大家觉得哪个蛋白功能结构域的预测网站比较好用呢？ - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 大家觉得哪个蛋白功能结构域的预测网站比较好用呢？

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y***y 发帖数: 709	1 目前手头有一个感兴趣的核定位表达的蛋白，想看看它是否有DNA结合结构域，锌指结构等功能结构域，用过SMART， Pfam，PredictProtein等测过，但结果不一致，想问问大家都用啥网站，找个相对比较靠谱的。
j****t 发帖数: 1663	2 可以试试Prosite和NCBI CDD http://prosite.expasy.org/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/docs/cdd_search.html
j****x 发帖数: 1704	3 这几个prediction server各自的侧重点不同，结果不一致很正常。如果想比较全面的分析预测目的序列中的functional motif/domain，还是得结合多种预测工具来分析，除了SMART和Pfam，个人推荐InterPro以及LS提到的Prosite。但预测毕竟只是预测，false positive/negative都很高，还是要靠实验证据来说明问题。【在 y***y 的大作中提到】 : 目前手头有一个感兴趣的核定位表达的蛋白，想看看它是否有DNA结合结构域，锌指结 : 构等功能结构域，用过SMART， Pfam，PredictProtein等测过，但结果不一致，想问问 : 大家都用啥网站，找个相对比较靠谱的。
f******r 发帖数: 96	4 同意楼上说法，预测过几个，感觉不是很准~最后还是老老实实的做实验了，没敢信预测结果~

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