|
z**b
发帖数: 192 | 2 Genomics Insights杂志的，请有意者将姓名，title, 联系方式和研究背景PM在下。 |
|
A*F
发帖数: 2272 | 3 需要proteomics, genomics分析方向的审稿人
请将简历或者近期发表文章列表发到[email protected]
/* */
谢谢 |
|
f*******3
发帖数: 63 | 4 A special issue for an international genomic journal(IF=1).
Guest Editors are free to contribute a maximum of 4 papers to their Special
Issue. Of these four, one introductory short Editorial and one long Review
Article would be exempted from the regular open access publication charges
of the journal. As for the timeline of the Special Issue, we generally like
to give submitting authors around 6 months from the initial Call for Papers
to the submission deadline, another 3 months to the First Roun... 阅读全帖 |
|
f*******3
发帖数: 63 | 5 A special issue for an international genomic journal(IF=1).
Guest Editors are free to contribute a maximum of 4 papers to their Special
Issue. Of these four, one introductory short Editorial and one long Review
Article would be exempted from the regular open access publication charges
of the journal. As for the timeline of the Special Issue, we generally like
to give submitting authors around 6 months from the initial Call for Papers
to the submission deadline, another 3 months to the First Roun... 阅读全帖 |
|
f*******3
发帖数: 63 | 6 A special issue for an international genomic journal(IF=1).
Guest Editors are free to contribute a maximum of 4 papers to their Special
Issue. Of these four, one introductory short Editorial and one long Review
Article would be exempted from the regular open access publication charges
of the journal. As for the timeline of the Special Issue, we generally like
to give submitting authors around 6 months from the initial Call for Papers
to the submission deadline, another 3 months to the First Roun... 阅读全帖 |
|
m**********r
发帖数: 125 | 7 寻求几位peer reviewers
文章主题是genomics, polymorphism analysis, SNP analysis等等
请发简历至[email protected]/* */
谢谢 |
|
A*F
发帖数: 2272 | 8 寻找2-3个reviewers
文章内容是关于心脏病的association study
需要有genomic bioinfo方向背景
只做wetlab的不行
请发联系方式和简历/发表文章列表到[email protected]/* */
谢谢 |
|
D********r
发帖数: 135 | 9 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: DreamTiger (钟爱你一生), 信区: Biology
标 题: 求审稿机会（Bioinformatics in Genomics and Proteomics）
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 20:26:46 2017, 美东)
急求审稿机会，基因组生物信息学或者蛋白质组生物信息学，站内联系，多谢。 |
|
发帖数: 1 | 10 版上各位大神，若手里有资源，欢迎赐小的review机会。领域：computational
biology, genomics, gene network, network analysis.
请站内联系。急求！一定会保证质量和速度。谢谢！ |
|
i*******i
发帖数: 145 | 11 【 以下文字转载自 JobMarket 讨论区 】
发信人: ilikepili (ilikepili), 信区: JobMarket
标 题: 生物信息求内推(bioinformatics/genomics/NGS/algorithms/software/)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 29 14:48:42 2013, 美东)
小弟我今年8月份博士计算机科学（计算生物学和生物信息方向）毕业，9月份可以上班
（OPT）。
现在最希望是找一些生物技术或者制药公司。我博士期间主要的研究方向是做算法设计
和生物信息软件开发。我自以为编程还是不错的，C, C++, Java, Perl, Python,
Matlab, R 都没有问题。另外在一个医学研究所做了4年的癌症项目，都是跟测序和分
析相关的。博士期间发表7篇文章，另3篇在投。
小弟在此求大家的内推，天南地北大小公司都行，普通工作没有intern也行。如果大家
有好介绍可以跟回复本贴或站内发信，我会附上更完整的简历。
谢谢！！ |
|
m******u
发帖数: 431 | 12 哇塞。有没有人体/病人 genome信息存在这些电脑里呀，这可是极端隐私的。
盗贼是冲着钱财去的吗，电脑不怎么值钱吧。 |
|
i*******i
发帖数: 145 | 13 【 以下文字转载自 JobMarket 讨论区 】
发信人: ilikepili (ilikepili), 信区: JobMarket
标 题: 生物信息求内推(bioinformatics/genomics/NGS/algorithms/software/)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 29 14:48:42 2013, 美东)
小弟我今年8月份博士计算机科学（计算生物学和生物信息方向）毕业，9月份可以上班
（OPT）。
现在最希望是找一些生物技术或者制药公司。我博士期间主要的研究方向是做算法设计
和生物信息软件开发。我自以为编程还是不错的，C, C++, Java, Perl, Python,
Matlab, R 都没有问题。另外在一个医学研究所做了4年的癌症项目，都是跟测序和分
析相关的。博士期间发表7篇文章，另3篇在投。
小弟在此求大家的内推，天南地北大小公司都行，普通工作没有intern也行。如果大家
有好介绍可以跟回复本贴或站内发信，我会附上更完整的简历。
谢谢！！ |
|
t*******r
发帖数: 364 | 14 San Diego今年有交大型的Genetic and Genomics相关的会议吗？ |
|
i*******i
发帖数: 145 | 15 【 以下文字转载自 JobMarket 讨论区 】
发信人: ilikepili (ilikepili), 信区: JobMarket
标 题: 生物信息求内推(bioinformatics/genomics/NGS/algorithms/software/)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 29 14:48:42 2013, 美东)
小弟我今年8月份博士计算机科学（计算生物学和生物信息方向）毕业，9月份可以上班
（OPT）。
现在最希望是找一些生物技术或者制药公司。我博士期间主要的研究方向是做算法设计
和生物信息软件开发。我自以为编程还是不错的，C, C++, Java, Perl, Python,
Matlab, R 都没有问题。另外在一个医学研究所做了4年的癌症项目，都是跟测序和分
析相关的。博士期间发表7篇文章，另3篇在投。
小弟在此求大家的内推，天南地北大小公司都行，普通工作没有intern也行。如果大家
有好介绍可以跟回复本贴或站内发信，我会附上更完整的简历。
谢谢！！ |
|
x**j
发帖数: 63 | 16 我看到Human Genome和MedImmune都在招电气自控工程师，我有十几年这方面的工作经
验，很想试一试。 我不需要雇主sponsor. 恳请在那里工作的朋友帮忙递一下简历，不
胜感激！
可站内联系或Email： x******[email protected] |
|
P****A
发帖数: 55 | 17 【 以下文字转载自 Overseas 讨论区,原文如下 】
发信人: phdusa (出国迷), 信区: Overseas
标 题: Post-Docs.com => Postdoc Proteomics/Genomics
发信站: The unknown SPACE (Sat Feb 24 23:52:56 2001) WWW-POST
Postdoc positions posted on the post-doctoral website:
http://www.post-docs.com |
|
P****A
发帖数: 55 | 18 【 以下文字转载自 Overseas 讨论区,原文如下 】
发信人: phdusa (出国迷), 信区: Overseas
标 题: Post-Docs.com => Postdoc Proteomics/Genomics
发信站: The unknown SPACE (Sat Feb 24 23:52:56 2001) WWW-POST
Postdoc positions posted on the post-doctoral website:
http://www.post-docs.com |
|
P****A
发帖数: 55 | 19 【 以下文字转载自 Overseas 讨论区,原文如下 】
发信人: phdusa (出国迷), 信区: Overseas
标 题: Post-Docs.com => Postdoc Proteomics/Genomics
发信站: The unknown SPACE (Sat Feb 24 23:52:56 2001) WWW-POST
Postdoc positions posted on the post-doctoral website:
http://www.post-docs.com |
|
P****A
发帖数: 55 | 20 【 以下文字转载自 Overseas 讨论区,原文如下 】
发信人: phdusa (出国迷), 信区: Overseas
标 题: Post-Docs.com => Postdoc Proteomics/Genomics
发信站: The unknown SPACE (Sat Feb 24 23:52:56 2001) WWW-POST
Postdoc positions posted on the post-doctoral website:
http://www.post-docs.com |
|
|
M****e
发帖数: 70 | 22 one of them, a group in China different from the HuaDa Genome
Center, addressed the sequence of chr. 4 for O. sativa (i cannot
remember whethere this is the same subspecie as the draft seq.).
this work showed the 34.6Mb-long chr. 4 has the longest known
centromere in plants, harbors 4658 predicted proteins and 70
tRNAs. it domonstrates syntenies shared with other subspecies,
but little conservation to Arabido psis for gene orders (pay attn.
synteny but not homology).
Nature 420:316
the other gro |
|
s******s
发帖数: 13035 | 23 上次还有人给我抱怨大鼠的genome assemble得一塌糊涂没法用, 这帮人这么不抽点时间
好好完善一下 |
|
t****p
发帖数: 1504 | 24 生物学家研究一个基因的功能有不同的手段，比如说敲除，过表达，用RNAi降低表
达等等，比较不常用的是用小分子抑制剂或者激活剂。小分子干扰细胞或者机体有很多
优势：1、它很快，不需要做克隆转染等，可以直接通透细胞；2、它很便宜；3、它很
容易做到dose dependent，不同浓度观察表型的渐进变化来确证结果；4、它可以在任
何时间作用，比如在细胞分化的某个阶段加入小分子来观察特定阶段基因的功能，其它
方法就很难做到；5、小分子作用于某个组织细胞，也会作用另一个组织细胞，通常某
种小分子作用在一个物种上，也作用在另外一个进化上不是很远的物种上，无需重复劳
动；6、小分子还很容易进行组合同时作用于细胞或个体。
如果有一个抑制或者激活某个蛋白的小分子工具箱（toolbox），那么科学家研究某
个基因在不同组织不同物种上的功能就方便多了。此外，小分子化合物可以做药，如果
它作用于某个蛋白可以干扰某种疾病的进程的话。在这种思想的指导下，NIH从非常紧
张的预算经费（全年300亿左右）中每年拨出1亿美元在全美各地兴建并支持Chemical
Genomics Center（NCGC，小 |
|
n********b
发帖数: 27 | 25 There is a Research Associate II position opening in a Genomics-Microarray
Core in a Medical Center in southern CA-Los Angeles Area. Please send your
resume/CV to c*****[email protected] and/or o****[email protected], if you are interested
in it. Thanks.
See job descriptions: |
|
X***n
发帖数: 366 | 26 我以前老是觉得class的继承，派生class的object指向父class的冗余代码，会像
pseudogene或者其他的所谓junk DNA一样。
Genome是进化来的。OS是为最大效率低管理计算资源design出来的。 |
|
e****l
发帖数: 204 | 27 Can someone help me with the following paper, from Cancer Genomics Proteomic
s?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20065321
Position dominant sequence elements in experimentally verified human promote
rs and their putative relation to cancer.
Please send to c*****[email protected]
Thanks a lot! |
|
X***n
发帖数: 366 | 28 genome.ucsc.edu
open the BAC track. Go to gene ApoE. Select the BAC clone. You can order
from Invitrogen.
and
non- |
|
k*******3
发帖数: 1909 | 29 在NCBI下载了human的Assembled_chromosomes
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/
可以看到对于每个染色体，都有三种fasta file，比如染色体20，有
hs_alt_Celera_chr20.fa
hs_alt_HuRef_chr20.fa
hs_ref_GRCH37_chr20.fa
这三种file里面的序列还不一样，请问是怎么回事？究竟哪个是human的第20条染色体的sequence呢？
谢谢。 |
|
e*******e
发帖数: 1837 | 30 hs_ref_GRCH37 is the reference assembly. hs_alt_Celera and hs_alt_HuRef are
two alternative assemblies from the Celera project and the Craig Venter
genome.
Just use the reference if you don't care much about individual differences.
体的sequence呢？ |
|
t*d
发帖数: 1290 | 31 get it from genome browser at UCSC instead.
体的sequence呢？ |
|
z****g
发帖数: 972 | 32 看附图。
有没有什么软件能够输入Genomic Sequence，自己可以标记哪里是intron，exon和
insertions？就像画质粒图谱的那种软件一样？ |
|
s*******g
发帖数: 246 | 33 最近有考虑读phD，不想读太基础的，想读个和临床实验室有关的，以后毕业后往那个
方向靠。一直很感兴趣基因方向，觉得基因诊断和治疗会有很好的发展。在网上查了
genome science， 不知道这儿有谁是在读的或者已经毕业的？能否给个建议了？ 我国
内学临床的，美国生物小硕毕业，现在在一家医院的实验室做技术员。在此先谢啦 |
|
d***y
发帖数: 8536 | 34 搞genome的话 你CS好吗？ 不行酒别搞，全都是数据的mining. |
|
y***i
发帖数: 11639 | 35 在pubmed上只找到GeneID/Symbol之类的database，我现在需要每个human/mouse的
RNA的genome position 的database，大侠们是否知道哪里能下载？多谢！！ |
|
n******7
发帖数: 12463 | 36 UCSC genome browser (准确说，应该用table browser下载需要的track） |
|
c*****e
发帖数: 619 | 37 I want to break oat genomic DNA into fragment of 10KB, what should be the
setting? So that I can get the fragment of the size I want?
Thank you! |
|
s********l
发帖数: 1195 | 38 how about small scaled sequencing to start with? not whole genome.
like a disease-correlated contig or something.
it doesn't seem like something one single lab could do. |
|
l***i
发帖数: 168 | 39 只知道
关于 zebrafish, 有 Zfin
关于 mouse， 有 MGI
另外，NCBI 和 Ensembl 是综合性的。
有关于其它常见实验动物模型的genome database吗，比如 drosophila , yeast？ 谢
谢。 |
|
c********r
发帖数: 1125 | 40 俺们实验室原来的那个就是siRNA的genome RNAi筛选，有机械臂。
但是我觉得前期的优化和后期的数据处理都是问题。比如设计好的程序来尽量减少假阳
性，总之需要一定编程能力的人是最好，否则只能针对一些很简单的表形。
比如今年nature有一篇EMBL的mitocheck的那个筛选，人力物力巨大，但是我们组至少
就发现他们在某些表形上漏了很多candidates。。。当然没有完美的东东啦。。
后期数据处理分析需要服务器，数据库等等。。。总之需要的技术支持不少。
那个筛选开始的时候我们学校还没有BIO-screen facility center,所以所有的程序优
化，数据处理基本都是一个PHD做的。。。
现在学校有辅助中心了，工作量小了很多，他们也买了很多LIBRARY,药物的，化合物的
，部分基因组的等等。
当然最重要的还是要有钱。。。老板当年为了做这个筛选四处要钱都抓狂了。。。我还
记得我刚进实验室的时候老板跟我说："靠，现在总算有钱来实施我的雄伟计划X了。。
哦哈哈哈"...汗 |
|
y*********1
发帖数: 46 | 41 For short sequence, you can copy and paste to NEB Cutter to get RE sites.
For long sequence, you can use UCSC genome browser to export single RE sites
in Bed format. |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 42 我想问下，做genomics（如果bench work和computational都受过不错的training），
如果以后学术的道路走不通，在非学术，比如industry方面出路如何呢？容易找到工作
么？（我要求不高，一个人过日子能糊口就可以了)
谢谢各位前辈 |
|
w******y
发帖数: 8040 | 43 做genomics最重要的是要有一招鲜
随便举个华人成功的例子: UCSD的Bing Ren and Kun Zhang |
|
p******i
发帖数: 1092 | 44 我google了一下，貌似有它線粒體的genome...
我現在要pcr一個基因的cDNA，但是它有3個isoforms，如果設計primer針對coding
sequence，3個都有可能被P出來……
而，實踐證明：P出來的是不想要的那個……
我想是不是可以先對UTR做PCR，然後再P coding sequence...
其中的一個isoform有5UTR 和3UTR，但是不知道其他的2個有沒有…… |
|
b****r
发帖数: 17995 | 45 啥？五百刀一个genome？
一个run啥意思a |
|
p******n
发帖数: 874 | 46 100M per run, the through put is too low. Now to sequence a human genome
that have enough coverage (30x), the bam file has a size of 100G. |
|
m***T
发帖数: 11058 | 47 所以它的定位一开始就不是whole genome。有时候并不需要大而全，而是小而精，比如
定位于检测某种疾病，应该是足够了。Ion对于microarray的冲击可能会更大，尤其是
validation或clinical方面。 |
|
e*****t
发帖数: 642 | 48 i just want to know if whole genome DNA seq is available. I would like
bother my boss to sign the form if yes. otherwise, i would not not bother.
anybody knows? I probably don't need clinical and personal info. |
|
X***n
发帖数: 366 | 49 In UCSC genome browser, search your gene, zoom in to about 100 bp
you can see the details. |
|
r*****y
发帖数: 3406 | 50 哪位做过的大侠给讲讲基本步骤啊
俺现在是有了genome的DNA序列，第一步是蛋白预测
看文献是用critica，generation， glimmer预测，在有手工fix
这些分析都是在哪做的？就在NCBI上找到了Glimmer
另外两个谁用过？是免费的软件么？
还有就是有些文献上讲IMG这个组织给手工curation
谁知道这个组织是咋回事？是免费的还是要给钱？
从来没接触过bioinformation的人在做基因组分析
内牛满面啊 |
|
