w********e
发帖数: 275 | 1 for gene prediction, there are many tools. If you don't want to miss any
genes,use ORF finder.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/
I think there should be other versions that allow you to set M as the
starting amino acid of ORF.
To see the difference on genes between two genomes, you can run a orthologs
comparison between two genomes. There are a number of those sites too, just
google. |
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C*******e
发帖数: 4348 | 2 IMG不是一个组织
是Joint Genome Institute的一个软件
按照对象的不同还分IMG-EDU（education），IMG-ER(expert)之类
http://www.jgi.doe.gov/software/
你在这个链接可以找到
不过你的genome在哪里测的序啊？
要用IMG的话你的序列必须在它的数据库里
如果不是在JGI测的，而且是刚测出来的还没有发表的，估计不在那个数据库里 |
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h****k
发帖数: 182 | 3 怎么使用table browser估计cat genome 多少基因被annotated,一个课程的作业，问的
是 How many ‘genes’ are annotated in cat genome? Describe what track/
database you used to get this number. Hint, you will want to use the “
summary/statistics” option to get the answers.thanks. |
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j*p
发帖数: 411 | 4 For example:
Go to this link:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?hgsid=184582003&clade=m
choose the right clade/genome/assembly, and choose refseq genes, and click
summary/statistics.
If it doesn't work give a file name and click "get output", you should
download a file and you can count in Excel how many refseq genes are
annotated. |
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R****n
发帖数: 708 | 5 I'd like to analyze a DNA fragment from genomic DNA. No PCR, The length is
around 100-300bp. How can I selectively extract the DNA fragment from
genomic DNA.Thanks |
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m***c
发帖数: 177 | 6 If someone is interested in the topic, please don't hesitate to let me know.
Book will be about genome and genome sequencing. |
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m***T
发帖数: 11058 | 7 目前318还没出来，按计划应该是年底或明年年初的事情了。如果按单位时间来算，它
也许不算低，但它每一个chip的能力就在那里，没有太大的余地去提高。提高通量的主
要办法就是新设计的chip。如果按$/base来计算，用Ion的平台来run比较大而复杂的
genome的成本应该比其它平台要高一些。所以它主要针对的是target reseq，而非whole genome sequencing。316 chip因为有100M的通量，所以做whole transcriptome应该也是能胜任的。 |
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b*****r
发帖数: 15 | 8 帮老板发个招PhD学生的广告，不知道发在这里合不合适，大家包涵
* PhD in Computational Evolutionary Genomics *
We are looking for a highly motivated and innovative PhD student to explore
the repertoire and the evolution of non-protein coding RNAs (ncRNAs) using
computational genomics.
The eukaryotic transcriptome appears now far more complex and extensive than
previously anticipated, with the majority of RNA transcripts originating
from outside of protein-coding genes. However, despite the increasing
interest in such transcrip... 阅读全帖 |
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n**a
发帖数: 212 | 9 做了一个knock-in construct，全长13kb的genomic DNA, 单克隆，maxi-prep , 酶切
都是正确的，送去测序却20个引物只能有6个正常测序，其他要么扩增奇短，要么不反
应，要么杂峰。
大家给看看，是不是genomic DNA测序有什么要注意的？多谢! |
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x******m
发帖数: 736 | 10 比如某个500kb genomic region
只想看这个区域的H3Kme3，不想做genome-wide，所以不能用chip-seq。
有什么简单的方法吗？ |
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h******y
发帖数: 55 | 11
lbp7 which was found in one genome cancer study does work in cancer therapy.
Genome cancer study huichang promising |
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m**h
发帖数: 381 | 12 不好意思，上来问个比较愚笨的问题，请大家不要笑话。
老板让做一个漂亮一点的示意图，大意是选取一种已知的bacteria的genome，然后选取
一种限制型内切酶或者是几种内切酶的组合，在fragmentate整个genome的同时，把长
约1Kb的目标基因A切成均匀的大约200－300bp左右的片断。需要局部放大显示基因A的
序列信息和酶切位点。
请问用什么DNA分析的专用软件能做出这样的图？还是要用photoshop之类的软件自己画
？谢谢了！ |
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u*********1
发帖数: 2518 | 13 我倒不一定想做science
只是觉得这涉及很多的sequencing/genomics/bioinformatics,一方面很有趣；另外好
像找工作（不管是学校还是industry）是不是比较有前景？
所以想接受这方面（sequencing/bioinformatics)的训练
另外我在烂校，老板MD-PHD的AP；但老板的老板是超级大牛
按照你的说法，什么方向都是人满为患，大家都不用做了。
而且我读了一些paper，现在published的各种疾病的whole-genome structural
variants的研究，比较靠谱的结果还仅仅是基于array CGH的成果；而不是next-gen sequencing，因为一方面next-gen sequencing还是比较贵的，做不了大规模;另外基于sequencing data的各种鉴定软件的结果根本都自相矛盾，还需要软件进一步的开发当然更重要的是测序技术本身的发展（比如更大的read length）
当然了，我上面说的估计牛人们早开始谋划了，只不过还没publish出来
个人想法，说的不对请指正
的AP faculty了。俺们... 阅读全帖 |
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p*****p
发帖数: 61 | 14 生物博士后，准备申请绿卡，需要积累审稿数量。
尝试给杂志编辑写了几封信没有回音，双管其下，也到这里来寻求帮助
领域关键词：
genomics,medical genomics,gene expression regulation, molecular biology,NGS
data analysis
希望得到推荐
有意帮忙者站内信件联系
非常感谢 |
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b******r
发帖数: 111 | 15 I have done '用chloroform 再洗一次，75% ethanol 再沉淀。',but yield is too
low.
Can I do this:
add NaAc(0.1 volume of genomic DNA), mix,then 2.5 volume of 100% ethanol to
precipitate again? The question is: does a little NaAc still stay in
purified genomic DNA and inhibit digestion of HindIII? |
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t*****z
发帖数: 1598 | 16 各位早上快乐！我们组做了个生信方法加软件，到了准备投稿的阶段。但是我们组是微
生物和生态学方向的，没有搞生信方法的经验，不清楚这一行的水深。稍微讨论了下，
想要先从Genome Biology试试，因为我们看到一些同类的方法发在这个上面。在此请教
各位，我们这种情况有什么需要注意的地方呢？会不会太好高骛远了些？Genome
Biology这杂志竞争激烈吗？从投稿到得到反馈大概要多久呢？谢谢！ |
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y***y
发帖数: 709 | 17 被GB据过的人表示这个杂志的editor确实很装13。
上来直接就说你们文章的读者群比较小，我们认为BMC Genomics更适合你们。
老板气不过，写了一篇很长很长的argue信回去，告诉他们我们文章的读者群都有哪些。
人家依然很拽地回信，我们还是觉得你们文章还是更适合在BMC Genomics。 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 18 谢谢指点！这Genome Biology和BMC Genomics到底是什么关系呢？我在别的地方也看过
前者拒了推荐到后者的说法。
些。 |
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H*g
发帖数: 2333 | 19 Genome Biology has a special genome issue due by February. They are calling
for manuscripts now. I guess the software you developed may fit their theme.
You may contact the editors to see if they like it.
Give it a try and the turn-around time should be pretty quick! |
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P*********y
发帖数: 41 | 20 Does anyone know currently whether it is feasible to do whole-genome
bisulphite sequencing using tissues from Laser capture microdissection (LCM)
? Are there any protocol available to amplify genome DNA from LCM tissue?
Thanks! |
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P*********y
发帖数: 41 | 21 Does anyone know currently whether it is feasible to do whole-genome
bisulphite sequencing using tissues from Laser capture microdissection (LCM)
? Are there any protocol available to amplify genome DNA from LCM tissue?
Thanks! |
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P*********y
发帖数: 41 | 22 Thank you.
However what I want is a protol that can amplify the whole genomic DNA from
LCM tissue, not several target genes. The point here is "whole-genome"
bisulphite sequencing.
degradation |
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b*******n
发帖数: 42 | 23 Why do you need to amplify genome DNA? QIAGEN just had a kit to make BS
library with 10ng of genome DNA.
LCM) |
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H*****e
发帖数: 120 | 24 Sorry, I did not explain myself clear. I guess that my mind is puzzled with
too many question and try to get answer once.
I will ask BGI to do it. Since it is too expensive, with available fund, I
can only have two imperfect choices:
1. to combine samples: for example, combine all controls and all tumors. Run
two whole genome bis-sequence.
2. down to RRBS or eRRBS, to do 3 controls and 3-5 tumors.
The first one lose the statistical power; we may have trouble to publish it
in the future. Howeve... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 25 pls refer fresh new both papers:
a,
by Morozov VY and Ioshikhes IP. (2013).
Optimized Position Weight Matrices in Prediction of Novel Putative Binding
Sites for Transcription Factors in the Drosophila melanogaster Genome.
PLoS One. 8: e68712.
Abstract
Position weight matrices (PWMs) have become a tool of choice for the
identification of transcription factor binding sites in DNA sequences.
below ignored
In the present study, we extended this technique originally tested on
single examples of trans... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 26 cited,
>Both zinc finger nucleases (ZFNs) and TAL effector nucleases (TALENs)
>can be used to mutagenize genomes at specific loci, but
these systems require two different DNA binding proteins
flanking a sequence of interest, each with a C-terminal
FokI nuclease module. As a result these methods have not
been widely adopted by the plant research community.
from
>Belhaj K et al., (2013).
>Plant genome editing made easy: targeted mutagenesis in model and crop
plants using the CRISPR/Cas >system.
>P... 阅读全帖 |
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d***s
发帖数: 1062 | 27
ucsc genome browser只能看peak，不能比较分析。
galaxy不了解，是个分析平台。
从geo上下载chip-seq的data files。上传到genome browser里my data下的customer
tracks里。
customer tracks里有对上传文件格式的要求。可以上传多个文件，同时查看。
上传完以后，你就可以搜索并查看你感兴趣的locus的TF binding peaks了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 28 倾情奉献下哈
ChIP-seq Tufts Uni online pptx slide lecture:
Pls refere 重点:
Day 4: Analyzing peaks for transcription factor binding site consensus
sequences.
---
Day 1: ChIP techniques, library production, USCS browser tracks
HTTP double dot//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-Analysis
_pt1.2.ppt
Day 2: QC on reads, Mapping binding site peaks, examining read density maps.
HTTP double dot//sites.tufts.edu/cbi/files/2013/02/ChIP-seq-Methods-and-
Analysis-pt2.31.ppt
Day 3: Analyzing peaks... 阅读全帖 |
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l*******1
发帖数: 38 | 29 other malignancy defects->genomic instability
or
genomic instability -> malignancy? |
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N******n
发帖数: 3003 | 30 TCGA测序了很多cancer type,发现了很多突变，希望找到cancer driver mutations。
1000 genome,发现了很多个体之间的差别。
现在的结论是cancer genomic 对临床有用,可以指导临床治疗，个性化治疗，著名例子
就是Angellina jolie的乳房切除对乳腺癌的预防。但是作为研究来说，还能搞些啥？
继续提高driver mutation的预测和检测，特别是对二代测序里面的noised signaled
background.
现在NIH搞了个研究方向就是和这个相关的：exceptional responder 相关的个性化治
疗，就是不知道如何下手。 |
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l********e
发帖数: 415 | 31 月薪6000，只要求本科学历? 没看错吧。
(
.
/* */), Director, Center for Genomics, LLU. |
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m*********D
发帖数: 1727 | 32 大谢！
不记得lentivirus的vector会整合到genome呀。他那个GeCKO v2 vector（包含guide
sequence和Cas9)也能整合进genome吗？
我们有一个自己筛出来的compound，还有一个新的pathway, 所以，想借他的这个思路
，找出这个pathway上的其他蛋白分子。这个思路很不错。
谢谢这里的大侠们。上次来问CRISPR技术,倒是真用这里大侠们提供的方法和思路，作
出了single amino acid的突变（还有几个Nt的突变，引入酶切位点和搞掉PAM，但不改
变amino acid)，连两个拷贝都replace的克隆也拿到很多。这里还真酸生物同行的家。
：）。 |
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S**********l
发帖数: 30 | 33 几个月前在这里登过。Offer被(国)人拿去做了备胎。耽误了几个月，现在从新再来。
Responsibilities include but are not limited to:
• Develop computational methods and pipeline for vaccine design using
NGS data
• Apply the established methods on Merck data and public data and
identify vaccine candidate genes.
• Identify biomarkers associated with response to treatment and
patients stratification using population genomics approach.
Qualifications:
Ph.D. in related areas.
Demonstrated experience and knowledge on bioinfo... 阅读全帖 |
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c***y
发帖数: 615 | 34 有人知道怎么download吗?
它的excel summary 上有>50K sequences, 应该不全是reference genome吧.
ncbi reference bacterial genome 只有2000多, 这里号称更全, 可是如何找到list,
用command line download?
多谢!! |
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s******r
发帖数: 5309 | 35 楼主没有给genome editing泼冷水，其实是给genome editing的滥用泼冷水。 |
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发帖数: 1 | 36 Genomics PhD ，干湿背景均有，有ChIP-seq (transcription factor, histone), NGS
based DNA methylation, cancer epigenetics, RNA-seq, Exome, Whole genome
sequencing analysis的经历和相关文章，保证一周内回复稿件，各位有什么相关领域
审稿的求发稿啊。 谢啦！ |
|
发帖数: 1 | 37 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27893702
Nat Biotechnol. 2016 Nov 28. doi: 10.1038/nbt.3753. [Epub ahead of print]
Failure to detect DNA-guided genome editing using Natronobacterium gregoryi
Argonaute.
Lee SH1, Turchiano G2,3, Ata H4, Nowsheen S4, Romito M2,3,5, Lou Z6, Ryu SM1
,7, Ekker SC8, Cathomen T2,3,9, Kim JS1,7.
Author information
1Center for Genome Engineering, Institute for Basic Science (IBS), Seoul,
South Korea.
2Institute for Cell and Gene Therapy, Medical Center-University of F... 阅读全帖 |
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Z******5
发帖数: 435 | 38 我们实验室重点研究的就一个基因（这也是在这边为啥发愁的原因，一直不知道该研究
啥）。目前手头积累了各种和这个基因相关的database来源数据，提示可以往3D
genome这个方向试试。我第一步打算从这个基因的ChIP-seq上拓展到ChIA-seq，看它影
响的3D genome结构。至于Hi-C，至少目前对我来说还不是必须的。
不过你说的crosslink问题，如果我现在入手做ChIA-Seq，肯定要用这个办法的，好像
避免不了。 |
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z*t
发帖数: 863 | 39 你这个是什么细胞？
现在Hi-C 有好多的database可以看
Yue Feng lab @ PSU
Juiciebox里面也有好多
：我们实验室重点研究的就一个基因（这也是在这边为啥发愁的原因，一直不知道该研
究啥）。目前手头积累了各种和这个基因相关的database来源数据，提示可以往3D
：genome这个方向试试。我第一步打算从这个基因的ChIP-seq上拓展到ChIA-seq，看它
影响的3D genome结构。至于Hi-C，至少目前对我来说还不是必须的。
：不过你说的crosslink问题，如果我现在入手做ChIA-Seq，肯定要用这个办法的，好像
：避免不了。 |
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n********b
发帖数: 27 | 40 There is a genomics scientist/research specialist position opening in the
Genomics Center of a university in southern California. The position is
supported by hard money with great career growth. Please see the link of the
job description. Please send your CV to Dr. Wang at [email protected]/* */ if you
are interested in.
https://www.healthcaresource.com/lomalinda/index.cfm?fuseaction=search.
jobDetails&template=dsp_job_details.cfm&cJobId=111748 |
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j***x
发帖数: 1469 | 41 大家好，我要在文章的supplementary material里加一个转录因子的ChIP-seq的截图，
ChIP-seq数据来自genome.ucsc.edu.请问大家有没有范文提供一下？ 具体怎么引用和
表述。谢谢！
最好是PNAS格式的，genome research的也行。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 43 https://ctds.uchicago.edu/careers
芝加哥大学转化数据科学中心，前身叫大数据科学中心
介绍一下，组里项目很多，是第一个做出来Data Commons的(NCI's
Genomics Data Commons)，现在NIH各大分部大数据大跃进，基本
都有我们插一腿. 组里有几个自己的云，光GDC一个项目就有20PB的
storage, CPU core上万。其他几个项目也有用AWS/GCP的。
有人会问你怎么还在发广告，还没找到人啊？其实是一直招人，上
次发广告的时候组里三十号人，现在差不多七十号，所以广告一直有。
待遇从优的意思就是绝对比普通学校的bioinformatician待遇高很多，
是和学校做CS的同级别类似待遇。组里这么多bioinformatician, 只有
一个是和老婆回西班牙，其他的这么多年没有跳槽的。
这个名额主要是给GDC工作，prefer genomics和pipeline background.
当然，你的background不一样也没事，有其他强项我们也会考虑，比
如编程超强等也行，我们也不止GDC一个项目。有兴趣的直接到网... 阅读全帖 |
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x******m
发帖数: 736 | 44 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: xydotcom (niuma), 信区: Biology
标 题: 求bioinfo／genomics工作推荐
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 21 17:50:19 2012, 美东)
biostat的master，Phd在这个实验室做了３年的bioinfo和genomic，实在不想读了，有
小孩压力大，想早点工作。求推荐。不苛求任何location。非常感谢 |
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发帖数: 1 | 45 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: lmsms (), 信区: Biology
标 题: 博后是去cancer genomics还是去human genetics lab？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu May 12 00:18:54 2016, 美东)
phd做些生信数据分析，博后想换方向，以后去工业界，是做cancer genomics还是去
human genetics以后更容易去pharma/biotech公司？这两个我感觉有时候挺像的，都做
variant calling and functional interpretation, 也许是我的理解太浅薄了，区别
主要在哪里呢? 哪个未来更有前景？ |
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v**********m
发帖数: 5516 | 46 BENLYSTA 上市还不到一年，很多病人连一个疗程都还没有做完，销售怎么可能好呢。
大家好好等上一年吧，以现在的价格，我觉得100%的回报一定会有的。
在PEAK期这药有Billion 级别的销售额，而且Margin几乎是100%，比DNDN高不少。
Being Selective in Biotech: Carol Werther
Source: George S. Mack of The Life Sciences Report
News about The Life Sciences Report
March 2, 2012 (Investorideas.com Newswire) In an industry steeped in complex
research and speculative drug development, successful biotech investing
requires real sophistication. Senior Biotechnology Analyst Carol Werther of
Boston-based Summer... 阅读全帖 |
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i*******i
发帖数: 145 | 47 【 以下文字转载自 JobMarket 讨论区 】
发信人: ilikepili (ilikepili), 信区: JobMarket
标 题: 生物信息求内推(bioinformatics/genomics/NGS/algorithms/software/)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 29 14:48:42 2013, 美东)
小弟我今年8月份博士计算机科学（计算生物学和生物信息方向）毕业，9月份可以上班
（OPT）。
现在最希望是找一些生物技术或者制药公司。我博士期间主要的研究方向是做算法设计
和生物信息软件开发。我自以为编程还是不错的，C, C++, Java, Perl, Python,
Matlab, R 都没有问题。另外在一个医学研究所做了4年的癌症项目，都是跟测序和分
析相关的。博士期间发表7篇文章，另3篇在投。
小弟在此求大家的内推，天南地北大小公司都行，普通工作没有intern也行。如果大家
有好介绍可以跟回复本贴或站内发信，我会附上更完整的简历。
谢谢！！ |
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l********s
发帖数: 395 | 48 吐槽一下。Genome Biology是不是超慢？有片文章revision version投了20天, 看状态
还是 initial assessment，没给reviewers看 (I had 2 reviewers for the initial
submission). 写邮件问了editorial office,没回音。感觉这个杂志很傲.
只有等？ |
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G***y
发帖数: 1082 | 49 BMC的杂志都挺慢，不过Genome Res更慢。。。
initial |
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发帖数: 1 | 50 版上各位大神，若手里有资源，欢迎赐小的review机会。本人目前博后第二年。
领域：
computational biology, genomics, gene network, network analysis.
请站内联系。急求！一定会保证质量和速度。谢谢！ |
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