j*****y 发帖数: 94 | 1 我的蛋白是个homodimer,蛋白的结晶已经作出来了。dimer interface is formed by
3 helixes from each
protomer,但是两个protomer 不是像手掌对手掌那样的完全对称interact, 而是两个
protomer之间交叉对称 ,i have
tried a bunch of single-site, double and quadruple mutations to try to
disrupt the dimer but failed. 因为
protomer不是整个helix在interact, 而是有一定角度的,所以不知道为什么两个
protomer之间的作用力会这么强。我们用
的是glycerol gradient sedimentation analysis 来确定 s value, 我试过用没有
salt 的 gradient, 结果蛋白变成了
tetramer; 在高浓度salt gradient 下,仍然是dimer.
我曾经想过能不能在helix 和 helix 之间的loop 那儿插入一小段peptide |
W*********e 发帖数: 247 | 2 交叉对称是啥意思, e.g., alpha1和alpha1'有作用?
by
【在 j*****y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我的蛋白是个homodimer,蛋白的结晶已经作出来了。dimer interface is formed by : 3 helixes from each : protomer,但是两个protomer 不是像手掌对手掌那样的完全对称interact, 而是两个 : protomer之间交叉对称 ,i have : tried a bunch of single-site, double and quadruple mutations to try to : disrupt the dimer but failed. 因为 : protomer不是整个helix在interact, 而是有一定角度的,所以不知道为什么两个 : protomer之间的作用力会这么强。我们用 : 的是glycerol gradient sedimentation analysis 来确定 s value, 我试过用没有 : salt 的 gradient, 结果蛋白变成了
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j*****y 发帖数: 94 | 3 不好意思还是没说清楚,我把图片帖上来吧。
【在 W*********e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 交叉对称是啥意思, e.g., alpha1和alpha1'有作用? : : by
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W*********e 发帖数: 247 | 4 能问下你们的突变是怎么做的, 都是变成Ala? 可以把有相互作用的一对碱基的侧链都
突变成Asp或者Glu试试.
【在 j*****y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 不好意思还是没说清楚,我把图片帖上来吧。
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j*****y 发帖数: 94 | 5 是都变成ala的。
你的意思是突变成positively charged or negatively charged 让他们相互排斥? |
W*********e 发帖数: 247 | 6 yep
【在 j*****y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 是都变成ala的。 : 你的意思是突变成positively charged or negatively charged 让他们相互排斥?
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H*g 发帖数: 2333 | 7 Will this change the monomer structure or affect protein folding?
【在 W*********e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : yep
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W*********e 发帖数: 247 | 8 If the residue only mediates intermolecular interaction, and changing it to
Ala doesn't not affect monomer structure/folding, I don't see why mutating
it to an acidic residue would affect these aspects.
【在 H*g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Will this change the monomer structure or affect protein folding?
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s********n 发帖数: 2939 | 9 Sometimes changing residues to charge ones might affect the structure.
However, it is worth trying if you don't have any alternative method. |