y*****u
发帖数: 31 | 1 用TRIZOL同时提临床得来的病人组织的RNA和DNA.之前一直觉得RNA很稳定没问题，在好
不容易凑足了DNA后送出测序，结果回馈说RNA降解了，而DNA浓度和我们测出的浓度相
差100倍。惊呆了。
1. DNA浓度我是用NANODROP测了好几次，不明白为啥测序公司测出来的数值会和我测出
来的差100倍？？？
2.RNA我后来把剩下的跑了胶，发现的确降解。现在又得到新的组织再提，还是发现有
降解情况。我以前都是做现杀的老鼠组织提RNA,手法我也一直没问题。这个新的临床标
本据说是病人手术切下之后一直低温保存，有实验需要就用干冰运来。第一次是保存在
TRIZOL里运来，第二次是直接运组织，我用液态氮碾碎了。但是都提出了降解的RNA.
我现在打算用细胞用同样的手法提RNA作为对比，看是否我的实验有问题？还是标本已
经降解的了。请问细胞提出的RNA对于组织RNA是否有参考性？
如果标本有问题，我现在提出的已经降解的RNA是否也能进行测序呢？效果如何？ |
z****q
发帖数: 18 | 2 我有些做小鼠组织的经验。如果组织取出来切成小块立刻放液氮速冻的话可以放很久都
没事，但如果放TRIZOL里冻着会相对容易降解因为RNA被释放出来了。还有RNAlater我
也用过很好用但组织还是要切小块否则溶液很难渗进去。 |
x*****d
发帖数: 704 | 3 1.测序公司一般用Bioanalyzer测DNA的质量和浓度；所以会和Nanodrop有差别。
2.snap frozen的组织提RNA推荐RNA-Later ICE。 |
l********e
发帖数: 415 | 4 这是个有意思的问题.
RNA反转录以后, 建library以前, 是必须超声打碎到150-300bp的小片段
所以,理论上说,部分降解的RNA是完全不影响测序的.
但是实际中应该有些细节要考虑,比如不能用oligo dt反转录或者polyA enrichment.
因为这样做出来的library会丢失所有没有polyA的片断.
市面上有用random primer建库的kit (比如Nugen). 因为是病人样本, 只要不是完全降
解, 值得尝试.
【在 y*****u 的大作中提到】
: 用TRIZOL同时提临床得来的病人组织的RNA和DNA.之前一直觉得RNA很稳定没问题，在好
: 不容易凑足了DNA后送出测序，结果回馈说RNA降解了，而DNA浓度和我们测出的浓度相
: 差100倍。惊呆了。
: 1. DNA浓度我是用NANODROP测了好几次，不明白为啥测序公司测出来的数值会和我测出
: 来的差100倍？？？
: 2.RNA我后来把剩下的跑了胶，发现的确降解。现在又得到新的组织再提，还是发现有
: 降解情况。我以前都是做现杀的老鼠组织提RNA,手法我也一直没问题。这个新的临床标
: 本据说是病人手术切下之后一直低温保存，有实验需要就用干冰运来。第一次是保存在
: TRIZOL里运来，第二次是直接运组织，我用液态氮碾碎了。但是都提出了降解的RNA.
: 我现在打算用细胞用同样的手法提RNA作为对比，看是否我的实验有问题？还是标本已
|
o*****a
发帖数: 2335 | 5 Comparative analysis of RNA sequencing methods for degraded or low-input
samples
http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n7/full/nmeth.2483.html |
y*****3
发帖数: 961 | 6 1，差100倍不太正常哦，如果不是测序公司稀释了，建议送到第三方去检查下。
2，如果降解的不太厉害，用去rRNA的方法还是可以建出很不错的library的。 |
f*******a
发帖数: 671 | 7 我以前有一次本来自己用bioanalyzer测得perfect的sample,送测序公司就降解了,也有
可能是运输或者测序公司操作不当. |
c*z
发帖数: 157 | 8 是的，公司多数用Qubit测浓度，可以比nanodrop低一半，但是100倍的话，估计是进了
rnase....
我觉得lz的东西是被降解了，新鲜组织rna质量不会太差的
illumina在aacr present了 fixed tissue RNA seq, 只要QC出来80%的RNA大于200nt就
可以
【在 x*****d 的大作中提到】
: 1.测序公司一般用Bioanalyzer测DNA的质量和浓度；所以会和Nanodrop有差别。
: 2.snap frozen的组织提RNA推荐RNA-Later ICE。
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a*******a
发帖数: 4233 | 9 不同组织rna的稳定性不同，胰腺就非常难抽。
【在 y*****u 的大作中提到】
: 用TRIZOL同时提临床得来的病人组织的RNA和DNA.之前一直觉得RNA很稳定没问题，在好
: 不容易凑足了DNA后送出测序，结果回馈说RNA降解了，而DNA浓度和我们测出的浓度相
: 差100倍。惊呆了。
: 1. DNA浓度我是用NANODROP测了好几次，不明白为啥测序公司测出来的数值会和我测出
: 来的差100倍？？？
: 2.RNA我后来把剩下的跑了胶，发现的确降解。现在又得到新的组织再提，还是发现有
: 降解情况。我以前都是做现杀的老鼠组织提RNA,手法我也一直没问题。这个新的临床标
: 本据说是病人手术切下之后一直低温保存，有实验需要就用干冰运来。第一次是保存在
: TRIZOL里运来，第二次是直接运组织，我用液态氮碾碎了。但是都提出了降解的RNA.
: 我现在打算用细胞用同样的手法提RNA作为对比，看是否我的实验有问题？还是标本已
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