m******g
发帖数: 467 | 1 刚刚才看到这篇文章，拖延症伤不起啊。
我觉得那个鱼的系统用来做epigenetic analysis，特别是跨代的影响什么的应该会很
有趣呢，最近不是有很多这方面小鼠的文章嘛。
Nature 14.05.13
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1. How to tame the flood of literature
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2. Evolutionary developmental biology: Dynasty of the plastic fish
3. Biological techniques: Edit the genome to understand it
原文：Saturation editing of genomic regions by multiplex homology-directed
repair
稍微了解一下：
1. There is life after academia
10% of the 86,000 current biology PhD students in the United States will
become tenure-track fac... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 2 刚刚才看到这篇文章，拖延症伤不起啊。
我觉得那个鱼的系统用来做epigenetic analysis，特别是跨代的影响什么的应该会很
有趣呢，最近不是有很多这方面小鼠的文章嘛。
Nature 14.09.04
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1. How to tame the flood of literature
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原文：Saturation editing of genomic regions by multiplex homology-directed
repair
稍微了解一下：
1. There is life after academia
10% of the 86,000 current biology PhD students in the United States will
become tenure-track fac... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 3 Saturation editing of genomic regions by multiplex homology-directed repair? |
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m*********D
发帖数: 1727 | 4 你这个strategy是指把两个selection marker，象G418/Puro，放在两个Homology-
directed repair template上，只有target gene的两个copy都edited,并且是用不同的
template repair的克隆才会在两种selection条件下生存下来，我理解的对吗？
谢谢！ |
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m*********D
发帖数: 1727 | 5 是。我还没开始设计了。万一guide RNA的点离replace的点太远的话，Homology-
directed template是直接合成呢还是需要克隆还是问题呢。现在Oligo合成能达到什么
样的长度？IDT合成150 base有问题吗？PAGE的纯花肯定让他们作了。度多少年不作这
些基础试验了。 |
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w*********n
发帖数: 439 | 6 各位大侠，小弟刚开始学做Crispr
请问如果要使用homolog Arm做HEJ的话该用Cas9还是Cas9D10A? |
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k*****n
发帖数: 323 | 7 如果你的homolog后有selection marker的话，用d10a。没有的话，还是wt cas9吧 |
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w*********n
发帖数: 439 | 8 就是用homolog arm的那种， 通过同源从组把外面DNA倒入染色体。 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 9 看了Zhang Feng的Nature Protocol关于CRISPR的文章，Figure 6里面的ssDNA
template明显的效率比plasmid作template高。文章并没有明确说明哪个template好。
想了一下，ssDNA分子量比plasmid小多了，同样的ug template, ssDNA的分子数肯定多
多了，也许这是一个解释。
我自己在设计HDR template，想两边各一个Kb的homologous arm,中间有60-70bp 的
mutation insertion。这个两kb的DNA准备克隆到一个plasmid里面，sequencing确定
mutation后，就可以用作HDR template了。
想请教的是：需要把这个两Kb的template从plasmid里面酶切出来，gel纯化后再和cas9
plasmid一起co-transfect吗？要作ssDNA太难了一点，还没考虑。：（。
很多年前作过ssDNA的transfection（pUC18？phage-ssDNA纯化的)，记得当时发现
ssDNA在真核细胞内不如dsDNA的plasmid稳定... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 10 你这一问，也让我糊涂了。：）。
当年作knockout老鼠的construct的时候都是用pUC18-19，最后是linearized后
electroporation。你这一问，我去查了一下我准备用的vector,是一个mammalian
expression vector,后面有个0.6Kb 的polyA signal，好像是从人的基因来的，这不是
增加了和那个位点的homologous recombination机会么。
咱俩一起问：谁有经验和建议？谢谢！ |
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s****l
发帖数: 10462 | 11 有人愿意讨论这里面提及的测序技术吗？优缺点，可行性，第一手经验等等
这里面谁现在是赢家很清楚，但是可见的将来和更远的将来谁会赢？
http://cen.acs.org/articles/92/i33/Next-Gen-Sequencing-Numbers-
全文拷贝如下
试试看图能不能贴上
/1407973177171.jpg
/1408028636124.jpg
OVER STORY
Next-Gen Sequencing Is A Numbers Game
As technical and cost barriers fall, instrument firms move their systems
into research and clinical markets
By Ann M. Thayer
Department: Business
Keywords: instrumentation, gene sequencing, diagnostics, genomics, cancer
[+]Enlarge
09233-cover-Openercxd_17647969-690
A... 阅读全帖 |
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s****i
发帖数: 5469 | 13 那个蛋白质要是没有晶体结构，还可以看看与它序列相似的已经有结构的蛋白质，用
homology model。不过包括HTS、fragment-based等在内的所有方法都不能保证一定成
功，运气成分很大。另外，你们测试活性用的assay弄好了没？ |
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D*****y
发帖数: 95 | 14 同意midwestPstD前辈的观点，但我想做一些补充。
除了High Throughput Screening之外，其实还有两种drug design的方法， ligand-
based 和structure-based。前者是在你知道一个靶标有很多结合的小分子时，可以通
过一些软件（例如CoMFA）计算得到一个pharmacophore，然后去搜索具有这个
pharmacophore的其它小分子，再通过实验的screening assay，以期找到活性更好的
leads。
structure-based是指基于靶标的空间三维结构（真实的或homology modeling）进行
rational design，主要包括Virtual Screening，即使用一些软件针对蛋白的binding
pocket （active or allosteric site）进行商业化成百万上千万小分子的docking，
然后通过score和经验挑选排名靠前的candidates，买来做screening assay，筛选到
hit之后，再进行optimization。structure-bas... 阅读全帖 |
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b**********a
发帖数: 930 | 15 楼主说的对，现在的化合物库和化合物设计、合成、in vitro筛选等都不是瓶颈，in
vitro筛选的效力惊人，只要有足够的化合物，in vitro活性都可以得到。
真正的瓶颈在in vivo筛选，这里面的最大问题的动物模型，现在最常用的是大鼠和小
鼠。这些动物in vivo和人类的相关性、预测性等完全没有办法，动物模型本身的病理
状态和人疾病的相关性等。如果哪一天猴子模型可以很普遍的应用，可能这些预测性和
相关性会好很多。
《PNAS》最近提到的生命科学类11月最受关注的十篇论文中提到小鼠模型须小心使用，http://www.biomart.cn/news/103/129225.htm
小鼠被广泛用于模拟人类代谢、疾病和药物应答，是医学研究中的一个基本工具。然而
斯坦福大学的研究指出，人类和小鼠的基因表达存在着惊人的差异，不论是蛋白编码基
因还是非编码基因。这项研究发表在十一月十七日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。
相信在未来的不久对大鼠基因表达也会有类似的研究，这样应该可以比较好的解释为什
么动物模型的相关性和预测性是如此之差。
小鼠被广泛用于模拟人类代谢、疾病和药物应答，是医... 阅读全帖 |
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s********r
发帖数: 312 | 16 关键是要把DNA搞断，之前在mES里做gene-targeting，要用很长很长的homology arm,
才有很低很低的概率正好在那个地方发生同源重组。现在可以先把DNA在那里先搞断，
同源重组的概率就高了上千倍 |
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r******g
发帖数: 600 | 17 你说的是把一个药筛的cassete knock in 到target gene locus里面去么？ 还是直接
用homologous recombination的办法，把基因替换？
这个用crispr难度很大的～
几十个nucleotides，比如一个loxp site之类的用crispr可以knock in，东西大了弄不
进去的... |
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j*********j
发帖数: 124 | 18 您说的这个"ledock"的网站“http://lephar.com/ledock.htm”上面的图显示，”ledock“比gold和glide好了很多，是指晶体结构的redocking实验吧。
很好奇，如果不用晶体结构，而用homology modeling的蛋白质模型，"ledock"的准确
率如何？
另外，”ledock"可以做induced fit吗？”ledock"是如何处理protein和ligand的
flexibility的呢？
同一个实验室的Vina，
就晶体结构中配体的Redocking而言，现在好的对接软件成功率
最近开发的 |
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o**4
发帖数: 35028 | 19 请问一下你的donor vector咋设计的呢？是ssODN吗？用了多长的homologous arm呢？ |
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C****n
发帖数: 79 | 20 看到很多大虾在谈论CRISPR，屡试不爽。这里就贴个negative 的case,请教各位专家有
没有什么好的建议。
background:
想在一个fungus里用CRISPR系统，非model system。
在该fungus中还没发现homologous recombination，so till now gene-knock-out is
not accessible.
current status:
1) Cas9 gets expressed by using GFP fused Cas9。
2)NLS works，在hyphae 中观察到 nuclear localization of GFP fused Cas9 and
NLS。 没有做western blot，因为GFP fuse 在Cas9 的 C末端，NLS 在Cas9的N末端，
这样理论上可以validate Cas9 能表达吧
2)U6 promoter，是个问题，由于该物种中U6 没有define，PCR克隆的U6 promoter不
work。根据之前大虾的建议，用了Pol II，一个version是直接... 阅读全帖 |
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b******y
发帖数: 627 | 21 Is the receptor structure or its homolog's available? If so, do conservation
mapping to its surface. I would predict the binding pocket is 1) conserved;
2) positively charged especially Arginine; 3) some aromatics for pi-pi
interaction with bases of nucleic acid. This is the cheapest and first step
for whatever following up experiments.
If no structure available whatsoever, do a structure with/without ligand.
For biochemical experiments, UV-crosslinking and then MS-ID isn't a bad
option. |
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j****n
发帖数: 3370 | 22 我只有一个大片段 homology arm我一般都是搞25bp的样子
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.3 |
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p**g
发帖数: 13 | 23 就是这个感觉。似乎样样通，其实样样松。。
看看我曾经做过的东西：
Homology modeling
MD simulation， Protein-protein(DNA) interaction simulation
a little bit SVM on TFBS prediction
Co-expression network
microarray
现在又开始倒腾NGS
这么多年折腾确是把Linux弄熟悉了，都可以干系统管理了；编程是需要啥都学了点，
最早的fortran，tcl，然后Perl，Python，R； 现在对web开发感兴趣了，看看
javascript，node.js。。
这知识啊都学杂了，就是都不怎么精通。难道这是bioinformatician通病？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 24 我靠，几乎跟你一样的顺序！
最开始是homology modeling, MD (amber) , protein docking
后来是 SVR for gene expression prediction (based on TFBS)
后来换了一个地方，我提了一个microarray处理的方案，用来做co-expression
network
再后来大家都开始NGS了...
中间还做过一些其他的projects
我怀疑你跟我差不多时间开始做的，每个时间点的热点比较有限
我觉得我们这样的，去很多bioinfo公司做pipeline是一点问题没有，但是这个活没啥
上升空间
就是不断的跟进新流行的技术/软件，了解里面的各种细节，然后根据自己的生物知识
和编程技能做出一个最合理的流程，进去的是raw data，出来的是用户需要的各种数据
指标
我在几年前意识到了这个问题，决心做点有技术“含量的东西”
我先是做了一个介乎pipeline和独立工具之间的东西，有意识的运用了一些简单的统计
工具。这个东西是我为我们合作者一种特别的技术专门设计的，没有现成的工具可以做
好这个事情。混了几篇还不错... 阅读全帖 |
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p**g
发帖数: 13 | 25 就是这个感觉。似乎样样通，其实样样松。。
看看我曾经做过的东西：
Homology modeling
MD simulation， Protein-protein(DNA) interaction simulation
a little bit SVM on TFBS prediction
Co-expression network
microarray
现在又开始倒腾NGS
这么多年折腾确是把Linux弄熟悉了，都可以干系统管理了；编程是需要啥都学了点，
最早的fortran，tcl，然后Perl，Python，R； 现在对web开发感兴趣了，看看
javascript，node.js。。
这知识啊都学杂了，就是都不怎么精通。难道这是bioinformatician通病？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 26 我靠，几乎跟你一样的顺序！
最开始是homology modeling, MD (amber) , protein docking
后来是 SVR for gene expression prediction (based on TFBS)
后来换了一个地方，我提了一个microarray处理的方案，用来做co-expression
network
再后来大家都开始NGS了...
中间还做过一些其他的projects
我怀疑你跟我差不多时间开始做的，每个时间点的热点比较有限
我觉得我们这样的，去很多bioinfo公司做pipeline是一点问题没有，但是这个活没啥
上升空间
就是不断的跟进新流行的技术/软件，了解里面的各种细节，然后根据自己的生物知识
和编程技能做出一个最合理的流程，进去的是raw data，出来的是用户需要的各种数据
指标
我在几年前意识到了这个问题，决心做点有技术“含量的东西”
我先是做了一个介乎pipeline和独立工具之间的东西，有意识的运用了一些简单的统计
工具。这个东西是我为我们合作者一种特别的技术专门设计的，没有现成的工具可以做
好这个事情。混了几篇还不错... 阅读全帖 |
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s********9
发帖数: 132 | 27 Thanks for the reply.
But in pratice, if one has to do this. What I can think of are:
1) as you said, hoping the homologous recombination during meiosis.
2) get a B+/- allele in A+/- background? 50% chance it would be on the same
chromosome.
Just don't know what people actually do in reality.
BTW, one pertinent questtion, when one makes transgenic mouse, is it routine
to pinpoint the integration site? (People often cross a transgenic mouse
with a KO mouse or transgenic mouse)
Especially for Cre-... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 28 【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
项目 结题
date： 2017年8月2日
updated: 2017年8月4日
Note2017080401: added a few notable reviews/summaries
---------------------------------------
- NBT retraction note：
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction2
原文引用
“Retracted online 02 August 2017
We are retracting our study because of the continued inability of the
research community to replicate the key results in Figure 4, using the
protocols provided in our paper. In this figure we report that the
Natro... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 29 在人干细胞里边做，没有线性化的donor plasmid。这种donor不仅会通过homologous
recombination插入你需要的位点，同时会随机整合到基因组的其他位置。这种随机整
合非常高。 |
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发帖数: 1 | 30 思路挺好的，我也非常同意通过挑无数克隆再去做genotyping的工作量是非常恐怖的。
我不知道你是在思考这个strategy还是已经付出实践。如果你做的是human ESC，根据
我们实验室以及我一些朋友的经验，通过FACS把单细胞sort到96孔板里，即使全程都加
了ROCKi，存活效率非常之低，低得令人发指，和mouse ESC完全不是一个数量级的。我
的经验是大概一个96孔板能活5个左右，但是还不能确定karyotypes是不是正确的，以
及可能的假阳性。我更倾向于推荐使用drug resistent markers，比如一个puro，一个
neo。虽然neo的假阳性偏高些，但是single cell colony的survival要好非常多。同时
可以像你原本design那样加一个negative selection marker，比如GFP。
还有一个可能对你有用的hint是：可以设计两个gRNA去切除一段genomic DNA，然后只
用一个引入point mutation的donor （带puro）去做homologous recombination。可以
现在293细... 阅读全帖 |
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T****i
发帖数: 15191 | 31 以前经常听到有人说生物体非常复杂，所以什么情况都可能发生，做出来什么结果都可
能，不辣不辣。其实这是非常错误的。生物其实非常有逻辑，首先得遵守物理和化学的
原理，在此基础上还有生物自己的逻辑。比如鱼老师说的，micro RNA是微调基因表达
的，单个miR过表达有20%的影响就不错了。这就是一个生物学的逻辑。可是某些人不懂
这个逻辑或者故意不懂。
大多数生物学家的物理和化学基础有限，也很少使用，也不会在逻辑上深入思考。很多
大牛也不见得例外。生物的很多大牛就是靠一锤子买卖起家，比如某大牛就是克隆了两
个重要原癌基因，完全是实验性的，不需要很深的理论素养，随便换个水平不太差的也
能做，只是快慢的问题。但本来很随机的成就，让他成名了。他成名后，就靠名校的资
源，看到啥热就上啥，什么micro RNA，都往上招呼，也无需有理论素养。某著名年轻
女（曾经的）HHMI，也被人指出，她说的那个youth factor的homolog都是跟肌肉发育
还是功能有关的。同源性和进化选择，是生物的另一个逻辑。可她硬说她那个可以返老
还童。事实上，她的结果也是没人能重复。这些毫无逻辑的所谓的大牛得到那么多人... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 32 试试UCOE promoter
Silent IL2RG Gene Editing in Human Pluripotent Stem Cells.
“ Here, we show that a major limitation in isolating edited clones is
silencing of the selectable marker cassette after homologous recombination
and that this can be overcome by using a ubiquitous chromatin opening
element (UCOE) promoter-driven transgene. ”
colonies
有3 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 33 对BP系统不熟悉。你上次说可以不留下任何痕迹，那肯定比Cre/LoxP好。LoxP我记得蛮
长的，就是在initron里，也担心影响splicing。
个人觉得没必要两个颜色的selection maker。这样导致在两个homologous arms之间的
insertion太大。看了他用PCR来确认正确克隆，实际上是两个HDR arm上一边一个PCR来
确认的。不知道是不是担心PCR有不确定性，还用了southern来证明integration site
。这个太麻烦。从他用一个颜色的selection marker（Fig2)来看，拿到double-
replacement的效率不错，40%。说明一个颜色就可以了。或者，我就干脆用一个G418。
我记得一个G418的表达cassette只有1。2Kb,在这个cassette两边加PB,PB外面是HDR的
arms,一边1kb。这样，要确认正确克隆的时候，用一对在HDR template外面的PCR
primers,就可以解决了。这个PCR产物是1+1。2+1=3。2kb，NEB的Q5 polymerase应该可
以了。 |
|
发帖数: 1 | 34 他这篇文章出来了，如果只是再在homologous arm的外面，
再加了一个第三种荧光来作为random integration的negative selection，能够被
Nature系统的杂志接
收吗？
site |
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发帖数: 1 | 35 他都只能发Sci Rep，你再加点东西为啥就能上NBT？
[在 crispr2016 () 的大作中提到：]
:他这篇文章出来了，如果我跟他的思路一模一样，我只是再在homologous arm的外面
，再加了一个蓝色荧光来作为random integration的negative selection，能够被NBT
接收吗？
:site |
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g*****n
发帖数: 241 | 36 我想确认一下两个基因的上下游关系。假设我研究的wildtype细胞size是20 unit,
mutant A的size是30, mutant B的是10, 双突变的size是24，这种情况怎么样确定上下
游关系啊？如果这个实验没法确定的话有没有其他什么实验能来验证？谢谢
PS: A和B的突变体都是null，但不知道它的homolog在这个功能上有没有redundant
function。 |
|
m*********D
发帖数: 1727 | 37 我倒是不同意楼主说的。我在大学实验室干了20年，我承认最近几年利用的homologous
-recombination方式作克隆的技术我没跟上，老式酶切的还是一把老手。我现在呆的这
个实验室是分子生物学起家，但过去十多年的学生，基本没有作过克隆。作过的几个，
都是最简单的双酶切，一个vector转到另一个，就完事了。往往是找我咨询一下，看看
那个酶合适，实验室有现存的。很多学生走的时候会因为没有作过克隆而遗憾，毕业之
前会找我，从技术上花一两小时，让我讲一下原理和资料。我们上次作CRISPR,实验室
就我能从克隆到细胞，全套熟练。对CRISPR感兴趣的人多，可没有人敢接手。现在一个
在作CRISPR的学生，基本每一步都是我指导的。隔壁实验室的一个博士生在作CRISPR，
也是我帮忙指导克隆方面的技术。。。所以，会作是一个太笼统的说法，精不精差别很
大的。尤其是需要高效率的克隆，如建库，大片断的插入等等，高低手的差别还是有的。
第二个值得考虑的是industry experience。这个在找industry工作的时候还是蛮看重
的。公司对team work的强调比大学厉害得多。我上次在... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 17729 | 38 然后呢？
五万左右的工钱，干到失业（老兄不是针对你的攻击，只是说现实）
说个以前的同事，做克隆那真的是牛逼闪闪的，我进入那个砖窑之前别人都说我做克隆
有两把刷子，但是跟他比，我自愧不如。-80冰箱打开，里面满满登登的construct好用
的几乎全是他做的，还有各种文库，楼里其他lab经常来要东西。看了一下list大概上千
个。不管是老把式的酶切还是新玩意儿，他都玩的很转。在那个实验室干了快十年了，
和老板差不多一起出道的，然后呢，还是埋头继续做克隆。他虽然是硕士，但是实验水
平秒杀很多phd好几条街。
老板就当他是拉磨，为他打拼了那么多年，连个在职的phd都不支持他念，waiver一个G
RE都不肯帮他，估计是怕他跑了，毕竟cns的文章一坐和其他文章都不少，这么好用的搬
砖的打着灯笼都不好找。
homologous
的。 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 39 这位朋友说得很好。克隆如绣花，没有精钢钻揽不了瓷器活。高手和菜鸟差距是大大地
。就说最简单设计酶切位点，菜鸟也能查酶的名字，但是菜鸟知道BamHI和BglII的粘端
是匹配的不？没一定经验不可能往这方面想吧？
homologous
的。 |
|
o*l
发帖数: 8 | 40 I am a bio wsn. I am boring and have nothing to do.
this article catch my interest. I checked his cell paper out.
FLICE, A Novel FADD-Homologous ICE/CED-3like Protease, Is Recruited to the
CD95 (Fas/APO-1) Death-Inducing Signaling Complex
Marta Muzio1,,Arul M Chinnaiyan1,,Frank C Kischkel2,,Karen O'Rourke1,,Andrej
Shevchenko3,,Jian Ni4,,Carsten Scaffidi2,James D Bretz1,Mei Zhang4,Reiner
Gentz4,Matthias Mann3,Peter H Krammer2,Marcus E Peter2,#andVishva M Dixit1,#
,*,
1 University of Michigan Medi |
|
t*********e
发帖数: 68 | 41 Tetrahedron Letter 1994, 35, 5449
Title:Novel conversion of epoxides to one carbon homologated allylic
alcohols by dimethylsulfonium methylide
Authors: L. Alcaraz, J. J. Harnett, C. Mioskowski, J. P. Martel, T. Le Gall,
Dong-Soo Shin, J. R. Falck
doi:10.1016/S0040-4039(00)73522-2 |
|
q****e
发帖数: 3660 | 42 Hi, I need two papers here, thank you for your effort.
Efficient Synthesis of 2-Amino Acid by Homologation of β2-Amino Acids
Involving the Reformatsky Reaction and Mannich-Type Imminium Electrophile
R. Moumne, S. Lavielle, P. Karoyan, J. Org. Chem., 2006, 71, 3332-3334.
Silica Chloride: A Versatile Heterogeneous Catalyst for Esterification and
Transesterification
K. V. N. S. Srinivas, I. Mahender, B. Das, Synthesis, 2003, 2390-2394
if you found them, please send to l****************[email protected], |
|
c*****m
发帖数: 2191 | 43 https://springerlink3.metapress.com/content/e063r37q306l4132/resource-
secured/?target=fulltext.pdf&sid=drxfnp55njntpz55ova2f245&sh=www.
springerlink.com
Molecular Diversity
Volume 14, Number 2, 257-276, DOI: 10.1007/s11030-009-9166-4
Full-Length Paper
A computational study on cannabinoid receptors and potent bioactive
cannabinoid ligands: homology modeling, docking, de novo drug design and
molecular dynamics analysis |
|
s******e
发帖数: 111 | 44 EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY Volume: 20 Issue: 4 Pages: 371-
374 Published: 1985
Title: ANALGESIC ACTIVITY OF NEW '3,5-METHANO-2,3,4,5-TETRAHYDRO-1H-1 AND 2-
BENZAZEPINES AND THEIR OXO HOMOLOGS
Author: ESCALE R; VIDAL JP; RECHENCQ E; et al.
JOURNAL OF HETEROCYCLIC CHEMISTRY Volume: 21 Issue: 4 Pages: 1033-1040
Published: 1984
Analogues du nor-B benzomorphane. I. Synthese des methano-3,5 tetrahydro-2,3
,4,5 1H-benzazepines et derives
Roger Escale, Ammar El Khayat, Jean-Pi... 阅读全帖 |
|
J*******6
发帖数: 10 | 45 寻计算化学 review 机会
大方向是Computational Chemistry，modeling，simulation 和calculation
具体研究方向：
computer-aided drug discovery, molecular modeling and simulation, force
field development, ligand-protein binding affinity calculation, virtual
screening/docking, homology modeling, quantum chemistry, bioinformatics ,
next-generation sequencing, and high performance computing etc.
希望尽快积累journal review经历，为申请绿卡铺路。
请联系 z*******[email protected] 致谢先~ |
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J*****n
发帖数: 4859 | 48
不论怎么比，我也没有看出来你的根据说：Perelman跟Riemann没法比较。
任何一个学数学的，只要有一点常识，就因该知道Riemann在数学上的成就是很少有人
可以超越的。
你如果说Hilbert，或者Poincare跟Riemann不可比还说的过去。Hilbert有他的Hilbert
空间，代数不变量理论，以及他的23个纲领性问题；Poincare开创的homology理论，这
些都是当代数学的光辉成就。
Perelman被颁发Fields的理由是基于他对Ricci flow的深刻的洞察力，但光凭这点就说
他和Riemann不好比也实在说不过去吧？ |
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g****t
发帖数: 31659 | 49 从你和xiphoid的帖子学了很多东西啊。
请继续讨论下吧。
例如说说floer homology现在是不是还是热门？
去年美国的西门子高中生科学奖中的一个奖励给了数学PROJECT， 是一个高中生关于
STRING TOPOLOGY的研究论文。 哈佛的大牌教授HOPKINS对此论文的想法赞不绝口， 说
当得起一篇优秀的博士论文水平。 当然你可以说此人是天才，大家不可效仿。 但我绝
不相信这个高二的学生花费了很多时间去打通所谓的经典著作。数学里面-和所有的科
学一样--最重要的还是ORIGINALITY，虽然技术能力也非常要紧。 但我想很多中国学生
的弱点，就是没足够重视ORIGINALITY。
另外， 把 GRIFITH 的代数几何原理念了，或者TRUDINGER的2阶椭念了， 在代数几何
或者偏微分里面也就顶多入门而已。 虽然是一个基础扎实的入门。 |
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s**********n
发帖数: 1485 | 50 Ni, Yi Knot Floer homology detects fibred knots. Invent. Math. 170 (2007)
, no. 3, 577--608.
Since this is his Ph. D. thesis work, the following few years are crucial.
If after 5 or 6 years, this is still his best work, then... |
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