t****p
发帖数: 1504 | 1 引言
山中伸弥（Shinya Yamanaka）获得诺奖已经有几天了，虽然两年前在听完他的讲座后
我兴致很高地写了两篇文章，这些天我却没有多少动力再写一篇完整的文章来介绍他的
工作。
我一直对中国现在还盛行的规划性科研，应用导向型科研耿耿于怀。这些所谓的重大项
目在立项的当初对目标/前景写得宏大无比，之后却通常草草收场。如果那些重大项目
真的能实现立项当初的用意，那诺贝尔奖早就在中国遍地开花了。广大科研人员都觉得
这种运行模式是一个笑话，饶毅、施一公等大牛也重炮轰击，但是分钱游戏还在进行着
。而公众，包括相当一部分科研人员也并不了解科研的自身规律，总是一再地问做基础
研究有什么用。
Shinya Yamanaka的成功是典型的小实验室自由探索的成功。他的成功再一次提示，有
相当多的科学突破是不可预测的。如果中国有大批优质的小实验室得到稳定的资助，那
么类似的科学突破就会随机但是必然地产生。从这种意义上讲，展示Shinya Yamanaka
在研究过程中的这种随机性和必然性，向公众科普科研活动是如何进行的，是值得我花
一点时间的。
解析Shinya Yamanaka发现诱导干细胞（iPS... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 2 LNA against miRNA?
overexpression有表型，KO没表型不是很正常么，还有效率问题，随便说两句就行了 |
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u**********d
发帖数: 573 | 3 正如楼上们所说，要拿到-/-的细胞，可靠的方法就是两轮转染筛选，这还是一个费时
费力的活的。还没有用过talen系统。
ES细胞系在传代过程中会因为压力小逐渐含有一些genome的变异，包括染色体的
deletion，translocation和aneuploid非整倍体，而两轮的克隆筛选很可能会得到一个
不正常的ES系，光做核型分析还是不够的。
希望KO是ES表型变化的唯一原因，必须rescue实验。
很多KO可能对ES的维持是没太多影响的，起作用是在分化阶段，要用in vitro方法分析
就需要建立不同的分化体系。
用+/- 老鼠配对就反而显得简单了，得到的ICM基本都是没有大的genome缺陷的，-/-的
表型也很好观测了。 |
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t******y
发帖数: 716 | 4 请问谁碰到过类似的情况？
一个转基因老鼠，目标基因A的exon 1被lacZ基因取代。但是从突变体纯合子分离到的
原代细胞里还是能够检测到目标蛋白A的表达。用qPCR检测目标其mRNA水平虽然要比野
生型少很多，但是也能够检测得到（大概是野生型的百分之五左右）。exon1包括翻译
起始位点ATG以及后面大概250个碱基。此突变体纯合子表型明显，杂合子没有表型。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 5 昨天晚上听了Susan Lindquist 有关HSP90 的讲座后被震惊了。虽然以前这里也有人提
起过她以前的文章，但是那些文章都是一些计算分析为主的，所以我也比较不怎么当一
回事。昨天她谈了她们做的一些关于防止真菌进化出抗药性的实验，HSP90
抑制剂对于真菌没有直接杀伤力，但是综合和其他有直接杀伤力的药一起用的时候可以
非常好的防止真菌出现抗药性而复发。她最后的结论是HSP90的活性对于容忍机体的进
化有重要作用。高活性的HSP90会导致突变体能够成功存活下来。听完之后我忍不住跑
上去问了她几个问题，其中一个就是关于挨饿的问题，因为在starvation的时候据说那
些HSP活性会升高，那这样是不是会导致群体里面出现突变的几率升高？她毫不犹豫地
就说会，并说她们在酵母里面已经看到了类似现象了。然后我问了她有关HSP 在癌症
metastasis 里的因素的问题，她说她们正在做。
我其实还有另外一个问题，就是有关HSP90掩盖表型的问题，因为高活性HSP90虽然能够
导致突变体能够成功存活下来，但是貌似也会在表面上使得其表型趋于中性化? 如此说
来，这个机制是在保证机体总体大致稳定... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 6 还不完全是这样。这个基因影响的一个主要效果是其他基因的表型，而不是这个基因本
身的表型。
上面有人也提出了类似你这个问题，在我看来，这个和synthetic lethality 还是有一
些区别的。
这个蛋白的特殊之处是在它的功效下，能够允许其他基因出现更多的突变，而不是直接
影响了个体的fitness （虽然几乎可以肯定也有这个效果的存在）。
所以这个研究的意义和其他那些同时突变两个基因的意义并不是完全一样的。 |
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H*H
发帖数: 472 | 7 此人感觉已经精神分裂了！
看你发的帖子，你自己是做老鼠转基因的！还要装成自己不是搞生物的，然后大义凛然
的样子。。。。。
如果没搞错的话， 这是你发的帖子吧。。。
“请问谁碰到过类似的情况？
一个转基因老鼠，目标基因A的exon 1被lacZ基因取代。但是从突变体纯合子分离到的
原代细胞里还是能够检测到目标蛋白A的表达。用qPCR检测目标其mRNA水平虽然要比野
生型少很多，但是也能够检测得到（大概是野生型的百分之五左右）。exon1包括翻译
起始位点ATG以及后面大概250个碱基。此突变体纯合子表型明显，杂合子没有表型。
” |
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a******8
发帖数: 56 | 8 现在你的data还不能证明有leakiness. 需要western blot或者northern确认。
多数inducible mouse是转基因的，通常需要从十几个strain中挑出最好的。
选择的标准有，表达量、表达的pattern等等。而且很重要的一点就是要有2个以上
strain有共同的表型，从而排除integration site 造成表型的误导。
你的实验才刚开始，作老鼠很费时间，花点时间鉴定好的strain是很值得的。否则今后
都是白做。祝好运。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 9 也就是说P1的应该都有存活了？那么我建议你养四五只母老鼠交配一下看看，是不是后
代出现+/-和-/-的比例大概是一比一，-/-的genotype带是不是纯的，如果表型很独特
的话还可以看看它们是不是显示-/-的表型。虽然四五只母老鼠也不多，但是比例不应
该太离谱，如果你的oocyte理论上能100%敲除的话，有条件多养几只准确性会更高点。
这个不一定比你提卵子麻烦的，而且老鼠也死不了。我倒是好奇怎么提卵子啊，取卵巢
还是superovulation？感觉卵巢里面很难分离卵子啊，而且你的cre在active的里面表
达还是所有卵子都表达啊
我暂时也想不起来更好的检验办法了，对这个cre也不熟 |
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s******y
发帖数: 28562 | 10 不同的方法的灵敏度和准确度不一样啊。所以如果不同方法得出的结果不一样的
话也不会立刻被吓到，先想想那个方法可能比较准确。
比方说楼主说他的细胞数据和老鼠数据不吻合，这个其实正常的很，因为老鼠的
测试系统和细胞差得太远了，你以为你比较的是同一个问题，但是可能因为在老鼠
里有其他别的因素介入，所以根本就不是同一个问题，在这个角度上看，细胞数据和老
鼠数据不一样太正常不过了。事实上，很多后来都证明了是非常重要的基因，一开始在
老鼠身上敲除之后什么表型都没有找到。后来才慢慢发现了那些表型必须在特定情况下
才能出现。
我的建议就是在这个情况下，只要细胞数据是过硬的，一样应该发出去，只要你不乱捏
造老鼠的数据就行。 |
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x********6
发帖数: 986 | 11 非常感谢您的指教，受益匪浅。我所研究的疾病是一种罕见的先天退化症，病人总数就
很少，关注的人也不多，自从10年前确认是这个单基因突变导致后至今也没再发现其他
的突变基因，已经构建相同突变的果蝇和小鼠模型也可以完全复制了病人的缺陷表型。
我已经做了一些前期试验发现了几个相关的基因组调节因素h3k4me3和imprinted gene
以及其他一些epigenetic modification的alterations, 所以正如您所言，我们的设想
就是用这几个有代表性的样本来assumpt这种疾病的普遍的致病机理。根据我们的初步
结果，exome sequencing是一个比较好的方法来进行基因组缺陷的多角度分析。不过我
们这种小lab无法像大牛那样做海量的样品和大规模的分析，只能根据自己现有的资源
，资金和实验室条件量力而行。依您看像这类的工作适合投什么样的杂志好？自己以前
主要做表型分析多，对这种基因组学的文章确实没什么经验。
sanger |
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l******g
发帖数: 1145 | 12 是的，30％左右的penetrance其实已经不错了。
比较意外，是其中一个基因的完全ko完全没有表型，所以没有预期double het会有表型
。现在比较担心完全ko后，就embryonic lethal了，只能分析下genetic interaction。 |
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b*******n
发帖数: 8420 | 13 这不过是一种负反馈调控机制，而且H19和IGF2的功能没有拮抗吧？
这没有夸张到university1提出的负反馈理论，母亲生殖力就强，子女的生殖力就弱的
情况吧？
如果进化上存在这样的负反馈理论，那么物种的进化几乎是不可能实现的。反正更有利
的表型的下一代会出现完全相反的不利表型，那折腾这么多有什么意义呢？ |
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b*******n
发帖数: 8420 | 14 说起penetration这个事，那就很有意思了
假设同性恋基因存在，有些人携带同性恋基因但是并没有表现出来，在生理和心理上都
是异性恋，然后正常与异性结婚生子，从而将基因传递下去，是有这种可能的。
但是老衲的遗传学基本概念还没有完全忘光，penetration这东西也是有不同的degree
的。除非假设中存在的同性恋基因是完全的dichotomous，只有严格的同性恋和严格的
异性恋表型，否则在这两者之间还是会有若干程度不同的双性恋的。所以我说如果gay
坚持认为gay是天生的，那么gay流传至今必然会有乱性的存在。
想从理论上给同性恋正名的，还是多花点钱，多找几个同性恋测测序，看看同性恋是不
是跟某些SNP有关，这些SNP是不是和某些有利的表型有关联。不过看这样子同性恋多是
上蹿下跳的主儿，要真刀真枪干点什么事情就萎了。 |
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n***w
发帖数: 2405 | 15 这两年视觉研究的地震不少，
rd8这个新的突变于12年报导出来，对搞视觉研究的震撼很大，所有实验室回去筛选有
没有这个mutation，因为这个mutation和其他的rd突变不太一样的一点是除了直接的导
致视网膜退变，还有一些其他的表型，这个突变在c57bl/6n的老鼠里，c57bl/6j的没有
事儿。以至于之前有用这个6n做的模型发在很好的期刊上的文章，作者立马回去检查，
重复，确保表型和这个突变无关。
而这段时间的地震是RGC-5这个细胞系，大家也许都听过这个细胞，这个最开始是rat
ganglion cell line，但是呢，最近发现，这个细胞系其实没有在originator's实验室
外存在过，现在流传的RGC-5实际上已经mouse origin的cone photoreceptor cell
line。。。。这个很震惊，因为从最开始到现在已经过去了10多年的时间，用这个细胞
株发表的文章也超过了200多篇，也就是说，究竟有多少结论是站得住脚的，我们无法
得知了。
所以几个vision的journal都相继出社论来警告尤其用细胞系来做实验的，建议要用in
vivo或者pr... 阅读全帖 |
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b******s
发帖数: 1089 | 16 我对genomics不是很懂，有些问题想请教一下。
如果用microarray或RNA-seq做完transcriptional profile，是否可以通过分析有变化
的gene的promoter elements得到high hits的candidates。然后通过这些可能的
element candidates做yeast-1-hybrid筛选，找到他们的binding transcription
factors。
这样在实际中是否不可行？是因为最后很难得到可靠的elements去做筛选吗？这些
elements不是针对一两个特定基因，而是针对有表型的处理组，通过分析基因表达的变
化，找到跟这些表型变化相关的transcriptional regulators。
我的模式材料是植物。谢谢！ |
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l****y
发帖数: 398 | 17 这种情况不少， 蛋白一般不是被完全被磷酸化的，大概10-20%吧， SD mutant放大了
磷酸化的效应，所以reviewer是有道理的； 你的解释也很有道理，再来点redundancy,
secondary sites...
reviewer买不买就只有听天由命了。 |
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s********r
发帖数: 312 | 18 可能跟p53一样，phosphorylation对activity影响不大，只影响stability n[发自未名
空间iPhone版] |
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p*****c
发帖数: 116 | 19 跟你用的细胞株有关，有些肿瘤细胞内kinase活性超强，WT transfection其实自动被
磷酸化变成D mut状态。 |
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b*******0
发帖数: 48 | 20 我主要做conditional knockout mice model. 用tamoxifen inducible 在成年老鼠敲
出某个基因使得老鼠致死。
表型很稳定，明显。因为是全身敲出，感兴趣的蛋白主要在大脑起作用。所以想到脑干
心跳呼吸中心出了问题。
western blot 也发现感兴趣的蛋白在脑干中明显较少。用fluorescence reporter 在
组织切片解剖结构发现，脑干控制心跳，呼吸的位置被激活了，问题是，这个蛋白在心
脏里也有少量表达，量也减少了。所以现在同时做一个heart specific knockout mice
确定不是心脏本身的问题。
因为这个表型预先没有料到，脑干也不是我们研究的特长，机理很难做。请问，如果有
个上面这些数据，能发一片什么样的文章。
多谢。 |
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s**e
发帖数: 1523 | 21 染色体突变之后产生异常的表型一般都致死或不育，但在这么多年的进化中小概率的会
产生一个突变是有生育能力且有进化优势的，那么只要有一两个生存下来，就完胜其他
的。我举个例子来说，病毒遗传物质(RNA)自身突变的概率很小（几百万分之一？），
而且基本上突变了的表型就是致死或者不育的，然后针对这个病毒呢我们就研制出了抗
体，专门杀它的。在这种情况下，只有突变了并且有生育能力、进化优势（也就是对抗
体有抵抗能力，或者说抗抗体）的才能活下来，那么到最后一旦出现了一个这样的突变
，一种新的病毒就产生了。同理，在猿人生活的环境中，如果有类似的筛选环境（可以
是恶劣天气，食物，等等），哪怕是极小概率的突变，也有可能发生，不是它自己要求
发生并且同时发生的，而是环境选择之下只有满足这些苛刻条件的活下来了。至于你说
要雌雄两个个体同时出现，这并不难，因为以前一胎多崽的几率很大，而有血缘关系的
动物拥有相同染色体变化的几率也很大。我的想法是从低等到高等，生物的染色体数量
（或者遗传物质的量）越来越多越来越复杂，而这些变化是通过有丝分裂或者减数分裂
中的不断重组，增加，减少，等等产生的。古猿可能有一部份有23... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 22 有没有什么办法可以找到果蝇 heterozygous mutation 有表型的有哪些基因？比如说
，我要查heterozygous mutation 造成visible phenotype的基因有哪些，特别是神经
系统，包括听力视力，的表型
我在http://flybase.org/ 里发现不能专门搜heterozygous
你的几句话可能就能节约我很多个小时 |
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Z******5
发帖数: 435 | 23 背景：我们前期发现gene A在肿瘤发生发展过程中会异常定位到细胞核中，但是具体入
核机制现在还没搞清楚。目前重点还在研究gene A入核后的功能及该功能的机制。
现在想做一个乳腺组织特异的gene A诱导入核的小鼠模型。初步设想是用ER融合gene A
， 通过4-OHT诱导入核，然后观察表型。
我们用的是ER的288-599AAs的，其中G525R做了突变，具体参考文献是 A modified
oestrogen receptor ligand-binding domain as an improved switch for the
regulation of heterologous proteins （http://nar.oxfordjournals.org/content/23/10/1686.short)。
问题是：1.我们是否要单独做一个不包含gene A，该ER片段的对照小鼠？ 虽然该文献
报到ER288-599(G525)是no TAF-2 transactivation activity， 但是毕竟ER是一个和
乳腺癌密切相关的分子，而且我们用了将近整个ER的一半... 阅读全帖 |
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S**********e
发帖数: 1789 | 24 最近用了400多个乳腺癌病人组织，根据他们复发的时间（跟踪8年左右）筛到几个
miRNA, 已经在其它肿瘤里有报道了，跟proliferation, migration等等有关。这几天
用MDA-MB-231细胞做验证，miRNA买自Ambion, 用lipofectamin RNAiMAX转的，结果什
么表型也没看到。很是奇怪，别人的表型这么强，为什么我在乳腺癌里什么也没看到呢
？ 难道有什么细节漏掉了？ 请有经验的同学指导一下。
有篇文章用pcDNA3.1转miRNA，这个对吗？这不是表达蛋白的载体吗？ 也能表达miRNA? |
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D*a
发帖数: 6830 | 25 Wilkins AS, Wrangham RW et Fitch WT (2014). The "domestication syndrome" in
mammals: a unified explanation based on neural crest cell behavior and
genetics. Genetics 197:795-808.
转自果壳
家养的哺乳动物身上出现白色斑块似乎是再自然也不过的事情，黑白花的狗、黑白花的
猫，黑白花的荷斯坦奶牛甚至成为了奶牛的标志。但是反观自然界，白色斑块这一性状
绝少在这些家养动物的祖先身上出现，到底是什么了这种奇怪的性状跨越物种，出现在
人类选育的每一种动物里？最近科学家们提出了一个看起来十分靠谱的假说来解释这一
现象，顺便还解释了为什么很多家养动物会有趴趴的耳朵、短短的下巴以及弯弯的尾巴
，他们的假说发表在今年7月期的《遗传学》（Genetics）杂志上[1]。
查尔斯·达尔文在他的著作《动物和植物在家养下的变异》中就已经注意到家养哺乳动
物发生的变化，它们身上会出现一套在野外祖先那里不曾出现的性状，包括行为学上的
差异，以及... 阅读全帖 |
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t******y
发帖数: 716 | 26 目前的转基因技术太粗糙，不应该推广。我认为理想中值得推广的转基因技术是能够提
供作物产量（光转化比）或天然抗逆性，而不是目前这种转入莫名其妙非作物本身基因
的转基因。理由很简单，对于生物体我们了解太少。尤其转基因这种影响全人类的技术
，我们尤其要谨慎。因为很简单，目前的转基因对人类的贡献有限，危害却无限（因为
我们不了解）。没有必要因为它是科学的结晶就要推广。尤其是在没有做长期动物实验
之前。
很多人做生物以为自己了解很多，其实未必。很多时候做细胞生化的不懂做动物模型的
。做植物的对动物免疫更加无知。前段时间参加一个会议，与会的学者做了一个转基因
动物，敲除了端粒合成体系里的一个基因，老鼠在这个基因敲除后，端粒长度没有变化
，没有其他任何表型。直到突变体回交6代后，老鼠端粒长度突然短，并且早死。没人
知道这是什么原因，敲除一个基因要等到6代后才出现表型。举这个例子只是要说明生
物体的复杂性。
很多人对转基因想得太简单。不要说在宏观生态上当下的转Bt和除草剂的作物危害巨大
，而且证据很多。即使在微观上，这些转基因对个人的影响也需要长期验证才能谨慎应
用。
当下实在没有必要推广这种转基因技... 阅读全帖 |
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t******y
发帖数: 716 | 27 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: timeonly (圆满), 信区: Military
标 题: 我来谈谈转基因技术
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 3 23:19:19 2014, 美东)
目前的转基因技术太粗糙，不应该推广。我认为理想中值得推广的转基因技术是能够提
供作物产量（光转化比）或天然抗逆性，而不是目前这种转入莫名其妙非作物本身基因
的转基因。理由很简单，对于生物体我们了解太少。尤其转基因这种影响全人类的技术
，我们尤其要谨慎。因为很简单，目前的转基因对人类的贡献有限，危害却无限（因为
我们不了解）。没有必要因为它是科学的结晶就要推广。尤其是在没有做长期动物实验
之前。
很多人做生物以为自己了解很多，其实未必。很多时候做细胞生化的不懂做动物模型的
。做植物的对动物免疫更加无知。前段时间参加一个会议，与会的学者做了一个转基因
动物，敲除了端粒合成体系里的一个基因，老鼠在这个基因敲除后，端粒长度没有变化
，没有其他任何表型。直到突变体回交6代后，老鼠端粒长度突然短，并且早死。没人
知道这是什么原因，敲除一个基因要等到6代后才出现表... 阅读全帖 |
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t******y
发帖数: 716 | 28 谢谢提供更加专业的知识。不过aging的表型一般不大容易看得到。很多基因敲除没有
表型的基本上也可以从aging或stress两方面来进一步衡量。 |
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K********g
发帖数: 58 | 29 谢谢。主要工作是在细胞系做的。没有原代细胞data
不过以前有人在原代细胞敲除这个基因，出现表型
我在细胞系敲除这个基因，看到类似的表型，并且找到机理。 |
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I****p
发帖数: 101 | 30 对这个领域不熟，因为是和PNAS相关的新闻，特地粗粗看了一下原文。
好久没有看到发负结果的东西了，因为PNAS臭名远洋，很久没有去翻PNAS的东西，但是
发现PNAS开始了一个新政：凡是contributed的东东，都列出了reviewer。这个好！！
！其实，所有文章都应当列出editor和reviewer的，像Frontiers系列！这样评审起来
不会太乱七八糟、多花点时间、说出合理的意见！偷Idea、恶意搞人的会少一些，尽管
这些人可以在第一轮就踩杀掉。
具体到这篇东东，按理，推翻一个结果需要更强得多的证据！可是这里普通的错误不少
：1）印象中Genome editing最大的疑问就是off-target。怎么这里用这个技术去攻击
另一个有 off-target嫌疑的技术？没有证据表明，abp1-c1 是否影响到其它target，
尽管回交了一下；然后，他们也提到可能有紧密连锁的其它突变（off-target所致）无
法清掉，所以就筛了另一个（非Cas）突变abp1-TD1。乖乖，也没有表型，但是同样无
法证明abp1-TD1影响了其它基因。反正，两种可能都有：以前的结果被他们认... 阅读全帖 |
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I****p
发帖数: 101 | 31 谁知道最终的真相是什么，只是很反感这种PNAS东东，据说还有另一个中国PI，不论文
章有没有相关就挂个院士做Co-corresponding，这样让院士contributed, 再找徒儿评
审，难道就没信心能发文了？所以，PNAS的文章很多就这么回事。只是，列出reviewer
总算撕开了一口遮羞布，算是有长进。
看了这篇东东，更无法信服他们做得Solid。再简单不过，如果也用了以前的alleles作
比较，得不到以前发表的表型，至少两个可能性：一是，他们现在的表型实验方法不够
灵敏，那又如何让人相信他们的没有结果的结果？毕竟，相反结论或者负结果特别需要
排除技术细节照成的干扰。另一个是以前的实验很可能就错了，只是碍于面子不好点破
，如果真是这样，他们的贡献就大了！
其实，更好的办法是：让以前那些人也参与，对不同的allele做个系统分析比较包括互
补实验，做出来的结果较有说服力，这才对这个领域有推动嘛。否则，发的再快又不可
能那设么炸药奖，至少这段时间内，公婆说理不清，更混乱。 |
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f******t
发帖数: 2699 | 32 如果只是因为这篇发在PNAS就否定它，那太武断了，PNAS还是有很多好文章的。另一方
面讲，如果没有以前这么多牛paper做背景，这paper别说PNAS了，molecular plant都
发不了。就拿出2个没表型的mutant？有什么人背书也发不了。就是因为以前的结果太
重要，这篇能引起“争议”／“反思”的东西才会有影响。我觉得这篇文章就算不十分
solid，也能算是为这个乌烟瘴气的领域敲个警钟，至少现在大家都会紧张，好好把以
前做的东西再仔细看看。
关于你说的两个可能性，我没太看懂。对ABP1
的null检测表型的方法用不着多灵敏，
因为原来的allele是embryo lethal，所以现在这个只要有活着的纯合就已经说明问题
了，更何况还是符合孟德尔遗传的。他们用的所有检测auxin sensitivity的方法都是
以前publish的paper里standard的方法，包括根生长和pavement cell的lobing
pattern。我看不出这paper做的生理方面有什么问题。唯一令我不能完全满意的是他们
证明null的证据，材料方法写的太少了，看不出mRNA的来源，另... 阅读全帖 |
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S**********e
发帖数: 620 | 34 lz这种方式对普遍的千老没有什么帮助，能加入这个list的名单实在太多，他们只是比
较臭名招着而已。是否你能列举一个真实性可靠性强的list？上榜估计不多。按照我的
要求，绝大部分的文章都是半真半假，他们或多或少都是夹带点真的成份，但是没有假
的那一部分，基本上整个假说是要垮掉。有的文章假说是错误的，但是有些分子数据是
真的，就是讲的牛b轰轰的分子可以造成生理病理的问题。简单的说就是wsn鲁得很欢乐
很享受
，但是发帖骗人一天换一个女友。有的是表型是真的，分子故事是编的凑的一连串的响
亮的
屁。简单说就是雷阳真的射了，但是没有快乐。或者说下某月真的和老公很幸福，但是
没有所谓的一泻千里的高潮分泌物。这些造假往往不会引起太大争议，重复
不出来大多数人不会花精力和他们纠缠。除非是临床意义很大的，或者一假到底的，或
者有仇的，别人都不会管，闷声发财人占大多数。
看文章的几个经验，仅限于传统生物的文章，大数据的跨学科的临床的不讨论：
1，CNS主要看方向，不要太相信结果，看看这些大牛喜欢做什么课题，也就是说热点。
有一些几乎一看就不可靠的文章，最重要的那个实验可能需要三五年时间，而且花很多
钱... 阅读全帖 |
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l****y
发帖数: 486 | 35 我觉得小鼠方面还好吧。比如某组如果报道 KO一个gene有什么非常有意思的 表型，好
像很少有不能重复的，当然，小鼠表型分析的文章中也必须加入一些 cell line的机制
研究，这其中有些就在乱来了。
不过，如果这样比较，结构研究中也有类似的情况。现在多数的结构文章中，光有结构
己经不够，还要结合功能研究（除了少数的像SYG发的这种文章，因为这种结构太重要
了）。比如根据解析的结构，把某某residue突变掉就应该相应使这个蛋白dysfunction
, 体现在细胞水平上应该有相应变化。这种 data好些也是扯蛋的。 |
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a*****i
发帖数: 2108 | 36 多谢热心回复。这个蛋白网上有人做过结构预测，应该是个膜蛋白，有N次跨膜结构，
但是因为没有什么表型所以一直没人知道是什么。我们碰巧做实验发现了一个表型可能
与其有关，所以想进一步研究。 |
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k******t
发帖数: 1498 | 37 看表型。有的比较tricky，比如行为学的各种表型，9代保险一些。 |
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T****i
发帖数: 15191 | 38 不是一些，是很多反例，参见前面小熊的跟帖。
量子力学是原理上清楚，有些问题不清楚而已，那些问题正好是新生长点。就像经典物
理学能从原理上精确解释大多数日常物理问题，但解释不了的，正好是新生长点一样。
经济学和生物是一个性质，都是complex adaptive system，所以都很难预测。一个通
路不同蛋白，敲除的表型可能就差别很大。对于同一个突变，遗传背景也有影响。同一
个蛋白同一个突变位点，有时甚至在老鼠和人里表型都不一样。有在老鼠里算野生型，
在人里就致病了。
需不需要搞清楚是另一个问题。也许有一天基因治疗可以解决所有问题，虽然我认为这
天永远不会来。但是从生物学角度来说，中间层次的机理研究对于理解生命本身很重要
。比如，你知道了神经递质的化学和细胞水平作用（微观层面），你知道人有各种思维
记忆和意识（宏观的心理学层面），你知道某种意识是怎么在大脑里形成的吗？ |
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发帖数: 1 | 39 一种属于常见的：
1. 领域内公认，A能导致B的磷酸化，B的磷酸化影响某种细胞功能，比如细胞增殖，有
marker可以检测，比如C、D（很多实验室都能重复，已经公认，AB是当前最热门的领域
之一）
2. 千老的课题：敲除E基因，看到老鼠的某种phenotype（这是真的）。接下来寻找分
子机制。千老读文献，发现E跟A有报道相互作用，老鼠的表型像细胞增殖。
3. 于是开始编故事，把老鼠的表型，跟当前最热门的AB领域联系起来，方便发文章。
于是检测在千老的老鼠里面，E和A的作用；结果似乎有作用，但是有的实验也有相反的
结论。检测C，符合预期；检测D，没有结果（甚至和预期相反）。这些实验都是验证性
的，不是文章的主要结论，只是文章的fig 5或者fig 6. （假设fig1-3是老鼠的部分，
是文章的主要结论）
4. 于是千老扔掉了不符合预期的那些，比如D；只报道做出来的，比如C；修改了模糊
的数据，比如E－A的相互作用（不P图，用放大镜也看不出来）。
5. 文章发表在一个6、7分的杂志。基本永远不会有人重复分子机制部分；而且分子机
制符合其它人的文献；说不定其实是能做来E－A，也能检测到D... 阅读全帖 |
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m********o
发帖数: 98 | 40 我觉得楼主说的这种更无耻。那些医生发的没人看也没人引用，影响小些。另外我觉得对
没有道德底线的事情，主要看恶劣的影响是什么，比较哪个更没底线没什么意思。还有
其实大部分不一定真的编造数据，而是不仔细，像下面这种。
有个老板，在变态pi名单上，其实人不变态，supportive和nice的程度方面上不了那个
名单。但是跟楼主说的1挺像的，区别是大概五年前时灌了一些Nature和Science。就是
心里对每一步hypothesis都先有预期的结果，让手下做，做出跟预期的一样就不让手下
重复，使劲push，不一样就骂手下，让重复，再做不出来他想要的，就基于当前数据看
看能编出什么CNS级的故事，再跟手下说他的预期，如此循环。但是他做的是线虫
innate immunity，表型是看线虫被致病菌杀死有多快，这种表型手一抖就会不一样，
比如虫子的状态，养的条件温度，菌涂得多少，这些最后都不会进入发出来的文章里。
所以只要不仔细重复，可以得出各种想要的可以编故事的结果。最开始的故事起源可以
是当年流行的用microarray测个基因表达比比差异这种。有次刚发了一篇N第二个月就
被MIT一个组大脸... 阅读全帖 |
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s**********n
发帖数: 29 | 41 感觉MAGR的事情，各种狗血剧情已经完全盖过了科学事实的严肃性。
出文章之前吊足了胃口，文章出来之后，觉得有一个明显的漏洞：没有IN VIVO数据的
支持。
CRY的突变体有表型，这个MAGR除了表达模式比较特意之外突变体并没有磁感应失灵的
表型。
现在物理的争议又来了，希望多方的意见能更好的解释科学本身的问题。 |
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d****k
发帖数: 2738 | 42 第四点有可能有一定的道理。在一篇nature的文章里讲到某些基因在不同性别里的作用
可能截然不同，在女性里表型为生育能力强大，但是传给儿子后，表型变成生育能力降
低。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 43 哎，你太注重技术含量了，要考虑到应用啊！很多炸药奖的技术含量说穿了并没啥特别
的，但就是应用太广了。比方说荧光蛋白和PCR,相关的技术说穿了简单得很，但是绝对
值得发奖因为应用太广了，影响太大了，不发天理难容。
Stephan Hall 的那个技术虽然牛，但是难用啊！十来年来除了他自己的实验室基本就
没有别人用。基本上属于是自娱自乐的范围。
现在说基因编辑的拿奖当然是有点早，但是在目前几个已知的技术里，基因编辑以及
optogenetics 都属于那种迟早要拿奖的。因为是否能临床啥的这个并不是炸药奖必须
的，尤其是对于化学奖，有没有临床应用根本就无所谓，只要这两个技术有助于解决很
多生物研究上的技术问题，让人可以回答以前不能回答的问题就可以。比方说荧光蛋白
也没有啥临床应用啊，拿奖的关键就是可以让人直观的看到蛋白的动态行为。还有那个
超微成像，也是什么临床应用都没有的，但是能让人看到以前看不到的细节，所以就给
了。
基因编辑的技术为什么很重要？因为以前我们如果需要敲除一个老鼠基因的话需要从胚
胎细胞开始，需要非常长的时间，而且细胞会在这个过程中出现各种修正和补偿，所以
很多本来应该是重... 阅读全帖 |
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b*****n
发帖数: 1841 | 44 曾经在一个小鼠上通过某个简单手术发现显著表型，表型还有分子变化完全与假说吻合
，而且做的两只小鼠完全一样。这样的结果如果是真的是可以发表在最好的杂志的。但
是后来重复，做了一百多只小鼠，各种因素全考虑到了，没有一只重复出来，也是见了
鬼了。有人可能就敢把结果发出去，我呢只能接受失败。 现在多年过去了，也不知道
这个鬼是什么。生物学这个系统不稳定的因素很多。
当然说这个并不佐证韩春雨的结果是偶然的。他的文章必然有很多假的东西。 |
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发帖数: 1 | 45 1 北京大学生命科学学院魏文胜课题组
我们使用了文章中报道的高效ssDNA，同时自己设计了其他2条针对体内其他基因位点的
ssDNA，与NgAgo表达质粒共转HEK293T细胞与HeLa细胞，2天及5天后，用T7E1检测切割
效率，这三条针对2个不同基因的ssDNA，在HEK293T和HeLa两个细胞系中，无论转染一
次还是在8到12小时后再转染一次ssDNA，都没有检测到切割。
针对敲除后能使细胞有表型变化的某特定基因，我们设计了ssDNA，与NgAgo表达质粒共
转HeLa细胞5天后，发现细胞表现出了一定的对应表型，但是把这部分细胞收集起来提
取基因组，对靶位点测序，没有发现基因组序列的任何改变。
我们针对某特定基因设计了6种ssDNA，用特异的荧光报告系统检测是否有靶点DSB产生
，结果显示所有实验组均没有检测到对靶位点DNA序列的切割活性。
2 中科院动物研究所王皓毅课题组
我们在293T细胞中表达带有Flag标签的NgAgo ，在不同时间点检测NgAgo蛋白表达。发
现转染6小时后开始检测到目的蛋白，随着时间的延长蛋白量增加。在人类293T细胞系
中重复原文章中Figure ... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 46 独家专访：面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影：陈晓雪
内文提要：
独家专访：面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按：
5月初，《知识分子》以国际科学媒体的标准，第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论，并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后，国内媒体和单位纷纷跟进，因为没有新的工作进展，《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果，《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态，但不依据私下匿名来源为主作报道，直到13位中国科学家公开
实名发言后，《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之久，至今虽有多方表态，但仍然没有迹象显示很
快会得到解决。如何在学术规范下寻找解决之道，是摆在中国科学界面前的重要挑战。
10月10日晚，12位科学家实名呼吁调查（后增加一名科学家），《知识分子》
当晚连线韩春雨，并于第二日中午赶赴河北科... 阅读全帖 |
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S*****h
发帖数: 21 | 47 你这样无法确认上下游关系，因为mutant B自己有表型。你看到双突变体的表型居中，
可能是简单叠加的效果。当然，你也可以claim是b可能在a的下游。 |
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S*****h
发帖数: 21 | 48 我都没考虑也可以认为是a 抑制b. 做些在突变体背景中过表达的实验。epistatic
analysis 很多时候很难明确给出上下游关系。 也可以尝试用表型不明显的weak
allele，但你double 不一定会看到抑制。 还有就是辅助看蛋白的定位，表达之类。
: 我也觉得因为表型居中所以难以判断哪个suppress哪个。请问有没有什么
实验可
以进一
: 步验证？
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发帖数: 1 | 49 大家指责韩这么久，包括韩春雨本人，都没有人静下心来去看看NgAgo为什么有
knockdown表型的原因，还是挺失误的。韩国人有了韩春雨提供的线索，七七八八地找
了个原因，正在准备抢功劳。可能后来，韩春雨本人也相信这个knockdown的表型是误
导。 |
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发帖数: 1 | 50 读PhD的时候做的第一个项目，做了好几遍，细菌的表型和以前分析的表型总是反着的
。尝试了多种方法，从不同的角度分析，都是反着的。也解释不通。老板始终认为我的
实验操作有问题，可是所有的对照都证明我的实验操作很好。在这个项目上挣扎了将近
一年，最后发现我用的那个菌株是个变种。。。是从实验员一个很老的平板上挑下来的
。。。千万只草泥马在心中跑过。。。。 |
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