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举报南京大学生命学院院长华子春学术不端
方先生您好！
我们反映南京大学生命学院院长、长江、杰青、 国家科技进步奖获得者、
国重主任华子春长期存在学术不端问题。 附件是我们发现的第一批四组共9篇文
章。
1. 2000-C和2000-E两篇文章皆为英文稿， 分布发表于南京大学学报和
Protein Expression and Purification。华教授是通讯作者。 南京大学学报的
内容系于后者的文字上做了删掉，无文字改写。 例如：
前者的第一、二段：
Human cardiac-specific homeobox protein (hCsx2 or Nkx2.5) encodes
a homeobox transcription factor of 323 amino acids containing six
cysteines and is composed of three domains: the TN-domain, the
homeobox- domain, and t... 阅读全帖 |
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m***e
发帖数: 482 | 2 DNA repair pathways:
-direct repair
e.g. thymine dimers (DNa photolyase),
DNA adducts caused by alkylating agents (methyltransferases)
-excision repair
base excision repair(BER)
mismatch repair(MMR)
nucleotide excision repair(NER)
-recombinational repair
DNA double-strand break repair: 2 distinct system in eukaryotic cells
1. homologous recombination system
2. non-homologous end-joining (NHEJ) system
en, DNA-dependent proptein kinase is required for normal double-strand break
rejoin |
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h******b
发帖数: 312 | 3 A guy post the following question in biojava mail list, thought it is
interesting to discuss:
*******************************
Dear all,
As we know ,there are two kinds of homolog, ortholog and paralog. Genes in two
species that have directly evolved from a single gene in the last common
ancestor are called orthologs. A set of homologous genes that have diverged
from each other as a consequence of genetic duplication are called paralogs.
Sometime those paralogs which arose from a duplication afte |
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i******e
发帖数: 171 | 4 very wild question. Unless by homology modelling, no structures can be
reliablely predicted so far. Ab initio was even not recommended by CASP
committees last time.
I guess your question is that for a given structure without any homologous
structures solved, how to predict the function. If it is enzyme, you can try
to look for its largest or second largest pockets and do the sequence or
structure comparison upon the pockets. The reasonable assumption behind is
that structures are more conserved |
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s*******e
发帖数: 740 | 5 Thank you for carefully read my post.
你说的对，我只是将问题简化来说了，实际情况要复杂一些
我设计的vector包含3个loxp sites，前两个夹着一个exon，第二个和第三个夹
着一个neo基因，这是很常规的设计方法，整个insert region很大，有3k左右
我可以通过southern blot来检测homologous recombination，因为这个insert
引入了一个新的EcoRI site
我的确得到了homologous recombinated干细胞，并用它做了老鼠，但当我用这个老鼠
和Cre mouse杂交时，我怎么也看不到Cre－loxp recombination
仔细检查才发现第一个loxp site莫名其妙得丢了
如我前面叙述的，这个loxp site夹在两个NcoI site中间，它前面和后面很近
的DNA都进去了，就是这一段丢了 |
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h**********r
发帖数: 671 | 6 酵母自己有这样的重组系统，只要片段之间有足够的overlap就可以了。这个叫cloning
by homologous recombination in Saccharomyces cerevisiae
可以看看这个paper，DNA assembler, an in vivo genetic method for rapid
construction of biochemical pathways
P.S
You need a specific strain and plasmid. Go to
http://www.fgsc.net/gpkit.html
and order FGSC 9721 and pRS426.
(FGSC菌株最便宜)
You can follow the knockout protocol to create a long piece of DNA in yeast
through homologous recombination.
http://www.dartmouth.edu/~neurosporagenome/knockout_cassettes. |
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a***e
发帖数: 1010 | 7 The most important role of homologous recombination is to repair DNA damages
which are caused by various reasons, such as mutagens.
An indirect role of homologous recombination is to increase the diversity
and variability of the genome of species, which brings a lot of evolutional
advantages. |
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p*3
发帖数: 45 | 8 Caspase-3
Dixit VM.
Yama/CPP32 beta, a mammalian homolog of CED-3, is a CrmA-inhibitable
protease that cleaves the death substrate poly(ADP-ribose) polymerase. Cell.
1995 Jun 2;81(5):801-9.
Miller, D. K.
Identification and inhibition of the ICE/CED-3 protease necessary for
mammalian apoptosis. Nature 376: 37-43, 1995. [PubMed: 7596430]
Caspase-8
Dixit VM.
FLICE, a novel FADD-homologous ICE/CED-3-like protease, is recruited to the
CD95 (Fas/APO-1) death--inducing signaling complex. Cell. 1996 Jun |
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k*****o
发帖数: 1486 | 9 植物natural product不是一般难做。Gene都是乱跳的，人们一般拿各种homolog去碰运气，所以一般一个novo gene/protein就是一篇Cell（请注意是“novo”，没啥homolog,一般用forward genetics搞出来的那种）。
当然这种研究价值就不用说了，但是风险就明摆在那了。还有一个很费劲的问题就是即使有了这些东西资料，能做反应precursor的量简直是少的可怜。
还是楼上的说了，做这个东西，你必须either是个全才，或者你有N多collaborator. |
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y******e
发帖数: 277 | 10 最简单的方法就是r-blast
如果 [gene a from database A] -> [blast against database B] -> [obtained a
list of potential gene a homologs in B: b1, b2, b3...] -> [take b1 to blast
back against database A] ->
if b1 retrieves gene a as the top hit => b1 is the homolog of gene a
if b2 retrieves.......................=> b2 is ....................a
以此类推。。。。
不过这是最简单的
一般如果你特定的要深入研究某个基因
还要建tree的
处理blast-returned hits的时候也要考虑上下hits的Evalue差别，等等 |
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T**********t
发帖数: 1604 | 11 3/5都是什么control啊？你说5是homolog，是你的target protein的homolog么？即使
是近似的蛋白，也不一定在native gel上跑得一样的。还有就是你用DTT处理浓度用了
多少，处理了多长时间？ |
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p*****m
发帖数: 7030 | 12 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
扫了一眼figure就全明白了...
简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
（可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
据这个给它起了个“约束带”的名字 就跟一个癫痫病人被绑在床上差不多。。此为... 阅读全帖 |
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H****s
发帖数: 301 | 13 I am not really sure what you mean by your question. If you want an antibody
that only binds to your target protein, but not the homologous protein, you
can design your phage/yeast selection and downstream screening strategies (
you get what you select for).
If you already have an antibody that recognizes both your target and the
homologous negative target, you can engineer the antibody to keep
specificity. A good screening assay/strategy is a must here.
If I can be of any further help, please l... 阅读全帖 |
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c******y
发帖数: 148 | 14 写论文写到无聊，下班又太早，翻看下了腾讯本拉登专题，索性把除掉拉登和生物学比
较下。
PI来了又走了，从克林顿，布什到奥巴马，3代PI，十几年过去了，定位拉登基因一直
是个难题。用尽了各种高科技手段，牺牲了众多大兵phd的青春或者生命，还是巴马的
团队几乎在最后时刻撞了大运，靠跟踪partner信使搞定了拉登的位置，然后把拉登彻
底地knock out了。
于是乎，奥巴马的CNS发表了，他也可以光荣的宣布: 我是第一个knock out本拉登的，
意义重大，二次诺奖。。嘿嘿
运气，绝对的运气，生物学里头，如果没有运气，绝对的灰头土脸。
拉登基因被knockout好几天了，世界表型似乎没有什么变化，除了拉登homolog们要扬
言复仇。只见transcript增加，没见到蛋白变化。没意义。
一个拉登没了，旁路途径的拉登活性可能就要增加了。如此解释，这分明就是在
discussion里面耍赖么。
耍赖没关系，这也是idea啊，可以继续骗funding啊，继续寻找拉登homolog么，招一堆
大兵继续敲，不然大兵们闲着也容易闹事啊，还不如锻炼升级。
终于敲完了，世界太平了吗？
显然没有，于是... 阅读全帖 |
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k*****n
发帖数: 417 | 15 Their top5 highly cited research papers:
Wei Gu:
Title: Negative control of p53 by Sir2 alpha promotes cell survival under
stress
Times Cited: 822 (from Web of Science)
Title: Deacetylation of p53 modulates its effect on cell growth and
apoptosis
Times Cited: 331 (from Web of Science)
Title: Deubiquitination of p53 by HAUSP is an important pathway for p53
stabilization
Times Cited: 319 (from Web of Science)
Title: Mono-versus polyubiquitination: Differential control of p53 fate by
Mdm2
Times Ci... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 16 Beutler得奖，Medzhitov会不会有意见？
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761309002
Ruslan Medzhitov
This year marks the 20th anniversary of a publication (Janeway, 1989) that
in many ways revolutionized our understanding of the immune system. As part
of the proceedings of the Cold Spring Harbor Symposium on Immune Recognition
, the paper authored by the late Charles A. Janeway, Jr. was not a standard
peer-reviewed publication. In fact, Charlie used to refer to it as “the
best paper I've ... 阅读全帖 |
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s******a
发帖数: 472 | 17 谢谢。
突然意识到我可能做不了long range PCR。我正在做的两个targeting vector A和B，A
的long arm和short arm分别是7kb和5kb；B则是6kb和3kb。3-5kb的基因组PCR应该很难
P吧？
PS，是不是没有必要整这么长的homologous arm？天真的想法是越长越好。。。
homology |
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l**********1
发帖数: 5204 | 18 你老板没让你事先设计 reporter+ cassette modified vector 就做plasmid then
BAC transgene to Mouse 啦?
then 要证明Your transgene（insert）整合到特定locus
if yes plus next Long-range PCR does not work well.
return to start point then do below steps or similar steps:
Generation of knockin mice
Bacterial artificial chromosome (BAC) clone RP23-135A18
containing mouse genomic DNA encoding exon 1 of Zeb1 was
digested with PacI/SphI and SphI to yield 7.6-kb and 2.6-kb
homology arms, respectively, for targeting constructs (Figur... 阅读全帖 |
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s******a
发帖数: 472 | 19 I have ordered BACs and done recombineering to obtain modified insert
flanked by homologous arms. The plan is to further introduce a selection
cassette (neo), after which modified insert flanked by homologous arms will
be retrieved into targeting vector with negative selection marker.
And the next step will be ES targeting and transgenic mice generation...But
that's quite far away. Now I am just planning the strategies which I can use
to screen ES clones for correctly targeted insert.
PS, the bo... 阅读全帖 |
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s********9
发帖数: 132 | 20 而且VMD是免费的.pymol现在收费了.
再问下:
1:homology model用哪个好? SPDV可以,不知道哪个好些? 文献上面说的homology的定量(比
如40% 60%是怎么来的? 是根据structural seq alignment 数完全相同的氨基酸数量除以总
数?还是别的?clustalw2是不给量化结果的.)
2:1)关于氢键,做结构的人文章里面到底donor atom 和acceptor atom离多远才算是可信? 我
前面用spdv似乎是定在3.5A.可是看一个文章里面描述的一个结构里面所谓重要的氢键已经4A以上
了.
2)一般说是N(O)-H...N(O),可是又看到有的文章里面说说C-H...N(o),这个氢键难道就是个
任人打扮的小姑娘?
3)如果在结构里面看到某个氨基酸的side chain和别的氨基酸有H bond,而我打算mutate这个
amino acids,一个结构生物学的人会怎么去推测这个mutation whether or to what
extent will affect the overall structure o... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 22 Rosetta做单纯的de nove structure prediction结果可能没有想象中的那么好。当然
，对于<10kD的蛋白而言确实可以接近同源建模的水平，但对于大蛋白而言，大致还停
留在“理论”阶段，除非特殊情况，RMSD>10A可以算常态吧。此外，除了Baker本家之
外，其他外人能玩得转Rosseta的似乎屈指可数:)目前个人觉得Rosetta所适用的，除了
小蛋白结构预测/设计之外，应该算是structure refinement这块，部分结合实验结果
，能获得非常好的效果。
对于存在显著的已知同源结构的蛋白而言，我个人相信基于homology modelling的预测
方法仍然会是首选，可靠性很有保障。Homology modelling进一步结合Rosetta自然是
很好的思路，但前提是你能玩得转它，呵呵。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 23 你说的对，Resetta后来也推出了基于Homology modelling的模块，不单单只靠ab
initio presiction的算法，但和传统意义上的homology modelling经典方法还是有所
区别的。
Baker的牛文确实层出不穷，他提出的这套方法原创性太强，基本上这个领域就看他一
个人在做，所谓“走自己的路，让别人无路可走”。
如果我没记错，近几次CASP的结果，rosetta基本都比不上I-Tasser（或大致持平？）
，等今年CASP11的结果出来再看。前面提到过，其实rosetta眼下的亮点和强项，在
structure refinement以及protein design上，这一块确实没有敌手，尤其是后者，让
Resatta大热。但眼前为数不多的几个成功范例能否再进一步推广，有多少普遍意义，
可能还不好说。
Robetta server基本就是个joke，你可以试一下普通权限在线提交一个>100aa的序列，
看看系统计算出来大约需要多久能给你结果...而Rosetta的帮助文档做的是出了名的烂
，这么久以来一直就没变过... |
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z*********8
发帖数: 1203 | 24 如果是ecoli之类的，是不是用homologous recombination一边加500bp homology，用
double crossover就可以得到不用带drug marker的single ko，如果3gene不在一起的
话，那就得做3次了。当然这个是grad school第一年上课讲的，现在是不是还这样做就
不知道了。 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 25 看样子你对这个技术比较熟悉。我有一个问题：
在所有我看到的off-target的检测里，都是找genome里和guide RNA sequence相似的地
方，再sequencing。我在想，要是用homology-directed repair的话，只要拿到多个克
隆后，PCR出想target的地方证明达到了目的，把这些克隆的genomic DNA拿出来，几个
restriction enzyme digestion, 再来个Southernblot/hybridization,不就可以证明
是不是只有一个edited位点了吗？总觉得找genome里和guide RNA sequence相似的地方
，再sequencing，并不能排除random insertion的site（当然，random insertion并不
是真正的random,只是需要的homology片断很小而异。）。
谢谢指正！ |
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r******g
发帖数: 600 | 26 293T 不是有10-20%么？
是Church的paper里面么，有写啊
直接做CRISPR以后，然后 理论上做单细胞克隆，筛就能筛出来吧
只不过有点儿laborious
难道我理解错了？
我自己没做过，但是仔细研究过做过的protocol，nucleotide-to-nucleotide的比较
之前有个哥们人回帖说，homology arm要很长的，crispr的DNA oligo的homology arm
不需要很长 |
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c******9
发帖数: 8 | 27 安特诺生物医药（厦门）有限公司是厦门市第三批“双百”创业、创新领军人才、
外籍归国博士于2012年12月成立的中外合资公司，落户于厦门火炬创业园。公司主要从
事肿瘤监测和免疫治疗相关的实验和临床研究，提供从美国引进的专用于评价肿瘤治疗
效果与转移程度的“循环肿瘤细胞检测”服务，是一家集科研与检测服务于一体的生物
高科技公司。公司核心研发科学家和管理人员均为生物医药领域具有几十年工作经验且
具行业权威性人物。
2013年底，因公司发展需要，整体搬迁至厦门火炬（翔安）产业区，并投资新建了
国家级标准化的GMP实验室。
目前，公司与厦门大学药学院转化中心建立了项目合作关系，成立了厦门大学药学
院安特诺细胞医药研发中心，并与多家三甲医院开展临床科研与应用研究。
公司正处于全力发展阶段，诚邀从事肿瘤免疫学、免疫学方面的有志之士具有博士
及以上学历者加盟，负责实验室研发及管理。我们的科研、管理团队将为您提供良好的
专业发展机会。对于入聘人选，公司将提供良好工作环境与丰厚的福利和薪酬待遇。
工作地点： 厦门市翔安区厦大药学院
薪酬范围：US$ 30,000-40... 阅读全帖 |
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y***n
发帖数: 109 | 28 Although this prize is ”for mechanistic studies of DNA repair“, it is in
fact only single－strand damage. There is another big field of double-
stranded DNA damage repair, including non-homologous end jointing and
homologous recombination. It is so unfair. |
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h*****G
发帖数: 113 | 29 只要是mamalian codon optimized的Cas9就可以，最好带GFP or antibiotic
selection，这样可以sort transfected的细胞。
Cas9-2A-GFP/Puro-U6/H1-gRNA的最好。
对于knock-in cassette, 如果你只是single or a few nucleotide mutation, 那么
最方便的应该是直接order single stranded DNA, 长度 ～ 100 nt. Homology arms >
40 nt 就足够了。
如果是要knockin比较大的insert，比如说GFP reporter，那么可以需要克隆到质粒上,
homology arm > 500 bp，就可以了。可以有antibiotic selection，也可以不用，取
决于你的效率。 效率低的情况用antibiotic selection，之后还需要一个step，用cre
-loxp把antibiotic selection cassette给去掉，否则在很多情况下会影响你gene的表
达。
在两种情况都要... 阅读全帖 |
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E*****T
发帖数: 1193 | 30 在我看来，你应该先把Whitney的文章看了，把在欧式空间的情况看懂，知道这到底是
一个什么问题。（只需要欧式空间中曲线的知识）
然后扩展到一般流形上，我比较肯定的是：不需要看differential geometry或者
Riemannian geometry，看一点一般geometric topology或者differential topology书
中关于manifolds的一点点介绍，一般就在预备知识里，这就足够了。我不肯定的：我
认为不需要看algebraic topology,一般topology书中探讨的homology和cohomology对
你的这篇文章没太大用（知道homology group的概念就行了），你要了解的是homotopy
中的很多概念（譬如反复出现的homotopy equivalence).我不知道是不是应该读
homotopy theory之类的书。
最后，零拓扑几何基础想读这篇文章可能比较困难，同LS建议你硬读，然后找一个指导
者能随时回答你的问题。 |
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L*m
发帖数: 235 | 31 最近十年在annals of mathematics上发表或合作发表文章的华人全统计（不包括
terrence tao和一位mit本科毕业的abc华人），单位统计以现在作者单位为准
annals
2015年
A proof of Demailly’s strong openness conjecture
关启安（北京大学） 周向宇（中科院）
A solution of an L2 extension problem with an optimal estimate and
applications
关启安（北京大学） 周向宇（中科院）
Finsler metrics and Kobayashi hyperbolicity of the moduli spaces of
canonically polarized manifolds
杨世琪（普渡大学） Wing-Keung To（新加坡国立大学）
Construction of Cauchy data of vacuum Einstein field equations evolving to
black holes
黎俊彬（中山大学）... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 32 Peter Scholze, arithmetic algebraic geometry : likelihood 80%
Maryna Viazovska, analytic number theory and discrete geometry : likelihood
60%
Simon Brendle, differential geometry and geometric analysis: likelihood 40%
Alessio Figalli, partial differential equations and calculus of variations :
likelihood 40%
Gregory Miermont, probability and stochastic geometry : likelihood 40%
Akshay Venkatesh, number theory and automorphic forms : likelihood 40%
Ciprian Manolescu, low-dimensional topology and ... 阅读全帖 |
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x********i
发帖数: 905 | 33 Peter Scholze, arithmetic algebraic geometry : likelihood 80%
Maryna Viazovska, analytic number theory and discrete geometry : likelihood
60%
Simon Brendle, differential geometry and geometric analysis: likelihood 40%
Alessio Figalli, partial differential equations and calculus of variations :
likelihood 40%
Gregory Miermont, probability and stochastic geometry : likelihood 40%
Akshay Venkatesh, number theory and automorphic forms : likelihood 40%
Ciprian Manolescu, low-dimensional topology and ... 阅读全帖 |
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e*******n
发帖数: 4912 | 34 201. Nobert Wiener听学术报告的习惯是一般迟到几分钟，然后在
第一排坐下，拿出本杂志很认真的看，如果他比较累就会睡上
一觉，在报告快结束时问一个关键的问题，或者自己来做一个
小型报告
Wiener经常会让人列出美国最伟大的十个数学家，1930s有一
次在duke大学的一次数学会议上，一些人故意只列出9个，然
后观察Wiener那种表情
202. 在Princeton大学曾经流传着一些数学家证明定理的“显然”
标准
if Wedderburn says it's obvious,everybody in the
room has seen it ten minutes ago
if Bohnenblust says it's obvious,it's obvious
if Bochner says it's obvious,you can figure it out
in half an hour
if von Neumann says it's obvious,you can prove it
in three months if you are a genius
if... 阅读全帖 |
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f*********8
发帖数: 165 | 35 GOstats is particularly useful when the organism is not supported by the
database. You need map to its cloest homolog in other species and use the go
_id of homologous gene as a prediction for the species you are study. |
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l*******r
发帖数: 39279 | 36 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: cheerfly (fly), 信区: Biology
标 题: 除掉拉登也是个生物学课题
关键字: fpqn
发信站: BBS 未名空间站 (Wed May 4 11:33:46 2011, 美东)
写论文写到无聊，下班又太早，翻看下了腾讯本拉登专题，索性把除掉拉登和生物学比
较下。
PI来了又走了，从克林顿，布什到奥巴马，3代PI，十几年过去了，定位拉登基因一直
是个难题。用尽了各种高科技手段，牺牲了众多大兵phd的青春或者生命，还是巴马的
团队几乎在最后时刻撞了大运，靠跟踪partner信使搞定了拉登的位置，然后把拉登彻
底地knock out了。
于是乎，奥巴马的CNS发表了，他也可以光荣的宣布: 我是第一个knock out本拉登的，
意义重大，二次诺奖。。嘿嘿
运气，绝对的运气，生物学里头，如果没有运气，绝对的灰头土脸。
拉登基因被knockout好几天了，世界表型似乎没有什么变化，除了拉登homolog们要扬
言复仇。只见transcript增加，没见到蛋白变化。没意义。
一个拉登没了，旁路途径的拉登活性可能就... 阅读全帖 |
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a*******s
发帖数: 117 | 37 以下为部分论文。 若有错误，欢迎指正。
夏宁邵所在领域还是偏应用，非基础研究。 亮点是2010年的一篇柳叶刀。
2012年度：
Quantitative hepatitis B core antibody level may help predict treatment
response in chronic hepatitis B patients.
Yuan Q, Song LW, Liu CJ, Li Z, Liu PG, Huang CH, Yan Y, Ge SX, Wang YB, Peng
CY, Zhang J, Kao JH, Chen DS, Chen PJ, Xia NS.
Gut. 2012 Jun 14. [Epub ahead of print] No abstract available.
影响因子： 10.614
Hepatitis E virus: neutralizing sites, diagnosis, and protective immunity.
Zhang J, Li SW, Wu T, Zhao Q, Ng MH, Xia NS.
... 阅读全帖 |
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v*******e
发帖数: 11604 | 38 在这里上窜下跳的都是无知之徒，我是有知之徒，想要知道为什么人类进化快，得读
paper，了解LINE、SINE、ALU；想知道为什么人类和黑猩猩是兄弟，得去读brain相关
的paper，特别是homology有关的东西；想了解语言在进化上的作用，得去读认知科学
的paper；想要知道大脑是如何工作的，人类大脑的原理是如何和线虫的原理一样，你
得读neuroscience。我老不才，这些我都读了，每个方向读100篇以上的paper，包括数
十篇review paper。如果你做到我这样，你就会知道人不需要上帝就能进化出来。 |
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l*****7
发帖数: 8463 | 39 Cancer researcher retracts 19 studies at once
with 23 comments
jcheng
Jin Cheng
A former cancer biologist at the Moffitt Cancer Center in Tampa, Florida has
retracted 19 papers from a single journal.
Jin Cheng, who studies how ovarian cancer develops, withdrew 19 papers from
the Journal of Biological Chemistry originally published over the last 15
years, and corrected another. All of the retractions are for image
manipulation.
For example, here’s the notice for “Activation of phosphatidylinosito... 阅读全帖 |
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t*******a
发帖数: 4055 | 40 潘建伟团队光量子计算机TDA新算法横空出世，人工智能量子计算破局
点击：188 作者：创业家 来源：今日头条 发布时间:2018-02-03 10:01:57
新智元报道
来源：ArXiv；quantamagazine
编译：文强 米乐
【新智元导读】 日前， 潘建伟团队完成了首个在光量子计算机上进行拓扑数据分析（
TDA）算法的验证演示，表明数据分析可能是未来量子计算的一大重要应用。量子计算
已经成为国之重器，IBM、谷歌、微软等公司都有布局。但量子计算的基础物理问题还
远远没有解决，如：降低错误率、适应错误率以及扩大规模，因此很难从实施中解脱出
来。
在过去的几十年中，拓扑学得到了长足的发展，已经成为分析现实世界的强大工具。简
单说，拓扑学（Topology）研究的是几何图形或空间在连续改变形状（比如拉伸或弯曲
，但不包括撕裂或粘合）后，仍然保持不变的性质。
在拓扑世界中，对称性尤为重要。一般我们说的“对称”是旋转对称，比如将一个正方
形旋转90°以后仍然保持不变。但是，还有另外一类对称，数学家把这些对称称为“持
续同调对称”（symmetries pers... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 41 越说越离谱了，
你以为流感病毒跟动物的免疫系统那样通过对proto抗体基因的大规模重组来产生多样
性极高的大分子吗？ 太有想象力了吧。
如果是那样的话，能够在不同动物之间跨物种传染的流感早就肆虐了；实际情况是，这
种跨种病毒株少之又少。
请把下面这篇文章看一看再来和我讨论吧。
“Homologous Recombination Is Very Rare or Absent in Human Influenza A Virus”
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2346757/ |
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w********2
发帖数: 632 | 42 HGT involving prokaryotes
Many studies support the significant role of HGT in the evolution of
prokaryotes (Gogarten et al., 2002; Jain et al., 2003; Kunin and Ouzounis,
2003). The principle sources of novel genes are provided by other prokary-
otes, viruses and MGEs (Fig. 1). In particular, plasmids and composite
mobile elements contribute significantly to HGT between prokaryotes. In some
cases, composite elements and megaplasmids are composed of more than 100
genes (Bentley et al., 2002; Hacke... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 43 从编辑对DNA的效果来看，可以分为 敲除（knock-out）和 敲入（knock-in）。
敲除，故名思意就是让目标基因失去功能。这个相对容易实现。因为基因经过长期的进
化出来的精细结构，随机的删除或者添加几个碱基对(生物里的0 1）就能让目标基因
失效。
如何实现？CAS9或者其他的核酸酶，在破坏DNA双链以后，细胞会自动修复损伤。这个
修复的机制叫做非同源性末端连接（Non-homology end joining,NHEJ）。就是直接把
绳子断开的两端直接连接回去。但是这个过程不精确，大概率的会随机造成几个碱基对
的删除或者添加。那么正好就可以让基因失效。
这就是贺所采取的手段：基因敲除。
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第二种，敲入。和敲除相反，把一段给定的DNA序列精确的整合进入目标基因组位点。
精确是这里的关键词。敲入的结果就是编辑以后的目标基因的新序列和预先设计的要一
模一样，这就和 随机 的“敲除”形成鲜明对比。显然，敲入 要比敲除 更牛逼：你想
要什么就有什么，而不是靠运气。
如何实现？同样的，用CAS9或者其他的核酸酶切断DNA双链... 阅读全帖 |
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d******0
发帖数: 3640 | 44 不要处方，这个价的确是良心价，不过现在好多都用novolog或homolog，近几年价格疯
涨。
：OTC. 新闻就为了耸人听闻，为了黑制药公司。不过Wal-Mart 绝对良心价，这价格还
要冷链运输保藏，也就是对大众的福利吧。
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m***a
发帖数: 13878 | 45 近日，韩春雨在预印本网站BioRxiv上发表了一篇关于基因编辑的新文章：Background
free tracking of single RNA in living cells using catalytically inactive
CasE。
文章共有5名作者，依次为Feng Gao, Yue Sun, Feng Jiang, Xiaoyue Bai, Chunyu
Han，工作单位均为河北科技大学基因编辑研究中心。其中，韩春雨为通讯作者。
文章摘要和内容显示，RNA具有重要且多样的功能，将活细胞中分离的RNA可视化，将为
人们提供关于其作用的基本信息。迄今为止，科学家发明了两种活体RNA成像系统。
本项研究发现，CasE可被设计成RNA跟踪工具。这种工具被称为“VN-dCasE-VC”，效果
和可用性更强。
一位接近韩春雨的人士向《中国科学报》表示：“这篇文章是此前韩春雨工作的延续，
目的都是开发基因编辑工具。”
通常，首发在未经同行评议的预印本上，是为了获得首发权。
“韩春雨下一步还会投正式 期刊的。”前述人士推测。
新闻回顾
2016年5月，《自然—生物技术》发表韩春雨团... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 46 "凭空用结构筛出来的没有,筛出来的lead根据结构做优化"
这到底多有用，对药物开发多essential还没有公论吧？ 按照我了解的，就算按照结
构去优化设计的，十个里面也不一定能出一个。所以，基本上还是靠 试错。结构信息
也许减小的试错的范围，但幅度不会很大。
尼玛，homology model连电子密度分布的信息都没有，你拿它做个毛线的辅助设计啊。
。。 |
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x*****8
发帖数: 10683 | 47 相同性与同源性。
20多年前我学分子生物学时就知道不同的算法推出的数字差别很大。 |
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发帖数: 1 | 48 一个加州理工毕业的说（引用他的话，是用来驳斥的。在没有RaTG13之前，他说的其实
有理。）
“
I performed BLASTn and Clustal alignment on the Wuhan coronavirus and cross-
annotated missing CDS regions. I found that Bat SARS-like CoVZXC21 and Bat
SARS-like CoVZC45 are the most similar coronaviruses. The sequences are
different at quite a few silent point mutations but sufficiently close (95-
93%) to indicate a lineage that has not diverged significantly- this is a
recent strain with a close common ancestor. Some regions don’t even have
sile... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 49 Puma2019 发于 2020-01-29 08:58, 论坛:
标 题: 跟一个朋友聊了会，这次武汉病毒不像合成的。
quote 如下：
I performed BLASTn and Clustal alignment on the Wuhan coronavirus and cross-
annotated missing CDS regions. I found that Bat SARS-like CoVZXC21 and Bat
SARS-like CoVZC45 are the most similar coronaviruses. The sequences are
different at quite a few silent point mutations but sufficiently close (95-
93%) to indicate a lineage that has not diverged significantly- this is a
recent strain with a close common ancestor. Some region... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 50 http://theprepared.com/blog/no-the-2019-ncov-genome-doesnt-actually-seem-engineered-from-hiv/
2019-nCoV genome doesn’t really seem engineered from HIV
A group of bioinformaticians at two prestigious universities in Delhi, India
, published a preprint scientific manuscript on the bioRxiv preprint server
Friday has led many to speculate wildly that 2019-nCoV may have been
deliberately engineered using HIV protein sequences.
The paper, entitled “Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV... 阅读全帖 |
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