s*******g
发帖数: 170 | 1 Journal name: Calcified Tissue International and Musculoskeletal Research
感兴趣的把你的姓名和email站内发信给我，我把这个审稿机会推荐给你。Thanks!
Manuscript Number: CTIN-D-14-00215
Title: Remineralization of initial enamel caries in vitro using a novel pep
tide based on amelogenin
Abstract: The purpose of this study was to design and synthesize a novel pep
tide based on the amelogenin, and assess its ability to promote the reminera
lization of initial enamel caries lesions. Enamel blocks were demineralized
for 3 days to ... 阅读全帖 |
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x**********7
发帖数: 973 | 2 【 以下文字转载自 Pharmaceutical 讨论区 】
发信人: xiaojiang007 (夜叉巡海), 信区: Pharmaceutical
标 题: 我们公司招一个初级职位，做PD /formulation
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 26 21:53:45 2016, 美东)
我们组招一个本科硕士级别的 PD associate scientist
限定本科硕士学位 （这是老板的决定）
有同胞愿意来，请email 我你的简历和coverletter （下面可能要正式贴广告）
先说一下这个职位优缺点让大家有个准备：
缺点： 公司小，原本是CMO，低级职位，工资不高，所在小城市偏僻 （GA一个极小城
市）
优点： 做的方向不错，兼做formulation和proccess development，了解的自然知道
PD比RD好得多。公司可以支持H-1B（自己抽签），公司正在赚钱扩张
Job description
Responsibilities:
This entry level position will focus on process and fo... 阅读全帖 |
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N*****m
发帖数: 42603 | 3 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: krzkrz (krzkrz), 信区: Military
标 题: 菊花党想想怎么把屎吃回去吧
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 23 14:12:37 2012, 美东)
发信人: pangduer (白飞飞), 信区: WaterWorld
标 题: Re: 傅瑾教授：已经把在哥大的学习经历说明和学位证书复印件提
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jul 23 14:03:45 2012, 美东)
对，这篇1997年的nature paper，列在第一位的yan shidu其实是唯一的通讯作者，列
在最后一位的本该是通讯作者的David Stern其实就是当时部门里的大牛。估计情况就
是David Stern是大老板，但是对这个project其实没啥贡献，然后是作为通讯作者的
Yan shidu是小老板，带领Fu Jin等一干人做出来的，才会有这样奇怪的authorship。
这样看来，Fu JIn实质上是真正干活的第一作者，凭这样一篇nature paper获得博士
也就没啥稀奇的了。Fu Ji... 阅读全帖 |
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x***a
发帖数: 19 | 4 Check this website:
http://www.pharmtox.pharm.ku.edu/index.php?page=content:faculty
Shirley ShiDu Yan
Howard Mossberg
Distinguished Professor
(785) 864-3637
s******[email protected]
Find out more about the Yan Lab.
Dr. Yan received her M.D. from Fujian Medical University in 1983 and
completed Postdoctoral training at the Physicians & Surgeons College of
Columbia University in New York in 1993.
Selected Recent Publications
Yan, SD, Yan, S-F., Chen, X., Fu, J., Chen, M., Kuppusamy, P., Smith, M.A.,
Perry.,... 阅读全帖 |
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a**********e
发帖数: 418 | 5 形成peptide和peptide水解所需要的活化能是一样的。如果没有这个能量水解的话，同
理也不能形成peptide.在实验室中合成peptide要比水解难多了。通常需要无水条件下
进行。你如果是做这行的就知道了。 |
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A***l
发帖数: 302 | 6 1. Identification of antigenic determinant peptides and synthetic peptide
combinatorial libraries
Since peptide vaccines must contain B-cell/T-cell recognized epitopes, it is
crucial to identify them. So far several methods have been used to identify
such epitopes. If the amino acid sequence of a protein antigen is known,
overlapping peptides can be synthesized and screened as targets for B cells,
MHC class I molecules/CTL cells (typically 8-10 amino acids) and MHC II
molecules/helper T cells (t |
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w******e
发帖数: 1187 | 7 1st of all, I actually don't do peptide aptamer myself, so don't trust
me too much:) following is the impression I got from reading.
afaik, the peptide w/ best kd is some RGD variant--there are a loooot
of variants, such as dimer/multimer of RGD, cyclic RGD, peptidomimetic
RGD, etc. It seems to me that no linear peptides has very good kd (again
from very small sample size), since peptide chain is too flexible.
circulirization/stapling is believed to increase kd by confining the
possible conforma |
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s******y
发帖数: 28562 | 8 well, in order to change the AA in any position into another AA, you need to
cut open the peptide chain, take out one AA, then slip in another AA, and
then ligate the whole thing together. It require too much energy and not
really doable.
If the AA transferase can make a long peptide chain even just form a short peptide, then it is a breaking of the central dogma. However, all the transferase identified so far, can not make long peptide chain. |
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d***3
发帖数: 181 | 9 Position: Full-Time Regular
Open date: Jan 18, 2011 10:33:36 PM
Functional area: Scientific
Location: Research Triangle Park, North Carolina
Required degrees: Master's Level Degree
Experience required: 5 years
Relocation: Not Indicated
Basic qualifications:
The ideal Physiologist / Cell Biologist candidate will have experience with
a focus in Enteroendocrine biology.
We are looking for an individual with a PhD in physiology or cell biology
with postdoctoral experience... 阅读全帖 |
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w******e
发帖数: 1187 | 10 peptide的affinity方面有新突破吗？还是大多都在uM量级？能不能推荐两篇
经典review？多谢！
另外最近多看了点东西，ms circularization对affinity的改善也有限？
看到两篇mRNA display搞出low nM peptide让我大跌眼镜，可是不知道是不是
昙花一现。有用yeast/bacteria display做peptide maturation的牛组吗？
往大点说，thermostable affinity reagent是holy grail级难题，要是peptide
不争气，岂不是始终只有aptamer一个参赛选手呵呵。指望靠avidity取胜的话，
用在in vivo/cell上还make sense，target是monovalent的话不能提高apparent
affinity吧？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 11 如果我们有特别明确的目标的话，的确是可以用你说的这种方法。
但是问题是我们是出于一个screening 的阶段，就是想看看不同的处理或者
细胞状态下，会对什么peptide 产生影响。但是我们现在得到了近千条
peptide sequencing, 但是在denotation 的时候，来源于同一个前体的
多肽会被标成同一个名字，这样就会对我们进一步分析数据产生不利影响，因为我们想
知道的是，在我们进行那些处理的时候，会不会产生新的多肽的形式，或者特异性的改
变其中一个形式的丰度。
比方这么说吧，Epiregulin 正常情况下是４９个氨基酸，但是说不定已经有人发现在
某些条件下能产生其他形式而且已经被人冠名为Epiregulin-2,Epiregulin-3等等名字
了。所以假如我们在搜寻的时候，能够自动的把那些其他形式的Epiregulin正确的冠一
个名，就会省我们非常非常多的力气，而不是会浪费我们的时间去研究一个别人已经研
究过的东西。
所以，我想，我们其实想要的，就是一个针对于peptidome 的denotation system.
当然，假如我们一横心，就把所有扫出来的pe... 阅读全帖 |
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j*****y
发帖数: 121 | 12 Novo Nordisk R&D Center China
Mini-pilot – Senior/Principal Scientist in DSP
Zhongguancun Life Science Park, Beijing
Novo Nordisk is a focused healthcare company and a world leader in diabetes
care. Novo Nordisk China R&D (NNRCC) is an integrated part of Novo Nordisk R
&D organization. Novo Nordisk wants to conduct pharmaceutical research
activities in China and expand its network to the scientific community. For
this purpose a new position is open for a dedicated and motivated Senior
Scientist/... 阅读全帖 |
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j*********5
发帖数: 7 | 13 最近开始新课题需要用mouse whole blood, 有些小白问题想请教一下版上各位大中小
牛。。。
我需要测试我们的peptide对老鼠免疫系统的影响，之前的老鼠实验打完peptide以后老
鼠体内IL6上升。现在老板不想继续用老鼠了，让用mouse whole blood 看看peptide有
没有相同的效果。
我想问这种实验，一般需要多少mouse whole blood? 50ml? 然后买的blood到了以后是
不是一定要当天做实验的，blood一般可以低温保存吗？
还有一个问题是我们认为可能是monocyte会和peptide有一些相互作用，想把monocyte
从whole blood中去掉。常规方法是不是用带抗体的magnetic bead把monocyte拖下来？
我还看到实验说monocyte可以贴塑料，让在petri dish 里培养，让monocyte贴壁，这
个方法可行吗？
新手对血液实验一点概念都没有，先多谢大家建议了。。。 |
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x**********7
发帖数: 973 | 14 【 以下文字转载自 Pharmaceutical 讨论区 】
发信人: xiaojiang007 (夜叉巡海), 信区: Pharmaceutical
标 题: 我们公司招一个初级职位，做PD /formulation
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 26 21:53:45 2016, 美东)
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g*****x
发帖数: 3283 | 15 bottom-up proteomics和拼图类似，先把peptide送进collision chamber，因为
fragmentation有一定的pattern，所以产生的abcxyz fragment ion可以和从database
sequence中计算预测的fragment ion进行比较：能match的fragment越多，对这个
peptide的confidence就越高。
目前主流仪器对单个peptide的fragments能cover八九成，但在较复杂的体系中对不同
peptide的coverage会下降，这个主要还是仪器扫描速度，频率和通量等的限制，并不
是因为database本身太小的缘故。 |
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g*****x
发帖数: 3283 | 16 你还是没理解bottom-up实验的原理。质谱本身并不明白里边飞的带电粒子是不是
peptide，只是经过fragmentation之后，fragments的pattern和从sequence预测的
pattern很像，所以我们觉得这可能是个peptide。
对于一个已知序列纯化过的蛋白，一般来说可以cover 80-9x％的digest以后的peptide
，但对于比较复杂的体系，比如cell lysate，那么因为peptide太多仪器通量不够，或
者因为非典型salt adduct，数据库序列不全等等原因，很可能会miss掉很多。具体
miss了多少，这个用现有的商业化软件很难evaluate。 |
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g*****x
发帖数: 3283 | 17 这个不是有或无这么简单。比如在一级质谱测到了一个峰是737.1837 m/z，那么它是不
是一个peptide，或者只是一个nobody？这个就得具体看二级质谱里fragmentation之后
的碎片，能不能和amino acid的pattern match上。假如一个十肽中检测到十八九个碎
片离子而且质量和数据库序列计算出的理论质量吻合很好，那么对于这个十肽的score
就比较高；相反如果只检测到一两个fragment或者质量match的误差较大，那么对应的
score就低。
对于质谱de novo蛋白测序，本质上就是鸟枪法 拼图，在样品纯度高的时候work得不错
，但因为氨基酸复杂程度比核酸高太多，所以对复杂体系基本无能为力，所以应用远不
如bottom-up proteomics广泛。
: 这两个系统的打分系统一样吗？可以互换或者类比吗？
: “如果match不好，那么peptide得到的匹配分数就很低。但是你要
是不介意也可
以使用
: 。”
: 理论上，如果仪器没有问题，测出来的信号就应该表示是样本里存在的蛋
白序列
... 阅读全帖 |
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c**********n
发帖数: 177 | 18 德国组那个trial里面有13个病人，8个像你说的切了以后没有relapse，但是5个是切了
以后有relapse而且relapse越来越频繁。而且文中提到standard treatment已经对这五
人无效了。至于什么是standard treatment我自己脑补是chemo，checkpoint试了吧，
不然也不会上这个clinical trial。clinical trial风险还是挺大的，可以参看下2013
年关于MAGE A3的Car T clinical trial。参与实验的直接死于Car T off target引起
的cardiovascular failure。
http://stm.sciencemag.org/content/5/197/197ra103.short
至于classII还是classI response谁占主导，我觉得比较难说。文章里是哪个实验得出
CD4 还是CD8 占主要response我没看到（读的不够仔细）。不过可以肯定的是，没有
CD8绝对不行，参看那个去世的病人。去世的这个病人的癌细胞是完全失去了beta2M
production... 阅读全帖 |
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j*****y
发帖数: 121 | 19 发信人: jeffsky (半夏决明子), 信区: Pharmaceutical
标 题: 代友发:Scientist in DSP in Novo Nordisk R&D Center China
关键字: 生物制药 工作 回国 求职
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Aug 21 19:07:21 2013, 美东)
Novo Nordisk R&D Center China
Mini-pilot – Senior/Principal Scientist in DSP
Zhongguancun Life Science Park, Beijing
Novo Nordisk is a focused healthcare company and a world leader in diabetes
care. Novo Nordisk China R&D (NNRCC) is an integrated part of Novo Nordisk R
&D organization. Novo Nordisk wants to conduct pharmaceutical re... 阅读全帖 |
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x**********7
发帖数: 973 | 20 【 以下文字转载自 Pharmaceutical 讨论区 】
发信人: xiaojiang007 (夜叉巡海), 信区: Pharmaceutical
标 题: 我们公司招一个初级职位，做PD /formulation
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p********n
发帖数: 5 | 21 各位，俺是高分子背景，Phd准备开始搞生物方面了，马上开始选项目，
下面两个是俺比较犹豫的两个，请各位帮忙分析一下发展前景如何，谢拉！
1: Production and purification of therapeutic peptides
This project involves developing a recombinant method for
production of antimicrobial peptides using a novel protein-fusion
system. Once the peptides are produced, spectroscopic and light
scattering methods will be used to investigatethe solution behavior
of the peptiede to understand the mechanism of the antibacterial
activity of the peptides.
2: Functional proteomics
This |
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c********m
发帖数: 16 | 22 Give you one day to study on the fragmentation of peptide. you will know how
to interpret MS2 of peptides. Nothing difficult. Actually, there are
certain rules applied for all peptide fragmentation. On small molecule, the
spectrum is simpler but the analysis is case by case.
Proteomic is far beyond just protein and peptide characerization. Nowaday it
focuses more on the profiling of a subset of proteonome. Protein
identification is done mostly by search engine instead of by hand. |
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d***3
发帖数: 181 | 23 Position: Full-Time Regular
Open date: Jan 18, 2011 10:33:36 PM
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j*****y
发帖数: 121 | 24 Novo Nordisk R&D Center China
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发帖数: 973 | 25 我们组招一个本科硕士级别的 PD associate scientist
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This entry level position will focus on process and formulation development
of peptide drug. The successful candidate will work closely with the Process
Development, manufacturing and Quality Control teams. The ... 阅读全帖 |
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x**********7
发帖数: 973 | 26 我们组招一个本科硕士级别的 PD associate scientist
限定本科硕士学位 （这是老板的决定）
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缺点： 公司小，原本是CMO，低级职位，工资不高，所在小城市偏僻 （GA一个极小城
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Development, manufacturing and Quality Control teams. The ... 阅读全帖 |
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J**X
发帖数: 2433 | 27 从福建医学院83年毕业的SD Yan去了美国（哥大？），做了postdoc，
然后在哥大的大老板手下做了小老板，
找了同是福建医学院89年毕业的Fu J做了她的tech./postdoc.
SD Yan的确做得不错，Fu J干活应该也不错，但哥大的博士学位应该是没有的。
连SD Yan都只是说自己是哥大postdoc，Fu J就敢说自己是哥大博士。
区别就在一个在美国，一个在中国。
另外一点就是SD Yan应该在福建科研界有些影响，所以Fu J的问题也可能会不了了之。
下面是一些关于prof. Yan的信息，和她们共同发的文章。
http://www.pharmtox.pharm.ku.edu/index.php?page=content:faculty
Dr. Yan received her M.D. from Fujian Medical University in 1983 and
completed Postdoctoral training at the Physicians & Surgeons College of
Columbia University in New ... 阅读全帖 |
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A********e
发帖数: 354 | 28 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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l*********9
发帖数: 7 | 29 Sr. Scientist Bioanalytical Mass Spectrometry
Currently seeking a bioanalytical expert who specializes in the metabolism
and metabolite identification of peptide drugs using state-of-the-art mass
spectrometry techniques.
Responsibilities:
Provide pre-clinical pharmacokinetic analysis and metabolite
characterization for our proprietary “Stapled Peptide” drug candidates
using state-of-the-art mass spectrometry techniques.
Independent design and execution of bioanalytical methods
Bioanalytical exp... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 30 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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f******6
发帖数: 68 | 31 来自主题: Immigration版 - 审稿转让 现转让一篇英国皇家化学学会的杂志的稿子.
如果有相关的经验,又需要审稿,请把你的名字,单位,非个人的email发到我的邮箱.
RSC Advances
TITLE: Molecular Basis of R294K Mutation Effects of H7N9 Neuraminidases with
Drugs and cyclic peptides: An in Silico and Experimental Study
ABSTRACT:
In China, the recent outbreak of the new R294K H7N9 has infected 134 people
and killed 45 people since January 2014. Up to date Prof. Gaoet al. report
that an R294K neuraminidase (Shanghai N9: R294K mutation; Anhui N9: no R294K
mutation) results in multi-drug resistance wit... 阅读全帖 |
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m*t
发帖数: 2464 | 32 从加州理工到高盛银行 by 粟耀莹
Why -- California Institute of Technology to Goldman Sachs
Adventure of Alyce Su 粟耀莹
[1] 前言
[2] 19 岁走出台湾赴美
[3] 进入加州理工
[4] 从物理转生物科技
[5] 得到芯片之父 Carver Mead及诺贝尔奖得主 Rudi Marcus的鼓励
[6] 到生物系找指导教授
[7] 我做出了一个经典生物物理模型
[8] 我用分子生物学的方法从事蛋白质工程研究
[9] 蛋白质工程研究成果得奖
[10] 柏波提示我走从商之路
[11] 用蛋白质工程研究成果换取美国绿卡
[12] 蛋白质工程研究成果申请专利，向创投公司融资，开生物科技公司XENCOR
[13] 创办领导加州理工学院的Case Practice Group进军麦肯锡
[14] 麦肯锡McKinsey & Co。梦碎进军华尔街
[15] 一星期内搞懂”衍生性金融商品的圣经”进入PIMCO
[16] 我在PIMCO受的训练
[17] 赢得「债券王」Bill Gross的心
[18] 我买卖房子... 阅读全帖 |
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O***n
发帖数: 13127 | 33 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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n**b
发帖数: 13203 | 34 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: JXTX (TT), 信区: Military
标 题: 夏大教授的事情看来基本上是这样了。。。
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jul 24 19:43:46 2012, 美东)
从福建医学院83年毕业的SD Yan去了美国（哥大？），做了postdoc，
然后在哥大的大老板手下做了小老板，
找了同是福建医学院89年毕业的Fu J做了她的tech./postdoc.
SD Yan的确做得不错，Fu J干活应该也不错，但哥大的博士学位应该是没有的。
连SD Yan都只是说自己是哥大postdoc，Fu J就敢说自己是哥大博士。
区别就在一个在美国，一个在中国。
另外一点就是SD Yan应该在福建科研界有些影响，所以Fu J的问题也可能会不了了之。
下面是一些关于prof. Yan的信息，和她们共同发的文章。
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Q****a
发帖数: 2090 | 35 我其实就是说这句话本身有问题，但是这个处方粮来确定时不时对以前食物过敏的方法
，还是有道理的。这句话本身的问题就是非常武断的认为新蛋白不会trigger 免疫反应
。。。对于体内的免疫细胞pool，到底这些细胞带不带识别某新抗原的受体，是个很动
态的过程，单一的说不能肯定是不对的。。。再加上就算原来不能，过一个星期也有可
能develop了新的反应。
我同意，如果蛋白有一个conserved的氨基酸序列，而且猫狗刚好对这个peptide 产生
抗体的话，那换啥吃都没用，吃啥啥过敏。当然这个应该是个例，出现情况不多，而且
蛋白进入体内是要被process成小段peptide才会跟免疫系统反应，不同的蛋白process
出来同样的一个peptide 的可能能性估计也不大。。。 |
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a**********e
发帖数: 418 | 36 "即使按3kcal/mol算，25度的K大约是0.3"
3 Kcal = 12.5 KJ, greater than 99%.
"随着肽链增
变得更稳定Only if a peptide reaches certain length of chain, which have
tertiary or higher structures. Let's say 100 amino acids only makes one
dipeptide at equilibrium based on 3 cal/mol. the chance to make a random
tripeptide is 1 out of 1000. How many amino acids are required to make a
RANDOM peptide of greater than 50 amino acids? you do the calculation.
要考虑能垒的话，多肽水解也不是什么容易发生的过程。
The activation energy for hyrolysis is lower t... 阅读全帖 |
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a**********e
发帖数: 418 | 37 同意LZ的概率计算是建立在错误的基础上的
Water is one of the major components on earth. Formation of peptides should
not happen under these conditions. The hydrolysis of the peptides, if by any
chance formed, will dominate. If there were any "natural" amino acids ever
existed, they had to be monomers. I highly doubt there would be a chance to
form a di or tri peptide by nature, not mentioning the complicated
polypeptide structure. |
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c********r
发帖数: 6 | 38 I guess the apitope of the peptide will just rely on a few amino acids, so I
don't think the struture prediction is of critical importance.
If the peptied of the interest has few siquence similarity, then just use the
whole peptide to immune the rabbit or mice. however, if there is amy
siqnificant sequnce similarity to other proteins, you need to use the part
that are not conserved to immune.
BTW, if you want predict peptide structure, SWISS-PROT is a good place to
start.
Good luck.
怎么
初步设想从该蛋白 |
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s******y
发帖数: 28562 | 39
Search the amino acid sequence on data base for signal peptide.
MOst signal peptides have been characterized.
I think, roughly, but not in detail: digest the whole cell or the membrane
vesicles make from supersonic, without using any detergent. If a pepetide is
outside membrane, it will be digested. If it's inside, it will not.
GFlycosylation should use similar mechanism, but instead of protease,
glycosylase is used to labled the outside peptide, then a mess spec can be
used to determined the l |
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t****p
发帖数: 1504 | 40 由于kinase和substrate的binding是transient and weak 的，所以这一直是个难题。
1. 直接binding，yeast-two hybrid，或通过complex中找到。这些报道很少，一般
是找到后用来确证的确直接binding。
2. 根据已知的substrate中磷酸化位点序列的保守性来scan，推测，猜。
3. 猜：两个蛋白功能很接近，看是否直接binding，是否磷酸化。
4. 用peptide array：体外纯化的kinase，看对哪些peptide的磷酸化活性高，根据
peptide的序列scan，再体内验证。
5. 2-D胶。敲除某个kinase，看哪些蛋白的磷酸化发生变化。再质谱鉴定。
6. inhibitor array：现在有很多专门针对某个kinase的小分子inhibitor，把这些
inhibitor收齐全了，如果有某个substrate的磷酸化抗体，就用inhibitor筛一遍，看
哪个抑制强。
7. ……看我的第二篇文章：鼓吹phosphoproteomics的文章……
欢迎补 |
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G***G
发帖数: 16778 | 41 I am looking for a online tool or free tool which
can be used to peptide identification from mzxml file.
it would be better if it can output not only peptide sequence
but also peptide intensity.
or protein id and protein intensity. |
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l****n
发帖数: 711 | 43 那些peptide是non-specific cleavage引起的，这个很常见，能占到快20%，搜索的时
候一般都会包括这些partial cleavage的peptides。peptide的两端里有一端是non-
specific cleavage问题不大。可信不可信主要看score， 和重复出现的次数没什么关
系。 |
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K******S
发帖数: 10109 | 44 trypsin cuts K/R EXCEPT KP/RP and when there are acidic amino acids around
like E, you will expect miss cleavage. And trypsin usually have 1-2 miss
cleave depending on individual protocol. (You will have to try it on some
standard proteins to find out the usual miss cleavage rate)
It's normal that same peptide appears more than once (assuming from LC-
MS/MS data) because there are a lot of data points during peptide elution
time. Some instrument setting can eliminate it to a certain level. But f... 阅读全帖 |
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C**S
发帖数: 522 | 45 你这个跟我前不久遇到的问题一样。膜蛋白N端都含有一个signal peptide，表达到膜
上以后会被切掉。tag如果装到signal peptide之前，会一同被切掉。要装在N端就得装
在signal peptide之后。
你的蛋白的确成功表达了，但tag被切掉了，所以WB检测不到。
FLAG
胞系. |
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f********n
发帖数: 6465 | 46 Aptamers are oligonucleic acid or peptide molecules that bind to a specific
target molecule. Aptamers are usually created by selecting them from a large
random sequence pool, but natural aptamers also exist in riboswitches.
Aptamers can be used for both basic research and clinical purposes as
macromolecular drugs. Aptamers can be combined with ribozymes to self-cleave
in the presence of their target molecule. These compound molecules have
additional research, industrial and clinical applications... 阅读全帖 |
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w******e
发帖数: 1187 | 47 我对做抗体一窍不通，谁能给我讲讲，是不是随便找一段peptide都能当antigen用?
难道构象一定能跟protein上的structure一致吗？那段peptide是不是直接合成就完了？
我phd lab做ab都是用一个domain做的，如果15AA的peptide就行，那省事多了 |
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f**u
发帖数: 346 | 48 那么一定是你的假设有问题，因为实际上很多人就是这么做的。
磷酸化特意性的抗体就是合成一段十几个AA的在某个AA上磷酸化了的peptide，
然后用这个去免疫兔子，拿到多抗以后先用相同的但是没有磷酸化的peptide去吸，
吸剩下的再用磷酸化了的peptide来亲和纯化下来。
我觉得你的假设里最可能的错误就是假设只有两种抗体，而且比例悬殊。
你想想其实多抗里面可能有几百几千种不同的抗体，每种抗体之间的比例可能不那么大，
而且每个你的negative上面可能会吸附多个不同的抗体分子，
这些都会影响你的计算结果。再者，你架设你要的和不要的抗体之间的结离常数差100
倍，
实际情况也可能会差得更多。总之这套东西是work的，你如果愿意去花几个月试试，
结果可能比你想得好。可能也不需要你自己动手，花几千美金找公司就可以了。 |
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d*****r
发帖数: 2583 | 49 大家不要吵了，读读这篇老帖子，娱乐一下。。
我第一次读到是刚来美国不久，今天偶然又翻到，觉得peoplem的这个校友
(Alyce Su)还是很有趣的，虽然里面很多东西跟今天的世界已经差别很大了。
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jsj 贴于2004/07/25 12:12
《从加州理工到高盛银行》 -- 粟耀莹
Why -- California Institute of Technology to Goldman Sachs
Adventure of Alyce Su
CalTech，PIMCO，McKinsey，Goldman Sachs
so that I get to see Larry Ellison !!!!!
[1] 前言
[2] 19 岁走出台湾赴美
[3] 进入加州理工
[4] 从物理转生物科技
[5] 得到芯片之父 Carver Mead及诺贝尔奖得主 Rudi Marcus的鼓励
[6] 到生物系找指导教授
[7] 我做出了一个经典生物物理模型
[8] 我用... 阅读全帖 |
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p******i
发帖数: 1092 | 50 计划做一个protein的tetramer，然后用tetramer做binding.
思路是：
1) express protein from 293T supernatant，purify by HIS column
2）in vitro biotinylation by BirA biotin ligase (site-specific)
3) add streptavidin-PE to make TETRAMER
请问大家觉得我这个思路可以吗？
哪位做过TETRAMER的，还请不吝赐教啊～～～多谢了～～～
另外，能请各位看看下面的内容给提点意见吗？因为克隆测过序没问题，但是现在还没
看到secretion的表达 = =
在protein的N端加上：
kozak-preprotrypsin signal peptide（for secretion，貌似这样产量会高一些，而
且可能提纯好做一些）, AviTag peptide (AviTag 是BirA ligase的识别site，可以用
来做site specific的biotinylation)
preprotrypsin ... 阅读全帖 |
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