h**********r
发帖数: 671 | 1 Silver组里搞得还挺多的：
Modularity of a carbon-fixing protein organelle
www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1108557109
另外我记得还有一篇在核酸研究上的paper,利用酵母的homologous做的组装，不知道和
日本人不是差不多的 |
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f**********e
发帖数: 1994 | 2 Structure Prediction 像屎一样不准大部分是因为势能函数太差，小部分是因为采样
算法太原始。如果有很好的势能／目标函数，采样算法可以没效率一些。但是没有。
现在最准的势能／目标函数就是 homology derived restraints, 运用范围有限。
这破行当已经十年多没什么进展了。死掉吧。 |
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f*****y
发帖数: 464 | 4 两个概念最主要的差别在哪里？碰到一个非分子生物专业的考试题如下：
A geneticist has artificially produced a microorganism that contains a new
combination of genes. He wants to know if recombination or transposition has
occurred. The major difference between these two processes is that
recombination involves which of the following?
A) DNA repair
B) Endonuclease sites
C) Gene rearrangement
D) Homologous sites
E) Sites on the same chromosome
多谢！ |
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f*****y
发帖数: 464 | 5 为什么呢？non-homologous recombination不也存在吗？ |
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s******a
发帖数: 472 | 6 我用PCR阳性率有２５％，估计最后southern大多是假阳性吧。
PS：我的上游引物在homologous arm外，下游引物在insert。
大家最后southern阳性率多少呢？我看有筛５００个才１个的。像我就挑了２００多是
不是很可能１个都没有呢。 |
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H*g
发帖数: 2333 | 7 Need demonstration of nuclear localization, also need in vitro transcription
assay to demonstrate its self-activation of transcription of downstream
genes, besides of your CHIP-seq & EMSA. Any homologs/conserved domains
already demonstrated in other species? |
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t****b
发帖数: 47 | 8 2012年11月13日，新的生物学刊物eLife发表论文：中国科学家攻克了一个长期困扰国
际科学界的难题，而这一基础科学问题也与人类、特别是中国人民的健康相关。
过去，世界和中国忽略了1980年代我国科学家在条件艰苦时代做出重要贡献，我们现在
应该赞广西肿瘤防治研究所的严瑞琪和苏建家等、北京第二传染病院的余昌晏等和中国
医学科学院的庞其方等建立乙肝动物模型；
现在，我国已经有条件和能力改革科学管理体制机制、提供适当环境，让一些科研机构
年富力强的科学家心无旁骛，如北京生命科学研究所的李文辉带领学生和同事发现乙肝
病毒受体；
将来，希望全国科研机构能推广适合各个学科和机构自身规律的体制机制改革，使大批
年轻人集中精力在专业上充分发挥作用，他们大有作为才能使中国的科学大有希望。
肝炎和肝炎病毒
肝炎在全世界有广泛的危害，中国人群肝炎患病率尤其高。多种病毒导致病毒性肝炎：
甲、乙、丙、丁、戊（A、B、C、D、E）等。
全球二十亿人曾感染乙型肝炎病毒（HBV），慢性乙肝感染超过3.5亿人。即使在乙肝疫
苗已经研制成功多年以后，我国还有逾九千万人感染过乙肝病毒，上千万乙肝患者，每
年感染超过百万... 阅读全帖 |
|
n****k
发帖数: 516 | 9 我们这个领域意思不大，大家都是捡yeast animal的homologe来做，基本最好也就去
TPC，好处就是灌PJ,PP还算给力，我们老板一般不管，等做了几年自己明白路子不对的
时候已经晚了。 |
|
z*t
发帖数: 863 | 10 Anjana lab的官泄是做生信的烙印先提出了在mammalian genome里面找丝虫蛋白
homolog的。
要是先发现hmc估计不会这么讲了，据称此烙印每天就在想还有哪些蛋白没发现，天天
blast,号称他也发现了dicer
不象tet有人验证就没发出来
， |
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d*****a
发帖数: 46 | 11 博士期间5篇文章，一作两篇，IF累计35了，还有3篇正在投，文章里面两个是统计软件
，一个图像处理的软件，一个文献挖掘的软件。这样的简历去做Biostatistics有压力
吗？另外，请各位大牛也指点下面试。
ps：老婆不想出去，打算就先国内混了，想找的是国内的这几个top10pharm外企。
Specialties也写下：
• Language: Python, C++/Java, R/Splus/SAS/Matlab, SQL and HTML/XML;
• Database: ORACLE, MYSQL, Postgresql, SQLite;
• Web service: Apache, PHP, ROR, Django;
• Bioinformatics: Analysis with Microarray/cDNA array, Chip-Seq,
RNA-Seq, Methyl-seq, or other deep sequencing data, homology/comparative
modeli... 阅读全帖 |
|
x******m
发帖数: 736 | 12 lz都给答案了：
• Language: Python, C++/Java, R/Splus/SAS/Matlab, SQL and HTML/XML;
• Database: ORACLE, MYSQL, Postgresql, SQLite;
• Web service: Apache, PHP, ROR, Django;
• Bioinformatics: Analysis with Microarray/cDNA array, Chip-Seq,
RNA-Seq, Methyl-seq, or other deep sequencing data, homology/comparative
modeling of protein 3D structure, Functional genomics, Comparative genomics;
• Biostatistics: Statistics, Data analysis, Machine learning, Data
mining, ... 阅读全帖 |
|
h**********r
发帖数: 671 | 13 Title:
Efficient homologous recombination with short length flanking fragments in
Ku70 deficient Yarrowia lipolytica strains
Journal
Biotechnology Letters December 2012
my email is m******[email protected], Thank you so much! One baozi will be sent to
you. |
|
w***r
发帖数: 709 | 14 Lin HK, Bergmann S, Pandolfi PP (2004) Cytoplasmic PML function in TGF-beta
signaling. Nature. 431, 205- 211. News and Vews by Le Roy C. and Wrana J. L
(2004) Nature. 431, 142. Commented by Kotz J (assistant editor of Nature
Chemical Biology) (2004). Selected as a Featured Article (Sep 2004) in
Nature Signaling Gateway from Nature publishing group.
Lin HK*, Wang G, Chen Z, Teruya-Feldstein J, Liu Y, Chan CH, Yang WL,
Erdjument-Bromage H, Nimer S, Tempst P, Pandolfi PP* (2009) Phosphorylation-
de... 阅读全帖 |
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j****n
发帖数: 3370 | 15 直接插入两个cassette 也不是很难
就是promoter1-gene1-terminator1-promoter2-gene2-terminator2
利用酵母自身homologous recombination克隆 很容易的
我们实验室经常一次性搞个5-10个cassette 也没太大问题
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
|
n******t
发帖数: 1281 | 16 Job ID: GF2013A001
Posting Title: Research Scientist/Research Associate/Bacterial Geneticist/
Fermentation Scientist
Brief Introduction of Gate Fuels Inc.: “Imagination, Innovation,
Implementation --- Enabled Technologies for a Green Clean World”
Gate Fuels Inc. is a research start-up firm based in Blacksburg, VA, with
the goal of developing microbial platform technologies that enable low-cost
production of biochemicals and biofuels. The platform is based on the well-
studied Gram-positive mode... 阅读全帖 |
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D****g
发帖数: 275 | 17 谢谢回复。
1. 可能knockdown的效率是太低了。我做的细胞是一种增殖很快的细胞，如果每两天传
代一次，需要稀释20倍才行 （0.5ml/10ml）。在不同的时间检测siRNA knockdown的效
果，发现在24小时是最好的；48小时后 mRNA 差异已经变小；72小时后已经几乎没有区
别。所以说，连着几次转染由于转染试剂毒性的问题也不太可能。可能需要试一试
shRNA，看效果是不是会好些。
2. 我也担心20%的差异可能太小了；但是唯一值得安慰的是，重复了4－5次，每次都是
降低20％以上，即使直接knockdown基因F自己，也只是比knockdown transcription
factor G略低而已。
3. Gene G has six homologies in mammalian cells, with two of them
specifically expressed in this cell lineage, expression of the other one is
very low (below the detection threshold of ... 阅读全帖 |
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A****A
发帖数: 16 | 18 物种不同难度也不同。TALEN自己做不贵。
可以参考最近的Zebrafish的文章
Nature Methods | Brief Communication
TALEN-mediated precise genome modification by homologous recombination in
zebrafish
Nature Methods
(2013)
doi:10.1038/nmeth.2374 |
|
A****A
发帖数: 16 | 19 物种不同难度也不同。TALEN自己做不贵。
可以参考最近的Zebrafish的文章
Nature Methods | Brief Communication
TALEN-mediated precise genome modification by homologous recombination in
zebrafish
Nature Methods
(2013)
doi:10.1038/nmeth.2374 |
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j****n
发帖数: 3370 | 20 可以用Gibson assembly
或者homologous recombination based cloning
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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m*k
发帖数: 245 | 21
如果蛋白A的结构已知就比较好办，如果蛋白A的某些区段的结构缺失，可以用homology
modeling补上
然后可以把小分子B放到蛋白A的binding site附近，然后运行MD，看看能不能观察到小
分子B和蛋白A的结合，和蛋白A的哪些残基相互作用，分析一下是哪种作用，比如Hbond
，aromatic stacking或者其他hydrophobic interaction，或者salt bridge什么的等
等。然后就可以有目的的优化小分子B的结构以便可以和蛋白A有更强的相互作用。这是
基于enthalpy的。更进一步，你可以用MD计算binding free energy,enthalpy-entropy
contribution,然后结合ITC实验，这样可以得到更多的信息。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 22 GC contents of that P2 to AscI site if >65% DMSO 5% to buffer or try
Clontech GC rich kit
Cycle time 35 that is no problem
pls refer
GC-rich PCR concerns DNA templates with high GC content, which is defined as
the percentage of guanine-cytosine base pairs. When amplifying templates
with >60% GC content (i.e 5' ends of most mammalian cDNAs), the three
hydrogen bonds shared by GC pairs lead to enhanced thermostability, which is
problematic for un-optimized Taq polymerase systems.
http://www.clon... 阅读全帖 |
|
l**********t
发帖数: 5754 | 23
If you are in science, instead of chanting this athesit slogan, you shall
ask exactly what it means. Can you tell the difference between facts and
theories?
Here is my take, and let me know if you disagree:
Facts -- empirical evidences;
The gradual appearance of species, from simple to complex, with the
structual and genetic homology (and gaps) across species . These are
discrete, sparse, static data points sampled from a process ocurred in the
past .
Theories:
a hypothesized dynamic mechanism ... 阅读全帖 |
|
A***a
发帖数: 255 | 24 this is what i tried first.
only found one miRNA homolog,but no targets found |
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p*******i
发帖数: 4 | 25 A great loss to Science and Canada! Profound sadness..
http://www.thestar.com/life/health_wellness/2013/08/08/renowned
Tony Pawson @ Wiki:
Anthony 'Tony' James Pawson, OC OOnt CH FRS FRSC (October 18, 1952 – August
7, 2013), British-born Canadian scientist whose research has revolutionized
the understanding of signal transduction, the molecular mechanisms by which
cells respond to external cues, and how they communicate with each other.
He identified the phosphotyrosine-binding Src homology 2 (S... 阅读全帖 |
|
i***l
发帖数: 1656 | 26 1. normalized mRNA or protein levels in different species:
qpcr for mRNA (easier &faster)
WB for protein
using actin for normalization
2. in vitro expression of target homologs from species and campare the
binding efficiency side by side |
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l**********1
发帖数: 5204 | 27 why select homo sapiens to observe homology of the gene,
the expression system is Yeast,
the original of that gene is from rodents or other mammals ?
|
|
l**********1
发帖数: 5204 | 28 why not try that mammal and homo sapiens that gene homologic loci
manipulation? |
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c******r
发帖数: 3778 | 29
能分解成哪些可能多肽有数据库可查。这些多肽的结构，过敏性，致病性都有现成数据
。目前没有证据表明bt蛋白能产生什么特别奇特，罕见的多肽。
如果你是学生物的，就不会多此一举加上“／氨基酸”。氨基酸一共就那么几种，code
都是非常清楚的。特殊氨基酸。。。大米中不能产生的氨基酸，转基因也产生不了。没
有对应的translation RNA。
通过简单的homology search，可以从结构，序列等方面去比较Bt蛋白和所有已知多肽
的相似性。目前没有理由怀疑这个Bt蛋白中存在什么威力巨大的激素，毒素。 |
|
i***l
发帖数: 1656 | 30 i am not in this field, just for fun.
o. dry lab: data search and find miRNA paralog/homolog in B's relatives---
pathway may be conserved
0.5 wet lab in vitro: miRNA target to a certain sequence which exists in B
/ B relative
1. wet lab semi in vivo: check miRNA's function in a cell line from B or B
relative
2. wet in vivo: miRNA function in B relative animal if possilbe
B |
|
m******g
发帖数: 467 | 31 虽然看了，但是没来得及整理一下，整理贴出来，顺便复习一下，呵呵。
交流群：342148521 （开心读文献贵在坚持，加群请输入最喜欢的科学家、杂志或领域
的名称或者其他什么，无附加信息不予通过，希望大家一起参与呢）
Nature 13.11.28
推荐：
1. Memory and modularity in cell-fate decision making
Bacillus subtilis
Motile state and sessile state
Microfluidic device consisting of several channels
Visualize switching in real time
Memoryless motility and timed chaining
评论： 见How bacteria choose a lifestyle
稍微了解一下：
1. Accelerated growth in the absence of DNA replication origins
Bacteria and some archaea: single or... 阅读全帖 |
|
m******g
发帖数: 467 | 32 呼呼，下一个post终于要进入2014年了，感觉我写的内容越来越少了~~~
PNAS 13.12.24
稍微了解一下：
1. Mutational effects on stability are largely conserved during protein
evolution
Influenza nucleoprotein
Measure mutational effects on stability
In diverged homologs
Largely conserved
Simulated protein evolution is similar
小知识：
1. Genetic mapping of adaptation reveals fitness tradeoffs in Arabidopsis
thaliana
2. Visible light alters yeast metabolic rhythms by inhibiting respiration
3. Stepwise artificial evolution of a plant disease r... 阅读全帖 |
|
m******g
发帖数: 467 | 33 补番中……
PNAS 14.1.14
推荐：
1. Neutral genomic regions refine models of recent rapid human population
growth
Population growth or purifying selection contributes to rare alleles
Sequence genetic variants far from genes (neutral)
3.4% per generation over the last 3,000–4,000 y
稍微了解一下：
1. Harnessing evolutionary fitness in Plasmodium falciparum for drug
discovery and suppressing resistance
只是描述现象：混用某两种inhibitor可防止其产生耐药性
因为我比较喜欢耐药性方面的东西，所以还是列一下好了
小知识：
1. Spontaneous slow replication fork progression el... 阅读全帖 |
|
m******g
发帖数: 467 | 34 虽然看了，但是没来得及整理一下，整理贴出来，顺便复习一下，呵呵。
交流群：342148521 （开心读文献贵在坚持，加群请输入最喜欢的科学家、杂志或领域
的名称或者其他什么，无附加信息不予通过，希望大家一起参与呢）
Nature 13.11.28
推荐：
1. Memory and modularity in cell-fate decision making
Bacillus subtilis
Motile state and sessile state
Microfluidic device consisting of several channels
Visualize switching in real time
Memoryless motility and timed chaining
评论： 见How bacteria choose a lifestyle
稍微了解一下：
1. Accelerated growth in the absence of DNA replication origins
Bacteria and some archaea: single or... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 35 呼呼，下一个post终于要进入2014年了，感觉我写的内容越来越少了~~~
PNAS 13.12.24
稍微了解一下：
1. Mutational effects on stability are largely conserved during protein
evolution
Influenza nucleoprotein
Measure mutational effects on stability
In diverged homologs
Largely conserved
Simulated protein evolution is similar
小知识：
1. Genetic mapping of adaptation reveals fitness tradeoffs in Arabidopsis
thaliana
2. Visible light alters yeast metabolic rhythms by inhibiting respiration
3. Stepwise artificial evolution of a plant disease r... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 36 补番中……
PNAS 14.1.14
推荐：
1. Neutral genomic regions refine models of recent rapid human population
growth
Population growth or purifying selection contributes to rare alleles
Sequence genetic variants far from genes (neutral)
3.4% per generation over the last 3,000–4,000 y
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1. Harnessing evolutionary fitness in Plasmodium falciparum for drug
discovery and suppressing resistance
只是描述现象：混用某两种inhibitor可防止其产生耐药性
因为我比较喜欢耐药性方面的东西，所以还是列一下好了
小知识：
1. Spontaneous slow replication fork progression el... 阅读全帖 |
|
m******g
发帖数: 467 | 37 PNAS 14.03.11
推荐：
1. Human coding RNA editing is generally nonadaptive
稍微了解一下：
1. High-throughput sequencing reveals inbreeding depression in a natural
population
2. Evolutionary history and metabolic insights of ancient mammalian uricases
allowed ancient frugivorous apes to rapidly convert fructose into fat
小知识：
1. Homology-directed repair of DNA nicks via pathways distinct from
canonical double-strand break repair
HDR at nicks, but not DSBs, is associated with transcription
8-fold more effici... 阅读全帖 |
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K*******5
发帖数: 98 | 38 Respiratory Syncytial Virus—A Comprehensive Review.
AT Borchers, C Chang, ME Gershwin… - Clinical reviews in allergy …, 2013 -
Springer
Multi-epitope recombinant vaccine induces immunoprotection against mixed
infection of Eimeria spp.
J Ding, W Qian, Q Liu, Q Liu - Parasitology research, 2012 - Springer
Eimeria maxima: efficacy of recombinant Mycobacterium bovis BCG expressing
apical membrane antigen1 against homologous infection
WC Li, X Zhang, L Du, L Pan, PT Gong, JH Li… - Parasitology …, 201... 阅读全帖 |
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i***l
发帖数: 1656 | 39 如果没法做实验，非要硬凑 也不是不能
1. 蛋白Sequence Alignment,Phylogenetic Tree
2.你的实验结果
3. 找找他们各自的Homolog，有没有已知的结构，做MolecularReplacement推测结构，
Docking， ETC， 预测可能的结合位点。
看看能不能发个神马Open Access的杂志
其实 严谨的说，的确至少要做个体外实验，突变或TRUNCATE 之后不结合才能下结论。 |
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m****e
发帖数: 489 | 40 Validation of quantitative fluorescent-PCR for rapid prenatal diagnosis of
common aneuploidies in the Chinese population.
Xu AQ, Xia M, Liu JT, Yao FX, Zhang WM, Hao N, Zhou J, Bian XM.
Genet Mol Res. 2013 Dec 9;12(4):6379-88. doi: 10.4238/2013.December.9.1.
Rapid diagnosis of aneuploidy in chromosomes 13, 18, 21, X and Y by
quantitative fluorescence-PCR combined with short tandem repeat and
fluorescence-labeled homologous gene quantitative PCR using 4-color
fluorescently labeled universal prime... 阅读全帖 |
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T*****e
发帖数: 247 | 41 http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature1
标题 DNA-guided DNA interference by a prokaryotic Argonaute
摘要
RNA interference is widely distributed in eukaryotes and has a variety of
functions, including antiviral defence and gene regulation1, 2. All RNA
interference pathways use small single-stranded RNA (ssRNA) molecules that
guide proteins of the Argonaute (Ago) family to complementary ssRNA targets:
RNA-guided RNA interference1, 2. The role of prokaryotic Ago variants has
r... 阅读全帖 |
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b****a
发帖数: 352 | 42 我想试试蛋白 structural modeling。做 homology based modeling
39% sequence similarity
请问有这方面的经验的师兄师姐师弟师妹：
1， 39％ sequence similarity 做结构 modeling ，可靠度如何？
2 ，就是想做个model 看看，预测几个residue 做做突变试试看。 最适合我入门，
learning curve 小的方法是什么。 我没有物理／编程／数学背景，做不来计算最低能
量什么的
我一个朋友推荐 modeller, 然后用pymol 看。 modeller 好像要用编程语言，我不是
academic lab ,购买／安装也要麻烦。 我看网上也有其他类似modeller 的平台。 如
果有经验的，希望推荐
谢谢 |
|
r*********g
发帖数: 1160 | 43 请教一下大家一下，有两个功能是需要的：
1. 根据已有晶体结构的homologous protein预测目标蛋白结构？
2. 在蛋白上做突变，然后看其与新substrate的结合，需要重新模拟结构，比较和WT的
变化。
我以前用过MOE，Insight 2， 但大概是快8年前了，想问一下现在大家用什么软件，有
免费的更好，非常感谢。 |
|
r*********g
发帖数: 1160 | 44
谢谢楼上两位，我原来做homology model的时候是选两个已知晶体结构的蛋白和自己目
标蛋白align，然后还要修改一些参数。这个I-Tasser貌似只需要输入序列就可以了，
所以我assume是机器自动去找同源并确有解析结构的蛋白在幕后做结构分析，是这样么
？准确度如何？ |
|
j****x
发帖数: 1704 | 45 任何基于automated pipeline的结构预测工具其准确性都有其局限，对于同源建模而言
，基于先验知识/经验的序列比对可能是预测准确性的最基本和最重要的保证，而I-
tasser这类自动化/高通量的在线分析工具对于精细分析自然力有不逮。
商业软件里，Discovery Studio以及SYBYL是老牌大腕，功能强劲完善，当然价格也很
高端。如果能找到合作者提供软件平台是最理想了。免费学术软件其实功能也不差，但
往往界面不是特别友好，同时需要一定的编程至少是写脚本的能力，不过如果你以前有
基础，应该也不困难。同源建模自然首选MODELLER，和DS里Homology modoling的模块
师出同门，基本上就是业界标准了。点突变，活性位点分析，小分子对接，动力学分析
，这些根据具体的需要可以有不同的选择/组合，但个人经验很重要，最好找专业人士
合作。 |
|
U**l
发帖数: 153 | 46 Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling，然后再用force field做
计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件，发了大量文献，baker组资源强大
，当然宣传也做得很好。
不过确实需要些基础Linux知识安装很运行，以及一台还可以的机子（记得以前组里的
人试过，12 core 的机子跑3-5天，from sequence to refined structure)。网上资料
现在做得应该更完善了，记得还有Robetta web server 应该是可以帮你
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7 |
|
m*********t
发帖数: 689 | 47 一些数据要结合一个蛋白的晶体结构进行分析，但这个蛋白的晶体结构有好几个地方（
都在loop处）没有resolved.请问有没有什么方法把结构中的几处missing掉的地方补回
来？用同源建模（没有homolog的机构）？ab initio？请推荐公认比较可靠的软件。谢
谢 |
|
s***l
发帖数: 10 | 48 刚刚在研究这个领域的文章，看到这个guang-hui liu在cell research上出现了几次
，频率很高，就搜了一下，结果吓了一跳，尽然有14篇之多。这个肯定是中国干细胞界
的新星吧，不然，在10多分的杂志上随便灌水，这个面子可是不小呀。
1.Gametogenesis in a dish [1422-1425]
Ying Gu1, Guang-Hui Liu1,2 and Juan Carlos Izpisua Belmonte1,3
2.The dawn of angiogenesis modeling: regenerating vasculature from human
pluripotent stem cells [3-5]
Fei Yi1,*, Jing Qu1,2,*, Guang-Hui Liu1,2 and Juan Carlos Izpisua Belmonte1,
3
3.Huntington's disease: Dancing in a dish [1627-1630]
Kejing Zhang1,*, Fei Yi1,*, Guang-Hui ... 阅读全帖 |
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s*****o
发帖数: 2490 | 49 EPA的risk assessment上做过bt过敏反应的研究。下面这个链接是个Cry 1Ab和Cry 1F
两种蛋白的update，不过是个简易版本的，我记得以前EPA网站上有个详细版本的，包
括1Ab，1F，1Ac，和3A的，我还下载下来了，不过现在找不到了。这个简易版本上提到
的做过amino acid homology：“An amino acid database was constructed
containing amino acid sequences of known protein allergens and gliadins. The
B.t.k. HD-1 protein was compared to this database and no significant
sequence similarity was identified. Based upon this data, there does not
appear to be significant sequence similarity between HD-1 and known protein
... 阅读全帖 |
|
f*******g
发帖数: 245 | 50 crisper/CAS9 究竟怎么工作？ homologous recombination ? or RNAi ? |
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