n******2
发帖数: 971 | 1 在文献中得到引物序列，想知道引物在基因上的位置，以便于知道产物长度，中间是否
有intron,某一引物是否跨exon... 我现在都是先在ncbi做blast找到reference
sequence,然后根据列出来的exon碱基位置一点一点对照，做得很崩溃。有没有什么网
站能把基因名字和序列输进去就给出位置的啊？谢谢。 | b*****s
发帖数: 169 | | h******y
发帖数: 351 | 3 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
Put your sequence in FASTA format, for example
>primer1
AGCTACAGCTACTAGCATCGACTGCGATG
>Primer2
ATGACTAGCTGGATAGCTAGCTACGATCA
>primer3
...
Make sure the primer sequence is longer than 20nt. So far this is the faste
st and most efficienct way I know. You can easily find out where the primer
s locate and whether there is any non-specific binding sites.
For pimer sequence shorter than 20nt, create four sequences by adding [AGCT]
to make it to 20nt. For example, for a primer with 19nt, search for
>Primer1A
agctagctagctagctagcA
>Primer1G
agctagctagctagctagcG
>Primer1C
agctagctagctagctagcC
>Primer1T
agctagctagctagctagcT
【在 n******2 的大作中提到】
: 在文献中得到引物序列，想知道引物在基因上的位置，以便于知道产物长度，中间是否
: 有intron,某一引物是否跨exon... 我现在都是先在ncbi做blast找到reference
: sequence,然后根据列出来的exon碱基位置一点一点对照，做得很崩溃。有没有什么网
: 站能把基因名字和序列输进去就给出位置的啊？谢谢。
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