊。大有前途啊。
当时我们数学老师还讲了一个奇葩傻逼，考上清华了，结果不是生命科学专业，不读。
第二年又复读，继续考清华，而且只读清华生命科学院。简直是被这帮学究忽悠得一愣
一愣的，这娃可惜了。
我一直对生物都不是很感兴趣。所以一直没上这些当。11g回国都是后来的事情了，但
是其心可诛。
来看看11g的言论：
让我们以施一公先生的三句话来共勉吧：“从来不信自学成才，只有名师带高徒”，“
学好数理化是小聪明，学好生物学才是大智慧”，“在你不愁吃不愁喝的时候，不要再
只为钱而工作。”
http://www.sdlyyz.net/n2826c42.aspx
尼玛又有多少优秀的学子又要跳入这火坑。虎肉教授说的不错，11g做研究不错。但是
这样忽悠年轻学子，把人往火坑里带。显然是损人利己啊。
我相信这边很多ID不是因为11g的学术问题讨厌他，主要是还是其言论，误导性非常重
。其心可诛。 |
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l********3
发帖数: 248 | 16 【 以下文字转载自 Immigration 讨论区 】
发信人: lanhan8103 (lanhan), 信区: Immigration
标 题: 求审稿（植物学，进化生物学，比较基因组学等）
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jun 24 14:42:08 2014, 美东)
正在申请绿卡，已签合同并缴费。律师要求至少有11篇审稿，现在才有5篇，也跟自己
的老板和很多杂志的主编发信，都说可以，可是到现在都没有给我审稿机会，比较着急。
背景：系统与进化植物学，分子进化，基因组进化，发育生物学。
已发表文章8篇，2篇在审稿中，其中一个是Nature Communications.
已经帮New Phytologist, BMC Plant Biology, Journal of Genetics and Genomics,
Agronomy Journal审稿，共计5次。
谢谢大家能给我一些审稿机会，不胜感激。
请发站内信，我会给您发我的简历，谢谢！ |
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y***k
发帖数: 40 | 17 看到有同仁也在求审稿，也来同求。本人NIH博后，以前也做过植物。求基因组学，生
物信息学（NGS，array）算法和应用 或遗传学方向审稿机会。本人熟悉基因组层面分
析，包括各种模式生物（动植物，微生物）疾病（癌症..）和计算生物学（算法 和应
用），生物统计只要不是纯理论的问题也不大。 在genome research，plos genetics
， BMC bioinformatics 方面都发过文章（也有CNS的，当然不是第一作者），最近也
审过Bioinformatics， bmc genomics/bioinformatics。因为众所周知的原因，求审稿
，保证按时按质按量完成（也深知发文章不易，多提建设性意见）。 可以站内联系我
，也可email我y*********[email protected]，提供简历供选择. 谢谢 |
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H********g
发帖数: 43926 | 18 好像真的是把全序列测了。太强大了。
==
这项成果是中信湘雅生殖与遗传专科医院、人类干细胞国家工程研究中心、中南大
学生殖与干细胞工程研究所和深圳华大基因研究院(简称华大基因)共同完成的，集成了
多项目前国际上领先的技术：中信湘雅生殖与遗传专科医院完成病人的诊断、遗传和生
育咨询、试管婴儿治疗全过程并突破了囊胚活检和活检后胚胎高效冷冻新技术的研发，
华大基因完成了胚胎DNA的全基因组测序检测，人类干细胞国家工程研究中心进行活检
的微量细胞全基因组扩增并为华大基因检测提供DNA，以及通过单核苷酸多态性芯片(
SNP-array)技术检测作为质控。 |
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d****o
发帖数: 32610 | 19 中信湘雅生殖与遗传专科医院完成病人的诊断、遗传和生
育咨询、试管婴儿治疗全过程并突破了囊胚活检和活检后胚胎高效冷冻新技术的研发，
华大基因完成了胚胎DNA的全基因组测序检测，人类干细胞国家工程研究中心进行活检
的微量细胞全基因组扩增并为华大基因检测提供DNA，以及通过单核苷酸多态性芯片(
SNP-array)技术检测作为质控。
好像不是
这尼玛是要开发变种人了啊 |
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g**a
发帖数: 2129 | 20 基因测序的结果用SNP-array来做质控？为啥？这个质量怎么控？难道他们自己做了一
个含有1 billion SNP的芯片？既然可以用SNP-array来做质控，为啥不直接用全基因组
的SNP-array来直接检测可能的潜在位点？单细胞（或者少量细胞）全基因组测序的结
果怎么样？这个技术能够实现确实很不错，问题是在无法验证的情况下，起到了什么正
面作用？ |
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R*s
发帖数: 2041 | 21 http://www.sina.com.cn 2000/03/16 11:23 中国经济时报
本报综合消息 美国总统克林顿和英国首相布莱尔14日
发表联合声明，呼吁将人类基因组工程研究成果公开，以便
世界各国的科学家都能自由地使用这些成果。
声明说，破译人类基因组图谱是人类有史以来最重大的
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X***y
发帖数: 3947 | 22 癌细胞基因组被测序了对我们有什么现实意义？
改变基因组顺序对成人来得急吗？还是只能培养替代部件？或改善下一代？
cancer
openly |
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h**********r
发帖数: 671 | 23 这株藻是从UTEX买来的,因为我们也做了些基本的试验。正好有个机会把基因组给测了
。前段时间给合作单位提了基因组，这是他们的回信。
We have sequenced the strain XXXXXX. the preliminary data looks fine so we
are planning to increase the coverage. My goal is to publish complete
sequenced and assembled genome. Is there any restriction for publication of
this particular strain?
有经验的人帮忙看一下吧。多谢！还是得联系一下相应的菌种保藏中心？ |
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j*****r
发帖数: 81 | 24 人类基因组测序是完成了。但是每个人的基因序列是不一样的，每个种族也有差别。那
么这个基因组测序得到的信息是某个人还是某个人种的？怎么通过基因序列区分同种族
不同人，以及不同种族？
人和猴的基因可能90％以上是相同的，这些相同的基因序列表现在生物特征上人和猴有
90％的相同么？ |
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e*******e
发帖数: 1837 | 25 人类基因组测序是完成了。但是每个人的基因序列是不一样的，每个种族也有差别。那
么这个基因组测序得到的信息是某个人还是某个人种的？
The reference genome is what it is: a reference. It's actually a chimeric of
multiple individuals from different populations, and it is not meant to be
used to study human variation.
Study of the differences among individuals/populations are in the field of
population genetics.
Projects such as the HapMap project and the 1000 Genome project are aimed at
identifying the difference (i.e., genetic variation) among human
individuals/po... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 26 到底他想出来的是千人基因组计划的一部分，还是千人基因组计划？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 27 首先，你设计的时候考虑到了基因组上的intron 了么？
第二，一般来说，基因组做底物很麻烦的，一个是量的问题，第二就是特异性的问题。
所以很少有人这么做。
但是如果非要这么做不可的话，必须放很大量进去（你自己算算摩尔数，要放到和你放
的plasmid 差不多的量得放多少，不要盲目用ug 这些重量单位，那个不算数的） |
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s******y
发帖数: 28562 | 28 应该就是有杂带了。用质粒的时候因为背景低，所以杂带不明显，主带就可以
比较容易的扩出来。用基因组的时候正好相反。因为基因组里的序列太复杂，
你设计的那个primer有可能对其他地方也有partial match, 结果就是弄出了
好几种产物，大部分都不能集中的被扩出来。
我以前遇到过类似情况，要么就是提高annealing temperature （我最高的时候
用过66度），要么就是彻底放弃原来的primer, 从头设计另外几个。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 30 不好意思，我也不是做基因组测序的，楼上的bmwcar说可以帮你引荐一下，他是做类似
方面的，你去跟他私信联系看看，应该比较有帮助。
如果你已经测过了，如果想再找社会上的盈利公司测序，首先他们是不是有诊断资质，
例如23andme被FDA禁就是因为宣传他们的测序结果跟医疗相关，其他很多出报告的也是
这种情况，打擦边球，给的都是正常人里面的高低区别，不是病理的情况的测序。其次
千万要弄清楚他们测的到底是什么，先想想这个报告为什么不行，再想应该测什么，再
去找相应公司/医院/大学。你最新的帖子还是把这个结果叫全基因组测序，可见还是没
怎么弄明白。我这么说可能你觉得要求太高了，我也知道这些东西很让人混淆，尤其是
你现在要照顾宝宝就占很多精力，再从头学这些完全陌生的东西更是很大的压力了，但
是你是你的宝宝最能依靠的人，还是坚持啃一点相关的内容，尽量把这些东西搞清楚，
如果你认识一些做生物方面的人，最好是让他找一两个小时，给你当面解释一下，包括
exome，楼上说的调控序列的突变，这些东西都是什么，以后跟医生交流还是更有利一
些。楼上lingzhuzi说得也有道理，一般的罕见病，包括确诊了的那些，... 阅读全帖 |
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y***k
发帖数: 40 | 31 看到有同仁也在求审稿，也来同求。本人NIH博后，以前也做过植物。求基因组学，生
物信息学（NGS，array）算法和应用 或遗传学方向审稿机会。本人熟悉基因组层面分
析，包括各种模式生物（动植物，微生物）疾病（癌症..）和计算生物学（算法 和应
用），生物统计只要不是纯理论的问题也不大。 在genome research，plos genetics
， BMC bioinformatics 方面都发过文章（也有CNS的，当然不是第一作者），最近也
审过Bioinformatics， bmc genomics/bioinformatics。因为众所周知的原因，求审稿
，保证按时按质按量完成（也深知发文章不易，多提建设性意见）。 可以站内联系我
回信也可email我y*********[email protected]，提供简历供选择.
谢谢 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 32 我要制备某个细菌的基因组DNA，染色体有几个Mb，但是有个质粒小到几Kb。如果用常
规的密度梯度离心来分离纯化DNA，那这个小质粒恐怕会跟环境中的DNA碎片混在一起，
造成结果的污染。我们需要的是很纯净的基因组DNA，而且最好各组分的比例也是天然
的，所以最好一次性把染色体跟质粒同时提取。各位有什么好办法吗？多谢了！ |
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d*******3
发帖数: 8598 | 33 2015年4月20日，华大基因在全球发布一款强大且具高安全性的基因组数据分析云计算
平台服务产品——BGI Online。
华大通过BioIT已经发布了官方消息
华大官方称：现今对海量的新一代测序数据进行分析、存储和共享已成为巨大的挑战，
BGI Online为新一代测序项目的管理提供一站式解决方案，让用户可以轻松创建和运行
复杂的数据分析流程。其拥有强大和可靠的基础设施和一流的安全性，可以为各种类型
、大小的机构提供数据存储、自动化分析、数据传输、生物信息方法开发和共享服务，
为科研数据研究提供更便利、更有效的解决方案。
凭借丰富的新一代测序数据分析经验，华大基因开发了基于“云”的解决方案，来应对
海量新一代测序数据的分析、存储和共享的传统难题。BGI Online负责人李国庆表示，
公司开发的这一解决方案不仅符合HIPAA法案和欧盟隐私法规等行业安全条例还一直致
力于建立一个强大和可靠的基础设施，特别是针对新一代测序的大数据分析需求。
此外，该平台使用了最先进的资源管理系统，以确保资源在运行计算任务时的精确分配
和实时的任务监控，并对可能遇到的错误进行及时反馈。华大基因还研发了独特... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 34 很有意思的project！
不过最后看了五个候选名单之后投了中国团队的重金属超级累植物东南景天基因组测序
了，治理重金属污染的土地和研究重金属耐性和超积累能力还是挺有意义的。不好意思
。。。
PacBio的长reads在genome测序中应用越来越有分量了啊。希望成本能尽快降下来。^_^ |
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r**********e
发帖数: 587 | 35 1. 不同个体之间的各种SVs大概有多少？
SV的问题是，有不同种类deletion，insertion，duplication, CNV, translocation,
inversion, segmental duplication...
而且有不同的size，小的1bp，大的好几MB
这两个维度都是SNP研究里不曾遇到的
如果你要问一个human being有多少SV？ 我觉得目前都无法回答。因为目前的研究大部
分还是基于short reads的针对基因组的uniq sequence。真正SV hotspot是repetitive
region，但我们无法研究。当然，对于NA12828，人们做了大量研究，really high-
depth seq, Pacbio long reads，或许对这个样本的总结可以给你答案
所以不管是NGS技术，还是后续的计算，SV都是基因组学最大的难关；而难关中的难关
就是那些repetitive seq。
2. 这些SVs是不是对于以后个性化治疗什么的极为重要
对于非常巨大的比如1MB deletion，一般会造成新生儿的neurodevelop... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 36 de novo assembly,我觉得对于全基因组，很难，计算机运算的耗费太大
过去尝试过一下，好像最基础的都需要very big RAM， 比如一个node需要256GB的RAM
， 这个对于一般学校很难有这样的大型运算cluster
另外，如果reads很短，纵然你做assembly也会很难，因为overlap的区域很短。
所以high-quality long reads还是我们要等待的革命性技术。
推荐一个很好的assembler-based SV calling： http://cortexassembler.sourceforge.net/
现在比较实际的是，用其他办法找到的SV或SNP candidate，然后做local assembly来
精确breakpioint，计算量大大大大大降低
以后long reads出现或者普及，我们就少了很多BWA的那种multiple alignment的麻烦
，不管mapping还是assembly都可行
当然了，对于novel insertion，这种ref里没有的sequence，当然assembly是王道。目
前short ... 阅读全帖 |
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v********a
发帖数: 646 | 37 以前去除基因组DNA，都是用DNASE消化之后，用酚-氯仿抽提。现在动辄就是十几个细
胞培养板，这种方式已经不合适。试用了几家的gDNA removal kit，效果都不是很理想。
请问，有没有一种简便可靠的方法，去除RNA里面的基因组DNA，并且不会残留DNASE污
染，影响下游cDNA合成？ |
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w***a
发帖数: 4361 | 38 为啥会丢失，基因组比人大的低等生物多了去了。
一测完，全是重复序列。要是argue那些两栖类或者开花植物基因组里的垃圾序列都是
必须的，偶就只能赫赫了。 |
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w***g
发帖数: 712 | 39 【多维新闻社9日电】美国总统克林顿29日说，人类的基因组--传递人类特征的
遗传密码-可望在两个月内完全解码。
据"华声报"报导，克林顿总统在迈阿密海滩举行的一项民主党募款餐会中说："
在两个月内，我将做我毕生最光荣的一项宣布，我将宣布人类基因图谱已经完成
定序，我们将可以开始探究分析生命的蓝图。"
克林顿说，此一突破可带来许多科学进展，例如，让医师可以用阻挡受伤的基因
的方式预防糖尿病。
近几个月来，绘制人类基因图谱的工程快速进展。1月间，美国西莱拉基因组公
司宣布已辨认出97%人类基因。整个图谱可以在2000年中期完成定序，比预期早
了一年。
科学家相信遗传学在未来的医学中将扮演更重要的角色。他们已经将改变过的基
因成功植入细胞中，以取代导致疾病的功能不良基因或无功能基因。
针对它所治疗的疾病，"医疗基因"可修正遗传缺陷，增加蛋白质产量或迫使癌细
胞死亡。基因疗法广泛的应用包括：治疗遗传疾病，后天疾病，神经肌肉疾病，
爱滋病及某些种类的心脏血管疾病和癌症。 |
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m******a
发帖数: 476 | 41 都是夫妻双方基因的排列组合，或许可以避免有明显缺陷的。
女方能提供的卵子数量很有限，想把最优化组合弄出来，还是要碰运气的。
认识一个人就在做有关IQ方面的基因组识别。出于USofA的政治正确这种结果或许在太
平洋东岸永不能见天日，但是国内没这个限制，而且测序很便宜。
以后都可以去试试。国内唯一的问题就是这个东西涉及是性别选择 |
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f*****r
发帖数: 1239 | 42 然。二十年前的人类基因组计划远远没有达到解码生命奥秘的预期目标，但是项目的进
程带动了相关科技的进步，才能有今天生物医疗科技大跃进 |
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m*****u
发帖数: 15526 | 43 不像卢刚，黄谷阳已经在国家南方基因组中心捞到了副主任的位置。出路完全没问题。
为毛还要走极端？ |
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a*******g
发帖数: 3500 | 44 为啥植物的基因组那么大，比动物甚至人类要多几倍。
是不是因为植物需要合成很多化学物质的原因? |
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W*****B
发帖数: 4796 | 45 植物需要光合作用，
：为啥植物的基因组那么大，比动物甚至人类要多几倍。
：是不是因为植物需要合成很多化学物质的原因? |
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发帖数: 1 | 46 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: hnpc (hnpc), 信区: Biology
标 题: 开发红色基因组
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 17 18:45:41 2018, 美东)
完全自主知识产权！ |
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d****n
发帖数: 10034 | 47 第二届人类基因组编辑国际峰会11月27日在香港大学召开，此前宣称将参加峰会的来自
深圳的科学研究者贺建奎当日并未出席开幕礼。按照峰会议程，他将于28日在峰会公开
演讲，或发表相关基因编辑婴儿试验数据。峰会工作人员表示，贺建奎方面目前仍未取
消有关议程，但目前并不确定他是否如期出席。北京大学生命科学学院教授魏文胜在接
受中新网记者采访时表示，正与业内专家探讨是否向组委会申请禁止其出席峰会。
责任编辑：谷莹_NN6577 |
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w**********5
发帖数: 1741 | 48 匹兹堡大学信息生物研究主任James Lyons-Weiler指出：新冠病毒有使用「P-Shuttle
SN Vector」人造技术，基因组序列里被插入奇怪元素，不可能存在于任何地方的野生
动物体内。他确定这个特别的病毒来自于实验室。 |
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d*********o
发帖数: 6388 | 49 美国科研团队首次绘制出新型冠状病毒一个关键蛋白分子的3D结构，这种蛋白是开发疫
苗、治疗性抗体和药物的关键靶点。
研究成果19日在线发表在美国《科学》杂志上。
美国得克萨斯大学奥斯汀分校和美国国家卫生研究院的研究人员根据中国研究人员提供
的病毒基因组序列，利用冷冻电子显微镜重建了新冠病毒表面的刺突蛋白在原子尺度上
的3D构造，分辨率达到0.35纳米。
研究发现，新冠病毒的刺突蛋白结构与严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒的刺突蛋
白结构非常相近，都将细胞表面的“血管紧张素转化酶2（ACE2）”作为侵入细胞的关
键受体。
但新冠病毒的刺突蛋白与ACE2的亲和力是SARS病毒的10到20倍，这可能与新冠病毒更易
于人际传播有关。
论文通讯作者、得克萨斯大学奥斯汀分校分子生物科学系副教授贾森·麦克莱伦说，目
前尚不清楚为何两者在分子层面上结合得更加紧密，且这种亲和力是否对病毒传播性造
成影响还需进一步研究确认。
麦克莱伦对新华社记者说，他们已将这一结构的原子坐标数据发送给全球多家实验室，
其中多数来自中国，目前已有大约25家中国实验室要求获取相关资料。 |
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发帖数: 1 | 50 美国科研团队首次绘制出新型冠状病毒一个关键蛋白分子的3D结构，这种蛋白是开发疫
苗、治疗性抗体和药物的关键靶点。
研究成果19日在线发表在美国《科学》杂志上。
美国得克萨斯大学奥斯汀分校和美国国家卫生研究院的研究人员根据中国研究人员提供
的病毒基因组序列，利用冷冻电子显微镜重建了新冠病毒表面的刺突蛋白在原子尺度上
的3D构造，分辨率达到0.35纳米。
研究发现，新冠病毒的刺突蛋白结构与严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒的刺突蛋
白结构非常相近，都将细胞表面的“血管紧张素转化酶2（ACE2）”作为侵入细胞的关
键受体。
但新冠病毒的刺突蛋白与ACE2的亲和力是SARS病毒的10到20倍，这可能与新冠病毒更易
于人际传播有关。
论文通讯作者、得克萨斯大学奥斯汀分校分子生物科学系副教授贾森·麦克莱伦说，目
前尚不清楚为何两者在分子层面上结合得更加紧密，且这种亲和力是否对病毒传播性造
成影响还需进一步研究确认。
麦克莱伦对新华社记者说，他们已将这一结构的原子坐标数据发送给全球多家实验室，
其中多数来自中国，目前已有大约25家中国实验室要求获取相关资料。
麦克莱伦说，这一成果可帮助研究人员展... 阅读全帖 |
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