s*******s
发帖数: 623 | 1 Job ID: GF2011A001
Posting Title: Research Scientist/Research Associate/Bacterial Geneticist
Brief Introduction of Gate Fuels Inc.: “Imagination, Innovation,
Implementation --- Enabled Technologies for a Green Clean World”
Gate Fuels Inc. is a research start-up firm based in Blacksburg, VA, with
the goal of developing microbial and cell-free platform technologies that
enable low-cost production of biochemicals and biofuels. The first platform
is based on industrially-safe Bacillus subtilis. Thi... 阅读全帖 |
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y*********u
发帖数: 183 | 2 Thank you for your reply!
Sorry for not making this clear. By saying knock in I am referring to the
method utilizing homology recombination to replace an original gene allele
by another one pre designed.
What you are saying is usually refereed as 'transgenic event'.
expression cassette will be randomly inserted into (any) genomic DNA.
can delete, mutate or add (tags etc) to any part of your allele in vitro,
then knock it in. |
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s******s
发帖数: 13035 | 3 大家参考一下。其实我是没有精力做的，有人成功的话给我acknowledge就够了。
找你要研究的基因的BAC，然后再E.Coli里面通过homologous recombination在
有兴趣的片段（当然要比较长的）两头加rare的RE site或者ZFN一类的，随便折
腾；里面再加点strong的aptamer, 或者变态点，加一堆lacO.
这玩意儿做成转基因IPS或者ES，好处是可以多copy, 十个八个没问题吧，更多
应该也行吧? 然后做成转基因小鼠，取你有兴趣的特定组织，或者细胞培养，
做ChIP的前面部分就是fix，洗掉细胞质，然后instead of sonication, 用RE
一顿乱切，配合aptamer purification. 你可以先size select然后affinity,
或者先affinity然后size select, 或者几种不同的方法series affinity，
anyway, 拿到东西decrosslinking上ms spec, 当然前面crosslink的时候不能
用glycine quench.
这个思路欢迎大家补充。 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 4 很有意思，看见这么多人在说这个想法。
这个想法我在2005年1月之前，换实验室时，和PI说了，他听不懂这张PPT意味什么。
后来我又换了实验室，2007年（2008？）某天新老板和我听完某个不相关的seminar，
和我说起这个，他才开口说了2句，我就知道他想说什么，
他的反应是，i have not finished my briefing yet, you really understand my
point? 于是就和他说，of course i know what you want to do,然后讨论了半天，原
来他的朋友有这个想法 etc etc，后来我又做了一些Homework，还是决定放弃。这个很
不好做，估计是个死途。
这个技术最大意义是：能找到locus specific DNA-protein complexes。目前的通行做
法是，已知某个protein, 你用CHIP，证明在某个Locus上面，然后开始making story，
编剧。但其实，那个Locus上面可能有几十种特殊蛋白在调控！！！
2004年底，我的想法来源于推广TAP+MS，我已知 TAP+MS... 阅读全帖 |
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z*h
发帖数: 773 | 5 Brief Introduction of Biofuels Lab at Virginia Tech
“Imagination, Invention, innovation --- Replacing Crude Oil by Sugars
through Cascade Enzyme Factories”. Website: http://sugarcar.com
The mission of the Biofuels Laboratory led by associate professor Yi-Heng
Percival Zhang at Virginia Polytechnic Institute and State University (USA)
is to solve key sustainability challenges – What will replace crude oil?
How and when? How to feed the world in future? Dr. Zhang is a world
recognized young bioc... 阅读全帖 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 6 中药虽然有人报道或指责有毒，但这种毒性已经被历史和人命筛选过了，请大家仔细理
解这点
另外，天然化合物潜力还大大有的挖，只是非常难做
比如说，有一种植物，里面初步分离，有一个组分（其实里面依旧有30种化合物，或许
是衍生物系列，homolog），然后有治疗，有毒性，
在上帝那里，某一个微量化合物是 perfect, 但含量太少，被淹没了，需要提高100倍
，并且纯化，才能使用。
你怎么办？ 你怎么知道这种情形？
目前的天然化合物办法，要求 1能明确定义生物效应 2含量足够，不用费心这个，主要
精力是在撞运 某个奇怪的植物微生物 |
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s******y
发帖数: 28562 | 7 “Also to use convergent evolution to argue for evolution being directional does not stand”
我强烈反对这个论点。我觉得你们搞基因的人过于focus on 序列比较了.
基因的具体序列当然重要，但是，convergent evolution 正好说明了:
不管什么基因序列什么来源，表型（包括morphology)的进化 才是真正派上用场的东西所以是有方向性的。我上面举的章鱼，它的眼睛相关基因和人的眼睛相关基因完全不是一回事，你如果去比较他们的序列，那就会发现几乎没有什么homology。但是它们通过不同的基因组合，最后都得出了一个非常类似的“解”(solution) .如果完全否认里面的方向性的话，那得多么多么多么巧合才能“偶然”的在不同途径出现相似的解啊！
另外，我不明白你为什么认为convergent evolution 是rare event. 在我看来例子实在是太多了，根本就不"rare".
of
use
suggest |
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H****N
发帖数: 997 | 8 Just to counter you argument on eye evolution, Pax6 is required for eye
formation in all animals examined so far, strongly arguing for a single
origin of all eyes during evolution. Of course, further evolution has
happened along different phylogenetic lineages, but no eye has got away from
the basic structure of photoreceptor-pigment cell.
As to your "巧合", you are making many assumptions again. If evolution is
directional as you think, covengent evlution events should not be as rare as
they are.... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 9 really great argument!!
我想morphorlogy上的convergent evolution时要不要考虑起始物种的问题，比如鲸的
祖宗在海边找食吃时，它们的genome，或者说molecular pool在就和鱼类有了相当大的
不同，但在长时间的evolution中，突变不断积累，根据morphorlogy phentype，产生
不同的适应性的progeny，可能一支变成河马，一支变成鲸。这种变化的molecular
base就可能和鱼类进化时完全不同。
这种百万年/上万个generation的molecular change，因为没有ancestor存在，基于进
化分析不能给出这种change的profile。
而且convergent evolution/divergent evolution现象不少和物种灭绝/环境变化相关
，这种自然状态下的mutagenesis更不可能用目前的molecular biology解释
可以观察的evolution估计就是岛屿上的达尔文雀了
directional does not stand”
西所以是有方向性的。我... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 10 never did cloning this way myself...but I advised my former roommate to
develop the tech and I remembered he inserted three LoxP sites into a 25kb
or so plasmid within literally 2-3 weeks...I could be wrong since I was not
the one doing it...but I thought the concept was simple: u have the homology
adapters flanking the sequence of interests...someone say 30 bp may be too
small and could get lost...never did myself, don't know(maybe I shouldn't
have commented so surely:)))...I could ask my form... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 11 我倒。。。gateway system 不是做这种活的。
用楼上说的，先搞个单链，然后再recombination ，理论上倒是可行，
不过我从来没有那么做过，不知道难度有多大。
你室友具体是怎么做的？去问问他吧，我很好奇呢。
not
homology
too |
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a****k
发帖数: 1130 | 12 我是想推荐看看isothermal assembly reaction行不行的。。。
not
homology
too |
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M*****n
发帖数: 16729 | 13 thanks for your suggestion.
I have one gene whose homolog has been published in Cell, but only in vitro
studies, no animal studies yet and no link to diseases. My collaborators
have collected some clinical data implicating the gene in dieseases. I
probably should work on this gene first. |
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f**********e
发帖数: 1994 | 14 俺博士后 lab 有尝试过搞这个。很不幸的，homology modeling 的结构通常
侧链都很屎。（50% 序列相似还是很屎）拿错得离谱的侧链去 dock 药，结果当
然是屎。大药厂通常解自己要的结构，这些结构当然不会放到 PDB 上的。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 15 joke也不joke，这个显然是典型的先有实验数据/证据然后回到结构中找支持。因为磷
酸化前后的结构差异用homology modeling一般而言是无法体现出显著差异的（甚至连
同源结构都还没有），所以只好通过Rosetta来搭个大概，然后通过已知的结构范例“
凑”出磷酸化前后的差异来，属于先放一箭然后再去画靶子的类型（大部分突变体结构
功能分析都是这个模式）。因为已经有了很强的实验证据支持，结构预测分析这块也只
是锦上添花，并不是关键核心，所以文中写的也很简单。
后面那篇paper，其中的结构是pdb中已知的，拿来做个示意图highlight一下motif，自
然没必要解释怎么来的。 |
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r******y
发帖数: 21907 | 16 我这个maize里有表型，at里那个也许homolog的没有，准备冷冻 干旱 涝 热都试试看
。。 |
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g***y
发帖数: 201 | 17 40-50bp homologous region is enough for recombineering.
Next time, you can order 20bp primers first and do a test run, if it is very
robust and specific, then you can order 70bp primers which contains extra
recombination region. |
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A********2
发帖数: 107 | 18 i) clone your target gene into a plasmid upstream of an antibiotic
resistance gene (e.x. Kanamycin) ii) amplify the two-gene cassette using
primers with 40nt homologous sequences iii) transform the linear fragments
into a recipient strain (e.x. E. coli) with an inducible Lamda Red System iv
) flip out the cassette with or without leaving a scar sequence, depending
on if there is FRT seq or I-sceI site in the cassette |
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f**********e
发帖数: 1994 | 19 结晶 （或是建 homology model, 可以在一个 sequence family 里找一个
好解的解，再由那个结构外推别的结构）-- 用 structural complementary
预测 protein-protein interaction -- 外推 gene interactions? |
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x********u
发帖数: 430 | 20 I have finished a dozen of deletions in E coli and based on my experience
there is no way you can simultaneously knockout two genes using this Red
recombination method. The chances are very low if your PCR fragment has only
40-50 homologous region with your target gene. Without removing the
introduced FRT site could cause site-unspecific integration and the second
deletion could happen nowhere but your FRT site. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 21 why only try BAC vector method only
alternatively you can try PB transposons vector
>Transfection of naked DNA has been used for large-cargo delivery.
Pronuclear injection of bacterial artificial chromosomes (BACs) has been
successful for transgenesis of up to 300 kb. However, the integrity,
integration site and copy number can not be controlled. BAC vectors have
also been used for targeting large cargos to defined genomic positions in ES
cells via homologous recombination (Valenzuela et al., 20... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 22 0.5% human protein is no homology to Chimpanzee
five years ago that value was 0.9 %. |
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F*Q
发帖数: 3259 | 23 真的很感激你热心提供的信息！Cdv 蛋白也许在budding细菌中有homolog，但毕竟不是
在细菌里做的，所以对我还说还是远水解不了近渴啊。似乎你做的就是相关的领域的东
西，如果有兴趣，我们可以私下聊聊，看是否有可能合作。 |
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y**********n
发帖数: 478 | 24 经典遗传学的东西怎么跟现代基因学联系起来有时候确实很头大。我试着解释下，先贴
一段wiki上的：
“An allele (UK play /ˈæliːl/ or US /əˈliːl/)
is one of two or more forms of a gene or a genetic locus (generally a group
of genes).[1][2] The form "allel" is also used, an abbreviation of
allelomorph. Sometimes, different alleles can result in different observable
phenotypic traits, such as different pigmentation. However, many variations
at the genetic level result in little or no observable variation.
Most multicell... 阅读全帖 |
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c********b
发帖数: 363 | 25 new phytologist生理比较多，但是也有不少把Arabidopsis的homolog在别的物种做做
就发了的，所以还是有chance的。
PCR的tissue culture是不少，但是绝对不是主流。我审过3-4篇都不是tissue culture
的，做什么的都有。
发小文章关键还是看写起来包装的怎么样了。 |
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l******n
发帖数: 1683 | 27 结构预测方法两大类, knowledge based和ab initro的, knowledge based的里面尤其是
homology modeling已经成熟很多年了, ab initro的也已经停滞很多年了. baker是搞
ab initro成名的.
protein design其实很偏应用了, 我觉得吧, 关键一是选题, 二是做实验的合作者, 三
是最后写文章时的故事怎么编... |
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y******8
发帖数: 1764 | 28 Probably yes. Working on a protein without homology to any known structure
should be very difficult. |
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b******y
发帖数: 627 | 29 I was not a structure person although it is unavoidable for me to become one
, unfortunately. Since I has been in a structural lab and a biophysics
program for N years, I can give you some of my personal feelings. Most new
structures, i.e. structures of close homologs are unknown, have a lot
unexpected points, which are beyond smart people's, like David Baker,
prediction. These new aspects justify the existence of structural biology
field.
However, I do share some of the feelings many of us here... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 30 1,看你用什么PCR，如果是long range PCR， 也就是一端在你片段里，一端在homology
arm 外面的，能p出specific的带，并且sequencing对，那southern可以直接跳过不用
做了。 很多文章都用的这个办法，发表在比较decent的杂志上
如果是片段里面p个带，那没必要p，那只能鉴定出随机重组，大多数长出来的克隆几乎
都是
2，24well plate 50% confluency以上够大多数用途，如果只用PCR 96 well都够
3，不是
4，还是同位素 |
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s******a
发帖数: 472 | 31 这个triplex PCR确实设计很巧妙啊。。。
不过不适合我的问题，如果要证明我的transgene（insert）整合到特定位点，应该把
引物一个设计在transgene上一个在homologous arm外面做muhe提到的long range PCR。
这样至少能保证transgene在targeted locus整合。 |
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i*********0
发帖数: 915 | 32
homology
做一个96well 的 duplicate,一个做Southern + PCR, 一个做backup for southern,
基本上都解决了. |
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a*****x
发帖数: 901 | 33 如果只是level变化加这些不完全的mechanism不够CNS。需要either phenotype or
thorough mechanism.个人认为phenotype（比如老鼠肿瘤抑制）机会更大一些。
line
后B
homolog |
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O******e
发帖数: 4845 | 34 听你老板的。这些结果离着CNS还比较远。
line
后B
homolog |
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s*******7
发帖数: 160 | 35 下周有一个重要面试，是一个研究神经退行性疾病和衰老的机构，他们要我设计一下以
后自己可能开展的研究课题或工作。我实在是不知道该怎末下手，我的背景是以前做过
神经元甘氨酸受体通道的电生理研究，后来做过GABAA受体还有protocadherin蛋白的研
究，但我对老年痴呆之类的一点概念都没有，现在上网查也只能了解各大概，也没找到
老年痴呆和我熟悉的GABAA受体或是protocadherin之间有关系的相关文献，有没有高人
指点一下该怎末入手设计这个面试课题啊，万分感谢。
补充一下，先前通email他们好像对我的电生理研究背景比较感兴趣，另外我熟悉的实
验技术包括细胞培养，免疫荧光，western blot，基因克隆等。还有我查了一下，他们
研究所有人做β-Site APP Cleaving Protein 1 (BACE1)和CutA Divalent Cation
Tolerance Homolog (E. coli) (CUTA)的研究，还有人做AD小鼠模型。
现在急死了，多谢大家指点啊，要有好的idea我虽然不富， 但诚心愿意送上包子感谢
。 |
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S*********s
发帖数: 304 | 36 Smac is a similar case.
It has homologs in other species, but only first AVPI amino acid is
functional since this protein use this AVPI to antagonize IAPs during
apoptosis.
From what you have described, I guess the essential domain in your protein
may interact with other proteins. |
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p*****u
发帖数: 191 | 37 pymol是user surpported的，你依然能下载到源码，并且自己编译。如果自己不想编译
，我觉得你可以去下载bioblender，里面有个pymol 1.3可以提出来用.
说说你的问题
1, 我觉得homology modeling用modeller就很好。而且最近出了一个Pymod将n多软件集
成，建议你用一下；当然前提是clustalw modeller等先预装的。
至于序列相似性程度，假如A含有300个AA，而B是A中一个类似的domain；只含有100
个AA；这个相似性就不用依赖于两个蛋白aa的数量完全相同了吧。另外我感觉，两个蛋
白进行alignment，很多软件得出的结果差不多，只不过使用的算法不一样，pymol也可
以alignment的，看了一下代码；人家用的是交叉熵算法；挺时髦的。
2,氢键的定义吧，我觉得很多文献中都会给出定义的，energy都给出了一定的总结。如
果你用VMD做氢键，就会觉得很痛苦，必须要求结构中有氢原子，这点跟pymol是不同的
，而且vmd的作者也坚持，就根据氢键的定义来：“没有氢怎么会有氢键”。但是也有
人说，一定的距离内，H... 阅读全帖 |
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s********9
发帖数: 132 | 38 能具体说一下那个homology打分吗?
比如A和B蛋白有个同源domain50个aa,怎么看计算这个同源性是百分之多少?发表的结构生物学的文章
里面是用什么软件计算的?
100 |
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s********9
发帖数: 132 | 39 这次附了两个图:
1)snap3 shows the N-C-H...O hbond longer than 4A, which is claimed be to
critical in that structure.
2)snap4 shows that mutation I was talking about. See that hydrogen bond
(3.
13A) is between two sheets. If we mutate that to non-polar aa, can you
give
any speculations?
3)SNAP5 是我自己用vmd represent的electrostatic potential surf 和peptide
binding的图(非常感谢前面回帖的所有人,我总算蜗牛般地学了点vmd).
snap6是文献里面的同样的展示内容.
困扰我的是我做的里面那个binding site像个闭合的孔,而文献里面四个半开放的
channel.
我的surf不是因为计算的electrostaic potential的问题,因为如图S... 阅读全帖 |
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p*****u
发帖数: 191 | 40 感觉文献的比你的缺了点东西。
你不会为这么小的肽段做homology modeling吧
试着修改一下probe的大小 |
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b******s
发帖数: 1089 | 41 既然这几天谈到了Zhu Jian-kang，Deng XW和Dong XN。我们可以从他们开始谈起。
如前所述，我没有大家喜闻乐见的8卦素材，所以基本上我这里只是列出他们从学生
时代起的publication等，大家可以看到他们如何在career上有个大的跳跃。
Zhu Jian-Kang
教育背景
Beijing Agricultural University B.S. 1987 Soils & Ag. Chem
University of California, Riverside M.S. 1990 Botany
Purdue University PhD. 1993 Plant Physiology
Rockefeller University Post-Doc 1994 Molecular Biology
博士老板属于中牛，但是看Zhu的访谈，应该对他很欣赏，对他的事业应该很有帮助。
Zhu薄厚只做了一年，而且没有文章。应该是在开山老怪Nam-Hai Chua那里做的。
职位：
2010-Present Professor of Horticulture and Bioche... 阅读全帖 |
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b******s
发帖数: 1089 | 42 (1)
既然这几天谈到了Zhu Jian-kang，Deng XW和Dong XN。我们可以从他们开始谈起。
如前所述，我没有大家喜闻乐见的8卦素材，所以基本上我这里只是列出他们从学生
时代起的publication等，大家可以看到他们如何在career上有个大的跳跃。
Zhu Jian-Kang
教育背景
Beijing Agricultural University B.S. 1987 Soils & Ag. Chem
University of California, Riverside M.S. 1990 Botany
Purdue University PhD. 1993 Plant Physiology
Rockefeller University Post-Doc 1994 Molecular Biology
博士老板属于中牛，但是看Zhu的访谈，应该对他很欣赏，对他的事业应该很有帮助。
Zhu薄厚只做了一年，而且没有文章。应该是在开山老怪Nam-Hai Chua那里做的。
职位：
2010-Present Professor of Horticulture and Bi... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 Continue:
even Plant Systems Biology also trying HMM approach:
In addition to the analysis of existing data sets, data inspection aims at
creating auxiliary data models that integrate prior knowledge, such as
contrast information, class labels, or even only loosely associated
observations. Models of this kind include Markov models, such as hidden
Markov models (HMM) or Markov random fields (MRF), and extensions of
prototype models, such as self-organizing maps (SOM), neural gas (NG), and
learnin... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 44 Johns Hopkins too 连tenure都过不了
不是看已有领域的挖掘 还要看新领域的digged out data and results.
please refer:
for example:
Lee Martin, Ph.D.
Professor of Pathology, Neuroscience
//pathology.jhu.edu/department/divisions/neuropathology/faculty-staff.cfm
his group recent paper:
线粒体上的控制 NO 的通道控制着细胞老化和自然死亡的过程
"The mitochondrial permeability transition pore regulates nitric oxide-
mediated apoptosis of neurons induced by target deprivation.” (2011)
J Neurosci. 31: 359-370.
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 45 En
温习一下 其十一年前的豪言 啊
中国科学：显著的发展和严峻的挑战
——历史演变和现状比较
于2001年12月4日 1st version
饶毅
本文在简要回顾中国科学史的基础上，介绍一些近年研究的内容，肯定中国
科学令人乐观的进步，并讨论可能的意义。同时也指出，中国优秀论文总量仍不
到世界的百分之一，低于中国经济在世界所占的百分比、也不能适应中国持续发
展的要求。中国科学的规模需要相当程度的扩大、质量有待进一步提高。中国科
技还存在面临许多问题和挑战。
中国科学历史上的优秀例子
一个国家科学研究状况可以近似地由发表论文的情况所反映。以下，本文主
要从生命科学的研究来讨论中国科学的情况，一方面这是我有一定判断力的领域，
另一方面生命科学是科学技术最重要的组成部分之一，可以反映科学主流。讨论
中国论文发表情况前，先谈两个背景：中国科学的历史情况，优秀科学和著名杂
志的关系。
奠定中国生命科学研究是二、三十年代协和医学院生理系林可胜和生化系吴
宪。他们不仅自己研究出色，而且培养和带领了其他研究者。林可胜在胃肠道生
理和神经生理有优秀工作。1942年，他在中国当选为美国科学院外籍院士，是... 阅读全帖 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 46 你太搞了 要是啥东西都能从一开始穷举出来 这世界上也就没有所谓科学家这种职业了
。。。
举个例子好了，ribozyme这东西 是Tom Cech一个postdoc跑了快胶多出个奇怪的条带然
后发现的，他们做实验本来压根不是为了搞这个（当时也没人知道rna也能有酶活性）
。你现在给设计一套思路，保证一个人在不知道ribozyme存在的条件下能把这东西给整
出来？
或者换一个也行，细胞凋亡这东西，其分子机理最早是线虫genetic screen找出来的
CED gene开始的 甚至找到ced-3/4之后，Horvitz lab都因为这些基因没有已知的
homolog而无从下手（后来才知道是caspase)。细胞凋亡的线粒体途径，也是从生化分
析发现cytochrome c开始的。现在假设你只知道细胞会死，别的啥都不知道，你给设计
一套思路能一定指向caspase的发现和cytochrome c的发现的？ |
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b******s
发帖数: 5365 | 47 越说越象我做的那个，也是到现在都没有商用抗体，我们和其他实验室合成了好些都不
work，一定要用tag。有knockout mice 的信息吗？我做的那个，homologous knockout
,老鼠出生第一天就死掉，严重贫血还比wt小1/4；heterozygous knockout没事，被家
族里的其他蛋白代偿了 |
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i***l
发帖数: 1656 | 48 any know structures on its homologs?
if yes, structural modeling should be enough
Km |
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l**********1
发帖数: 5204 | 49 LZ noted this one:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16452195
full text:
//cancerres.aacrjournals.org/content/66/3/1401.abstract
so if
Ji and Ju really half and half that is no problem
but if Ji>55% and Ju <45%
and Ju likes
AP/PI second round tenure tracking needed?
Zhang J*, Zhuang J*, Willers H, Chung J, van Gent DC, Hallahan DE, Powell
SN and Xia F. Chk2-Mediated Phosphorylation of BRCA1 Regulates the Fidelity
of Non-homologous End-joining. Cancer Research, 66(3):1401-8 2006. (*
Cont... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 50 说明BAC transgenic 可以完全取代homology recombination , 欢呼！ |
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